238 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0033 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0033  MarR family transcriptional regulator  100 
 
 
179 aa  360  8e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.674408  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3090  MarR family transcriptional regulator  75.29 
 
 
180 aa  269  2e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.742362  normal  0.0240914 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2962  MarR family transcriptional regulator  78.31 
 
 
167 aa  261  3e-69  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.273789  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2119  transcriptional regulator, MarR family  78.98 
 
 
157 aa  244  6e-64  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.024767  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1851  putative transcription regulator protein  45.95 
 
 
155 aa  127  6e-29  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0882274 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1510  MarR family transcriptional regulator  57.69 
 
 
202 aa  114  8e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.48899  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1446  regulatory protein MarR  54.39 
 
 
172 aa  114  1e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.363143 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1105  MarR family transcriptional regulator  43.28 
 
 
143 aa  109  3e-23  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3659  transcriptional regulator, MarR family  48.91 
 
 
158 aa  108  3e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1721  transcriptional regulator, MarR family  60.22 
 
 
163 aa  108  4e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00761179 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5361  MarR family transcriptional regulator  41.35 
 
 
189 aa  108  5e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  hitchhiker  0.000465127  normal  0.0688552 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0765  MarR family transcriptional regulator  42.75 
 
 
161 aa  107  9e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.00380869  hitchhiker  7.56657e-05 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4875  MarR family transcriptional regulator  41.98 
 
 
148 aa  107  1e-22  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  decreased coverage  6.23298e-06  hitchhiker  1.4051e-09 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3441  MarR family transcriptional regulator  40.6 
 
 
189 aa  105  3e-22  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  9.33202e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4926  MarR family transcriptional regulator  40.6 
 
 
189 aa  105  3e-22  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  6.06834e-07  normal  0.054891 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4358  MarR family transcriptional regulator  41.22 
 
 
148 aa  105  4e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  2.02613e-07  unclonable  4.93526e-06 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3934  MarR family transcriptional regulator  45.59 
 
 
151 aa  104  6e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.530394  decreased coverage  0.00586866 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3148  MarR family transcriptional regulator  39.1 
 
 
145 aa  102  4e-21  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7572  MarR family transcriptional regulator  51.96 
 
 
120 aa  98.6  4e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.334698 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1849  putative transcription regulator protein  43.18 
 
 
157 aa  97.1  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0705598  normal  0.0434545 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2725  MarR family transcriptional regulator  44.26 
 
 
155 aa  93.6  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4073  regulatory protein MarR  40.15 
 
 
147 aa  90.9  8e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0570  transcriptional regulator, MarR family  38.31 
 
 
182 aa  87  1e-16  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3646  transcriptional regulator, MarR family  40.94 
 
 
151 aa  85.1  5e-16  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.571582 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0218  transcriptional regulator, MarR family  50 
 
 
147 aa  84.3  8e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.812852  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0247  transcriptional regulator, MarR family  48.94 
 
 
144 aa  83.6  1e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.427949  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2156  MarR family transcriptional regulator  40.91 
 
 
154 aa  84  1e-15  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.851939 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4041  transcriptional regulator, MarR family  36.84 
 
 
148 aa  79  4e-14  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00474505 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1560  MarR family transcriptional regulator  31.85 
 
 
151 aa  69.3  2e-11  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1036  MarR family transcriptional regulator  40.96 
 
 
85 aa  63.9  1e-09  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0755699  normal  0.33215 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12043  hypothetical protein  34.13 
 
 
143 aa  63.5  2e-09  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.506773  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0659  MarR family transcriptional regulator  32.86 
 
 
159 aa  62  4e-09  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.51685 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3300  transcriptional regulator, MarR family  32.86 
 
 
147 aa  61.6  6e-09  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6874  transcriptional regulator, MarR family  36.46 
 
 
138 aa  60.8  9e-09  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2732  hypothetical protein  34.23 
 
 
157 aa  60.1  1e-08  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5222  MarR family transcriptional regulator  32.35 
 
 
167 aa  55.8  3e-07  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2898  transcriptional regulator, TrmB  32.48 
 
 
155 aa  55.1  6e-07  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.334267  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0911  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
155 aa  54.3  9e-07  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.369038 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2236  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
155 aa  53.5  2e-06  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.443536  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1843  transcriptional regulator, MarR family  30.51 
 
 
147 aa  52.4  3e-06  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1827  MarR family transcriptional regulator  27.83 
 
 
153 aa  52.4  3e-06  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.331239  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2185  transcriptional regulator, MarR family  30.51 
 
 
147 aa  52.4  3e-06  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4146  regulatory protein MarR  32.73 
 
 
153 aa  52  4e-06  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.355726  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1625  MarR family transcriptional regulator  31.58 
 
 
156 aa  52.4  4e-06  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4592  MarR family transcriptional regulator  30.88 
 
 
167 aa  52  5e-06  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00218111 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5805  transcriptional regulator, MarR family  35.48 
 
 
164 aa  51.6  6e-06  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1651  MarR family transcriptional regulator  28.07 
 
 
172 aa  51.6  7e-06  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.902908  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0537  MarR family transcriptional regulator  28.07 
 
 
172 aa  51.6  7e-06  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.075487  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0628  MarR family transcriptional regulator  28.07 
 
 
172 aa  51.6  7e-06  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.382396  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1677  MarR family transcriptional regulator  28.07 
 
 
172 aa  51.6  7e-06  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0187  transcriptional regulator, MarR family  39.39 
 
