More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0075 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0610  peptide chain release factor 1  92.8 
 
 
361 aa  687  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0905177  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0075  peptide chain release factor 1  100 
 
 
361 aa  730  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.439429  normal  0.176298 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0097  peptide chain release factor 1  95.01 
 
 
361 aa  697  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.208503 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7604  peptide chain release factor 1  87.39 
 
 
361 aa  623  1e-177  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.111197 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0470  peptide chain release factor 1  82.27 
 
 
361 aa  613  1e-174  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.807242  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0377  peptide chain release factor 1  81.51 
 
 
358 aa  605  1e-172  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.117375  normal  0.82432 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0512  peptide chain release factor 1  87.53 
 
 
361 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.1342 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0137  peptide chain release factor 1  66.48 
 
 
361 aa  487  1e-136  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.302124  normal  0.125169 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1564  peptide chain release factor 1  66.86 
 
 
360 aa  476  1e-133  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.370048 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2623  peptide chain release factor 1  66.29 
 
 
360 aa  473  1e-132  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.481953 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0889  peptide chain release factor 1  65.16 
 
 
358 aa  467  1e-130  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.491137  normal  0.200442 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0894  peptide chain release factor 1  65.37 
 
 
361 aa  466  1e-130  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0955  peptide chain release factor 1  64.27 
 
 
361 aa  461  1e-128  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0150049  normal  0.0330786 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0918  peptide chain release factor 1  64.27 
 
 
361 aa  461  1e-128  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.629192 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0112  peptide chain release factor 1  63.79 
 
 
359 aa  452  1e-126  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3524  peptide chain release factor 1  61.73 
 
 
359 aa  452  1e-126  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0303051  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3955  peptide chain release factor 1  61.5 
 
 
359 aa  448  1e-125  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4748  peptide chain release factor 1  63.23 
 
 
359 aa  449  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.681376  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3816  peptide chain release factor 1  61.73 
 
 
359 aa  448  1e-125  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2502  peptide chain release factor 1  60.34 
 
 
360 aa  444  1e-124  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.135893 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2999  peptide chain release factor 1  60.34 
 
 
359 aa  444  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.381466  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1747  peptide chain release factor 1  60.94 
 
 
355 aa  431  1e-120  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.75893 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1036  peptide chain release factor 1  59.05 
 
 
357 aa  432  1e-120  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.125967  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1869  peptide chain release factor 1  58.66 
 
 
359 aa  424  1e-117  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1800  peptide chain release factor 1  58.66 
 
 
377 aa  424  1e-117  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.380877  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2714  peptide chain release factor 1  58.77 
 
 
355 aa  418  1e-116  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.64557  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2692  peptide chain release factor 1  60.79 
 
 
356 aa  406  1e-112  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.000179951  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0359  peptide chain release factor 1  55.65 
 
 
359 aa  404  1e-112  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0451  peptide chain release factor 1  57.82 
 
 
357 aa  408  1e-112  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0380  peptide chain release factor 1  57.98 
 
 
355 aa  402  1e-111  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.362441  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0941  peptide chain release factor 1  55.62 
 
 
350 aa  398  1e-110  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.301393 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1552  peptide chain release factor 1  59.64 
 
 
351 aa  398  1e-110  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00635005  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2907  peptide chain release factor 1  59.64 
 
 
351 aa  397  1e-109  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.440512  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2474  peptide chain release factor 1  58.48 
 
 
360 aa  394  1e-109  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3104  peptide chain release factor 1  58.19 
 
 
355 aa  397  1e-109  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0288  peptide chain release factor 1  57.18 
 
 
354 aa  395  1e-109  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3804  peptide chain release factor 1  60.53 
 
 
359 aa  395  1e-109  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1113  peptide chain release factor 1  59.05 
 
 
351 aa  395  1e-109  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.72362  normal  0.0276117 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1733  peptide chain release factor 1  57.67 
 
 
351 aa  396  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.520333  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1424  peptide chain release factor 1  60.66 
 
 
360 aa  391  1e-108  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.997988  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3709  peptide chain release factor 1  62.15 
 
 
359 aa  392  1e-108  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.231674  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2530  peptide chain release factor 1  54.21 
 
 
360 aa  391  1e-108  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3645  peptide chain release factor 1  54.49 
 
 
361 aa  391  1e-108  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00304909  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1029  peptide chain release factor 1  56.97 
 
 
355 aa  390  1e-107  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0336853  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0750  peptide chain release factor 1  56.21 
 
 
354 aa  389  1e-107  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.322203  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1444  peptide chain release factor 1  56.62 
 
 
357 aa  386  1e-106  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1806  peptide chain release factor 1  55.08 
 
 
354 aa  387  1e-106  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0496443  normal  0.210435 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0980  peptide chain release factor 1  58.95 
 
 
334 aa  385  1e-106  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.636127 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2493  peptide chain release factor 1  56.7 
 
