102 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0003 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_0003  hypothetical protein  100 
 
 
123 aa  253  5e-67  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.747297  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2808  hypothetical protein  62.86 
 
 
141 aa  117  4e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.446189  normal  0.692675 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2097  hypothetical protein  45.79 
 
 
118 aa  110  6e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1229  hypothetical protein  49.57 
 
 
159 aa  109  1e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.761518  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0550  DNA methyltransferase  49.56 
 
 
1192 aa  107  7e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0608509  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1569  hypothetical protein  50.47 
 
 
123 aa  104  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0914412  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1700  hypothetical protein  50.47 
 
 
123 aa  104  4e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.768881  normal  0.131278 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4935  protein of unknown function DUF559  46.67 
 
 
122 aa  103  7e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0533861  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0701  hypothetical protein  44.35 
 
 
116 aa  103  9e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1559  hypothetical protein  47.12 
 
 
121 aa  102  1e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.999066 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0966  hypothetical protein  44.25 
 
 
137 aa  102  2e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0444734  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7441  protein of unknown function DUF559  45.79 
 
 
206 aa  102  2e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0206411  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2534  hypothetical protein  46.23 
 
 
114 aa  101  4e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.984532  normal  0.620578 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0683  hypothetical protein  42.61 
 
 
116 aa  99.4  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0562  hypothetical protein  47.71 
 
 
111 aa  99.8  1e-20  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0213  hypothetical protein  50 
 
 
139 aa  99.4  2e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.278517  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0647  hypothetical protein  48.98 
 
 
138 aa  98.2  3e-20  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.177117 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0405  hypothetical protein  45.1 
 
 
131 aa  98.2  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3456  hypothetical protein  49.5 
 
 
175 aa  98.6  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2348  hypothetical protein  49.02 
 
 
141 aa  98.6  3e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0029  hypothetical protein  51.55 
 
 
128 aa  98.2  3e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.510948  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1236  hypothetical protein  45.92 
 
 
175 aa  97.8  5e-20  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.453512  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1809  hypothetical protein  47.22 
 
 
849 aa  95.5  2e-19  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2301  hypothetical protein  43.69 
 
 
146 aa  95.1  3e-19  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.592364  normal  0.158552 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1572  hypothetical protein  45.54 
 
 
161 aa  95.1  3e-19  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.62267 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1869  hypothetical protein  45.37 
 
 
111 aa  95.1  3e-19  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3954  hypothetical protein  51.09 
 
 
162 aa  94.7  4e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0732034  normal  0.657782 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2356  hypothetical protein  44.55 
 
 
142 aa  94  6e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0831458  normal  0.14274 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0163  hypothetical protein  41.94 
 
 
194 aa  94  6e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103977  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1188  hypothetical protein  43.81 
 
 
124 aa  93.6  8e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51690  hypothetical protein  49.02 
 
 
120 aa  93.2  9e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00189742  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1037  protein of unknown function DUF559  43.75 
 
 
122 aa  93.2  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0549922  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0546  hypothetical protein  45.54 
 
 
123 aa  93.2  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0884882  normal  0.680217 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1553  hypothetical protein  45.19 
 
 
117 aa  92.8  1e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.672305  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1220  hypothetical protein  44.66 
 
 
144 aa  92.4  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.975578 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1774  hypothetical protein  46.85 
 
 
146 aa  92  2e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1238  protein of unknown function DUF559  43.69 
 
 
144 aa  91.3  4e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0037  protein of unknown function DUF559  41.03 
 
 
159 aa  90.9  6e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2336  hypothetical protein  41.67 
 
 
117 aa  89  2e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00907426 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1094  hypothetical protein  40.91 
 
 
144 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.090836  normal  0.542302 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2357  protein of unknown function DUF559  41.67 
 
 
117 aa  89  2e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.218447  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01277  hypothetical protein  41.67 
 
 
117 aa  89  2e-17  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01266  hypothetical protein  41.67 
 
 
117 aa  89  2e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1681  protein of unknown function DUF559  46.32 
 
 
117 aa  88.2  4e-17  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0022  protein of unknown function DUF559  43.36 
 
 
123 aa  87.4  6e-17  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3525  hypothetical protein  44.23 
 
 
123 aa  86.7  9e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.739621  normal  0.395212 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0046  hypothetical protein  44.95 
 
 
163 aa  86.7  1e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0433  hypothetical protein  41.75 
 
 
132 aa  85.5  2e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.244113  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1403  hypothetical protein  40.74 
 
 
148 aa  85.9  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0860159  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5447  protein of unknown function DUF559  41.9 
 
 
137 aa  85.1  3e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.129523  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1525  hypothetical protein  42.72 
 
 
111 aa  84.7  4e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3609  hypothetical protein  44.86 
 
 
201 aa  84.7  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.239567  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0011  protein of unknown function DUF559  41.59 
 
 
123 aa  84.3  5e-16  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4529  hypothetical protein  42.45 
 
