143 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0020 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007778  RPB_0020  DSBA oxidoreductase  100 
 
 		 200 aa  410  1e-114  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.901494  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0727  DSBA oxidoreductase  85 
 
 		 200 aa  358  2e-98  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.422782  normal  0.647229 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0023  DSBA oxidoreductase  82.5 
 
 		 200 aa  350  1e-95  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0018  DSBA oxidoreductase  78.5 
 
 		 203 aa  334  7e-91  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0315  hypothetical protein  77.78 
 
 		 201 aa  325  2.0000000000000001e-88  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.126619  normal  0.599326 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5151  hypothetical protein  64.4 
 
 		 210 aa  251  4.0000000000000004e-66  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0758473 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5257  DSBA oxidoreductase  60.3 
 
 		 213 aa  248  3e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00023333 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5356  DSBA oxidoreductase  60.51 
 
 		 201 aa  246  1e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.615074  normal  0.90574 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3650  DSBA oxidoreductase  57.59 
 
 		 200 aa  234  9e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.111173  hitchhiker  0.000000000000173834 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6061  DSBA oxidoreductase  56.02 
 
 		 207 aa  227  8e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2561  DSBA oxidoreductase  54.69 
 
 		 200 aa  223  2e-57  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0500  DSBA oxidoreductase  50.76 
 
 		 201 aa  199  1.9999999999999998e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.835222 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0819  DSBA oxidoreductase  47.67 
 
 		 197 aa  173  9.999999999999999e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4196  DSBA oxidoreductase  44.56 
 
 		 197 aa  164  5.9999999999999996e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.222579  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2624  DSBA oxidoreductase  44.56 
 
 		 197 aa  154  1e-36  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.730832 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4723  DSBA oxidoreductase  42.35 
 
 		 196 aa  152  2.9999999999999998e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.396107  n/a   
 
 
-
 
NC_010815  Glov_3711  DSBA oxidoreductase  41.8 
 
 		 195 aa  151  7e-36  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  normal  0.0949861 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01440  hypothetical protein  40.84 
 
 		 195 aa  147  7e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3908  DSBA oxidoreductase  40.41 
 
 		 196 aa  146  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.439347  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6054  DSBA oxidoreductase  39.27 
 
 		 200 aa  145  4.0000000000000006e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0193  hypothetical protein  40.31 
 
 		 195 aa  144  1e-33  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5353  DSBA oxidoreductase  40.62 
 
 		 196 aa  142  3e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.39652  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2882  DSBA oxidoreductase  42.19 
 
 		 204 aa  141  7e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.47421  normal  0.700762 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2808  DSBA oxidoreductase  41.15 
 
 		 204 aa  139  3.9999999999999997e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.917289 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2900  DSBA oxidoreductase  39.06 
 
 		 204 aa  131  7.999999999999999e-30  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2386  DSBA oxidoreductase  39.06 
 
 		 197 aa  129  3e-29  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.99345  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2652  DSBA oxidoreductase  34.55 
 
 		 218 aa  112  4.0000000000000004e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.34917  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2347  DSBA oxidoreductase  34.9 
 
 		 205 aa  107  9.000000000000001e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000115912  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2247  DSBA oxidoreductase  32.47 
 
 		 210 aa  105  3e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.281612  normal  0.141895 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0094  DSBA oxidoreductase  33.67 
 
 		 201 aa  103  2e-21  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0386897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3208  DSBA oxidoreductase  31.82 
 
 		 206 aa  102  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2632  DSBA oxidoreductase  31.02 
 
 		 203 aa  99.8  2e-20  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0465832  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2588  DSBA oxidoreductase  30.21 
 
 		 201 aa  97.4  1e-19  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0787884  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5282  DSBA oxidoreductase  32.29 
 
 		 224 aa  96.7  2e-19  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2187  DSBA oxidoreductase  30.73 
 
 		 201 aa  96.7  2e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3649  DSBA oxidoreductase  32.16 
 
 		 198 aa  95.1  5e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.149995  hitchhiker  0.000000000000176719 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3151  DSBA oxidoreductase  31.22 
 
 		 206 aa  94.4  1e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5264  hypothetical protein  29.69 
 
 		 200 aa  93.6  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.193912  normal  0.485064 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2477  DSBA oxidoreductase  28.87 
 
 		 206 aa  91.3  8e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.494112  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2241  putative 2-hydroxychromene-2- carboxylate isomerase family protein  31.09 
 
 		 212 aa  89.4  3e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3362  putative 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase protein  31.44 
 
 		 202 aa  88.6  6e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6005  DSBA oxidoreductase  31.96 
 
 		 212 aa  87  2e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.440782 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0579  DSBA oxidoreductase  31.28 
 
 		 202 aa  86.3  3e-16  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2763  DSBA oxidoreductase  35.33 
 
 		 204 aa  85.9  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3753  DSBA oxidoreductase  34.38 
 
 		 217 aa  84  0.000000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.819118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0222  DSBA oxidoreductase  33.33 
 
 		 210 aa  83.6  0.000000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3034  DSBA oxidoreductase  34.39 
 
 		 217 aa  83.6  0.000000000000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.657074  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3344  DSBA oxidoreductase  28.93 
 
 		 218 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1459  DSBA oxidoreductase  30.61 
 
 		 218 aa  81.3  0.000000000000008  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0141  DSBA oxidoreductase  29.59 
 
