More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4796 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_0382  DNA ligase, NAD-dependent, putative  84.85 
 
 		 561 aa  962    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4796  NAD-dependent DNA ligase LigB  100 
 
 		 561 aa  1137    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.0176642 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5270  NAD-dependent DNA ligase LigB  63.27 
 
 		 558 aa  712    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.27312  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4968  NAD-dependent DNA ligase LigB  55.62 
 
 		 566 aa  623  1e-177  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4841  NAD-dependent DNA ligase LigB  55.62 
 
 		 566 aa  622  1e-177  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.596764  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0453  NAD-dependent DNA ligase LigB  55.74 
 
 		 562 aa  620  1e-176  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03590  NAD-dependent DNA ligase LigB  56.68 
 
 		 560 aa  613  9.999999999999999e-175  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145228  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0498  NAD-dependent DNA ligase LigB  53.32 
 
 		 567 aa  608  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.436093  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  54.8 
 
 		 566 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.581367 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4144  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.4 
 
 		 560 aa  485  1e-136  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.610084  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4175  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.69 
 
 		 567 aa  476  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.388697  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0042  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.69 
 
 		 567 aa  477  1e-133  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0046  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.29 
 
 		 558 aa  474  1e-132  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.75 
 
 		 575 aa  469  1.0000000000000001e-131  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4491  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.59 
 
 		 563 aa  472  1.0000000000000001e-131  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4208  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.04 
 
 		 562 aa  456  1e-127  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4126  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.73 
 
 		 561 aa  450  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4019  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.09 
 
 		 561 aa  450  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4065  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.54 
 
 		 561 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3947  NAD-dependent DNA ligase LigB  43.09 
 
 		 561 aa  451  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00109468 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1518  NAD-dependent DNA ligase LigB  44.3 
 
 		 629 aa  449  1e-125  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  0.0000466124  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3956  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.73 
 
 		 561 aa  449  1e-125  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03504  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.62 
 
 		 560 aa  443  1e-123  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0058  DNA ligase (NAD(+))  42.62 
 
 		 560 aa  443  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03456  hypothetical protein  42.62 
 
 		 560 aa  443  1e-123  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3858  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.62 
 
 		 562 aa  443  1e-123  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5017  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.8 
 
 		 577 aa  442  1e-123  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0064  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.62 
 
 		 560 aa  443  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.199825  hitchhiker  0.000414581 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4148  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.62 
 
 		 562 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.969555  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3981  NAD-dependent DNA ligase LigB  42.83 
 
 		 560 aa  441  9.999999999999999e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0092  NAD-dependent DNA ligase LigB  39.89 
 
 		 556 aa  427  1e-118  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_3645  DNA ligase, NAD-dependent  26.41 
 
 		 692 aa  173  6.999999999999999e-42  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1515  NAD-dependent DNA ligase  24.3 
 
 		 668 aa  171  4e-41  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  normal  0.872196 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0182  DNA ligase, NAD-dependent  23.22 
 
 		 681 aa  169  1e-40  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4463  DNA ligase, NAD-dependent  29.44 
 
 		 693 aa  169  1e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0518609  normal  0.98115 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1444  DNA ligase, NAD-dependent  24.49 
 
 		 680 aa  168  2e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0179686  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0462  DNA ligase, NAD-dependent  25.39 
 
 		 663 aa  167  2.9999999999999998e-40  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0703  DNA ligase, NAD-dependent  26.6 
 
 		 691 aa  167  6.9999999999999995e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0847  DNA ligase, NAD-dependent  25.3 
 
 		 688 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0824  DNA ligase, NAD-dependent  25.3 
 
 		 688 aa  166  1.0000000000000001e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02300  DNA ligase, NAD-dependent  23.45 
 
 		 670 aa  164  4.0000000000000004e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  0.000000000000139643  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1117  DNA ligase, NAD-dependent  25.39 
 
 		 673 aa  162  2e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.62969  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_2085  DNA ligase, NAD-dependent  25.57 
 
 		 699 aa  161  2e-38  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0427  DNA ligase, NAD-dependent  26.35 
 
 		 675 aa  161  3e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1618  DNA ligase, NAD-dependent  26.04 
 
 		 673 aa  159  2e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.00000164842  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1313  DNA ligase  23.9 
 
 		 670 aa  157  4e-37  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  0.269353 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1428  DNA ligase, NAD-dependent  26.64 
 
 		 694 aa  157  4e-37  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0176599  normal  0.198216 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0352  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.79 
 
 		 669 aa  156  8e-37  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1617  DNA ligase, NAD-dependent  27.26 
 
 		 672 aa  155  1e-36  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.755766  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2016  DNA ligase, NAD-dependent  26.95 
 
