63 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0051 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0051  penicillin-insensitive murein endopeptidase  100 
 
 
318 aa  645  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0158  penicillin-insensitive murein endopeptidase  88.36 
 
 
317 aa  514  1e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0394  penicillin-insensitive murein endopeptidase  76.18 
 
 
320 aa  473  1e-132  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0341  penicillin-insensitive murein endopeptidase  77.56 
 
 
350 aa  456  1e-127  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.453841 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0437  penicillin-insensitive murein endopeptidase  73.42 
 
 
320 aa  451  1e-125  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.374633  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0581  penicillin-insensitive murein endopeptidase  77.32 
 
 
312 aa  435  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.29607  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7377  penicillin-insensitive murein endopeptidase  66.67 
 
 
313 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3296  penicillin-insensitive murein endopeptidase  65.4 
 
 
307 aa  371  1e-102  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00347762 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1139  penicillin-insensitive murein endopeptidase  65.4 
 
 
307 aa  370  1e-101  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0305084  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2176  penicillin-insensitive murein endopeptidase  64.11 
 
 
311 aa  365  1e-100  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.543543 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3607  penicillin-insensitive murein endopeptidase  63.99 
 
 
309 aa  360  1e-98  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.367443  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3484  penicillin-insensitive murein endopeptidase  63.67 
 
 
309 aa  358  5e-98  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.395907 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3284  penicillin-insensitive murein endopeptidase  63.29 
 
 
309 aa  357  1e-97  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4516  penicillin-insensitive murein endopeptidase  63.29 
 
 
306 aa  356  3e-97  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5739  penicillin-insensitive murein endopeptidase  62.02 
 
 
324 aa  353  2e-96  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0450  penicillin-insensitive murein endopeptidase  61.75 
 
 
318 aa  349  3e-95  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.100196  normal  0.0724042 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3098  penicillin-insensitive murein endopeptidase  65.9 
 
 
309 aa  348  7e-95  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3367  penicillin-insensitive murein endopeptidase  56.93 
 
 
355 aa  307  2e-82  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3596  penicillin-insensitive murein endopeptidase  54.72 
 
 
345 aa  303  2e-81  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1047  penicillin-insensitive murein endopeptidase  53.9 
 
 
340 aa  289  3e-77  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.203239  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0985  penicillin-insensitive murein endopeptidase  54.28 
 
 
340 aa  290  3e-77  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1334  penicillin-insensitive murein endopeptidase  55.76 
 
 
310 aa  283  2e-75  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4445  penicillin-insensitive murein endopeptidase  52.79 
 
 
358 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.710373 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4131  penicillin-insensitive murein endopeptidase  48.86 
 
 
358 aa  269  4e-71  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0461915  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0241  penicillin-insensitive murein endopeptidase  51.44 
 
 
336 aa  268  6e-71  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.264656  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3338  penicillin-insensitive murein endopeptidase  45.07 
 
 
296 aa  250  2e-65  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2663  penicillin-insensitive murein endopeptidase  45.93 
 
 
307 aa  241  1e-62  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0021  penicillin-insensitive murein endopeptidase  44.68 
 
 
293 aa  234  2e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2659  penicillin-insensitive murein endopeptidase  44.96 
 
 
290 aa  234  2e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.578281  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1363  penicillin-insensitive murein endopeptidase  44.33 
 
 
294 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0031  penicillin-insensitive murein endopeptidase  44.33 
 
 
294 aa  227  2e-58  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0344  penicillin-insensitive murein endopeptidase  41.64 
 
 
300 aa  223  4e-57  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1204  penicillin-insensitive murein endopeptidase  45.42 
 
 
279 aa  216  3e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.107398  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2485  penicillin-insensitive murein endopeptidase  41.8 
 
 
274 aa  187  2e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.765276  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2876  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.48 
 
 
274 aa  187  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0818548  normal  0.124229 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1346  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.48 
 
 
269 aa  186  4e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.526818  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2625  penicillin-insensitive murein endopeptidase  41.06 
 
 
274 aa  184  2e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.644795  hitchhiker  4.97544e-07 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1406  penicillin-insensitive murein endopeptidase  39.68 
 
 
275 aa  182  7e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.277424  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1515  penicillin-insensitive murein endopeptidase  39.68 
 
 
268 aa  182  7e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1328  peptidase U6 penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.57 
 
 
274 aa  182  7e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0376  penicillin-insensitive murein endopeptidase  39.68 
 
 
268 aa  182  7e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02253  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.57 
 
 
274 aa  182  9e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2592  penicillin-insensitive murein endopeptidase  38.49 
 
 
276 aa  182  9e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02213  hypothetical protein  40.57 
 
 
274 aa  182  9e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2480  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.57 
 
 
274 aa  181  1e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3469  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.57 
 
 
274 aa  181  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2736  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.65 
 
 
274 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2523  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.65 
 
 
274 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2612  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.65 
 
 
274 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.728479 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2572  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.65 
 
 
274 aa  181  1e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2623  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.57 
 
 
274 aa  181  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2706  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.57 
 
 
274 aa  181  1e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1324  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.57 
 
 
274 aa  181  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2810  penicillin-insensitive murein endopeptidase  38.89 
 
 
281 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.206601  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004390  murein endopeptidase  39.92 
 
 
278 aa  180  3e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3373  penicillin-insensitive murein endopeptidase  39.29 
 
 
275 aa  179  5e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.903399  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01020  penicillin-insensitive murein endopeptidase  39.18 
 
 
282 aa  177  2e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1690  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.29 
 
 
279 aa  177  3e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1454  penicillin-insensitive murein endopeptidase  38.1 
 
 
281 aa  175  7e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0543  penicillin-insensitive murein endopeptidase  39.15 
 
 
294 aa  173  3e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0560  penicillin-insensitive murein endopeptidase  40.83 
 
 
278 aa  170  3e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6120  penicillin-insensitive murein endopeptidase  33.68 
 
 
299 aa  159  8e-38  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.408922  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6708  hypothetical protein  24.4 
 
 
316 aa  48.1  0.0002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>