219 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0043 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0043  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
66 aa  131  3e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0166  50S ribosomal protein L35  100 
 
 
66 aa  131  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.426785  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0040  50S ribosomal protein L35  98.48 
 
 
66 aa  129  9e-30  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0216  50S ribosomal protein L35  95.45 
 
 
66 aa  128  3e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0068  50S ribosomal protein L35  93.94 
 
 
66 aa  124  3e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.5109  normal  0.097761 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0076  50S ribosomal protein L35  90.91 
 
 
66 aa  122  2e-27  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0449  50S ribosomal protein L35  89.39 
 
 
66 aa  120  6e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1835  50S ribosomal protein L35  81.82 
 
 
66 aa  111  4e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0519771 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3042  50S ribosomal protein L35  78.79 
 
 
66 aa  107  7e-23  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.192095  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3152  50S ribosomal protein L35  78.79 
 
 
67 aa  106  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1627  50S ribosomal protein L35  78.46 
 
 
67 aa  105  3e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0528958  hitchhiker  0.00478597 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1909  50S ribosomal protein L35  78.46 
 
 
67 aa  105  3e-22  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.35343 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1609  50S ribosomal protein L35  78.46 
 
 
67 aa  103  7e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.188656  normal  0.0147184 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5321  50S ribosomal protein L35  74.24 
 
 
66 aa  102  3e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.059102 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5554  50S ribosomal protein L35  74.24 
 
 
66 aa  102  3e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.089487  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1933  ribosomal protein L35  66.15 
 
 
403 aa  91.7  3e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0317128  normal  0.0648736 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0205  50S ribosomal protein L35  63.08 
 
 
67 aa  85.1  3e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4268  50S ribosomal protein L35  66.15 
 
 
67 aa  83.6  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3484  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
67 aa  83.2  1e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.372856  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4533  50S ribosomal protein L35  63.08 
 
 
67 aa  81.6  3e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.176582 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0218  ribosomal protein L35  63.64 
 
 
66 aa  80.5  7e-15  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1315  50S ribosomal protein L35  58.46 
 
 
67 aa  77.8  5e-14  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR2119  50S ribosomal protein L35  64.62 
 
 
66 aa  77.4  6e-14  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0517001  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0801  50S ribosomal protein L35  63.08 
 
 
66 aa  77  9e-14  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_2034  hypothetical protein  64.62 
 
 
123 aa  76.6  1e-13  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2514  50S ribosomal protein L35  67.19 
 
 
66 aa  76.3  1e-13  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0128  50S ribosomal protein L35P  63.64 
 
 
66 aa  75.9  2e-13  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0134182  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0450  50S ribosomal protein L35  61.29 
 
 
66 aa  75.9  2e-13  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0230  50S ribosomal protein L35  62.9 
 
 
66 aa  74.7  4e-13  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0198  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
66 aa  72  3e-12  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0135  50S ribosomal protein L35  59.38 
 
 
66 aa  71.2  4e-12  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2274  50S ribosomal protein L35  56.92 
 
 
66 aa  70.9  6e-12  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.5439  normal  0.30406 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0673  50S ribosomal protein L35P  61.19 
 
 
66 aa  70.1  9e-12  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1765  50S ribosomal protein L35  59.02 
 
 
66 aa  69.7  1e-11  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2487  50S ribosomal protein L35  59.02 
 
 
66 aa  69.7  1e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.499214  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0411  50S ribosomal protein L35  59.02 
 
 
66 aa  69.7  1e-11  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0685  50S ribosomal protein L35  60.66 
 
 
67 aa  67.8  4e-11  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.513198  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2922  50S ribosomal protein L35  54.1 
 
 
67 aa  67.4  7e-11  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0864  50S ribosomal protein L35  58.06 
 
 
68 aa  66.6  1e-10  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1192  50S ribosomal protein L35  56.45 
 
 
66 aa  65.9  2e-10  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3091  50S ribosomal protein L35  50.82 
 
 
67 aa  65.1  3e-10  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.759836  normal  0.0357819 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2940  50S ribosomal protein L35  52.46 
 
 
67 aa  62.4  2e-09  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.754821 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2432  50S ribosomal protein L35  55.74 
 
 
67 aa  62.8  2e-09  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.342792  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0214  ribosomal protein L35  60.38 
 
 
68 aa  58.9  2e-08  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.0660989  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2155  50S ribosomal protein L35  42.19 
 
 
66 aa  55.5  2e-07  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  1.90573e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1478  50S ribosomal protein L35  43.55 
 
 
64 aa  54.7  4e-07  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0232172  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1481  50S ribosomal protein L35  43.55 
 
 
64 aa  54.7  4e-07  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.60361e-10 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2001  50S ribosomal protein L35P  55.56 
 
 
65 aa  53.5  1e-06  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0130394  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_22420  LSU ribosomal protein L35P  46.77 
 
 
64 aa  53.5  1e-06  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1625  ribosomal protein L35  46.77 
 
 
64 aa  53.1  1e-06  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.516266 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3168  ribosomal protein L35  46.77 
 
 
64 aa  52.4  2e-06  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.422818  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1104  ribosomal protein L35  45.16 
 
 
64 aa  52.8  2e-06  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.124943  normal  0.863123 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3023  50S ribosomal protein L35  46.97 
 