 		 219 aa  80.1  0.00000000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4346  DSBA oxidoreductase  30.41 
 
 		 216 aa  80.1  0.00000000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0916  DSBA oxidoreductase  28.43 
 
 		 207 aa  79.7  0.00000000000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.745875  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0744  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase family protein  27.32 
 
 		 201 aa  79.7  0.00000000000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0481495 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0608  DSBA oxidoreductase  28.8 
 
 		 208 aa  79.3  0.00000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.984338 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4651  DSBA oxidoreductase  38.54 
 
 		 202 aa  79  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.138333  normal  0.692086 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3816  DSBA oxidoreductase  31.75 
 
 		 210 aa  78.2  0.00000000000008  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3869  DSBA oxidoreductase  30.69 
 
 		 197 aa  78.2  0.00000000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0240  DSBA oxidoreductase  30.57 
 
 		 201 aa  77.8  0.00000000000009  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0832  DSBA oxidoreductase  27.13 
 
 		 207 aa  77.8  0.0000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.109338 
 
 
-
 
BN001302  ANIA_03849  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G07870)  31.46 
 
 		 220 aa  77  0.0000000000002  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.728654  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0083  DSBA oxidoreductase  29.1 
 
 		 223 aa  76.6  0.0000000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0411784 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3669  DSBA oxidoreductase  27.92 
 
 		 218 aa  75.9  0.0000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.294685  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4569  DSBA oxidoreductase  27.13 
 
 		 207 aa  75.9  0.0000000000004  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1390  DSBA oxidoreductase  29.47 
 
 		 232 aa  75.1  0.0000000000006  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.00141956  normal  0.259625 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0567  DSBA oxidoreductase  30.26 
 
 		 199 aa  75.1  0.0000000000006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1378  DSBA oxidoreductase  29.69 
 
 		 195 aa  73.9  0.000000000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0109  DSBA oxidoreductase  30.5 
 
 		 219 aa  73.6  0.000000000002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3375  DSBA oxidoreductase  29.89 
 
 		 210 aa  73.2  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.565009 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0131  DSBA oxidoreductase  28.79 
 
 		 201 aa  72.8  0.000000000003  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2249  DSBA oxidoreductase  27.66 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.386975  normal  0.508108 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5961  DSBA oxidoreductase  32.26 
 
 		 211 aa  72.8  0.000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.711494  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0123  DSBA oxidoreductase  28.79 
 
 		 201 aa  72.4  0.000000000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.553572  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2567  DSBA oxidoreductase  26.2 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.0505631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2292  DSBA oxidoreductase  26.2 
 
 		 208 aa  72.8  0.000000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0852078 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1916  2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase  29.23 
 
 		 199 aa  72  0.000000000006  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3351  putative isomerase  31.49 
 
 		 218 aa  72  0.000000000006  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0747  DSBA oxidoreductase  30.65 
 
 		 208 aa  71.6  0.000000000007  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.340191  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1326  DSBA oxidoreductase  28.5 
 
 		 232 aa  70.9  0.00000000001  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.243068 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7385  DSBA oxidoreductase  26.7 
 
 		 208 aa  70.1  0.00000000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1446  DSBA oxidoreductase  26.46 
 
 		 203 aa  70.5  0.00000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.151785 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0273  putative 2-hydroxychromene-2-carboxylate isomerase protein  29.29 
 
 		 201 aa  69.3  0.00000000004  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.723035  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3882  putative isomerase  28.72 
 
 		 216 aa  68.9  0.00000000005  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4027  DSBA oxidoreductase  28.96 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4139  DSBA oxidoreductase  28.96 
 
 		 211 aa  68.2  0.00000000009  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6640  DSBA oxidoreductase  25.65 
 
 		 208 aa  67.8  0.0000000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0485026 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2015  DSBA oxidoreductase  31.58 
 
 		 204 aa  67.8  0.0000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1944  DSBA oxidoreductase  28.06 
 
 		 200 aa  67  0.0000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4809  DSBA oxidoreductase  28.42 
 
 		 212 aa  67  0.0000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.287692  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0848  hypothetical protein  24.73 
 
 		 207 aa  66.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.537333  normal  0.685229 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5350  DSBA oxidoreductase  28.42 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.527741  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3319  DSBA oxidoreductase  28.42 
 
 		 212 aa  66.2  0.0000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.118797 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0187  DSBA oxidoreductase  28.42 
 
 		 212 aa  65.9  0.0000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.153039 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1054  DSBA oxidoreductase  27.23 
 
 		 199 aa  65.9  0.0000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4153  DSBA oxidoreductase  32.98 
 
 		 217 aa  65.9  0.0000000004  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.998705 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0517  DSBA oxidoreductase  33.16 
 
 		 218 aa  65.9  0.0000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.270778  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0479  DSBA oxidoreductase  30.48 
 
 		 229 aa  65.5  0.0000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3621  DSBA oxidoreductase  24.34 
 
 		 198 aa  65.1  0.0000000007  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4223  DSBA oxidoreductase  27.86 
 
 		 201 aa  63.9  0.000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.285896 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5394  DSBA oxidoreductase  28.95 
 
 		 212 aa  63.9  0.000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.458374  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4802  DSBA oxidoreductase  28.57 
 
 		 212 aa  63.5  0.000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>