More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0057 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0057  MscS mechanosensitive ion channel  100 
 
 
437 aa  863  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0156  MscS mechanosensitive ion channel  85.81 
 
 
437 aa  728  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0421972  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0579  MscS mechanosensitive ion channel  72.35 
 
 
440 aa  617  1e-175  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0872803  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7380  mechanosensitive ion channel protein  66.82 
 
 
439 aa  599  1e-170  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.31736  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6436  MscS Mechanosensitive ion channel  42.51 
 
 
432 aa  293  4e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.227593 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4436  MscS mechanosensitive ion channel  41.31 
 
 
432 aa  281  2e-74  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.506103  normal  0.992693 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0136  MscS mechanosensitive ion channel  38.46 
 
 
451 aa  280  5e-74  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.100396  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2507  MscS mechanosensitive ion channel  42.86 
 
 
475 aa  268  2e-70  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1699  MscS mechanosensitive ion channel  37.69 
 
 
456 aa  231  2e-59  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.254155  normal  0.22429 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0307  MscS mechanosensitive ion channel  36.14 
 
 
435 aa  205  1e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.381926  normal  0.0553472 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3058  MscS mechanosensitive ion channel  39.08 
 
 
435 aa  202  1e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.914338 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3427  MscS mechanosensitive ion channel  36.52 
 
 
428 aa  191  2e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.259375  normal  0.309045 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2646  MscS mechanosensitive ion channel  35.47 
 
 
322 aa  191  2e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1816  mscS family protein  36.84 
 
 
448 aa  187  2e-46  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.316092  normal  0.285124 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3144  MscS mechanosensitive ion channel  34.32 
 
 
444 aa  182  7e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.0287681 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0774  mechanosensitive ion channel family protein  37.79 
 
 
450 aa  182  1e-44  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0975  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.12 
 
 
450 aa  181  3e-44  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1129  mechanosensitive ion channel family protein  37.12 
 
 
449 aa  180  4e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1029  mechanosensitive ion channel family protein  37.12 
 
 
450 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.165892  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2108  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.12 
 
 
450 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2654  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.12 
 
 
450 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2238  mechanosensitive ion channel family protein  37.12 
 
 
449 aa  180  4e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0971  small conductance mechanosensitive ion channel (MscS) family protein  37.12 
 
 
450 aa  180  4e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1222  MscS mechanosensitive ion channel  35.52 
 
 
451 aa  179  7e-44  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.110808  normal  0.111103 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2555  MscS mechanosensitive ion channel  34.18 
 
 
321 aa  176  9e-43  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2426  MscS mechanosensitive ion channel  36.12 
 
 
460 aa  174  2e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.610338  hitchhiker  1.33571e-05 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2555  MscS mechanosensitive ion channel  35.79 
 
 
460 aa  173  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3158  MscS mechanosensitive ion channel  33.12 
 
 
420 aa  172  2e-41  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.633544  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2330  MscS Mechanosensitive ion channel  34.32 
 
 
458 aa  168  2e-40  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.194216  normal  0.152351 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2719  MscS Mechanosensitive ion channel  34.55 
 
 
457 aa  167  5e-40  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0757  MscS mechanosensitive ion channel  30 
 
 
479 aa  164  3e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3155  MscS Mechanosensitive ion channel  33 
 
 
451 aa  163  6e-39  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  decreased coverage  0.00105623  normal  0.0641339 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1247  transmembrane protein  33.6 
 
 
435 aa  163  6e-39  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.072199  normal  0.308743 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0811  small-conductance mechanosensitive channel protein  32.67 
 
 
451 aa  162  1e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2389  MscS mechanosensitive ion channel  32.1 
 
 
429 aa  160  4e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0578  MscS mechanosensitive ion channel  33.11 
 
 
451 aa  158  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.605561  normal  0.183245 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3375  MscS Mechanosensitive ion channel  35.33 
 
 
426 aa  157  3e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126679  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2527  MscS mechanosensitive ion channel  34.04 
 
 
427 aa  157  5e-37  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2876  MscS mechanosensitive ion channel  31.51 
 
 
456 aa  156  7e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2451  hypothetical protein  34.88 
 
 
447 aa  154  4e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2739  MscS mechanosensitive ion channel  33.33 
 
 
457 aa  152  1e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5840  MscS mechanosensitive ion channel  37.46 
 
 
454 aa  151  2e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.770857 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3407  MscS mechanosensitive ion channel  32.44 
 
 
832 aa  150  4e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.121329  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3066  MscS mechanosensitive ion channel  34.01 
 
 
452 aa  150  4e-35  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1897  MscS mechanosensitive ion channel  37.46 
 
 
461 aa  148  2e-34  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2595  hypothetical protein  33.13 
 
 
422 aa  147  2e-34  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0637117  normal  0.346925 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01467  mechanosensitive ion channel family protein  30.23 
 
 
441 aa  147  4e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.619169  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2316  mechanosensitive ion channel family protein  31.75 
 
 
291 aa  145  1e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.176359  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2167  MscS mechanosensitive ion channel  34.8 
 
 
437 aa  145  1e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.880536  normal 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2101  MscS Mechanosensitive ion channel  27.86 
 
