More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0060 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007406  Nwi_0110  histidine kinase  71.82 
 
 		 446 aa  637    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.0152985 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0060  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  100 
 
 		 440 aa  888    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7659  histidine kinase  72.34 
 
 		 449 aa  644    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0359  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  77.1 
 
 		 440 aa  651    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.408247  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0575  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  87.07 
 
 		 440 aa  779    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.360137  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0130  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  93.85 
 
 		 440 aa  814    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0230  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  73.41 
 
 		 464 aa  667    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.615813  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0305  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  50.61 
 
 		 444 aa  413  1e-114  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.354787  normal  0.0755864 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0148  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  49.76 
 
 		 430 aa  402  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0133  sensor histidine kinase  49.17 
 
 		 430 aa  396  1e-109  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0128  sensor histidine kinase  49.17 
 
 		 430 aa  395  1e-109  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  0.00320906  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3324  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  48.13 
 
 		 448 aa  396  1e-109  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.755695  normal  0.0681596 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0322  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  46.15 
 
 		 444 aa  385  1e-106  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0381069 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1835  histidine kinase  51.52 
 
 		 459 aa  384  1e-105  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.426972  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4889  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  49.77 
 
 		 461 aa  379  1e-104  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.289635  decreased coverage  0.00139676 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4364  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  50 
 
 		 463 aa  374  1e-102  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3274  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  45.78 
 
 		 433 aa  367  1e-100  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0570  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  49.31 
 
 		 464 aa  364  2e-99  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.0338625 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0606  histidine kinase  48.96 
 
 		 464 aa  360  3e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0907998  normal  0.131642 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4042  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  47.98 
 
 		 441 aa  359  4e-98  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0595  ATPase domain-containing protein  48.72 
 
 		 464 aa  359  7e-98  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.90149  normal  0.0445222 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4318  histidine kinase  45.35 
 
 		 442 aa  358  9.999999999999999e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0183324  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3990  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  44.63 
 
 		 442 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0017  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  45.67 
 
 		 468 aa  350  3e-95  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00494358 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0064  two component sensor kinase  45.58 
 
 		 434 aa  348  1e-94  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0839262  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2840  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.37 
 
 		 465 aa  309  6.999999999999999e-83  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.916749 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1520  sensor histidine kinase PrrB (RegB)  38.29 
 
 		 462 aa  295  9e-79  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.467191  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0172  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.29 
 
 		 462 aa  295  9e-79  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.100518  normal  0.877828 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2957  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  38.23 
 
 		 462 aa  291  2e-77  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.0602735 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4060  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.22 
 
 		 474 aa  278  1e-73  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.298058 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2864  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  39.86 
 
 		 441 aa  275  9e-73  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0537405  normal  0.483733 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3432  sensor histidine kinase RegB  37.24 
 
 		 463 aa  274  3e-72  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2779  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.43 
 
 		 462 aa  257  3e-67  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4651  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  40.48 
 
 		 466 aa  254  2.0000000000000002e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.847773  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1739  two-component sensor histidine kinase  27.05 
 
 		 443 aa  150  3e-35  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.337337  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2977  sensor histidine kinase  26.12 
 
 		 449 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2206  histidine kinase  30.02 
 
 		 429 aa  144  4e-33  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.979834  normal  0.192236 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2735  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.75 
 
 		 424 aa  143  6e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.503254  hitchhiker  0.00000000176943 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5544  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.67 
 
 		 420 aa  142  9e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3136  sensor histidine kinase  25.77 
 
 		 417 aa  142  9.999999999999999e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0506729  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4051  histidine kinase  27.01 
 
 		 465 aa  141  3e-32  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.510066  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2780  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.06 
 
 		 446 aa  141  3e-32  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.892917 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2270  histidine kinase  27.82 
 
 		 447 aa  140  3.9999999999999997e-32  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2035  putative photosynthetic apparatus regulatory protein regB  26.92 
 
 		 450 aa  139  1e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2218  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.64 
 
 		 449 aa  134  5e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.298182 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4062  histidine kinase  26.1 
 
 		 433 aa  133  6e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.081892  normal  0.353238 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1827  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.06 
 