 
117 aa  83.6  8e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.396695  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0813  protein of unknown function DUF559  42.24 
 
 
139 aa  83.6  9e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2274  protein of unknown function DUF559  40 
 
 
122 aa  82.8  1e-15  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0690835  hitchhiker  4.22818e-06 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2211  protein of unknown function DUF559  40 
 
 
122 aa  82.8  1e-15  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1496  hypothetical protein  40.74 
 
 
116 aa  83.2  1e-15  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.668416  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2952  hypothetical protein  44.12 
 
 
111 aa  83.2  1e-15  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1037  hypothetical protein  47.87 
 
 
120 aa  82  2e-15  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.252748 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2461  type I site-specific deoxyribonuclease, HsdR family  44.23 
 
 
1403 aa  82.4  2e-15  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1578  hypothetical protein  43.14 
 
 
111 aa  81.6  3e-15  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0164  protein of unknown function DUF559  42.72 
 
 
119 aa  81.3  4e-15  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1705  hypothetical protein  43.27 
 
 
1421 aa  80.5  7e-15  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2473  protein of unknown function DUF559  45.65 
 
 
121 aa  80.1  9e-15  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0541  hypothetical protein  43.12 
 
 
225 aa  79.3  2e-14  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.164679  normal  0.146689 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0952  leucyl-tRNA synthetase  40.95 
 
 
1146 aa  77.8  4e-14  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1959  hypothetical protein  38.24 
 
 
121 aa  77.8  5e-14  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  decreased coverage  0.00461889  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0673  hypothetical protein  36.94 
 
 
173 aa  76.3  2e-13  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.3274 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0961  protein of unknown function DUF559  37.38 
 
 
134 aa  74.3  6e-13  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3209  protein of unknown function DUF559  38.46 
 
 
122 aa  74.3  6e-13  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0254559 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3620  protein of unknown function DUF559  39.62 
 
 
142 aa  73.9  7e-13  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1651  hypothetical protein  40.66 
 
 
123 aa  71.6  3e-12  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.173926 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1522  hypothetical protein  38.1 
 
 
142 aa  70.9  6e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.576255  normal  0.451706 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1369  hypothetical protein  40 
 
 
175 aa  67.8  5e-11  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.628827  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4118  hypothetical protein  39.18 
 
 
125 aa  67  9e-11  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000578053  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1674  protein of unknown function DUF559  36.19 
 
 
133 aa  66.6  1e-10  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2722  hypothetical protein  35.14 
 
 
147 aa  65.9  2e-10  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1608  hypothetical protein  33.98 
 
 
1279 aa  65.1  3e-10  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1938  hypothetical protein  43.84 
 
 
90 aa  65.1  3e-10  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3958  hypothetical protein  38.78 
 
 
143 aa  64.3  6e-10  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.119424  normal  0.553808 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0900  hypothetical protein  38.05 
 
 
125 aa  62.8  1e-09  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0282  hypothetical protein  33.06 
 
 
122 aa  61.6  3e-09  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3362  hypothetical protein  45.76 
 
 
65 aa  61.6  3e-09  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00536724 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4361  RNA methyltransferase, TrmH family, group 1  39.64 
 
 
399 aa  61.2  5e-09  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.989023  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1624  RNA methyltransferase TrmH, group 1  40.82 
 
 
410 aa  60.1  9e-09  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1295  RNA methyltransferase TrmH, group 1  40.82 
 
 
403 aa  60.1  9e-09  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1577  RNA methyltransferase TrmH, group 1  50 
 
 
410 aa  60.1  1e-08  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.68355  normal  0.0119734 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3917  hypothetical protein  32.17 
 
 
154 aa  59.7  1e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0131192 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3731  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.62 
 
 
398 aa  57.8  5e-08  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.804508  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0571  hypothetical protein  42.72 
 
 
133 aa  56.6  1e-07  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.210516  normal  0.26381 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2649  protein of unknown function DUF559  35.58 
 
 
1712 aa  56.2  1e-07  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5426  putative tRNA/rRNA methyltransferase  42 
 
 
399 aa  54.7  4e-07  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.138819 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1738  RNA methyltransferase TrmH, group 1  45 
 
 
397 aa  54.7  4e-07  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3969  hypothetical protein  44.26 
 
 
126 aa  53.9  6e-07  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.897432  normal  0.0945396 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0548  hypothetical protein  38.27 
 
 
104 aa  52  3e-06  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.249593  normal  0.197287 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0348  hypothetical protein  37.35 
 
 
148 aa  44.3  0.0006  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.329049 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_3118  protein of unknown function DUF559  30.48 
 
 
133 aa  43.1  0.001  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.130033  hitchhiker  1.97105e-07 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2824  protein of unknown function DUF559  37.04 
 
 
283 aa  42.7  0.002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0136609 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2488  hypothetical protein  32.95 
 
 
925 aa  42.7  0.002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>