More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0018 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0018  2-dehydropantoate 2-reductase  100 
 
 
306 aa  605  1e-172  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0729  2-dehydropantoate 2-reductase  86.93 
 
 
306 aa  540  1e-152  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.691763  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0021  2-dehydropantoate 2-reductase  80.39 
 
 
306 aa  488  1e-137  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0016  2-dehydropantoate 2-reductase  71.57 
 
 
307 aa  434  1e-121  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0163  2-dehydropantoate 2-reductase  65.69 
 
 
306 aa  412  1e-114  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0186  2-dehydropantoate 2-reductase  64.38 
 
 
306 aa  407  1e-112  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0313  2-dehydropantoate 2-reductase  67.65 
 
 
307 aa  402  1e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4498  2-dehydropantoate 2-reductase  59.21 
 
 
312 aa  350  2e-95  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.646734  normal  0.399113 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6687  2-dehydropantoate 2-reductase  58.63 
 
 
312 aa  334  9e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3118  2-dehydropantoate 2-reductase  56.03 
 
 
312 aa  330  2e-89  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.782034 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4726  2-dehydropantoate 2-reductase  58.75 
 
 
315 aa  327  1e-88  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.14221 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5770  2-dehydropantoate 2-reductase  52.46 
 
 
307 aa  325  5e-88  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0882  2-dehydropantoate 2-reductase  58.63 
 
 
315 aa  325  7e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.277426 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2967  2-dehydropantoate 2-reductase  54.72 
 
 
311 aa  323  2e-87  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.53344  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5461  2-dehydropantoate 2-reductase  57.98 
 
 
315 aa  321  8e-87  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.853784  normal  0.141843 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4423  2-dehydropantoate 2-reductase  55.19 
 
 
311 aa  321  9e-87  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.852681 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4822  2-dehydropantoate 2-reductase  57.98 
 
 
315 aa  320  1e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.117223 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3545  2-dehydropantoate 2-reductase  57.98 
 
 
315 aa  320  1e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.16372  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3162  2-dehydropantoate 2-reductase  56.03 
 
 
312 aa  320  2e-86  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.396021  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3781  2-dehydropantoate 2-reductase  58.42 
 
 
312 aa  318  5e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0449567 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2936  2-dehydropantoate 2-reductase  55.7 
 
 
312 aa  318  9e-86  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.178942 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6167  2-dehydropantoate 2-reductase  56.77 
 
 
314 aa  316  3e-85  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0743  ketopantoate reductase ApbA/PanE  54.22 
 
 
311 aa  315  4e-85  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.786977  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4203  2-dehydropantoate 2-reductase  58.75 
 
 
315 aa  311  8e-84  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.379422  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0085  2-dehydropantoate 2-reductase  56.96 
 
 
314 aa  311  1e-83  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2669  2-dehydropantoate 2-reductase  52.46 
 
 
310 aa  303  3e-81  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0588922  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2600  2-dehydropantoate 2-reductase  53.11 
 
 
311 aa  300  2e-80  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.11896 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0191  2-dehydropantoate 2-reductase  53.77 
 
 
305 aa  289  3e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3518  2-dehydropantoate 2-reductase  50.35 
 
 
305 aa  265  6e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1713  2-dehydropantoate 2-reductase  46.38 
 
 
306 aa  263  3e-69  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0059  2-dehydropantoate 2-reductase  48.55 
 
 
321 aa  248  7e-65  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0067  2-dehydropantoate 2-reductase  48.55 
 
 
321 aa  246  4e-64  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2980  Ketopantoate reductase ApbA/PanE domain protein  43.26 
 
 
323 aa  244  2e-63  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0174  2-dehydropantoate 2-reductase  48.7 
 
 
313 aa  243  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.170216 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3883  2-dehydropantoate 2-reductase  48.23 
 
 
312 aa  231  1e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.535579 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1405  2-dehydropantoate 2-reductase  41.97 
 
 
307 aa  226  4e-58  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2408  2-dehydropantoate 2-reductase  40.97 
 
 
306 aa  223  2e-57  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal  0.0790989 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1913  ketopantoate reductase ApbA/PanE  44.48 
 
 
304 aa  222  7e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0600  2-dehydropantoate 2-reductase  38.03 
 
 
314 aa  220  3e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000137771  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4552  2-dehydropantoate 2-reductase  43.05 
 
 
307 aa  218  1e-55  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4116  2-dehydropantoate 2-reductase  41.12 
 
 
308 aa  204  2e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.605632 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1991  2-dehydropantoate 2-reductase  37.06 
 
 
314 aa  203  3e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  3.10773e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02788  2-dehydropantoate 2-reductase  44.95 
 
 
312 aa  202  4e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1877  2-dehydropantoate 2-reductase  36.84 
 
 
314 aa  200  2e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0355332  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3467  2-dehydropantoate 2-reductase  36.36 
 
 
314 aa  199  7e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000905297  hitchhiker  8.32908e-18 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1738  2-dehydropantoate 2-reductase  35.66 
 
 
314 aa  199  7e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0314725  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4737  ketopantoate reductase ApbA/PanE  42.81 
 
 
310 aa  198  8e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1964  2-dehydropantoate 2-reductase  34.97 
 
 
314 aa  196  3e-49  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  hitchhiker  0.00305796  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1918  2-dehydropantoate 2-reductase  35.76 
 
 
314 aa  196  4e-49  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.31177e-15 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1884  2-dehydropantoate 2-reductase  34.62 
 
 
314 aa  192  7e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1746  2-dehydropantoate 2-reductase  34.62 
 