 		 423 aa  130  4.0000000000000003e-29  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000139866  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2201  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.14 
 
 		 430 aa  129  7.000000000000001e-29  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4554  sensor histidine kinase  28.57 
 
 		 419 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215906  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2344  histidine kinase  28.33 
 
 		 452 aa  129  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.349621  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4231  sensor histidine kinase  28.32 
 
 		 419 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0008  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.41 
 
 		 421 aa  127  4.0000000000000003e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1606  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.67 
 
 		 457 aa  127  5e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0150845  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12550  periplasmic sensory histidine protein kinase  28.24 
 
 		 414 aa  120  4.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.418352  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0237  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  26.62 
 
 		 437 aa  119  7.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.349779  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0600  ATP-binding region, ATPase-like  27.44 
 
 		 449 aa  118  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2256  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.33 
 
 		 452 aa  117  5e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.301651  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0162  sensor histidine kinase  26.93 
 
 		 426 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1503  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.08 
 
 		 435 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.203447  normal  0.417793 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0188  sensor histidine kinase  26.93 
 
 		 426 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3251  sensor histidine kinase  26.93 
 
 		 426 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.110241  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3435  sensor histidine kinase  26.93 
 
 		 426 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0198  sensor histidine kinase  26.93 
 
 		 426 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2176  sensor histidine kinase  26.93 
 
 		 426 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2913  sensor histidine kinase  26.93 
 
 		 426 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.340179  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0383  sensor kinase protein  26.93 
 
 		 426 aa  114  3e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.326302  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6445  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  29.05 
 
 		 472 aa  113  8.000000000000001e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.555946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1586  sensor histidine kinase  27.23 
 
 		 419 aa  112  1.0000000000000001e-23  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.144463  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2689  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  27.83 
 
 		 419 aa  112  1.0000000000000001e-23  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0820  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  28.65 
 
 		 420 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.197209  normal  0.923094 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0887  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.8 
 
 		 450 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4291  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.9 
 
 		 418 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.584042  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0926  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.8 
 
 		 418 aa  112  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0930  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.45 
 
 		 418 aa  111  3e-23  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3003  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.74 
 
 		 468 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.700665 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3712  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  27.61 
 
 		 448 aa  110  4.0000000000000004e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3389  histidine kinase  27.61 
 
 		 448 aa  110  5e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3141  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.47 
 
 		 468 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3090  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.3 
 
 		 467 aa  110  6e-23  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.168578 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3111  histidine kinase  28.81 
 
 		 476 aa  110  7.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.344952 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2480  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.88 
 
 		 476 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00569401  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3094  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  28.88 
 
 		 476 aa  109  8.000000000000001e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0688371  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0173  sensor histidine kinase  25.64 
 
 		 451 aa  109  9.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00702706  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0067  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  26.12 
 
 		 434 aa  109  1e-22  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.541426  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0039  transmembrane sensor histidine kinase transcription regulator protein  27.7 
 
 		 448 aa  108  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4383  periplasmic sensor Signal transduction histidine kinase  27.13 
 
 		 436 aa  106  9e-22  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3894  histidine kinase  26.92 
 
 		 442 aa  105  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.927411 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0340  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  25.56 
 
 		 436 aa  103  6e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58320  putative two-component sensor  26.78 
 
 		 422 aa  103  8e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0136  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  23.64 
 
 		 459 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0885272 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5108  putative two-component sensor  26.86 
 
 		 422 aa  101  2e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.655893  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1642  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.06 
 
 		 479 aa  100  4e-20  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0847  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  28.25 
 
 		 417 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0665  histidine kinase  26.52 
 
 		 442 aa  95.5  2e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2881  putative two-component sensor  25.81 
 
 		 436 aa  94.4  4e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0738997  hitchhiker  0.00159828 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0300  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  23.8 
 
 		 423 aa  89  1e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1420  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  24.57 
 
 		 436 aa  88.2  2e-16  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0719781  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4818  sensor histidine kinase  24.26 
 
 		 422 aa  86.3  9e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.904783  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1523  integral membrane sensor signal transduction histidine kinase  29.63 
 
 		 408 aa  79.7  0.00000000000009  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0021  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  27.3 
 
 		 469 aa  76.6  0.0000000000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>