 
299 aa  144  2e-33  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  hitchhiker  1.72333e-05  normal  0.177745 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2508  MscS mechanosensitive ion channel  37.12 
 
 
461 aa  144  4e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.38707  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2533  MscS mechanosensitive ion channel  37.12 
 
 
505 aa  144  5e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.173747 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0935  MscS mechanosensitive ion channel  31.18 
 
 
845 aa  143  7e-33  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2608  mechanosensitive ion channel family protein  33.61 
 
 
825 aa  142  1e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.349131  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0787  MscS mechanosensitive ion channel  32.14 
 
 
462 aa  140  5e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.739762  normal  0.0384222 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3910  hypothetical protein  30.45 
 
 
301 aa  140  5e-32  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1599  MscS Mechanosensitive ion channel  35.15 
 
 
862 aa  137  3e-31  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2622  MscS mechanosensitive ion channel  29.91 
 
 
412 aa  137  4e-31  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3304  MscS Mechanosensitive ion channel  28.11 
 
 
1235 aa  137  5e-31  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.23554  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2811  MscS mechanosensitive ion channel  34.15 
 
 
427 aa  136  8e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.159605  normal  0.231648 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2300  MscS Mechanosensitive ion channel  34.15 
 
 
427 aa  136  8e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2988  putative small-conductance mechanosensitive channel  28.21 
 
 
806 aa  136  9e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  decreased coverage  5.10417e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3013  MscS mechanosensitive ion channel  29.78 
 
 
843 aa  134  3e-30  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2094  MscS mechanosensitive ion channel  34.13 
 
 
860 aa  131  2e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.183403  normal  0.195823 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2581  MscS mechanosensitive ion channel  31.98 
 
 
298 aa  130  3e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.391196  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2983  Small-conductance mechanosensitive channel-like protein  28.66 
 
 
1144 aa  130  7e-29  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1465  hypothetical protein  34.54 
 
 
753 aa  129  1e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0209  MscS mechanosensitive ion channel  27.95 
 
 
685 aa  127  3e-28  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0673077 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1800  MscS mechanosensitive ion channel  32.51 
 
 
859 aa  127  4e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000387595 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0553  MscS mechanosensitive ion channel  31.71 
 
 
874 aa  127  5e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.362584 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1453  MscS mechanosensitive ion channel  30.4 
 
 
1105 aa  126  7e-28  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3862  MscS mechanosensitive ion channel  28.57 
 
 
830 aa  126  8e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.725538  normal  0.276406 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1311  MscS Mechanosensitive ion channel  29.23 
 
 
636 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1339  MscS Mechanosensitive ion channel  29.23 
 
 
636 aa  125  1e-27  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  hitchhiker  3.23872e-05 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3172  MscS Mechanosensitive ion channel  31.96 
 
 
784 aa  125  2e-27  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2215  small-conductance mechanosensitive channel-like  31.28 
 
 
431 aa  124  3e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0212215  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4708  hypothetical protein  31.08 
 
 
1108 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.749013  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4744  hypothetical protein  31.08 
 
 
1108 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4625  hypothetical protein  31.08 
 
 
1108 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.288253  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_5091  MscS Mechanosensitive ion channel  29.5 
 
 
637 aa  124  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.00148956  normal  0.0183068 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4765  hypothetical protein  31.08 
 
 
1108 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.514219  normal  0.17769 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4616  hypothetical protein  31.08 
 
 
1108 aa  124  3e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.115019  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1461  MscS Mechanosensitive ion channel  24.73 
 
 
785 aa  124  4e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0914  MscS mechanosensitive ion channel  25.17 
 
 
842 aa  124  4e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00707445 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2151  MscS mechanosensitive ion channel  29.69 
 
 
1158 aa  123  6e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1784  mechanosensitive ion channel family protein  24.38 
 
 
891 aa  123  7e-27  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0345  hypothetical protein  28.85 
 
 
1103 aa  123  8e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.742298  unclonable  4.73028e-06 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0145  MscS Mechanosensitive ion channel  31.71 
 
 
795 aa  122  1e-26  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.584574 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1934  mechanosensitive ion channel family protein  27.34 
 
 
287 aa  122  1e-26  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.117079  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0421  hypothetical protein  30.14 
 
 
1115 aa  122  2e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.693078  hitchhiker  1.7841e-06 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2010  MscS Mechanosensitive ion channel  28.71 
 
 
447 aa  122  2e-26  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0384  mechanosensitive ion channel  30.14 
 
 
752 aa  121  3e-26  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2035  MscS Mechanosensitive ion channel  28.23 
 
 
447 aa  120  5e-26  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.200455  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2560  small-conductance mechanosensitive channel-like  30.33 
 
 
440 aa  120  5e-26  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4401  hypothetical protein  29.21 
 
 
1107 aa  120  6e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.199255  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5675  hypothetical protein  29.21 
 
 
1107 aa  119  7e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00234961  normal  0.548719 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03991  hypothetical protein  29.21 
 
 
1107 aa  120  7e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.391275  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3851  hypothetical protein  29.21 
 
 
1107 aa  120  7e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00332968 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04029  predicted mechanosensitive channel  29.21 
 
 
1107 aa  120  7e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.475668  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4716  hypothetical protein  29.21 
 
 
1107 aa  120  7e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00612141  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>