218 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0048 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0035  amine oxidase  73.45 
 
 
485 aa  637  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0161  twin-arginine translocation pathway signal  77.52 
 
 
474 aa  681  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0048  twin-arginine translocation pathway signal  100 
 
 
476 aa  928  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.708369  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0443  twin-arginine translocation pathway signal  68.87 
 
 
476 aa  582  1e-165  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0063  amine oxidase  62.61 
 
 
480 aa  536  1e-151  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.203976 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0209  amine oxidoreductase domain-containing protein  65.99 
 
 
469 aa  533  1e-150  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0071  twin-arginine translocation pathway signal  64.48 
 
 
504 aa  521  1e-147  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0204  amine oxidase  37.08 
 
 
463 aa  245  1e-63  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0423387  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0203  amine oxidase  40.15 
 
 
450 aa  241  2e-62  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.14169  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2453  amine oxidase  39.29 
 
 
425 aa  191  3e-47  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.950724  normal  0.0836974 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0575  amine oxidase  35.95 
 
 
442 aa  169  1e-40  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1419  amine oxidase  36.01 
 
 
419 aa  164  2e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.413429  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0585  amine oxidase  33.93 
 
 
442 aa  164  3e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.991791  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0104  amine oxidase  33.02 
 
 
422 aa  161  2e-38  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0613  amine oxidase  33.66 
 
 
419 aa  160  5e-38  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.490888  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0698  amine oxidase  35.44 
 
 
414 aa  159  7e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.613915  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0489  amine oxidase  34.76 
 
 
456 aa  156  8e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0413  amine oxidase  34.59 
 
 
422 aa  155  1e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0549  amine oxidase  33.33 
 
 
450 aa  152  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.281302  normal  0.915784 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0261  hypothetical protein  32.38 
 
 
415 aa  150  5e-35  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.794532  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5306  amine oxidase  33.42 
 
 
409 aa  148  3e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2233  amine oxidase  36.34 
 
 
434 aa  147  4e-34  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0743875 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2690  amine oxidase  34.54 
 
 
458 aa  142  2e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0389849  normal  0.435459 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0377  amine oxidase  35.89 
 
 
457 aa  133  6e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0038  amine oxidase  31 
 
 
413 aa  133  8e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1155  hypothetical protein  25.91 
 
 
495 aa  132  1e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1160  hypothetical protein  25.62 
 
 
495 aa  131  3e-29  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0744  amine oxidase  30.31 
 
 
420 aa  131  3e-29  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0115844 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1664  amine oxidase  31.17 
 
 
422 aa  130  4e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.155004  normal  0.105212 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0785  amine oxidase  34.09 
 
 
417 aa  129  1e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.0940413  normal  0.297014 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5659  amine oxidase  33.73 
 
 
422 aa  128  2e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.436535  normal 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4715  amine oxidase  30.54 
 
 
466 aa  128  2e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0990147 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2074  amine oxidase  29.27 
 
 
479 aa  128  3e-28  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5276  amine oxidase  34.84 
 
 
424 aa  127  5e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4367  amine oxidase  33.25 
 
 
463 aa  127  6e-28  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4843  amine oxidase  33.25 
 
 
420 aa  124  3e-27  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0312  amine oxidase  33.01 
 
 
430 aa  122  1e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6595  amine oxidase  33.98 
 
 
423 aa  122  1e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  decreased coverage  3.26859e-05 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4388  amine oxidase  31.15 
 
 
445 aa  120  4e-26  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.48846  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1769  amine oxidase  30.69 
 
 
412 aa  119  1e-25  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.998946  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1384  amine oxidase  32.17 
 
 
429 aa  117  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.120494 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2283  Polyamine oxidase  32.24 
 
 
427 aa  116  7e-25  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.844558 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4699  amine oxidase  29.79 
 
 
445 aa  115  3e-24  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0922876  normal  0.472473 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2278  amine oxidase  31.21 
 
 
435 aa  113  9e-24  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.682646 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1418  polyamine oxidase  25.17 
 
 
436 aa  109  1e-22  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.103525  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1319  amine oxidase  28.07 
 
 
470 aa  106  1e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3036  amine oxidase  30.71 
 
 
439 aa  96.7  9e-19  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0433147 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1349  amine oxidase  27.4 
 
 
468 aa  95.1  2e-18  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4579  amine oxidase  30.32 
 
 
438 aa  95.1  2e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.130535  n/a   
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4710  amine oxidase  29.65 
 
 
481 aa  92.4  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.173844  normal  0.0970024 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2955  amine oxidase  27.23 
 
 
413 aa  91.7  3e-17  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  1.6357e-05  unclonable  4.69192e-08 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1280  amine oxidase  27.29 
 
 
433 aa  85.1  2e-15  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009373  OSTLU_42289  amine oxidase  23.74 
 
 
628 aa  84.3  4e-15  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.317329  decreased coverage  2.82984e-09 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1467  amine oxidase  27 
 
 
463 aa  81.3  4e-14  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.188757  normal  0.518074 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2925  amine oxidase  30.02 
 