 
153 aa  51.2  7e-06  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.713112  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1702  MarR family transcriptional regulator  28.07 
 
 
172 aa  51.6  7e-06  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  hitchhiker  0.00165311  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5112  MarR family transcriptional regulator  28.78 
 
 
155 aa  51.2  8e-06  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.522104  normal  0.0529869 
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5651  MarR family transcriptional regulator  28.07 
 
 
172 aa  51.2  8e-06  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0956535  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0546  MarR family transcriptional regulator  28.07 
 
 
172 aa  51.2  8e-06  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1834  transcriptional regulator SlyA  27.05 
 
 
144 aa  50.8  9e-06  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.397695  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0049  MarR family transcriptional regulator  32.43 
 
 
167 aa  50.8  9e-06  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.157141  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1895  MarR family transcriptional regulator  33.08 
 
 
143 aa  50.4  1e-05  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.423532 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1558  transcriptional regulator, MarR family  35.83 
 
 
149 aa  50.8  1e-05  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5405  MarR family transcriptional regulator  27.97 
 
 
142 aa  50.8  1e-05  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.955747 
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5446  MarR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
219 aa  49.7  2e-05  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.668367 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4917  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
167 aa  49.7  2e-05  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.36194  normal  0.834518 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1852  transcriptional regulator SlyA  27.05 
 
 
144 aa  49.7  2e-05  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00181712  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01602  hypothetical protein  27.05 
 
 
144 aa  49.7  2e-05  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1718  transcriptional regulator SlyA  27.05 
 
 
144 aa  49.7  2e-05  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.485306  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1307  MarR family transcriptional regulator  38.27 
 
 
159 aa  50.1  2e-05  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.702718  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0379  MarR family transcriptional regulator  34.45 
 
 
195 aa  50.1  2e-05  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2354  transcriptional regulator SlyA  27.05 
 
 
144 aa  49.7  2e-05  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00255065  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4775  MarR family transcriptional regulator  27.52 
 
 
164 aa  50.1  2e-05  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0667065  normal  0.0390865 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01612  transcriptional regulator SlyA  27.05 
 
 
144 aa  49.7  2e-05  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1998  transcriptional regulator, MarR family  27.05 
 
 
144 aa  49.7  2e-05  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  3.96376e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5843  MarR family transcriptional regulator  27.43 
 
 
200 aa  50.1  2e-05  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5637  MarR family transcriptional regulator  31.3 
 
 
147 aa  49.7  2e-05  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.701492  normal  0.0148213 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5466  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
167 aa  49.7  2e-05  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.17419 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1557  transcriptional regulator SlyA  27.05 
 
 
144 aa  49.7  2e-05  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.991489  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0083  transcriptional regulator SlyA  27.43 
 
 
144 aa  50.1  2e-05  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.404027  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4631  transcriptional regulator, MarR family  38.1 
 
 
162 aa  49.3  3e-05  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0697845 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1987  transcriptional regulator SlyA  27.05 
 
 
146 aa  49.3  3e-05  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.225625  hitchhiker  0.00131258 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0802  MarR family transcriptional regulator  27.73 
 
 
160 aa  48.9  4e-05  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0707582  normal  0.338446 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1235  MarR family transcriptional regulator  28.89 
 
 
144 aa  48.9  4e-05  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.236148  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1623  MarR family transcriptional regulator  27.85 
 
 
145 aa  48.5  4e-05  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0513961  normal  0.0977166 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2122  MarR family transcriptional regulator  25.85 
 
 
169 aa  48.9  4e-05  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.000649422  normal  0.111554 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0920  MarR family transcriptional regulator  30.94 
 
 
181 aa  48.5  4e-05  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.428707 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1801  regulatory protein, MarR  35.58 
 
 
162 aa  48.9  4e-05  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.458466  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_1273  transcriptional regulator, MarR family  30 
 
 
168 aa  48.1  6e-05  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0630  transcriptional regulator, TrmB  26.5 
 
 
147 aa  48.1  6e-05  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00979398  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1899  transcriptional regulator SlyA  25.41 
 
 
146 aa  48.5  6e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0947823  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0078  MarR family transcriptional regulator  33.33 
 
 
138 aa  48.1  6e-05  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.742526  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3216  MarR family transcriptional regulator  32.23 
 
 
174 aa  48.1  6e-05  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0422342 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2382  transcriptional regulator SlyA  29.13 
 
 
145 aa  48.1  7e-05  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00066282  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1614  transcriptional regulator SlyA  25.41 
 
 
146 aa  48.1  7e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.550286 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1730  transcriptional regulator SlyA  25.41 
 
 
146 aa  48.1  7e-05  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00443681  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0862  MarR family transcriptional regulator  31.09 
 
 
152 aa  48.1  7e-05  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.529832  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1460  transcriptional regulator, MarR family  32.35 
 
 
174 aa  47.8  8e-05  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.03133e-10 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4489  MarR family transcriptional regulator  26.5 
 
 
146 aa  47.8  8e-05  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.364343 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5035  transcriptional regulator, MarR family  37.08 
 
 
140 aa  47.8  8e-05  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.1398  normal  0.0159957 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0211  MarR family transcriptional regulator  30.82 
 
 
145 aa  47.8  9e-05  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.739168  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1112  putative transcription regulator protein  31.03 
 
 
139 aa  47.8  9e-05  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0169999  normal  0.208318 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4054  MarR family transcriptional regulator  26.98 
 
 
174 aa  47  0.0001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1008  transcriptional regulator, MarR family  21.28 
 
 
146 aa  47.4  0.0001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.167585  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>