More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0035 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0035  multi-sensor hybrid histidine kinase  100 
 
 
921 aa  1822    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.233169  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1681  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.68 
 
 
926 aa  681    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.270935  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0119  sensor histidine kinase with PAS/PAC  74.09 
 
 
909 aa  1257    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.553437 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1872  sensor histidine kinase  41.98 
 
 
936 aa  653    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.291512  normal  0.670925 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0586  multi-sensor hybrid histidine kinase  65.9 
 
 
913 aa  1112    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.415477  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1968  signal transduction histidine kinase, nitrogen specific, NtrB  41.41 
 
 
933 aa  622  1e-177  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3596  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.37 
 
 
926 aa  619  1e-176  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4235  sensor histidine kinase  47.97 
 
 
754 aa  444  1e-123  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.507157  normal  0.848747 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4234  sensor histidine kinase  46.64 
 
 
761 aa  433  1e-120  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5329  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.18 
 
 
936 aa  426  1e-118  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.180092  normal  0.501472 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7844  sensor histidine kinase  56.36 
 
 
529 aa  418  9.999999999999999e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.651552 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0495  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.8 
 
 
1076 aa  412  1e-113  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.359716  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0545  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.13 
 
 
1053 aa  412  1e-113  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0920041 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0284  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.93 
 
 
1105 aa  412  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.0846765 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6265  sensor histidine kinase  53.9 
 
 
490 aa  411  1e-113  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0824359  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0531  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  54.43 
 
 
1193 aa  398  1e-109  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0542  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.74 
 
 
1050 aa  387  1e-106  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.757487  normal  0.763027 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3132  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.59 
 
 
743 aa  380  1e-104  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.583735  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0366  GAF sensor hybrid histidine kinase  54.71 
 
 
618 aa  374  1e-102  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.425505  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3277  ATP-binding region, ATPase-like  46.14 
 
 
812 aa  345  2e-93  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.438196  hitchhiker  0.00707292 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2148  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.1 
 
 
655 aa  340  5e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.440522  normal  0.494902 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.45 
 
 
741 aa  332  2e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6162  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.39 
 
 
673 aa  332  3e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.30079  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0221  GAF sensor hybrid histidine kinase  46.91 
 
 
1651 aa  330  8e-89  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.86 
 
 
740 aa  328  3e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7104  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.67 
 
 
1646 aa  327  5e-88  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0044  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.18 
 
 
810 aa  325  3e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0135  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.77 
 
 
1631 aa  324  5e-87  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.79 
 
 
966 aa  322  1.9999999999999998e-86  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  46.19 
 
 
762 aa  319  1e-85  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4749  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.61 
 
 
781 aa  317  5e-85  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.872225  normal  0.641352 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.81 
 
 
807 aa  316  9.999999999999999e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  46.48 
 
 
949 aa  316  1.9999999999999998e-84  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1221  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  47.69 
 
 
532 aa  315  1.9999999999999998e-84  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00178023 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.23 
 
 
949 aa  315  2.9999999999999996e-84  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.26 
 
 
789 aa  314  3.9999999999999997e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.26 
 
 
789 aa  314  3.9999999999999997e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  46.95 
 
 
571 aa  313  1e-83  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0578  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  49.47 
 
 
632 aa  313  1e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.177294  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.34 
 
 
905 aa  312  2e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.59 
 
 
943 aa  312  2e-83  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1290  histidine kinase  44.95 
 
 
573 aa  311  2.9999999999999997e-83  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.163396  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  45.84 
 
 
726 aa  311  5e-83  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3795  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.15 
 
 
807 aa  310  6.999999999999999e-83  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.750808 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  45.36 
 
 
1065 aa  310  6.999999999999999e-83  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0029  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.42 
 
 
732 aa  309  1.0000000000000001e-82  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.598305 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1201  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.95 
 
 
548 aa  308  2.0000000000000002e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.642458  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6946  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.67 
 
 
789 aa  308  3e-82  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.53 
 
 
812 aa  308  4.0000000000000004e-82  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.69 
 
 
999 aa  307  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.04 
 
 
1089 aa  307  5.0000000000000004e-82  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5545  two component sensor kinase/response regulator hybrid  45.17 
 
 
1036 aa  306  1.0000000000000001e-81  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.27 
 
 
814 aa  306  1.0000000000000001e-81  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.64 
 
 
1065 aa  305  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.18 
 
 
1050 aa  306  2.0000000000000002e-81  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0024  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.27 
 
 
734 aa  306  2.0000000000000002e-81  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2885  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.86 
 
 
818 aa  305  3.0000000000000004e-81  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0237924  normal  0.0700462 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.43 
 
 
957 aa  302  2e-80  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.44 
 
 
845 aa  302  2e-80  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.32 
 
 
922 aa  301  3e-80  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5205  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.43 
 
 
727 aa  301  4e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.14 
 
 
1036 aa  301  5e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  44.77 
 
 
537 aa  300  8e-80  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  47.55 
 
 
695 aa  300  9e-80  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  44.77 
 
 
692 aa  299  1e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.54 
 
 
1086 aa  300  1e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  47.97 
 
 
1095 aa  299  1e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0880  histidine kinase  45.92 
 
 
534 aa  299  2e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.22 
 
 
977 aa  299  2e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.86 
 
 
573 aa  299  2e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  46.79 
 
 
1092 aa  298  3e-79  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3914  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.06 
 
 
1022 aa  298  4e-79  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.1  normal  0.0660292 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.27 
 
 
492 aa  297  7e-79  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  44.68 
 
 
890 aa  296  8e-79  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.15 
 
 
916 aa  296  1e-78  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4076  histidine kinase  44.99 
 
 
416 aa  296  1e-78  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.53 
 
 
1103 aa  296  1e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.58 
 
 
1092 aa  295  2e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  45.12 
 
 
1381 aa  295  2e-78  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.78 
 
 
782 aa  295  4e-78  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.8 
 
 
589 aa  294  4e-78  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.8 
 
 
589 aa  294  4e-78  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2865  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.54 
 
 
853 aa  294  5e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  38.74 
 
 
1086 aa  294  6e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.8 
 
 
588 aa  294  7e-78  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  42.6 
 
 
676 aa  293  8e-78  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  42.53 
 
 
646 aa  293  9e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5841  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.91 
 
 
887 aa  292  2e-77  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.111175 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1351  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.83 
 
 
859 aa  292  2e-77  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000000388966 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.76 
 
 
589 aa  292  2e-77  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.76 
 
 
589 aa  291  3e-77  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5728  multi-sensor hybrid histidine kinase  46.19 
 
 
727 aa  291  3e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3265  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.21 
 
 
1106 aa  291  3e-77  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3600  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  42.15 
 
 
766 aa  291  4e-77  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.35244  normal  0.024803 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3567  histidine kinase  43.24 
 
 
539 aa  290  8e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.464366  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2026  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 
964 aa  289  1e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0712  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.69 
 
 
827 aa  289  1e-76  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  42.24 
 
 
676 aa  289  2e-76  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.11 
 
 
858 aa  288  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  46 
 
 
611 aa  287  5e-76  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>