171 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4488 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_4488  L-fucose permease  100 
 
 
443 aa  897    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.530054  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6905  L-fucose permease  70.7 
 
 
457 aa  629  1e-179  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.499924 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1540  L-fucose permease  69.77 
 
 
457 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.284647  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6289  L-fucose transporter  69.77 
 
 
457 aa  619  1e-176  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.642767 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6949  L-fucose transporter  69.37 
 
 
457 aa  615  1e-175  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4073  L-fucose:H+ symporter permease  51.06 
 
 
438 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4018  L-fucose:H+ symporter permease  51.06 
 
 
438 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4123  L-fucose:H+ symporter permease  51.06 
 
 
438 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4002  L-fucose:H+ symporter permease  51.06 
 
 
438 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.225731  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4181  L-fucose:H+ symporter permease  51.06 
 
 
438 aa  423  1e-117  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0750  fucose permease  49.52 
 
 
424 aa  411  1e-113  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  hitchhiker  0.000880356  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1614  fucose permease  46.24 
 
 
448 aa  389  1e-107  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.139111  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0406  L-fucose transporter  46.37 
 
 
451 aa  384  1e-105  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00228439  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02756  L-fucose:H+ symporter permease  42.02 
 
 
411 aa  300  3e-80  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2942  L-fucose transporter  39.56 
 
 
438 aa  300  3e-80  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.643765  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4065  L-fucose transporter  39.32 
 
 
438 aa  299  7e-80  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0887  L-fucose transporter  39.32 
 
 
438 aa  298  1e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2945  L-fucose transporter  39.32 
 
 
438 aa  298  1e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.824406  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3106  L-fucose transporter  39.32 
 
 
438 aa  298  1e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.101933  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0911  L-fucose transporter  39.32 
 
 
438 aa  298  1e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1259  L-fucose transporter  36.92 
 
 
417 aa  286  5e-76  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1551  L-fucose transporter  38.73 
 
 
434 aa  281  1e-74  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3137  L-fucose transporter  39.75 
 
 
438 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.436667 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3300  L-fucose transporter  39.75 
 
 
438 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3185  L-fucose transporter  39.75 
 
 
438 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.780035  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3200  L-fucose transporter  39.75 
 
 
438 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3120  L-fucose transporter  39.75 
 
 
438 aa  280  3e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.38497  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1612  L-fucose transporter  37.86 
 
 
434 aa  276  4e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0487027  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1994  L-fucose transporter  38.39 
 
 
432 aa  276  7e-73  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.486095 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5644  L-fucose transporter  38.77 
 
 
417 aa  275  1.0000000000000001e-72  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.183274  normal  0.735779 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2428  L-fucose permease  37.68 
 
 
433 aa  272  9e-72  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0364  L-fucose permease  36.82 
 
 
448 aa  265  1e-69  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4128  L-fucose transporter  35.22 
 
 
431 aa  259  7e-68  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2750  L-fucose transporter  35.32 
 
 
431 aa  258  2e-67  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01616  putative fucose permease  39.89 
 
 
381 aa  256  5e-67  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000108257  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4021  L-fucose transporter  35.14 
 
 
417 aa  250  5e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1052  L-fucose permease  31.99 
 
 
444 aa  248  2e-64  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.682471  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03600  L-fucose: permease  35.9 
 
 
442 aa  230  3e-59  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0801  L-fucose transporter  33.95 
 
 
474 aa  229  6e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1447  L-fucose permease  32.44 
 
 
430 aa  229  9e-59  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0300963  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01229  glucose-galactose transporter  34.63 
 
 
427 aa  226  8e-58  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0194609  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2389  glucose/galactose transporter family protein  31.87 
 
 
436 aa  224  2e-57  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.706169  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5388  glucose/galactose transporter  34.15 
 
 
424 aa  223  4e-57  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0644  L-fucose transporter  34.31 
 
 
409 aa  223  4.9999999999999996e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.510185  normal  0.606188 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1241  glucose/galactose transporter  32.84 
 