 
65 aa  52.8  2e-06  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2059  ribosomal protein L35  53.33 
 
 
63 aa  52.4  2e-06  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.617937  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_14580  50S ribosomal protein L35  41.94 
 
 
64 aa  52.4  2e-06  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5482  ribosomal protein L35  45.16 
 
 
64 aa  52.8  2e-06  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.424037  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2852  50S ribosomal protein L35  48.44 
 
 
67 aa  52  3e-06  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0103934 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1338  ribosomal protein L35  53.7 
 
 
73 aa  52  3e-06  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0990  50S ribosomal protein L35  46.03 
 
 
65 aa  52  3e-06  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2460  50S ribosomal protein L35  45.16 
 
 
64 aa  52  3e-06  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1747  50S ribosomal protein L35  48.48 
 
 
67 aa  51.2  4e-06  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00635626 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0489  ribosomal protein L35  46.97 
 
 
65 aa  51.2  4e-06  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.351657  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4143  ribosomal protein L35  43.55 
 
 
64 aa  51.2  5e-06  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.000359181  hitchhiker  0.000240129 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3746  ribosomal protein L35  42.37 
 
 
66 aa  51.2  5e-06  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.337014  normal  0.406609 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1881  50S ribosomal protein L35  52.38 
 
 
67 aa  50.4  8e-06  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.0627786 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1142  50S ribosomal protein L35  45.45 
 
 
65 aa  50.4  9e-06  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  1.61072e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0621  ribosomal protein L35  45.16 
 
 
68 aa  50.1  1e-05  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2675  50S ribosomal protein L35  42.42 
 
 
65 aa  50.1  1e-05  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.227493 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0725  ribosomal protein L35  45.45 
 
 
65 aa  49.7  1e-05  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.00316856  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0026  50S ribosomal protein L35  45.16 
 
 
65 aa  49.7  1e-05  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2398  50S ribosomal protein L35  48.48 
 
 
67 aa  49.7  1e-05  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.35653  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1974  50S ribosomal protein L35  52.38 
 
 
67 aa  49.7  1e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1450  50S ribosomal protein L35  48.48 
 
 
67 aa  49.7  1e-05  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2104  50S ribosomal protein L35  46.88 
 
 
67 aa  49.7  1e-05  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.365417  normal  0.232505 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4614  50S ribosomal protein L35  46.97 
 
 
67 aa  48.9  2e-05  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.247052  normal  0.0110084 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1904  50S ribosomal protein L35  52.38 
 
 
67 aa  49.7  2e-05  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5472  50S ribosomal protein L35  43.55 
 
 
64 aa  48.9  2e-05  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1517  50S ribosomal protein L35  43.55 
 
 
65 aa  49.3  2e-05  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  hitchhiker  0.00941946  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3091  ribosomal protein L35  45.45 
 
 
67 aa  48.9  2e-05  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.848097  normal  0.0845178 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1224  50S ribosomal protein L35P  45.31 
 
 
65 aa  49.3  2e-05  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  2.87397e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1317  ribosomal protein L35  43.55 
 
 
64 aa  48.9  2e-05  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.660104  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0561  hypothetical protein  45.16 
 
 
64 aa  49.3  2e-05  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.0100298 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1989  50S ribosomal protein L35  52.38 
 
 
67 aa  49.7  2e-05  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0980049  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3070  ribosomal protein L35  43.55 
 
 
64 aa  48.9  2e-05  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1008  50S ribosomal protein L35  45.45 
 
 
65 aa  48.5  3e-05  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1313  50S ribosomal protein L35  54.55 
 
 
66 aa  48.5  3e-05  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.711955  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2847  ribosomal protein L35  38.71 
 
 
64 aa  48.5  3e-05  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.161293  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0448  50S ribosomal protein L35  45.31 
 
 
65 aa  48.5  3e-05  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  1.39111e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02483  50S ribosomal protein L35  42.19 
 
 
65 aa  48.1  4e-05  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00760288  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20440  50S ribosomal protein L35  46.77 
 
 
64 aa  47.8  5e-05  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.836721  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2857  50S ribosomal protein L35  45.45 
 
 
67 aa  47.8  5e-05  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.20359  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1872  ribosomal protein L35  50 
 
 
67 aa  47.8  6e-05  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.742216  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1452  ribosomal protein L35  41.54 
 
 
65 aa  47.4  6e-05  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.150894  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1442  50S ribosomal protein L35  47.54 
 
 
65 aa  47.4  7e-05  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  unclonable  4.14498e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3181  50S ribosomal protein L35  38.71 
 
 
64 aa  47  8e-05  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0340502  normal  0.163577 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3521  50S ribosomal protein L35P  45.31 
 
 
65 aa  47  9e-05  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  decreased coverage  0.0090517  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0714  50S ribosomal protein L35P  46.67 
 
 
79 aa  46.2  0.0001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.391408  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_15190  LSU ribosomal protein L35P  53.33 
 
 
65 aa  46.2  0.0001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  hitchhiker  0.00179087  normal  0.120131 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1614  50S ribosomal protein L35  43.75 
 
 
64 aa  46.6  0.0001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  1.48702e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1644a  50S ribosomal protein L35  40.68 
 
 
64 aa  46.2  0.0001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.00277503  normal  0.0564408 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>