More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0056 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_0580  potassium/proton antiporter  81.27 
 
 
598 aa  950  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.316248  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0157  potassium/proton antiporter  91.79 
 
 
596 aa  1073  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0337  potassium/proton antiporter  78.86 
 
 
597 aa  919  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.529222 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0056  potassium/proton antiporter  100 
 
 
597 aa  1165  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0432  potassium/proton antiporter  78.56 
 
 
597 aa  916  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0393  potassium/proton antiporter  88.11 
 
 
597 aa  988  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7379  potassium/proton antiporter  79.4 
 
 
597 aa  936  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4559  potassium/proton antiporter  49.91 
 
 
592 aa  487  1e-136  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.875877  normal  0.221715 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0921  sodium/hydrogen exchanger  47.29 
 
 
574 aa  451  1e-125  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0538395  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0583  sodium/hydrogen exchanger  45.65 
 
 
572 aa  429  1e-119  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0572  sodium/hydrogen exchanger  44.5 
 
 
575 aa  426  1e-118  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0500  sodium/hydrogen exchanger  43.59 
 
 
608 aa  419  1e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0245914  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2255  sodium/hydrogen exchanger  44.66 
 
 
573 aa  413  1e-114  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.272655  normal  0.399267 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0657  potassium/proton antiporter  40.38 
 
 
597 aa  399  1e-109  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.0833853 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1831  sodium/hydrogen exchanger  42.61 
 
 
598 aa  389  1e-107  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000205605 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3634  potassium/proton antiporter  40.41 
 
 
626 aa  387  1e-106  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.698781  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1079  potassium/proton antiporter  41.74 
 
 
610 aa  387  1e-106  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0500  sodium/hydrogen exchanger family protein  41.71 
 
 
578 aa  384  1e-105  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.76767 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0884  potassium/proton antiporter  40.14 
 
 
574 aa  377  1e-103  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.00781318  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0944  potassium/proton antiporter  39.55 
 
 
576 aa  377  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.542405 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3071  potassium/proton antiporter  39.44 
 
 
574 aa  377  1e-103  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.57549  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0122  sodium/hydrogen exchanger  41.81 
 
 
570 aa  377  1e-103  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0847  potassium/proton antiporter  40.14 
 
 
574 aa  379  1e-103  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  1.12338e-05  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5023  sodium/hydrogen exchanger family protein  39.06 
 
 
598 aa  377  1e-103  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3438  potassium/proton antiporter  40.47 
 
 
616 aa  377  1e-103  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2276  potassium/proton antiporter  38.68 
 
 
581 aa  377  1e-103  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0543146  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3088  potassium/proton antiporter  40.14 
 
 
574 aa  377  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0092711  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3747  potassium/proton antiporter  40.14 
 
 
574 aa  378  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0502  potassium/proton antiporter  39.06 
 
 
580 aa  376  1e-103  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3425  potassium/proton antiporter  39.37 
 
 
576 aa  375  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.0240027  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0935  potassium/proton antiporter  39.3 
 
 
576 aa  375  1e-102  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.108607  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002210  NhaP-type Na+/H+ and K+/H+ antiporter  38.54 
 
 
581 aa  374  1e-102  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.90325  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0762  potassium/proton antiporter  39.27 
 
 
576 aa  375  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0910  potassium/proton antiporter  39.37 
 
 
576 aa  375  1e-102  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.490198  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1549  potassium/proton antiporter  39.97 
 
 
575 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1658  potassium/proton antiporter  39.97 
 
 
575 aa  370  1e-101  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3240  potassium/proton antiporter  40.66 
 
 
624 aa  367  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.526693 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3537  potassium/proton antiporter  40.84 
 
 
624 aa  366  1e-100  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2361  potassium/proton antiporter  39.75 
 
 
577 aa  368  1e-100  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.325914  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5116  potassium/proton antiporter  39.51 
 
 
580 aa  364  2e-99  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5066  potassium/proton antiporter  39.51 
 
 
580 aa  363  4e-99  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0400  potassium/proton antiporter  39.51 
 
 
580 aa  363  4e-99  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.763312 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4939  potassium/proton antiporter  39.51 
 
 
580 aa  363  4e-99  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0729  potassium/proton antiporter  40.42 
 
 
572 aa  362  9e-99  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1867  potassium/proton antiporter  38.22 
 
 
573 aa  362  2e-98  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0560  potassium/proton antiporter  39.65 
 
 
581 aa  361  3e-98  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.761529  hitchhiker  4.16087e-08 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1999  potassium/proton antiporter  38.3 
 
 
577 aa  360  6e-98  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.861236  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0446  potassium/proton antiporter  39.58 
 
 
580 aa  359  8e-98  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0536009  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0827  sodium/hydrogen exchanger  41.67 
 
 
605 aa  358  2e-97  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0583075 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1943  potassium/proton antiporter  38.13 
 
 
577 aa  357  3e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00285963  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1332  potassium/proton antiporter  38.13 
 
 
577 aa  357  3e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  6.12144e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1517  potassium/proton antiporter  38.13 
 
 
577 aa  357  3e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.044428  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3821  potassium/proton antiporter  39.41 
 
