More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4688 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_4688  phosphoribosyltransferase  100 
 
 		 244 aa  501  1e-141  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.482553  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0493  competence protein ComF, putative  84.84 
 
 		 244 aa  432  1e-120  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5177  phosphoribosyltransferase  67.62 
 
 		 246 aa  342  5e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.039124  normal  0.248772 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0391  phosphoribosyltransferase  61.73 
 
 		 243 aa  305  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.214316 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4841  competence protein ComF  56.97 
 
 		 245 aa  288  6e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.399762  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05970  amidophosphoribosyltransferase  64.66 
 
 		 238 aa  287  1e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.096525  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0387  amidophosphoribosyltransferase-like protein  56.79 
 
 		 243 aa  280  2e-74  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.336558  normal  0.927727 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4090  amidophosphoribosyltransferase-like protein  61.21 
 
 		 246 aa  275  5e-73  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0361  competence protein ComF, putative  56.79 
 
 		 243 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0592  putative phosphoribosyl transferase  57.14 
 
 		 241 aa  253  2.0000000000000002e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.173105  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06360  putative phosphoribosyl transferase  56.28 
 
 		 241 aa  250  2e-65  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00829668  normal  0.955973 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3140  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  38.68 
 
 		 296 aa  165  6.9999999999999995e-40  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.012105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2437  competence protein F  43.36 
 
 		 262 aa  155  6e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.104634 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2102  competence protein F  40.91 
 
 		 246 aa  152  4e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2280  hypothetical protein  38.64 
 
 		 234 aa  150  2e-35  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2252  hypothetical protein  37.73 
 
 		 234 aa  149  3e-35  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2757  putative phosphoribosyl transferase  39.23 
 
 		 242 aa  145  8.000000000000001e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0317  hypothetical protein  39.19 
 
 		 230 aa  141  9.999999999999999e-33  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0129  competence protein F  42.73 
 
 		 237 aa  141  9.999999999999999e-33  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1124  competence protein F  37.27 
 
 		 233 aa  140  1.9999999999999998e-32  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1490  competence protein  36.56 
 
 		 232 aa  135  4e-31  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.923217  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0049  competence protein F  40.36 
 
 		 241 aa  135  5e-31  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2936  competence protein F, putative  39.25 
 
 		 243 aa  135  6.0000000000000005e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0346269  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0418  competence protein F  41.23 
 
 		 237 aa  135  7.000000000000001e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000113575 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0242  competence protein  41.23 
 
 		 263 aa  135  8e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0040  competence protein F  40.36 
 
 		 241 aa  134  9.999999999999999e-31  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.648348  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3816  putative phosphoribosyl transferase  39.69 
 
 		 266 aa  129  3e-29  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.231863 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4633  gluconate periplasmic binding protein  39.13 
 
 		 227 aa  128  7.000000000000001e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2095  phosphoribosyltransferase  35.62 
 
 		 247 aa  127  1.0000000000000001e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00900618  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0617  phosphoribosyltransferase  39.56 
 
 		 247 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4118  gluconate periplasmic binding protein  38.5 
 
 		 233 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3184  putative phosphoribosyl transferase  40.21 
 
 		 230 aa  126  3e-28  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.392419 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2181  hypothetical protein  34.23 
 
 		 227 aa  126  3e-28  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00000180305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1128  phosphoribosyltransferase  33.33 
 
 		 239 aa  125  6e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0234  putative competence protein F-related protein  38.86 
 
 		 240 aa  125  8.000000000000001e-28  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0348529 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0541  phosphoribosyltransferase  35.77 
 
 		 261 aa  124  2e-27  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.380195  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2296  hypothetical protein  35.71 
 
 		 241 aa  122  5e-27  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.658532  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1537  putative competence protein F  36.44 
 
 		 228 aa  122  7e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0447  phosphoribosyltransferase  34.84 
 
 		 229 aa  121  8e-27  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.300519  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3925  gluconate periplasmic binding protein  38.5 
 
 		 233 aa  121  9.999999999999999e-27  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3333  phosphoribosyltransferase  38.24 
 
 		 242 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2284  phosphoribosyltransferase  38.35 
 
 		 258 aa  121  9.999999999999999e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0107952 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2264  phosphoribosyltransferase  36.97 
 
 		 255 aa  120  9.999999999999999e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.200709  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0964  competence protein F  39.33 
 
 		 238 aa  120  1.9999999999999998e-26  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.186379  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4125  amidophosphoribosyltransferase-like protein  40 
 
 		 238 aa  119  3e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000000102342  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3826  gluconate periplasmic binding protein  39.52 
 
 		 227 aa  119  4.9999999999999996e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0124  competence protein F, putative  36.84 
 
 		 238 aa  118  9e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3823  competence protein F  40.36 
 
 		 231 aa  117  1.9999999999999998e-25  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.523279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0235  gluconate periplasmic binding protein  36.87 
 
