More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0044 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0044  50S ribosomal protein L20  100 
 
 
119 aa  233  6e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0165  50S ribosomal protein L20  95.33 
 
 
119 aa  207  3e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.520303  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0215  50S ribosomal protein L20  87.39 
 
 
119 aa  207  4e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.901812  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0039  50S ribosomal protein L20  95.33 
 
 
119 aa  207  5e-53  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0448  50S ribosomal protein L20  94.34 
 
 
119 aa  203  6e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0075  50S ribosomal protein L20  93.46 
 
 
119 aa  187  4e-47  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0067  50S ribosomal protein L20  91.59 
 
 
119 aa  182  1e-45  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.693382  normal  0.10017 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5553  50S ribosomal protein L20  76.47 
 
 
125 aa  181  3e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.129523  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1608  50S ribosomal protein L20  77.78 
 
 
121 aa  180  6e-45  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.248279  normal  0.0149786 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1836  50S ribosomal protein L20  75.63 
 
 
119 aa  180  6e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0576355 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1628  50S ribosomal protein L20  76.92 
 
 
121 aa  179  1e-44  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0736554  hitchhiker  0.00508977 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3485  50S ribosomal protein L20  76.27 
 
 
134 aa  179  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.500109  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4269  50S ribosomal protein L20  76.92 
 
 
134 aa  177  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4534  50S ribosomal protein L20  76.07 
 
 
134 aa  176  8e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.190026 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3043  50S ribosomal protein L20  72.88 
 
 
121 aa  176  8e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.243638  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1932  50S ribosomal protein L20  75 
 
 
120 aa  174  3e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  decreased coverage  0.00425676  normal  0.0301455 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1314  50S ribosomal protein L20  74.36 
 
 
133 aa  174  4e-43  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1191  50S ribosomal protein L20  74.79 
 
 
119 aa  174  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0206  50S ribosomal protein L20  74.58 
 
 
134 aa  174  5e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5320  50S ribosomal protein L20  72.27 
 
 
125 aa  173  6e-43  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0625876 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2035  50S ribosomal protein L20  73.5 
 
 
134 aa  171  3e-42  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2120  50S ribosomal protein L20  73.5 
 
 
134 aa  171  3e-42  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.28003  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0800  50S ribosomal protein L20  73.5 
 
 
134 aa  171  4e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0674  50S ribosomal protein L20  71.79 
 
 
133 aa  170  5e-42  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3153  50S ribosomal protein L20  79.25 
 
 
125 aa  170  5e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0219  ribosomal protein L20  69.23 
 
 
118 aa  169  2e-41  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1910  50S ribosomal protein L20  77.67 
 
 
121 aa  162  2e-39  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.384127 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0490  50S ribosomal protein L20  68.64 
 
 
119 aa  161  4e-39  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.397114  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2431  50S ribosomal protein L20  68.38 
 
 
125 aa  160  5e-39  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.500057  normal  0.976562 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2105  50S ribosomal protein L20  70.59 
 
 
119 aa  160  8e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.136209  normal  0.230589 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2851  50S ribosomal protein L20  69.75 
 
 
119 aa  158  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0110251 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3022  50S ribosomal protein L20  67.23 
 
 
119 aa  158  3e-38  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1374  50S ribosomal protein L20  67.23 
 
 
119 aa  157  5e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.107797  normal  0.806931 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1402  50S ribosomal protein L20  67.23 
 
 
119 aa  157  5e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.274987  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2753  50S ribosomal protein L20  67.23 
 
 
119 aa  157  5e-38  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0178087  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1362  50S ribosomal protein L20  67.23 
 
 
119 aa  157  5e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.626846  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0231  50S ribosomal protein L20  66.94 
 
 
121 aa  155  2e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1738  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  154  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.183281  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1776  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  154  3e-37  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.462713 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1455  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  154  3e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.324727  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1163  50S ribosomal protein L20  66.95 
 
 
118 aa  154  3e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.322945  normal  0.917296 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1536  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  154  3e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.25728  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0200  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  154  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00269198  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1555  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  154  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1478  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  154  3e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.727027  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1715  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  154  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.179133  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1093  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  154  3e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0111531  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0996  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  154  3e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0966  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  154  3e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.215823  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2513  50S ribosomal protein L20  66.94 
 
 
121 aa  154  3e-37  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1278  50S ribosomal protein L20  66.95 
 
 
118 aa  154  3e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.144087  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4618  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  154  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0133372  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1893  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  154  3e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.292968  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2592  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  154  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.808755  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1748  50S ribosomal protein L20  68.64 
 