 
360 aa  387  1e-106  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2257  peptide chain release factor 1  52.34 
 
 
362 aa  388  1e-106  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2284  peptide chain release factor 1  52.34 
 
 
362 aa  388  1e-106  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2641  peptide chain release factor 1  58.21 
 
 
358 aa  382  1e-105  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0894  peptide chain release factor 1  55.77 
 
 
351 aa  384  1e-105  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.188141  normal  0.50285 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2299  peptide chain release factor 1  56.62 
 
 
356 aa  384  1e-105  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0340  peptide chain release factor 1  59.21 
 
 
361 aa  381  1e-105  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0119  peptide chain release factor 1  54.26 
 
 
361 aa  382  1e-105  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  2.99484e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_2064  peptide chain release factor 1  54.26 
 
 
361 aa  382  1e-105  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.243868  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0646  peptide chain release factor 1  53.41 
 
 
357 aa  379  1e-104  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.308235  normal  0.249903 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4061  peptide chain release factor 1  57.34 
 
 
355 aa  378  1e-104  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.677357  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0389  peptide chain release factor 1  56.4 
 
 
363 aa  377  1e-103  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.802059  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3599  peptide chain release factor 1  58.07 
 
 
362 aa  375  1e-103  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2360  peptide chain release factor 1  57.1 
 
 
363 aa  372  1e-102  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0522  peptide chain release factor 1  59.82 
 
 
361 aa  374  1e-102  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3044  peptide chain release factor 1  54.78 
 
 
360 aa  374  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0821  peptide chain release factor 1  58.13 
 
 
357 aa  372  1e-102  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.16719  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2721  peptide chain release factor 1  53.85 
 
 
360 aa  372  1e-102  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2337  peptide chain release factor 1  54.37 
 
 
360 aa  372  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4456  peptide chain release factor 1  56.74 
 
 
360 aa  374  1e-102  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2647  peptide chain release factor 1  56.5 
 
 
354 aa  373  1e-102  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00109947  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1051  peptide chain release factor 1  55.96 
 
 
360 aa  368  1e-101  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0598725  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0278  peptide chain release factor 1  54.96 
 
 
361 aa  370  1e-101  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.728879  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0509  peptide chain release factor 1  52.63 
 
 
360 aa  368  1e-101  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0137  peptide chain release factor 1  55.27 
 
 
352 aa  368  1e-101  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.490525  normal  0.171192 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2901  peptide chain release factor 1  52.65 
 
 
360 aa  368  1e-101  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0510  peptide chain release factor 1  53.68 
 
 
360 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.206813  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1756  peptide chain release factor 1  53.24 
 
 
362 aa  370  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  8.01734e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0482  peptide chain release factor 1  53.68 
 
 
360 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.464905 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1856  peptide chain release factor 1  55.21 
 
 
361 aa  370  1e-101  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.227654  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0733  peptide chain release factor 1  55.06 
 
 
360 aa  368  1e-101  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2595  peptide chain release factor 1  53.68 
 
 
360 aa  369  1e-101  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.324585  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3201  peptide chain release factor 1  55.49 
 
 
360 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1529  peptide chain release factor 1  58.46 
 
 
361 aa  370  1e-101  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1071  peptide chain release factor 1  52.82 
 
 
355 aa  370  1e-101  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.471814  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3603  peptide chain release factor 1  53.97 
 
 
360 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0994  peptide chain release factor 1  53.41 
 
 
363 aa  368  1e-100  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0436  peptide chain release factor 1  53.57 
 
 
360 aa  367  1e-100  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3590  peptide chain release factor 1  53.97 
 
 
360 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.637465  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3614  peptide chain release factor 1  53.97 
 
 
360 aa  365  1e-100  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.528922  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3146  peptide chain release factor 1  52.65 
 
 
360 aa  368  1e-100  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.0205917 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3522  peptide chain release factor 1  53.85 
 
 
360 aa  367  1e-100  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.217548  normal  0.148888 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0136  peptide chain release factor 1  53.37 
 
 
359 aa  366  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.056338  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01250  peptide chain release factor 1  53.67 
 
 
362 aa  365  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2930  peptide chain release factor 1  53.97 
 
 
360 aa  367  1e-100  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0774  peptide chain release factor 1  54.78 
 
 
360 aa  365  1e-100  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0761  peptide chain release factor 1  55.06 
 
 
360 aa  368  1e-100  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.169079  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2212  peptide chain release factor 1  54.67 
 
 
361 aa  365  1e-100  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.189214  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2072  peptide chain release factor 1  56.62 
 
 
360 aa  367  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.132752  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0148  peptide chain release factor 1  54.21 
 
 
359 aa  366  1e-100  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.570569  normal  0.18601 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0440  peptide chain release factor 1  53.42 
 
 
360 aa  365  1e-100  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.518401 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0255  peptide chain release factor 1  54.88 
 
 
359 aa  367  1e-100  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018292  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>