128 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0068 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0068  hypothetical protein  100 
 
 
145 aa  296  7e-80  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0092  hypothetical protein  82.48 
 
 
142 aa  238  2e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.965626  normal  0.113138 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0507  hypothetical protein  74.64 
 
 
147 aa  219  1e-56  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.0225677 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0615  protein of unknown function DUF985  76.92 
 
 
133 aa  214  4e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.199543  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0465  hypothetical protein  70.37 
 
 
136 aa  197  3e-50  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2020  hypothetical protein  68.97 
 
 
154 aa  196  1e-49  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.345006  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0372  hypothetical protein  70.37 
 
 
135 aa  194  3e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.671361 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0429  hypothetical protein  59.15 
 
 
144 aa  176  1e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.232501 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1157  hypothetical protein  64.03 
 
 
140 aa  174  3e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5124  hypothetical protein  63.38 
 
 
142 aa  172  2e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0660127  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1897  protein of unknown function DUF985  60.56 
 
 
155 aa  171  4e-42  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4997  protein of unknown function DUF985  59.59 
 
 
146 aa  170  5e-42  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2490  hypothetical protein  63.31 
 
 
140 aa  170  8e-42  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  hitchhiker  0.0065112  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0449  protein of unknown function DUF985  61.54 
 
 
148 aa  167  3e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.300455  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4537  hypothetical protein  58.9 
 
 
146 aa  167  3e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.140442 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5050  protein of unknown function DUF985  58.9 
 
 
146 aa  167  5e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.727084 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2062  hypothetical protein  60.42 
 
 
147 aa  165  2e-40  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.126654  hitchhiker  0.00909943 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2382  hypothetical protein  59.57 
 
 
150 aa  163  9e-40  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.377093 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3583  protein of unknown function DUF985  55.71 
 
 
140 aa  158  3e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.128737 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3876  protein of unknown function DUF985  55 
 
 
140 aa  157  4e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0772957 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0377  hypothetical protein  59.29 
 
 
154 aa  156  1e-37  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2553  hypothetical protein  59.29 
 
 
154 aa  155  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7610  hypothetical protein  69.72 
 
 
112 aa  154  5e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.139657  normal  0.0983824 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0454  protein of unknown function DUF985  56.83 
 
 
158 aa  152  1e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4037  hypothetical protein  56.83 
 
 
143 aa  152  1e-36  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_08145  DUF985 domain protein (AFU_orthologue; AFUA_5G11860)  52.26 
 
 
170 aa  147  6e-35  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  normal  0.0917143 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1577  hypothetical protein  53.96 
 
 
144 aa  146  1e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.925208  normal  0.213807 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2146  protein of unknown function DUF985  54.07 
 
 
157 aa  142  1e-33  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  decreased coverage  7.12763e-05  decreased coverage  0.00382026 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0925  hypothetical protein  50 
 
 
156 aa  130  5e-30  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.587426 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3282  hypothetical protein  53.08 
 
 
155 aa  127  5e-29  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0173  hypothetical protein  52.48 
 
 
174 aa  126  1e-28  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2149  putative cupin  51.39 
 
 
146 aa  123  8e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.928679 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1899  hypothetical protein  46.21 
 
 
162 aa  116  1e-25  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.000990864  normal  0.472298 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2358  protein of unknown function DUF985  47.18 
 
 
173 aa  114  3e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4717  hypothetical protein  48.55 
 
 
193 aa  113  9e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4495  protein of unknown function DUF985  45.27 
 
 
172 aa  113  1e-24  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0206455  normal  0.273262 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4627  protein of unknown function DUF985  45.27 
 
 
172 aa  113  1e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0728086  normal  0.0128085 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1205  hypothetical protein  47.06 
 
 
162 aa  112  1e-24  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2689  hypothetical protein  47.48 
 
 
271 aa  112  2e-24  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.539086  normal  0.271655 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0323  hypothetical protein  41.55 
 
 
158 aa  112  2e-24  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.683265  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3190  hypothetical protein  43.94 
 
 
160 aa  111  3e-24  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0287  hypothetical protein  46.98 
 
 
176 aa  110  5e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1284  hypothetical protein  45.89 
 
 
170 aa  110  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0323  hypothetical protein  37.76 
 
 
166 aa  110  6e-24  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3241  hypothetical protein  43.18 
 
 
161 aa  110  7e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01404  hypothetical protein  47.37 
 
 
153 aa  109  1e-23  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.807362  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1833  hypothetical protein  46.48 
 
 
145 aa  109  1e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0854594  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2202  protein of unknown function DUF985  46.53 
 