 		 239 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0215  putative competence protein F-related protein  38.66 
 
 		 240 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.162002 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4174  putative competence protein f-related protein  34.55 
 
 		 261 aa  116  3e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0737  phosphoribosyltransferase  37.33 
 
 		 246 aa  116  3.9999999999999997e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.113594  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3504  competence protein ComF  37.95 
 
 		 250 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0188  phosphoribosyltransferase  33.04 
 
 		 239 aa  116  3.9999999999999997e-25  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.138467  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2573  amidophosphoribosyltransferase  40.09 
 
 		 247 aa  115  6e-25  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2292  ComF family protein  34.85 
 
 		 286 aa  115  6.9999999999999995e-25  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0572  ComF family protein  33.65 
 
 		 204 aa  115  8.999999999999998e-25  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4012  competence protein ComF  35.11 
 
 		 249 aa  114  1.0000000000000001e-24  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03265  gluconate periplasmic binding protein with phosphoribosyltransferase domain, GNT I system  37.68 
 
 		 227 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00626502  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0273  putative competence protein F-related protein  34.54 
 
 		 268 aa  113  2.0000000000000002e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.317287  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3888  gluconate periplasmic binding protein  37.68 
 
 		 227 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0300  gluconate periplasmic binding protein  37.68 
 
 		 227 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0414054  normal  0.0237558 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3610  gluconate periplasmic binding protein  37.68 
 
 		 227 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0143  putative competence protein F  29.73 
 
 		 230 aa  113  2.0000000000000002e-24  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3529  competence protein ComF  37.97 
 
 		 293 aa  114  2.0000000000000002e-24  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03217  hypothetical protein  37.68 
 
 		 227 aa  114  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00548769  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3694  gluconate periplasmic binding protein  37.68 
 
 		 227 aa  113  2.0000000000000002e-24  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3458  K+-dependent Na+/Ca+ exchanger related-protein  32.5 
 
 		 250 aa  113  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.0000183907  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0300  comF family protein  37.2 
 
 		 227 aa  113  3e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00612033  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0784  ComF family protein  33.19 
 
 		 251 aa  113  4.0000000000000004e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.0887705  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4720  gluconate periplasmic binding protein  36.71 
 
 		 248 aa  112  5e-24  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0157  competence protein ComF  35.56 
 
 		 274 aa  112  6e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0423  ComF family protein  37.06 
 
 		 255 aa  112  6e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3081  phosphoribosyltransferase  36.41 
 
 		 237 aa  112  7.000000000000001e-24  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000295242  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3881  competence protein ComF  36.44 
 
 		 268 aa  112  8.000000000000001e-24  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0317  gluconate periplasmic binding protein  37.09 
 
 		 233 aa  111  1.0000000000000001e-23  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0177  competence protein ComF  33.33 
 
 		 266 aa  110  1.0000000000000001e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4198  competence protein ComF  36.44 
 
 		 263 aa  111  1.0000000000000001e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0416  putative competence protein F  30.04 
 
 		 270 aa  111  1.0000000000000001e-23  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3970  competence protein F  38.14 
 
 		 236 aa  110  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4330  competence protein ComF  36 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3794  gluconate periplasmic binding protein  37.2 
 
 		 227 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3629  competence protein ComF  34.82 
 
 		 252 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1733  ComF family protein  39.19 
 
 		 299 aa  110  2.0000000000000002e-23  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00110223  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4126  competence protein ComF  36.44 
 
 		 263 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3805  competence protein ComF  36 
 
 		 268 aa  110  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.274004 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00615  amidophosphoribosyltransferase  34.04 
 
 		 185 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0258  amidophosphoribosyltransferases-like protein  35.43 
 
 		 279 aa  110  3e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0243  competence protein ComF  33.62 
 
 		 268 aa  110  3e-23  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3540  ComF family protein  38.97 
 
 		 242 aa  109  4.0000000000000004e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3880  gluconate periplasmic binding protein  36.23 
 
 		 227 aa  109  5e-23  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0141  competence protein ComF  36 
 
 		 263 aa  108  6e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3909  ComF family protein  35.89 
 
 		 238 aa  108  8.000000000000001e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3712  gluconate periplasmic binding protein  35.75 
 
 		 227 aa  107  1e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3800  competence protein ComF  33.76 
 
 		 262 aa  107  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3784  gluconate periplasmic binding protein  35.75 
 
 		 227 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0248  amidophosphoribosyltransferase  32.85 
 
 		 245 aa  107  2e-22  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.067407  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3709  gluconate periplasmic binding protein  35.75 
 
 		 227 aa  107  2e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.604176  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1495  phosphoribosyltransferase  36.92 
 
 		 217 aa  107  2e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3771  phosphoribosyltransferase  39.25 
 
 		 239 aa  107  2e-22  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>