More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0059 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0059  two component Fis family transcriptional regulator  100 
 
 
184 aa  375  1e-103  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0131  response regulator receiver  97.83 
 
 
184 aa  366  1e-100  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0574  two component transcriptional regulator, Fis family  94.02 
 
 
184 aa  355  2e-97  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.64403  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0360  response regulator receiver domain-containing protein  92.93 
 
 
195 aa  353  7e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0692819  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0231  response regulator receiver domain-containing protein  93.48 
 
 
184 aa  350  9e-96  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0111  helix-turn-helix, Fis-type  90.76 
 
 
184 aa  343  1e-93  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0286945 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7660  two-component transcriptional regulator RegR  89.13 
 
 
224 aa  340  5e-93  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3325  two component Fis family transcriptional regulator  75.86 
 
 
199 aa  281  4e-75  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.363618  normal  0.0552341 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0306  two component Fis family transcriptional regulator  76.88 
 
 
184 aa  278  3e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.327963  normal  0.0618542 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4041  response regulator receiver protein  76.88 
 
 
188 aa  277  7e-74  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.631958  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0321  response regulator receiver protein  73.41 
 
 
186 aa  275  3e-73  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0435098 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0571  two component transcriptional regulator, Fis family  70.79 
 
 
200 aa  271  5e-72  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.0260765 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0596  response regulator receiver  70.79 
 
 
209 aa  271  5e-72  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.186654  normal  0.0367411 
 
 
-
 
NC_004310  BR0137  DNA-binding response regulator  73.41 
 
 
187 aa  271  5e-72  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0131  DNA-binding response regulator  73.41 
 
 
187 aa  271  5e-72  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00417692  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0607  response regulator receiver protein  70.79 
 
 
200 aa  271  6e-72  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.307658  normal  0.154969 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1834  response regulator receiver protein  68.48 
 
 
199 aa  268  2e-71  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.743005  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3989  two component transcriptional regulator, Fis family  73.6 
 
 
192 aa  269  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4890  two component Fis family transcriptional regulator  68.48 
 
 
198 aa  268  2e-71  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.993283  decreased coverage  0.000990624 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4317  response regulator receiver protein  73.6 
 
 
192 aa  268  2e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0275462  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0063  two component response regulator  73.99 
 
 
191 aa  268  5e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4363  two component Fis family transcriptional regulator  70.69 
 
 
199 aa  267  7e-71  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0018  two component Fis family transcriptional regulator  70.72 
 
 
208 aa  264  5e-70  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.594546  normal  0.0172011 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0150  two component Fis family transcriptional regulator  73.99 
 
 
187 aa  256  2e-67  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1518  PrrA (RegA), response regulator involved in oxygen regulation of photosynthesis genes  71.26 
 
 
184 aa  253  2e-66  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.385601  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0170  two component Fis family transcriptional regulator  71.26 
 
 
184 aa  253  2e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.485216  normal  0.727058 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3273  two component Fis family transcriptional regulator  69.94 
 
 
194 aa  252  2e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3430  photosynthetic apparatus regulatory protein RegA  68.48 
 
 
184 aa  251  3e-66  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2959  two component Fis family transcriptional regulator  70.69 
 
 
184 aa  251  3e-66  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0531334 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2838  response regulator receiver protein  69.36 
 
 
184 aa  249  2e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.787784 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4068  response regulator receiver domain-containing protein  70.52 
 
 
186 aa  242  2e-63  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.158114 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2781  two component Fis family transcriptional regulator  71.1 
 
 
182 aa  233  1e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.463044  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4650  two component Fis family transcriptional regulator  69.62 
 
 
185 aa  226  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.157777  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2863  response regulator receiver protein  68.21 
 
 
183 aa  219  2e-56  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.274162  normal  0.59867 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4553  DNA-binding response regulator  50.29 
 
 
187 aa  164  5e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.023221  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4230  helix-turn-helix, Fis-type  49.71 
 
 
187 aa  163  1e-39  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.547094  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1607  two component Fis family transcriptional regulator  45.65 
 
 
185 aa  162  2e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.016434  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2343  two component transcriptional regulator, Fis family  45.65 
 
 
185 aa  162  2e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.888574  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2255  two component transcriptional regulator, Fis family  45.65 
 
 
185 aa  162  2e-39  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0449716  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2205  two component Fis family transcriptional regulator  48.24 
 
 
182 aa  161  6e-39  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.143694 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0927  two component Fis family transcriptional regulator  50.29 
 
 
187 aa  160  7e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0888  two component transcriptional regulator, Fis family  50.29 
 
 
186 aa  160  7e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.414248  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0931  two component Fis family transcriptional regulator  50.29 
 
 
187 aa  160  7e-39  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4290  two component Fis family transcriptional regulator  50.29 
 
 
187 aa  160  8e-39  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.566048  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5107  putative two-component response regulator  50.29 
 
 
186 aa  158  4e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.546979  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58300  putative two-component response regulator  50.29 
 
 
186 aa  158  4e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2202  response regulator receiver domain-containing protein  46.51 
 
 
183 aa  156  1e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0821  two component Fis family transcriptional regulator  49.12 
 
