More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_0001 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_0001  chromosomal replication initiation protein  92.81 
 
 
472 aa  876  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.583954  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0001  chromosomal replication initiation protein  100 
 
 
472 aa  964  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0001  chromosomal replication initiation protein  85.26 
 
 
475 aa  826  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0001  chromosomal replication initiation protein  94.92 
 
 
472 aa  908  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.206184  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0001  chromosomal replication initiation protein  85.92 
 
 
475 aa  815  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0001  chromosomal replication initiation protein  85.05 
 
 
475 aa  825  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.216398 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0001  chromosomal replication initiation protein  89.01 
 
 
473 aa  863  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.884369 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0002  chromosomal replication initiation protein  60.84 
 
 
498 aa  573  1e-162  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0002  chromosomal replication initiation protein  60.37 
 
 
501 aa  560  1e-158  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0003  chromosomal replication initiation protein  60.04 
 
 
510 aa  558  1e-158  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  unclonable  2.44231e-08  normal  0.247706 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0001  chromosomal replication initiation protein  61.23 
 
 
494 aa  551  1e-156  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.852723  normal  0.138362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0001  chromosomal replication initiation protein  58.42 
 
 
506 aa  554  1e-156  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0129481  hitchhiker  1.43408e-08 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0001  chromosomal replication initiation protein  60.17 
 
 
501 aa  553  1e-156  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0002  chromosomal replication initiation protein  60.17 
 
 
501 aa  553  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.536334 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0001  chromosomal replication initiation protein  57.7 
 
 
506 aa  551  1e-156  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0001  chromosomal replication initiation protein  62.11 
 
 
499 aa  550  1e-155  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.00640124  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0001  chromosomal replication initiation protein  52.49 
 
 
516 aa  463  1e-129  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.962631  hitchhiker  0.00495499 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0001  chromosomal replication initiation protein  50.21 
 
 
479 aa  460  1e-128  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0301114  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0001  chromosomal replication initiation protein  51.12 
 
 
516 aa  447  1e-124  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0192779 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0391  chromosomal replication initiation protein  49.28 
 
 
524 aa  443  1e-123  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.246214  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0003  chromosomal replication initiation protein  49.59 
 
 
520 aa  442  1e-123  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  2.73847e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0001  chromosomal replication initiation protein  48.58 
 
 
496 aa  439  1e-122  Brucella suis 1330  Bacteria  decreased coverage  0.00276825  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0002  chromosomal replication initiation protein  50.72 
 
 
481 aa  441  1e-122  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0480088  hitchhiker  1.32312e-05 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0003  chromosomal replication initiator protein DnaA  49.79 
 
 
519 aa  440  1e-122  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  decreased coverage  1.18183e-08  unclonable  1.22456e-24 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0001  chromosomal replication initiation protein  48.79 
 
 
496 aa  437  1e-121  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  decreased coverage  8.69739e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1279  chromosomal replication initiation protein  48.5 
 
 
524 aa  424  1e-117  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  5.04678e-13  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2833  chromosomal replication initiation protein  45.4 
 
 
448 aa  397  1e-109  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0001  chromosomal replication initiation protein  45.92 
 
 
482 aa  397  1e-109  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  46.77 
 
 
477 aa  394  1e-108  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3373  chromosomal replication initiation protein  44.49 
 
 
460 aa  392  1e-108  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0001  chromosomal replication initiation protein  42.83 
 
 
460 aa  394  1e-108  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.335135  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0270  chromosomal replication initiation protein  43.35 
 
 
452 aa  390  1e-107  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.43885  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0809  chromosomal replication initiation protein  42.92 
 
 
464 aa  386  1e-106  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.54082  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0001  chromosomal replication initiation protein  43.52 
 
 
509 aa  380  1e-104  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0001  chromosomal replication initiation protein  41.93 
 
 
470 aa  378  1e-103  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0703594  normal  0.628106 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  44.83 
 
 
461 aa  372  1e-102  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  6.03983e-07 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1342  chromosomal replication initiation protein  43.51 
 
 
455 aa  363  3e-99  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0011  chromosomal replication initiation protein  43.51 
 
 
455 aa  363  3e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0001  chromosomal replication initiation protein  40.57 
 
 
475 aa  361  1e-98  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0001  chromosomal replication initiation protein  40.92 
 
 
477 aa  353  3e-96  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.839498  normal 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0259  chromosomal replication initiator protein DnaA  39.38 
 
 
474 aa  346  5e-94  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.310271  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  41.45 
 
 
482 aa  342  7e-93  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  4.60391e-05  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0001  chromosomal replication initiation protein  40.49 
 
 
498 aa  316  5e-85  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  34.8 
 
 
450 aa  306  6e-82  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  35.71 
 
 
446 aa  305  9e-82  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  3.25337e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0001  chromosomal replication initiation protein  39.96 
 
