233 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_RNA33 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_t43  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0642422  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA33  tRNA-Leu  100 
 
 		 85 bp  168  1e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.962701 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3504  tRNA-Leu  97.65 
 
 		 85 bp  153  8e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41320  tRNA-Leu  97.56 
 
 		 82 bp  147  5e-34  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.73657  normal  0.390973 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_60230  tRNA-Leu  95.12 
 
 		 82 bp  131  3e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R53  tRNA-Leu  94.12 
 
 		 85 bp  129  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.9371 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_R0065  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.401468  normal  0.0428865 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_R0042  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.13474 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_R0041  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.168145  normal  0.264208 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_R0057  tRNA-Leu  92.94 
 
 		 85 bp  121  3e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.811413  hitchhiker  0.000421816 
 
 
-
 
NC_002947  PP_t52  tRNA-Leu  92.68 
 
 		 82 bp  115  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.329875  normal  0.0339044 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0043  tRNA-Leu  91.76 
 
 		 85 bp  113  7.000000000000001e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.187208  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_R0042  tRNA-Leu  92.41 
 
 		 85 bp  109  1e-22  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.59111  normal  0.0140325 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_R0036  tRNA-Leu  96.77 
 
 		 85 bp  107  4e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_R0111  tRNA-Leu  91.14 
 
 		 85 bp  101  3e-20  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0050  tRNA-Leu  91.14 
 
 		 85 bp  101  3e-20  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00562021  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna133  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000824514  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna136  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000736232  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna138  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000894739  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna140  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000833162  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna144  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000990562  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna142  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000867918  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna148  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000790983  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna151  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000109594  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna146  tRNA-Leu  89.41 
 
 		 85 bp  97.6  4e-19  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000807662  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0027  tRNA-Leu  91.67 
 
 		 85 bp  95.6  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000026445  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0037  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.21797  normal  0.0832006 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3153t  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000997462  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0039  tRNA-Leu  91.43 
 
 		 85 bp  91.7  2e-17  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.368891  normal  0.738414 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01233  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3150t  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.00000767874  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01239  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01237  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01242  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3146t  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000598983  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3144t  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000564151  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I3148t  tRNA-Leu  89.02 
 
 		 82 bp  91.7  2e-17  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000100991  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_rna149  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.00000000841901  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_R0074  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  89.7  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.313873  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_R0034  tRNA-Leu  92.19 
 
 		 85 bp  87.7  4e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.501303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0049  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.172845  normal  0.818722 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0035  tRNA-Leu  88.61 
 
 		 85 bp  85.7  0.000000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000172953  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_R0068  tRNA-Leu  87.06 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000622539  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0093  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000286418  normal  0.38705 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0095  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000337125  normal  0.246818 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0099  tRNA-Leu  89.86 
 
 		 85 bp  81.8  0.00000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000588757  normal  0.145211 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_R0029  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000561598  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0047  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000181775  normal  0.0158723 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4256  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 87 bp  79.8  0.00000000000009  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0152  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000933579  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0150  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000811763  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0148  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00000000739603  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0331  tRNA-Leu  88.89 
 
 		 87 bp  79.8  0.00000000000009  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000146268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0155  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000253856  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_R0158  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.0000000000218199  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0122  tRNA-Leu  89.71 
 
 		 85 bp  79.8  0.00000000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000556083  normal  0.191984 
 
 
-
 
NC_006368  lppt22  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt22  tRNA-Leu  87.34 
 
 		 85 bp  77.8  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01236  tRNA-Leu  90.48 
 
 		 82 bp  77.8  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0039  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.00836126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_R0038  tRNA-Leu  88.57 
 
 		 85 bp  75.8  0.000000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00398477  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0027  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000000908106  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0105  tRNA-Leu  88.41 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000000651737  normal  0.103844 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1765  tRNA-Leu  85.88 
 
 		 85 bp  73.8  0.000000000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000020879  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0130  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000000584266  normal  0.382411 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0128  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00106969  normal  0.52847 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0127  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000000102689  normal  0.193684 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0124  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000141518  normal  0.195721 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_R0120  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00172985  normal  0.187402 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0133  tRNA-Leu  88.24 
 
 		 85 bp  71.9  0.00000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000000286761  normal  0.279281 
 
 
-
 
NC_004347  SO_t015  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0038    86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.781557  normal  0.784208 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0119  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000110809  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_R0128  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0000119757  hitchhiker  0.00049281 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0032  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.33721 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0029  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.316584 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0039  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0647053  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_t010  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000000827659  hitchhiker  0.00000000052642 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0033  tRNA-Leu  86.08 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0111  tRNA-Leu  88.06 
 
 		 85 bp  69.9  0.00000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000000389505  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3563  tRNA-Leu  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.565082  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3566  tRNA-Leu  88.71 
 
 		 85 bp  67.9  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_R0009  tRNA-Leu  95.24 
 
 		 84 bp  67.9  0.0000000004  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00013  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.000000122077  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0062  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  4.8923600000000005e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0459  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000000131572  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2213  tRNA-Leu  95 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.34257  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_R0034  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.880113  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0063  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  decreased coverage  0.000661955  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0737  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.000058826  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0831  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00000791902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0723  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000925  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_R0039  tRNA-Leu  95 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  hitchhiker  0.00489607  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0075  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.00000000116589  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0030  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.249207  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5018  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.0000000000000585411  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0034  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Enterobacter sp. 638  Bacteria  unclonable  0.00000000358312  hitchhiker  0.000769415 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4653  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  7.43114e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0062  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 85 bp  63.9  0.000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0160878  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0796  tRNA-Leu  86.11 
 
 		 87 bp  63.9  0.000000006  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  decreased coverage  0.000227497  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>