 
186 aa  156  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0974274  normal  0.860547 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0848  two component Fis family transcriptional regulator  49.12 
 
 
186 aa  154  5e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12560  Response regulator RegA/PrrA/ActR type  48.54 
 
 
186 aa  154  7e-37  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.555573  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2690  two component Fis family transcriptional regulator  49.12 
 
 
179 aa  153  1e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0163  response regulator  46.07 
 
 
180 aa  153  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0384  response regulator protein  46.07 
 
 
180 aa  152  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.396029  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2914  Fis family DNA-binding response regulator  46.07 
 
 
180 aa  152  2e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.600454  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3434  Fis family DNA-binding response regulator  46.07 
 
 
180 aa  152  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.810628  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2175  Fis family DNA-binding response regulator  46.07 
 
 
180 aa  152  2e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0189  Fis family DNA-binding response regulator  46.07 
 
 
180 aa  152  2e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3252  response regulator  46.07 
 
 
180 aa  152  2e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.10506  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0199  Fis family DNA-binding response regulator  46.07 
 
 
180 aa  152  2e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.453843  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_3089  two component Fis family transcriptional regulator  46.07 
 
 
180 aa  152  3e-36  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.132133 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3895  two component Fis family transcriptional regulator  46.78 
 
 
182 aa  151  6e-36  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6444  two component Fis family transcriptional regulator  45.51 
 
 
180 aa  150  9e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.307921  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0007  two component Fis family transcriptional regulator  47.62 
 
 
187 aa  150  1e-35  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_3093  response regulator receiver protein  44.94 
 
 
180 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0804017  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2781  two component Fis family transcriptional regulator  47.98 
 
 
177 aa  149  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2271  two component transcriptional regulator, Fis family  47.98 
 
 
177 aa  149  2e-35  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_3110  two component Fis family transcriptional regulator  44.94 
 
 
180 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.195644 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1502  response regulator receiver protein  47.98 
 
 
177 aa  149  2e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.233016  normal  0.368331 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2479  response regulator receiver protein  44.94 
 
 
180 aa  149  2e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.000248912  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4819  DNA-binding response regulator  42.94 
 
 
186 aa  148  4e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.982858  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_3140  response regulator receiver protein  44.94 
 
 
180 aa  147  6e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3002  two component Fis family transcriptional regulator  44.94 
 
 
180 aa  147  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.593842 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0666  two component transcriptional regulator, Fis family  47.31 
 
 
180 aa  147  7e-35  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2976  DNA binding response regulator  44.64 
 
 
184 aa  146  1e-34  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1419  two component Fis family transcriptional regulator  44.97 
 
 
178 aa  147  1e-34  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104403  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5543  two component transcriptional regulator, Fis family  45.98 
 
 
180 aa  146  2e-34  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.657887  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4052  two component transcriptional regulator, Fis family  44.77 
 
 
182 aa  144  5e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.444391  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0068  two component Fis family transcriptional regulator  44.57 
 
 
180 aa  144  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.207076  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4063  two component Fis family transcriptional regulator  45.09 
 
 
178 aa  143  1e-33  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.309785  normal  0.299316 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1826  response regulator receiver domain-containing protein  47.95 
 
 
179 aa  143  1e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.00235342  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2736  two component transcriptional regulator, Fis family  43.6 
 
 
191 aa  142  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.564364  hitchhiker  1.17794e-09 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0553  two component Fis family transcriptional regulator  41.28 
 
 
179 aa  141  5e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3137  DNA-binding response regulator  44.12 
 
 
171 aa  141  7e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0521248  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1844  response regulator receiver protein  42.2 
 
 
180 aa  140  8e-33  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0730516  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0341  two component transcriptional regulator, Fis family  43.18 
 
 
180 aa  140  9e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1641  response regulator receiver protein  44.12 
 
 
183 aa  139  2e-32  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.772734  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2217  two component Fis family transcriptional regulator  44.77 
 
 
177 aa  139  2e-32  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.524127 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4382  two component Fis family transcriptional regulator  42.61 
 
 
180 aa  138  3e-32  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0590  two component Fis family transcriptional regulator  41.28 
 
 
188 aa  138  4e-32  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0135  response regulator receiver domain-containing protein  43.09 
 
 
187 aa  138  5e-32  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0404616 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0236  two component Fis family transcriptional regulator  42.53 
 
 
177 aa  137  6e-32  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0172  helix-turn-helix, Fis-type  42.27 
 
 
206 aa  135  2e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  decreased coverage  0.00427429  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0601  response regulator receiver  42.53 
 
 
177 aa  135  3e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4069  two component Fis family transcriptional regulator  42.53 
 
 
200 aa  135  4e-31  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2036  putative photosynthetic apparatus regulatory protein regA  43.27 
 
 
177 aa  134  7e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1585  helix-turn-helix, Fis-type  43.45 
 
 
177 aa  133  1e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0640788  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1738  two-component response regulator  44.19 
 
 
178 aa  133  1e-30  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.570135  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3186  response regulator receiver protein  42.53 
 
 
178 aa  133  2e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1522  two component transcriptional regulator, Fis family  41.95 
 
 
189 aa  133  2e-30  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0602  response regulator receiver  40 
 
 
183 aa  132  3e-30  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>