 		 673 aa  155  2e-36  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1511  DNA ligase, NAD-dependent  23.32 
 
 		 662 aa  155  2e-36  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.0217425  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0681  DNA ligase, NAD-dependent  27.02 
 
 		 673 aa  154  2.9999999999999998e-36  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.295891  normal  0.841285 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0562  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.35 
 
 		 660 aa  154  4e-36  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.0449275  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0763  DNA ligase, NAD-dependent  25.65 
 
 		 677 aa  154  4e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.0000192603  normal  0.836157 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4968  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.62 
 
 		 669 aa  154  5e-36  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1693  DNA ligase (NAD+)  24.53 
 
 		 675 aa  154  5e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  decreased coverage  0.000392244  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1147  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.35 
 
 		 670 aa  154  5e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0004  DNA ligase, NAD-dependent  25.43 
 
 		 675 aa  153  7e-36  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0427  NAD-dependent DNA ligase  23.35 
 
 		 684 aa  153  7e-36  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0276  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.62 
 
 		 669 aa  153  8.999999999999999e-36  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0286  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.21 
 
 		 669 aa  152  1e-35  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0947  DNA ligase, NAD-dependent  24.15 
 
 		 675 aa  152  1e-35  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0066  DNA ligase, NAD-dependent  23.66 
 
 		 671 aa  153  1e-35  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0850  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.02 
 
 		 652 aa  152  2e-35  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0275  NAD-dependent DNA ligase  24.91 
 
 		 667 aa  152  2e-35  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1017  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.36 
 
 		 645 aa  151  3e-35  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  0.682519  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0279  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.45 
 
 		 669 aa  151  3e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0287  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.45 
 
 		 669 aa  151  3e-35  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1670  DNA ligase NAD-dependent  25.48 
 
 		 666 aa  151  4e-35  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.229082 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0673  NAD-dependent DNA ligase LigA  22.69 
 
 		 651 aa  151  4e-35  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2013  DNA ligase, NAD-dependent  25.73 
 
 		 666 aa  150  5e-35  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0592  DNA ligase, NAD-dependent  22.04 
 
 		 669 aa  150  5e-35  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0335  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.41 
 
 		 669 aa  150  6e-35  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0463  DNA ligase, NAD-dependent  26.03 
 
 		 684 aa  150  7e-35  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0683  DNA ligase, NAD-dependent  26.05 
 
 		 684 aa  150  7e-35  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.992096  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0378  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.58 
 
 		 669 aa  150  8e-35  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0292  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.45 
 
 		 669 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0655  DNA ligase, NAD-dependent  23.55 
 
 		 670 aa  149  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0306  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.45 
 
 		 669 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0337  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.45 
 
 		 669 aa  149  1.0000000000000001e-34  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1522  NAD-dependent DNA ligase  23.55 
 
 		 673 aa  149  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG1253  DNA ligase, NAD-dependent  27.82 
 
 		 669 aa  149  2.0000000000000003e-34  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2346  DNA ligase, NAD-dependent  25.43 
 
 		 670 aa  147  3e-34  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0271  NAD-dependent DNA ligase LigA  23.68 
 
 		 670 aa  147  3e-34  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1812  DNA ligase (NAD+)  26.38 
 
 		 677 aa  148  3e-34  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_1926  hypothetical protein  22.74 
 
 		 671 aa  147  5e-34  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0987  DNA ligase  24.74 
 
 		 673 aa  147  6e-34  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0163  DNA ligase, NAD-dependent  26.39 
 
 		 685 aa  147  6e-34  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0316123  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3592  DNA ligase, NAD-dependent  26.02 
 
 		 703 aa  147  7.0000000000000006e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0307521  normal  0.0769861 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1020  DNA ligase  24.43 
 
 		 673 aa  146  9e-34  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02311  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.61 
 
 		 671 aa  146  1e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000571235  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1250  DNA ligase, NAD-dependent  24.91 
 
 		 671 aa  146  1e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000262994  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2698  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.61 
 
 		 671 aa  146  1e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000106098  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0492  NAD-dependent DNA ligase LigA  25.09 
 
 		 669 aa  146  1e-33  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000242454  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2566  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.61 
 
 		 671 aa  146  1e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000140501  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3838  NAD-dependent DNA ligase LigA  26.72 
 
 		 776 aa  146  1e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.771384 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3642  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.78 
 
 		 671 aa  146  1e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000402344  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02272  hypothetical protein  24.61 
 
 		 671 aa  146  1e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000450383  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2083  DNA ligase, NAD-dependent  25.88 
 
 		 731 aa  146  1e-33  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0521924  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2546  NAD-dependent DNA ligase LigA  24.61 
 
 		 671 aa  146  1e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  6.01558e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>