 
574 aa  357  3e-97  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  2.59426e-06  hitchhiker  0.000169781 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1939  potassium/proton antiporter  38.13 
 
 
577 aa  357  3e-97  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.058645  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0846  transporter-associated region:TrkA-C:Sodium/hydrogen exchanger  40.95 
 
 
588 aa  355  2e-96  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1336  potassium/proton antiporter  39.79 
 
 
578 aa  352  1e-95  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000106159  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1349  potassium/proton antiporter  39.79 
 
 
578 aa  352  1e-95  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.401684  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1957  potassium/proton antiporter  39.79 
 
 
578 aa  352  1e-95  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0260417  normal  0.308586 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1678  potassium/proton antiporter  39.79 
 
 
578 aa  352  1e-95  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  1.13521e-05  normal  0.874424 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01166  potassium/proton antiporter  39.45 
 
 
578 aa  350  6e-95  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.106351  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2434  potassium/proton antiporter  39.45 
 
 
578 aa  350  6e-95  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.010009  normal  0.436306 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01176  hypothetical protein  39.45 
 
 
578 aa  350  6e-95  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0803034  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1294  potassium/proton antiporter  39.45 
 
 
578 aa  350  6e-95  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.000808232  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2457  sodium/hydrogen exchanger  39.45 
 
 
578 aa  350  6e-95  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  3.99384e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5758  potassium/proton antiporter  39.72 
 
 
580 aa  347  3e-94  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45090  potassium/proton antiporter  39.34 
 
 
582 aa  347  3e-94  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00181989  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1930  potassium/proton antiporter  39.08 
 
 
569 aa  337  3e-91  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.401785  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3191  potassium/proton antiporter  38.14 
 
 
580 aa  332  9e-90  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.943195  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0550  sodium/hydrogen exchanger  38.12 
 
 
541 aa  328  1e-88  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66380  potassium/proton antiporter  38.99 
 
 
538 aa  320  4e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1841  Na(+)/H(+) exchanger  37.21 
 
 
485 aa  298  3e-79  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.42634  hitchhiker  0.00748386 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1466  sodium/hydrogen exchanger  38.05 
 
 
487 aa  291  2e-77  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.576685  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03170  cell volume regulation protein CvrA  38.11 
 
 
485 aa  290  8e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0966  potassium/proton antiporter  35.19 
 
 
596 aa  286  8e-76  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.230877  unclonable  4.31742e-05 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0650  potassium/proton antiporter  36.4 
 
 
590 aa  281  3e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3454  potassium/proton antiporter  38.82 
 
 
509 aa  280  4e-74  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.00729546  normal  0.358 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1035  potassium/proton antiporter  39 
 
 
483 aa  276  1e-72  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1590  potassium/proton antiporter  33.69 
 
 
498 aa  275  2e-72  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.609323  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0407  potassium/proton antiporter  38.49 
 
 
486 aa  273  6e-72  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.495315  normal 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1689  hypothetical protein  37.24 
 
 
445 aa  271  2e-71  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0908  potassium/proton antiporter  38.15 
 
 
497 aa  266  6e-70  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.709599  n/a   
 
 
-
 
NC_007968  Pcryo_2517  potassium/proton antiporter  34.52 
 
 
590 aa  263  6e-69  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1203  potassium/proton antiporter  37.66 
 
 
486 aa  261  2e-68  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.195277  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0915  sodium/hydrogen exchanger  41.3 
 
 
490 aa  259  1e-67  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.101671  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0919  sodium/hydrogen exchanger  41.09 
 
 
490 aa  257  5e-67  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0469679  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0768  potassium/proton antiporter  34.71 
 
 
478 aa  256  8e-67  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0154146  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0757  potassium/proton antiporter  35.97 
 
 
481 aa  255  2e-66  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  hitchhiker  0.00299818  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0381  potassium/proton antiporter  38.72 
 
 
506 aa  253  5e-66  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2920  potassium/proton antiporter  31.22 
 
 
477 aa  250  4e-65  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0870  Sodium/hydrogen exchanger  41.09 
 
 
490 aa  249  1e-64  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0640  sodium/hydrogen exchanger  46.42 
 
 
411 aa  245  2e-63  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0222  potassium/proton antiporter  39.22 
 
 
499 aa  241  3e-62  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0746  potassium/proton antiporter  38.74 
 
 
498 aa  239  1e-61  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2252  sodium/hydrogen exchanger  42.86 
 
 
414 aa  238  3e-61  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.976938  normal  0.212899 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0160  potassium/proton antiporter  38.07 
 
 
498 aa  236  9e-61  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.719209 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2399  sodium/hydrogen exchanger  39.23 
 
 
530 aa  234  2e-60  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00231654 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3190  sodium/hydrogen exchanger  35.88 
 
 
498 aa  234  4e-60  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2947  sodium/hydrogen exchanger  38.57 
 
 
535 aa  231  3e-59  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0927  sodium/hydrogen exchanger  40.41 
 
 
492 aa  230  6e-59  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.274458 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0112  sodium/hydrogen exchanger  28.63 
 
 
527 aa  229  9e-59  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>