 
487 aa  305  1e-81  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.775334  normal 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  35.01 
 
 
450 aa  304  2e-81  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  4.47845e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  35.71 
 
 
446 aa  304  2e-81  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  35.71 
 
 
446 aa  303  3e-81  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  36.13 
 
 
446 aa  303  4e-81  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  36.13 
 
 
446 aa  303  4e-81  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  2.44098e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  36.13 
 
 
446 aa  303  4e-81  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  4.59109e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  36.13 
 
 
446 aa  303  4e-81  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  1.63866e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  36.13 
 
 
446 aa  303  4e-81  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  4.25777e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  36.13 
 
 
446 aa  303  5e-81  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  1.84902e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  36.13 
 
 
446 aa  303  5e-81  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0001  chromosomal replication initiation protein  37.37 
 
 
452 aa  299  6e-80  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  35.53 
 
 
453 aa  297  2e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  7.95473e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  35.53 
 
 
453 aa  297  2e-79  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  36.55 
 
 
446 aa  298  2e-79  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.33 
 
 
453 aa  296  5e-79  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  2.08022e-10  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.69 
 
 
454 aa  295  9e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0001  chromosomal replication initiation protein  37.84 
 
 
451 aa  295  1e-78  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  unclonable  7.64641e-07  normal  0.435321 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0001  chromosomal replication initiation protein  37.89 
 
 
452 aa  295  1e-78  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0001  chromosomal replication initiation protein  37.89 
 
 
452 aa  295  1e-78  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  34.53 
 
 
451 aa  295  1e-78  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0001  initiation of chromosome replication  34.69 
 
 
436 aa  294  2e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.27 
 
 
469 aa  291  1e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  decreased coverage  0.000259143  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0001  chromosomal replication initiation protein  37.45 
 
 
451 aa  290  3e-77  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  decreased coverage  1.23931e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0001  chromosomal replication initiation protein  37.45 
 
 
451 aa  290  3e-77  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00187127  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  37.26 
 
 
449 aa  290  4e-77  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  36.48 
 
 
465 aa  290  5e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  36.5 
 
 
462 aa  289  7e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  2.11976e-10  n/a   
 
 
 
NC_011899  Hore_00010  chromosomal replication initiator protein DnaA  33.48 
 
 
463 aa  289  9e-77  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00536902  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0001  chromosomal replication initiation protein  36.23 
 
 
461 aa  288  1e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  2.63579e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0001  chromosomal replication initiation protein  35.36 
 
 
459 aa  288  1e-76  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  decreased coverage  3.86226e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  34.26 
 
 
457 aa  288  1e-76  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0001  chromosomal replication initiation protein  35.04 
 
 
443 aa  288  2e-76  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.00172749  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.16 
 
 
462 aa  288  2e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  34.47 
 
 
457 aa  287  2e-76  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  5.97417e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  36.13 
 
 
461 aa  287  3e-76  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  5.1e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  36.02 
 
 
460 aa  286  5e-76  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  1.79736e-07  unclonable  3.13535e-11 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0009  chromosomal replication initiation protein  36.02 
 
 
460 aa  286  6e-76  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  2.81375e-07  unclonable  6.00935e-11 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  36.02 
 
 
460 aa  286  7e-76  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  35.73 
 
 
462 aa  286  8e-76  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  1.57699e-06  unclonable  1.21376e-05 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  35.73 
 
 
462 aa  286  8e-76  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  2.57358e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  35.73 
 
 
462 aa  286  8e-76  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  9.98931e-09  unclonable  3.43779e-12 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  35.73 
 
 
462 aa  286  8e-76  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  5.62887e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0001  chromosomal replication initiation protein  37.89 
 
 
455 aa  285  9e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.632445  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  37.18 
 
 
467 aa  285  1e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  5.58594e-06  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  35.81 
 
 
462 aa  285  1e-75  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  2.81438e-07  unclonable  1.18337e-08 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0001  chromosomal replication initiation protein  35.01 
 
 
441 aa  285  1e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.000247534  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4177  chromosomal replication initiation protein  36.67 
 
 
462 aa  285  2e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  5.10804e-08  normal  0.0257346 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4153  chromosomal replication initiation protein  36.67 
 
 
462 aa  285  2e-75  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  unclonable  7.6269e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  36.9 
 
 
465 aa  284  2e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  35.81 
 
 
460 aa  285  2e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  7.24276e-06  unclonable  1.76e-05 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0001  chromosomal replication initiation protein  33.05 
 
 
449 aa  284  2e-75  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0001  chromosomal replication initiation protein  35.42 
 
 
459 aa  284  3e-75  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  7.81636e-06  unclonable  3.44978e-06 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0001  chromosomal replication initiation protein  35.52 
 
 
461 aa  284  3e-75  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  1.02323e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  37.18 
 
 
467 aa  283  4e-75  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>