24 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0042 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0042  hypothetical protein  100 
 
 
143 aa  275  1e-73  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0167  hypothetical protein  79.72 
 
 
141 aa  186  7e-47  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.537871  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0450  hypothetical protein  66.07 
 
 
143 aa  119  2e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0217  hypothetical protein  45.61 
 
 
123 aa  84  6e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0702  hypothetical protein  33.06 
 
 
124 aa  66.2  1e-10  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.594351  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1692  hypothetical protein  43.01 
 
 
111 aa  64.3  5e-10  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4346  hypothetical protein  37.01 
 
 
116 aa  64.3  6e-10  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.338582  normal  0.503108 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1776  hypothetical protein  40.22 
 
 
116 aa  62.4  2e-09  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1792  hypothetical protein  39.13 
 
 
116 aa  60.8  7e-09  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  unclonable  5.73078e-10  normal  0.10017 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1324  putative exported protein of unknown function  38.24 
 
 
126 aa  59.3  2e-08  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.903845  normal  0.229957 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2389  hypothetical protein  38.4 
 
 
130 aa  58.5  3e-08  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2666  hypothetical protein  38.4 
 
 
130 aa  58.5  3e-08  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1012  hypothetical protein  40.38 
 
 
126 aa  56.2  1e-07  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.12519  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0760  hypothetical protein  40.59 
 
 
126 aa  55.1  3e-07  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2346  hypothetical protein  37.27 
 
 
130 aa  50.4  8e-06  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3136  hypothetical protein  37.82 
 
 
124 aa  49.7  1e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0218  hypothetical protein  38.4 
 
 
126 aa  49.3  2e-05  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0439121 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4462  hypothetical protein  35.25 
 
 
123 aa  47.4  6e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.511366 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0363  hypothetical protein  33.07 
 
 
131 aa  46.6  0.0001  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.170441 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0838  hypothetical protein  31.58 
 
 
129 aa  46.2  0.0002  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00373642 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4730  hypothetical protein  34.04 
 
 
123 aa  44.7  0.0004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.267221 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6223  hypothetical protein  34.75 
 
 
134 aa  44.3  0.0006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7083  hypothetical protein  33.33 
 
 
131 aa  40.4  0.007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.200411  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5426  hypothetical protein  34.34 
 
 
126 aa  40.4  0.008  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>