 
118 aa  154  6e-37  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0111676 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2000  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
120 aa  153  8e-37  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0210248  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2939  50S ribosomal protein L20  64.1 
 
 
121 aa  153  1e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.774249 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0765  50S ribosomal protein L20P  63.03 
 
 
119 aa  152  2e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.9715  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1010  50S ribosomal protein L20  65.55 
 
 
119 aa  152  2e-36  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0761247  hitchhiker  0.00845124 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1451  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  151  3e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1339  50S ribosomal protein L20  66.39 
 
 
119 aa  150  4e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2397  50S ribosomal protein L20  65.55 
 
 
119 aa  150  5e-36  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.703088  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2856  50S ribosomal protein L20  64.71 
 
 
120 aa  150  8e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.366682  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1664  50S ribosomal protein L20  67.8 
 
 
118 aa  150  8e-36  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1974  50S ribosomal protein L20  65.25 
 
 
118 aa  149  9e-36  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1873  50S ribosomal protein L20  64.71 
 
 
119 aa  149  1e-35  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.855478  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1143  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 
119 aa  149  1e-35  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  3.41848e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0686  50S ribosomal protein L20  66.06 
 
 
120 aa  149  1e-35  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.499897  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1644  50S ribosomal protein L20  64.41 
 
 
118 aa  149  2e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.187432  normal  0.12551 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3092  50S ribosomal protein L20  65.25 
 
 
119 aa  149  2e-35  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.493016  normal  0.0864607 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0366  50S ribosomal protein L20P  62.39 
 
 
117 aa  148  3e-35  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  7.02723e-07  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0129  50S ribosomal protein L20P  62.39 
 
 
118 aa  148  3e-35  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.049531  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0215  50S ribosomal protein L20  63.25 
 
 
117 aa  147  4e-35  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0625735  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1580  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 
118 aa  147  5e-35  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4613  50S ribosomal protein L20  63.03 
 
 
119 aa  146  9e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.167314  hitchhiker  0.00727098 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0451  50S ribosomal protein L20  63.87 
 
 
119 aa  145  2e-34  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0915  ribosomal protein L20  63.03 
 
 
119 aa  144  4e-34  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2381  ribosomal protein L20  64.41 
 
 
118 aa  144  5e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.153219  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2165  50S ribosomal protein L20  64.41 
 
 
118 aa  144  5e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000386102  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1934  50S ribosomal protein L20  64.41 
 
 
118 aa  144  5e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000268188  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2123  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 
119 aa  143  6e-34  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  3.59041e-07  normal  0.016896 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3092  50S ribosomal protein L20  62.18 
 
 
119 aa  143  7e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.907981  normal  0.0375631 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2029  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 
119 aa  143  8e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000108915  hitchhiker  2.36508e-05 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1802  50S ribosomal protein L20  64.66 
 
 
117 aa  143  9e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.0021941  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1979  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 
118 aa  143  9e-34  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0347964  normal  0.0774628 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3478  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 
118 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0800064  hitchhiker  0.00881726 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3222  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 
118 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.888026 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1970  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 
118 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0648376  hitchhiker  0.00701004 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2468  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 
118 aa  142  1e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0164678  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_28680  50S ribosomal protein L20  62.71 
 
 
118 aa  142  2e-33  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  5.31022e-10 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20450  50S ribosomal protein L20  63.56 
 
 
118 aa  142  2e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.834025  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2507  50S ribosomal protein L20  62.71 
 
 
118 aa  142  2e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2488  50S ribosomal protein L20  61.02 
 
 
119 aa  140  4e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  8.2554e-06  hitchhiker  7.96215e-05 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2317  50S ribosomal protein L20  61.86 
 
 
118 aa  140  5e-33  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  4.05852e-10  normal  0.195139 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0430  ribosomal protein L20  58.47 
 
 
119 aa  140  6e-33  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3522  50S ribosomal protein L20  58.12 
 
 
125 aa  140  8e-33  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0363328  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2260  50S ribosomal protein L20  61.02 
 
 
119 aa  139  9e-33  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  5.55159e-11  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2302  50S ribosomal protein L20  60.68 
 
 
118 aa  139  1e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2018  50S ribosomal protein L20  60.68 
 
 
118 aa  139  1e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000148558  normal  0.0497188 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2151  50S ribosomal protein L20  60.68 
 
 
118 aa  139  1e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  3.37835e-05  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>