80 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0023 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0023  hypothetical protein  100 
 
 
164 aa  336  8e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0104  hypothetical protein  83.33 
 
 
167 aa  279  1e-74  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.426528 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0604  protein of unknown function DUF1178  81.71 
 
 
164 aa  261  3e-69  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.494112  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0517  hypothetical protein  73.17 
 
 
162 aa  242  2e-63  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.217482 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7597  hypothetical protein  73.17 
 
 
160 aa  233  1e-60  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.183456 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0477  hypothetical protein  68.9 
 
 
147 aa  228  2e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0382  hypothetical protein  68.48 
 
 
147 aa  221  4e-57  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.122904  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0046  hypothetical protein  54.88 
 
 
150 aa  178  3e-44  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.564208  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3603  protein of unknown function DUF1178  54.55 
 
 
158 aa  169  1e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3477  protein of unknown function DUF1178  54.22 
 
 
157 aa  166  1e-40  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.469566 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3087  hypothetical protein  51.79 
 
 
165 aa  161  3e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0740789  normal  0.490255 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3279  hypothetical protein  53.61 
 
 
158 aa  160  5e-39  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5214  hypothetical protein  51.5 
 
 
158 aa  160  1e-38  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.219054  normal  0.0135262 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5955  protein of unknown function DUF1178  49.43 
 
 
154 aa  158  2e-38  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.249221  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2507  hypothetical protein  46.34 
 
 
142 aa  150  5e-36  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00622099  normal  0.253692 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3271  hypothetical protein  42.94 
 
 
148 aa  139  1e-32  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.765913  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3003  hypothetical protein  42.77 
 
 
141 aa  139  2e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3967  hypothetical protein  42.68 
 
 
142 aa  135  3e-31  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0971244  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3309  hypothetical protein  43.5 
 
 
172 aa  131  4e-30  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.258972  normal  0.358508 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1739  hypothetical protein  43.75 
 
 
145 aa  131  5e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3820  protein of unknown function DUF1178  40.24 
 
 
142 aa  129  2e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1031  hypothetical protein  39.02 
 
 
141 aa  129  2e-29  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.107167  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1805  hypothetical protein  38.41 
 
 
152 aa  127  5e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0646662  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1874  hypothetical protein  38.41 
 
 
152 aa  127  7e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3529  protein of unknown function DUF1178  40.24 
 
 
142 aa  125  2e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.753668  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0942  hypothetical protein  43.51 
 
 
144 aa  125  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.851867 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0556  hypothetical protein  46.63 
 
 
156 aa  125  3e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.09335  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2316  hypothetical protein  43.45 
 
 
171 aa  125  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1885  hypothetical protein  41.72 
 
 
145 aa  122  2e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.343226  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1051  hypothetical protein  40.37 
 
 
144 aa  120  9e-27  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.588494  normal  0.494297 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3689  protein of unknown function DUF1178  35.93 
 
 
166 aa  119  2e-26  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0647415 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0128  protein of unknown function DUF1178  37.35 
 
 
168 aa  118  4e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.330985  normal  0.0171645 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2261  hypothetical protein  39.49 
 
 
140 aa  115  2e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  decreased coverage  0.00456771  normal  0.596265 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2057  conserved hypothetical protein DUF1178  40.37 
 
 
158 aa  113  1e-24  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.321468 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2387  hypothetical protein  40.37 
 
 
144 aa  112  2e-24  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.389064  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1278  hypothetical protein  41.14 
 
 
164 aa  109  1e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.175666  normal  0.173505 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2011  hypothetical protein  39.88 
 
 
159 aa  108  3e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.160964  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1440  hypothetical protein  41.18 
 
 
175 aa  108  4e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2033  protein of unknown function DUF1178  40.49 
 
 
152 aa  108  4e-23  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2570  hypothetical protein  38.65 
 
 
139 aa  107  6e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0177669  normal  0.342392 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0740  hypothetical protein  41.46 
 
 
177 aa  106  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0684748  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3240  hypothetical protein  40.12 
 
 
175 aa  104  5e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0209036  normal  0.632043 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1508  hypothetical protein  38.61 
 
 
149 aa  103  9e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.617584  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0478  hypothetical protein  79.31 
 
 
80 aa  103  9e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1497  hypothetical protein  41.25 
 
 
151 aa  103  1e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1516  hypothetical protein  34.81 
 
 
160 aa  102  2e-21  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0816575 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1077  hypothetical protein  39.87 
 
 
140 aa  102  2e-21  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1306  hypothetical protein  39.22 
 
 
140 aa  102  2e-21  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.790633  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1044  hypothetical protein  37.66 
 
 
140 aa  102  3e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.315056  normal  0.288187 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1452  hypothetical protein  38.56 
 
 
140 aa  101  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1813  hypothetical protein  38.56 
 
 
140 aa  101  4e-21  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.135309  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1419  hypothetical protein  38.61 
 
 
146 aa  101  4e-21  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.0154622 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0721  hypothetical protein  38.56 
 
 
140 aa  101  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3193  hypothetical protein  41.77 
 
 
141 aa  101  4e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1315  hypothetical protein  38.56 
 
 
140 aa  101  4e-21  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.696592  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0429  hypothetical protein  38.56 
 
 
140 aa  101  4e-21  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1146  hypothetical protein  38.56 
 
 
140 aa  101  4e-21  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0969021  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0383  hypothetical protein  75.86 
 
 
81 aa  101  5e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.149602  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2040  hypothetical protein  36.42 
 
 
152 aa  100  7e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.486976  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1361  protein of unknown function DUF1178  41.83 
 
 
141 aa  100  8e-21  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.114069  hitchhiker  0.00762425 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2233  hypothetical protein  33.99 
 
 
140 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2257  hypothetical protein  33.99 
 
 
140 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2271  hypothetical protein  33.33 
 
 
140 aa  99.8  1e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1621  hypothetical protein  33.99 
 
 
140 aa  100  1e-20  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5561  hypothetical protein  33.99 
 
 
140 aa  99.4  2e-20  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.320377 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3494  protein of unknown function DUF1178  38.96 
 
 
157 aa  98.2  4e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.418231  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2150  hypothetical protein  32.68 
 
 
140 aa  97.1  1e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0219334  normal  0.395291 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5165  hypothetical protein  38.12 
 
 
169 aa  94.4  6e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.335034  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0887  protein of unknown function DUF1178  35.29 
 
 
155 aa  94.4  7e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2198  protein of unknown function DUF1178  37.25 
 
 
153 aa  92.8  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.381917 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1993  hypothetical protein  36.6 
 
 
147 aa  92.8  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0208822  normal  0.339647 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0943  hypothetical protein  38.96 
 
 
155 aa  92.4  2e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.292686  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0972  hypothetical protein  34.64 
 
 
155 aa  92.8  2e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.766766  normal  0.625326 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1875  protein of unknown function DUF1178  37.25 
 
 
153 aa  89  2e-17  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.163568  normal  0.464761 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1789  hypothetical protein  34.55 
 
 
159 aa  84.7  5e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0266683  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4072  hypothetical protein  35.06 
 
 
144 aa  84.7  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.548265 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0977  hypothetical protein  37.25 
 
 
152 aa  84.3  6e-16  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.843122  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2046  hypothetical protein  37.25 
 
 
153 aa  83.2  2e-15  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.707585  normal  0.300905 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1036  hypothetical protein  31.1 
 
 
163 aa  74.3  7e-13  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3556  hypothetical protein  40.38 
 
 
83 aa  50.1  1e-05  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.333182  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>