 
314 aa  192  7e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1696  2-dehydropantoate 2-reductase  34.03 
 
 
314 aa  189  7e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.231571  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06250  2-dehydropantoate 2-reductase  45.71 
 
 
305 aa  184  1e-45  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1107  2-dehydropantoate 2-reductase  42.35 
 
 
319 aa  184  2e-45  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0294  2-dehydropantoate 2-reductase  33.44 
 
 
307 aa  160  2e-38  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.220777  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5181  2-dehydropantoate 2-reductase  31.67 
 
 
307 aa  125  1e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  3.87537e-08  normal  0.288245 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0535  2-dehydropantoate 2-reductase  31.67 
 
 
307 aa  123  3e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.000195412  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0328  2-dehydropantoate 2-reductase  34.14 
 
 
315 aa  105  9e-22  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0244641  normal  0.0158618 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1736  2-dehydropantoate 2-reductase  26.41 
 
 
309 aa  104  2e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.0419891 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0788  2-dehydropantoate 2-reductase  27.36 
 
 
307 aa  100  3e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4507  2-dehydropantoate 2-reductase  26.37 
 
 
335 aa  100  4e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.28047  normal  0.622175 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6243  2-dehydropantoate 2-reductase  26.86 
 
 
316 aa  99  9e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0858  2-dehydropantoate 2-reductase  32.52 
 
 
311 aa  98.6  1e-19  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00149615  normal  0.0154258 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0603  2-dehydropantoate 2-reductase  28.43 
 
 
299 aa  98.2  2e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6528  2-dehydropantoate 2-reductase  26.54 
 
 
316 aa  95.9  7e-19  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2226  2-dehydropantoate 2-reductase  28.48 
 
 
336 aa  95.9  8e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2525  2-dehydropantoate 2-reductase  27.62 
 
 
326 aa  95.5  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0050  2-dehydropantoate 2-reductase  28.7 
 
 
335 aa  95.1  1e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6020  2-dehydropantoate 2-reductase  29.77 
 
 
316 aa  94.7  2e-18  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.217101  normal  0.377898 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5528  2-dehydropantoate 2-reductase  29.13 
 
 
316 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5892  2-dehydropantoate 2-reductase  29.13 
 
 
316 aa  94  3e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.700658  normal  0.998449 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2695  2-dehydropantoate 2-reductase  29.72 
 
 
315 aa  93.6  4e-18  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.120286  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2998  2-dehydropantoate 2-reductase, putative  29.72 
 
 
315 aa  93.2  5e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.0207469 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2865  2-dehydropantoate 2-reductase  27.61 
 
 
311 aa  90.9  2e-17  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0218  2-dehydropantoate 2-reductase  28.1 
 
 
300 aa  91.3  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1979  2-dehydropantoate 2-reductase  25.24 
 
 
313 aa  90.5  3e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.0057409  n/a   
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6131  2-dehydropantoate 2-reductase  28.1 
 
 
341 aa  89.7  5e-17  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1551  2-dehydropantoate 2-reductase  25.96 
 
 
312 aa  89.7  5e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.257766  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5508  2-dehydropantoate 2-reductase  27.83 
 
 
323 aa  89.7  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.723336  normal  0.36356 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4479  2-dehydropantoate 2-reductase  27.81 
 
 
337 aa  89.4  8e-17  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0839  2-dehydropantoate 2-reductase  26.13 
 
 
307 aa  88.6  1e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0270  2-dehydropantoate 2-reductase  30.72 
 
 
318 aa  88.2  1e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.267073 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2416  2-dehydropantoate 2-reductase  27.63 
 
 
335 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.483923  normal  0.193956 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0698  2-dehydropantoate 2-reductase  27.47 
 
 
332 aa  89  1e-16  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0555265  hitchhiker  0.000214293 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4615  2-dehydropantoate 2-reductase  29.13 
 
 
312 aa  88.6  1e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2139  2-dehydropantoate 2-reductase  27.63 
 
 
335 aa  88.6  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.147044  normal  0.399133 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3896  ketopantoate reductase ApbA/PanE  28.13 
 
 
337 aa  87.4  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2683  2-dehydropantoate 2-reductase  30.17 
 
 
302 aa  87  3e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2099  2-dehydropantoate 2-reductase  27.03 
 
 
335 aa  87  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.531117  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2816  2-dehydropantoate 2-reductase  25.64 
 
 
305 aa  86.7  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6401  2-dehydropantoate 2-reductase  28.8 
 
 
316 aa  86.7  4e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.246941 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2523  2-dehydropantoate 2-reductase  27.1 
 
 
312 aa  86.7  5e-16  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2839  2-dehydropantoate 2-reductase  25.64 
 
 
305 aa  86.7  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.748115 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2270  2-dehydropantoate 2-reductase  29.57 
 
 
326 aa  86.3  6e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.191181  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2735  2-dehydropantoate 2-reductase  25 
 
 
305 aa  86.3  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4344  2-dehydropantoate 2-reductase  26.46 
 
 
332 aa  85.9  8e-16  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.244617  decreased coverage  0.000830744 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1605  2-dehydropantoate 2-reductase  28.22 
 
 
326 aa  85.5  9e-16  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.799177  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2776  2-dehydropantoate 2-reductase  25 
 
 
305 aa  85.1  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2951  2-dehydropantoate 2-reductase  25 
 
 
305 aa  85.5  1e-15  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1681  2-dehydropantoate 2-reductase  27.91 
 
 
326 aa  84.3  2e-15  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.53848  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>