 
171 aa  109  1e-23  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.189002 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_03971  hypothetical protein  41.43 
 
 
155 aa  109  1e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.283111  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1589  hypothetical protein  39.16 
 
 
166 aa  108  2e-23  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.391871  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3192  hypothetical protein  45.11 
 
 
159 aa  108  2e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2900  hypothetical protein  46.76 
 
 
146 aa  108  2e-23  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.725365 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3403  protein of unknown function DUF985  45.14 
 
 
172 aa  108  3e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0591897  normal  0.076686 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4253  hypothetical protein  46.76 
 
 
168 aa  108  3e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.180495  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3916  hypothetical protein  42.75 
 
 
162 aa  107  4e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0305  hypothetical protein  50 
 
 
152 aa  107  4e-23  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.275629  normal 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_03601  hypothetical protein  43.7 
 
 
157 aa  107  4e-23  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.928684 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3205  hypothetical protein  44.22 
 
 
170 aa  107  5e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0636  hypothetical protein  42.42 
 
 
160 aa  107  5e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00429491  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3029  hypothetical protein  44.27 
 
 
156 aa  107  5e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.111246  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3487  hypothetical protein  42.42 
 
 
160 aa  107  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.706837  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3278  protein of unknown function DUF985  44.53 
 
 
149 aa  107  7e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.873622  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4251  hypothetical protein  46.76 
 
 
168 aa  107  8e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.408223  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3266  hypothetical protein  44.22 
 
 
147 aa  107  8e-23  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.422669  normal  0.0398981 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0553  hypothetical protein  45.39 
 
 
180 aa  107  8e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.640029 
 
 
-
 
NC_003296  RS01699  hypothetical protein  46.58 
 
 
172 aa  106  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_03981  hypothetical protein  40 
 
 
155 aa  106  1e-22  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1672  hypothetical protein  39.71 
 
 
167 aa  106  1e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  1.93822e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3317  hypothetical protein  42.42 
 
 
160 aa  106  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.676739  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_04051  hypothetical protein  37.86 
 
 
155 aa  106  1e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0799  hypothetical protein  42.42 
 
 
160 aa  106  1e-22  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5986  hypothetical protein  45.32 
 
 
168 aa  106  1e-22  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3777  hypothetical protein  46.76 
 
 
168 aa  106  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.489554  normal  0.192224 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4368  hypothetical protein  45.32 
 
 
168 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3596  protein of unknown function DUF985  43.18 
 
 
156 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3785  hypothetical protein  43.18 
 
 
156 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0646  hypothetical protein  43.18 
 
 
156 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3662  hypothetical protein  43.18 
 
 
156 aa  105  2e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3999  hypothetical protein  45.32 
 
 
168 aa  105  2e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3686  hypothetical protein  46.05 
 
 
176 aa  104  3e-22  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.949248  normal  0.863338 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2608  hypothetical protein  42.76 
 
 
170 aa  104  3e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.100551 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0462  hypothetical protein  44.22 
 
 
166 aa  105  3e-22  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0945  protein of unknown function DUF985  44.52 
 
 
169 aa  105  3e-22  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0694  hypothetical protein  41.35 
 
 
157 aa  104  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0709  hypothetical protein  41.35 
 
 
157 aa  104  4e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.353114  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1803  hypothetical protein  44.44 
 
 
148 aa  103  7e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.875954  normal  0.792787 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0364  hypothetical protein  40 
 
 
155 aa  103  9e-22  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4469  hypothetical protein  45.52 
 
 
148 aa  102  2e-21  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.174279 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4763  hypothetical protein  45.52 
 
 
148 aa  102  2e-21  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.687182  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4382  hypothetical protein  45.52 
 
 
148 aa  102  2e-21  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2769  hypothetical protein  39.86 
 
 
191 aa  102  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2172  hypothetical protein  38.13 
 
 
164 aa  101  4e-21  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.556394  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1649  hypothetical protein  43.88 
 
 
168 aa  100  7e-21  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.218017  normal  0.110553 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2335  protein of unknown function DUF985  44.12 
 
 
195 aa  99.4  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.408522 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5607  protein of unknown function DUF985  41.67 
 
 
164 aa  99  2e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4946  hypothetical protein  44.03 
 
 
148 aa  99  2e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0479653 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1883  hypothetical protein  38.13 
 
 
164 aa  98.2  3e-20  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3937  protein of unknown function DUF985  42.45 
 
 
168 aa  97.8  4e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2957  hypothetical protein  45.45 
 
 
171 aa  97.1  7e-20  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0202309  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1054  hypothetical protein  39.16 
 
 
168 aa  95.9  2e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.35957e-08  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>