54 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0037 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0037  hypothetical protein  100 
 
 
122 aa  238  1e-62  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0584  protein of unknown function DUF1304  83.96 
 
 
120 aa  169  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7649  hypothetical protein  60.68 
 
 
119 aa  155  1e-37  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.557144 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1051  hypothetical protein  61.54 
 
 
123 aa  148  3e-35  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.555272  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3066  protein of unknown function DUF1304  66.99 
 
 
116 aa  136  1e-31  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.269223 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0648  hypothetical protein  60.38 
 
 
120 aa  132  2e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4838  hypothetical protein  54.78 
 
 
123 aa  129  1e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1973  hypothetical protein  56.41 
 
 
116 aa  124  4e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01662  hypothetical protein  65.26 
 
 
117 aa  122  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.987782  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2834  hypothetical protein  53.85 
 
 
117 aa  114  5e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.931347  hitchhiker  0.00331454 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1370  protein of unknown function DUF1304  52.89 
 
 
120 aa  114  6e-25  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0191403  normal  0.202643 
 
 
-
 
NC_003296  RS04765  hypothetical protein  53.64 
 
 
120 aa  113  8e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS05690  hypothetical protein  53.64 
 
 
120 aa  113  8e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4116  protein of unknown function DUF1304  54.55 
 
 
120 aa  113  9e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.532223  normal  0.15572 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4228  protein of unknown function DUF1304  54.55 
 
 
120 aa  113  9e-25  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.728576  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1871  hypothetical protein  61.17 
 
 
118 aa  111  3e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.33795  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1367  hypothetical protein  51.82 
 
 
119 aa  110  5e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000537574 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1705  protein of unknown function DUF1304  53.45 
 
 
117 aa  110  7e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.449523  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3500  hypothetical protein  60.38 
 
 
120 aa  109  1e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.395821  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0699  protein of unknown function DUF1304  54.37 
 
 
120 aa  106  1e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0455556  normal  0.920773 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2464  protein of unknown function DUF1304  50.49 
 
 
116 aa  105  2e-22  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.283344  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1349  protein of unknown function DUF1304  54.55 
 
 
120 aa  103  5e-22  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6325  protein of unknown function DUF1304  54.13 
 
 
129 aa  101  4e-21  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3957  protein of unknown function DUF1304  49.55 
 
 
120 aa  99.4  1e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.232243 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3402  hypothetical protein  39.32 
 
 
123 aa  87  7e-17  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1841  hypothetical protein  39.32 
 
 
123 aa  87  7e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.995737 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0975  hypothetical protein  39.64 
 
 
123 aa  85.1  3e-16  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  4.80438e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1160  hypothetical protein  39.29 
 
 
123 aa  83.6  9e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1059  hypothetical protein  38.74 
 
 
123 aa  82.8  1e-15  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0989  hypothetical protein  38.74 
 
 
123 aa  82.8  1e-15  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1910  hypothetical protein  46.73 
 
 
124 aa  82.8  1e-15  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.724765  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1143  hypothetical protein  38.74 
 
 
123 aa  82.8  2e-15  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1223  hypothetical protein  38.39 
 
 
123 aa  80.1  8e-15  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0977  hypothetical protein  37.84 
 
 
123 aa  80.1  1e-14  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.47495  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0949  hypothetical protein  32.52 
 
 
119 aa  54.3  5e-07  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  0.996626  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_1971  hypothetical protein  29.31 
 
 
120 aa  52.4  2e-06  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  2.33421e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2180  protein of unknown function DUF1304  48.28 
 
 
127 aa  52  3e-06  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.299642  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0455  hypothetical protein  31.36 
 
 
119 aa  48.1  4e-05  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.720124  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0443  hypothetical protein  31.36 
 
 
119 aa  48.1  4e-05  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12650  predicted membrane protein  45.1 
 
 
133 aa  48.1  4e-05  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.725167  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1561  hypothetical protein  29.06 
 
 
119 aa  48.1  4e-05  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.513127  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1034  hypothetical protein  27.62 
 
 
113 aa  46.6  0.0001  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0608505  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1921  protein of unknown function DUF1304  47.73 
 
 
128 aa  46.2  0.0001  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.980411  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0374  hypothetical protein  42.62 
 
 
129 aa  45.8  0.0002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.111718  normal  0.385258 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1508  hypothetical protein  33.64 
 
 
117 aa  45.4  0.0003  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1637  hypothetical protein  35.34 
 
 
143 aa  45.4  0.0003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.0253  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2576  hypothetical protein  42 
 
 
128 aa  45.1  0.0004  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3823  hypothetical protein  44 
 
 
128 aa  44.3  0.0005  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.314285 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4598  protein of unknown function DUF1304  42.55 
 
 
128 aa  43.9  0.0008  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0276  hypothetical protein  42.62 
 
 
130 aa  43.5  0.001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.75531  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG2133  hypothetical protein  30.51 
 
 
118 aa  41.2  0.005  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0508  protein of unknown function DUF1304  42.86 
 
 
134 aa  41.2  0.005  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1666  hypothetical protein  30.51 
 
 
118 aa  40.8  0.006  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08980  predicted membrane protein  35.19 
 
 
120 aa  40.8  0.006  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.482637 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>