 
418 aa  81.3  4e-14  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.183611  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2472  amine oxidase  25.64 
 
 
459 aa  75.9  1e-12  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009357  OSTLU_30688  amine oxidase  27.57 
 
 
1199 aa  75.1  3e-12  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  normal  0.602004 
 
 
-
 
NC_011672  PHATRDRAFT_51708  flavin-containing amine oxidase  22.38 
 
 
418 aa  74.3  4e-12  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.771293  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3628  amine oxidase  30.66 
 
 
465 aa  73.6  8e-12  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.533226  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3468  amine oxidase  29.5 
 
 
436 aa  68.2  3e-10  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.43202  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2535  amine oxidase  28.34 
 
 
429 aa  65.5  2e-09  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1822  amine oxidase  28.54 
 
 
445 aa  65.5  2e-09  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0586  amine oxidase  25.67 
 
 
427 aa  64.7  3e-09  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1963  amine oxidase  28.12 
 
 
446 aa  64.3  4e-09  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.144326  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2620  amine oxidase  28.31 
 
 
451 aa  61.2  4e-08  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.794942  n/a   
 
 
-
 
NC_009358  OSTLU_30946  predicted protein  24.74 
 
 
484 aa  60.8  5e-08  Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  hitchhiker  0.00734662  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0389  amine oxidase  25.6 
 
 
449 aa  60.8  5e-08  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.22597  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2278  amine oxidase  22.73 
 
 
464 aa  60.8  6e-08  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.381011  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3293  amine oxidase  24.23 
 
 
422 aa  60.1  9e-08  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.0007527  hitchhiker  0.000210093 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3282  amine oxidase  28.62 
 
 
451 aa  58.5  3e-07  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.13115  normal  0.103215 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03580  lysine-specific histone demethylase Aof2, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G13000)  28.31 
 
 
1274 aa  57.8  4e-07  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.506255  normal 
 
 
-
 
NC_011678  PHATRDRAFT_46399  predicted protein  29.25 
 
 
408 aa  57.4  6e-07  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4856  amine oxidase  24.49 
 
 
619 aa  57.4  6e-07  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.314626  normal  0.125904 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4983  amine oxidase  24.77 
 
 
619 aa  56.6  9e-07  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06658  flavin containing polyamine oxidase, putative (AFU_orthologue; AFUA_6G03510)  23.48 
 
 
536 aa  56.2  1e-06  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.182585  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4501  amine oxidase  27.59 
 
 
446 aa  55.8  1e-06  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.129259  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5032  amine oxidase  24.26 
 
 
616 aa  55.1  3e-06  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1866  amine oxidase  44.16 
 
 
447 aa  54.7  4e-06  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.591896  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6833  amine oxidase  24.77 
 
 
532 aa  54.3  5e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.574218  normal  0.40808 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4367  amine oxidase (flavin-containing)  25.55 
 
 
494 aa  53.9  7e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2742  twin-arginine translocation pathway signal  24.9 
 
 
490 aa  52.8  1e-05  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00724146  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2285  FAD dependent oxidoreductase  48.15 
 
 
314 aa  52.8  1e-05  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0536  FAD dependent oxidoreductase  47.46 
 
 
342 aa  52.4  2e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.84854  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0540  FAD dependent oxidoreductase  47.46 
 
 
342 aa  52.4  2e-05  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0482  amine oxidase  23.54 
 
 
565 aa  52.4  2e-05  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23230  Flavin containing amine oxidoreductase  49.28 
 
 
415 aa  52.4  2e-05  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.807494  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5812  amine oxidase; FAD dependent oxidoreductase  25.33 
 
 
494 aa  52.8  2e-05  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.377478  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1906  amine oxidase (flavin-containing)  54.55 
 
 
487 aa  52.4  2e-05  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.46762  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5048  twin-arginine translocation pathway signal  25.33 
 
 
578 aa  52.4  2e-05  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0507  FAD dependent oxidoreductase  45.45 
 
 
342 aa  52.4  2e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.770202  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_26240  monoamine oxidase  47.83 
 
 
418 aa  51.6  3e-05  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.67782  normal  0.0649912 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5634  amine oxidase, flavin-containing  25.63 
 
 
407 aa  51.2  4e-05  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0493824  normal  0.227831 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0040  amine oxidase  27.27 
 
 
463 aa  50.8  5e-05  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009043  PICST_57813  predicted protein  39.74 
 
 
494 aa  50.8  5e-05  Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  0.266253  normal  0.196096 
 
 
-
 
NC_006681  CNL05890  conserved hypothetical protein  32.61 
 
 
492 aa  50.8  5e-05  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.314478  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3178  amine oxidase  26.89 
 
 
426 aa  50.8  5e-05  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1580  amine oxidase (flavin-containing)  42.31 
 
 
450 aa  50.4  6e-05  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1556  amine oxidase (flavin-containing)  42.31 
 
 
450 aa  50.4  6e-05  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5789  amine oxidase  25.4 
 
 
444 aa  50.4  7e-05  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0455  amine oxidase  23.27 
 
 
624 aa  50.4  7e-05  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>