41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0062 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0062  hypothetical protein  100 
 
 
276 aa  542  1e-153  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0128  hypothetical protein  93.12 
 
 
276 aa  515  1e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.474534  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0577  ABC-2 type transporter  85.51 
 
 
276 aa  483  1e-135  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.228177  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0357  hypothetical protein  83.77 
 
 
271 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7657  putative ABC transporter, permease protein  80.97 
 
 
270 aa  413  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0868338  normal  0.877787 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2239  hypothetical protein  54.23 
 
 
268 aa  294  1e-78  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.627796  normal  0.0598095 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0127  ABC-2 transporter component  47.92 
 
 
282 aa  259  4e-68  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0177807  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0434  ABC-2 type transporter  42.97 
 
 
266 aa  214  9e-55  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1618  ABC-2 type transporter  37.83 
 
 
269 aa  141  1e-32  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.794446 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3168  ABC transporter, inner membrane subunit  36.15 
 
 
270 aa  136  5e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3359  ABC-2 type transporter  35.21 
 
 
270 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3285  ABC-2 type transporter  35.68 
 
 
270 aa  131  1e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2789  ABC-2 type transporter  33.46 
 
 
267 aa  130  2e-29  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0378  ABC-2 type transporter  25.39 
 
 
261 aa  81.3  2e-14  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  0.572571  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1438  ABC-2 type transporter  31.38 
 
 
273 aa  58.2  2e-07  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2356  ABC-2 type transporter  30 
 
 
286 aa  56.2  6e-07  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.328671  normal  0.119199 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2477  ABC-2 type transporter  32.64 
 
 
286 aa  55.8  7e-07  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.299444 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1500  ABC-2 type transporter  32.05 
 
 
270 aa  52  9e-06  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1455  ABC-2 type transporter  32.05 
 
 
270 aa  52  9e-06  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1805  ABC-2 type transporter  29.41 
 
 
290 aa  50.8  2e-05  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3266  ABC-2 type transporter  47.92 
 
 
281 aa  51.2  2e-05  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1477  ABC-2 type transporter  26.63 
 
 
268 aa  50.1  4e-05  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1517  ABC-2 type transporter  26.63 
 
 
268 aa  50.1  4e-05  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0811  ABC-2 type transporter  31.08 
 
 
377 aa  49.7  5e-05  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1513  ABC-2 type transporter  27.93 
 
 
270 aa  49.3  6e-05  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0666  ABC-2 type transporter  27.03 
 
 
270 aa  48.9  9e-05  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.521006  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0814  ABC transporter, permease protein  26.17 
 
 
241 aa  46.6  0.0004  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1792  ABC-2 type transporter  37.33 
 
 
275 aa  46.2  0.0005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0406  ABC-2 type transporter  26.6 
 
 
279 aa  46.2  0.0006  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0129272  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1123  ABC-2 type transporter  27.87 
 
 
275 aa  46.2  0.0007  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_718  ABC transporter, permease protein  26.17 
 
 
260 aa  45.4  0.001  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  hitchhiker  0.000115983  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0810  ABC-2 type transporter  28.9 
 
 
366 aa  45.1  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2367  hypothetical protein  29.29 
 
 
370 aa  44.7  0.002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.175245  normal 
 
 
-
 
NC_009954  Cmaq_0363  ABC-2 type transporter  27.38 
 
 
289 aa  44.3  0.002  Caldivirga maquilingensis IC-167  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1954  ABC-2 type transporter  40.74 
 
 
275 aa  44.3  0.002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  hitchhiker  0.00280004  normal  0.727691 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0734  ABC-2 type transporter  28.03 
 
 
241 aa  43.9  0.003  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00105629  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1471  ABC-2 type transporter  24.43 
 
 
259 aa  43.9  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4230  ABC-2 type transporter  28.18 
 
 
375 aa  43.9  0.003  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1478  ABC-2 type transporter  24.7 
 
 
375 aa  43.1  0.005  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_701  ABC transporter, permease protein  31.34 
 
 
360 aa  42.4  0.009  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.222918  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0276  ABC-2 type transporter  28.49 
 
 
348 aa  42.4  0.009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>