 
426 aa  216  8e-55  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.184837  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2211  glucose/galactose transporter  30.73 
 
 
424 aa  215  9.999999999999999e-55  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.17788  hitchhiker  0.00147708 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1317  glucose/galactose transporter  31.18 
 
 
435 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1776  glucose/galactose transporter  32.85 
 
 
437 aa  214  2.9999999999999995e-54  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.223071  normal  0.453321 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2298  glucose/galactose transporter  30.96 
 
 
423 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00747197  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2606  glucose/galactose transporter  32.61 
 
 
435 aa  211  2e-53  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.246448  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4572  hypothetical protein  30.96 
 
 
423 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2286  glucose/galactose transporter  30.96 
 
 
423 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2040  glucose/galactose transporter  30.96 
 
 
423 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.441952  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2087  glucose/galactose transporter  30.96 
 
 
423 aa  211  2e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2132  glucose/galactose transporter  32.52 
 
 
423 aa  211  3e-53  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2208  glucose/galactose transporter  31.63 
 
 
423 aa  211  3e-53  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1132  glucose/galactose transporter  31.64 
 
 
431 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.165253  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1217  glucose/galactose transporter  31.88 
 
 
431 aa  211  3e-53  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00556902  normal  0.207324 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2310  glucose/galactose transporter  31.39 
 
 
423 aa  210  5e-53  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.788662  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1273  glucose/galactose transporter  32.35 
 
 
426 aa  210  5e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03795  glucose/galactose transporter family protein  30.56 
 
 
420 aa  209  7e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268682  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3173  glucose/galactose transporter  31.64 
 
 
431 aa  208  2e-52  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.0000854879  normal  0.83373 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3671  glucose/galactose transporter  30.86 
 
 
435 aa  204  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0119  glucose/galactose transporter  31.22 
 
 
425 aa  202  6e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1890  glucose/galactose transporter  31.03 
 
 
421 aa  203  6e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.621908  normal  0.769175 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1017  glucose/galactose transporter  29.43 
 
 
428 aa  202  9.999999999999999e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1663  glucose/galactose transporter  30.36 
 
 
415 aa  202  9.999999999999999e-51  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.24323  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1833  L-fucose transporter  30 
 
 
644 aa  201  1.9999999999999998e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1403  glucose/galactose transporter  30.69 
 
 
415 aa  200  3.9999999999999996e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.000325262  normal  0.0455356 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1148  glucose/galactose transporter  31.18 
 
 
428 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0931456  normal  0.671302 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4044  L-fucose transporter  29.9 
 
 
420 aa  196  9e-49  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2027  glucose/galactose transporter  28.96 
 
 
415 aa  194  2e-48  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1789  glucose/galactose transporter  29.27 
 
 
421 aa  192  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540025  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3761  glucose/galactose transporter  30.22 
 
 
410 aa  192  1e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.807951 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3705  glucose/galactose transporter family protein  29.19 
 
 
407 aa  191  2e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_1066  L-fucose:H+ symporter permease  29.27 
 
 
399 aa  190  5e-47  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0827702  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17660  fucose permease  31.28 
 
 
425 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.634966  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2649  glucose/galactose transporter family protein  30.12 
 
 
428 aa  187  4e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000985214  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5715  L-fucose transporter  29.85 
 
 
417 aa  186  5e-46  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.988636  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3437  L-fucose transporter  29.43 
 
 
412 aa  186  5e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.697396  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3386  glucose/galactose transporter  32.51 
 
 
412 aa  184  3e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.134569 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0562  glucose/galactose transporter  32.44 
 
 
413 aa  182  9.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.336996 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08721  glucose/galactose transporter  29.89 
 
 
440 aa  181  2.9999999999999997e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.066118  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1266  L-fucose-proton symporter  31.23 
 
 
403 aa  178  2e-43  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1494  L-fucose transporter  27.76 
 
 
414 aa  178  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.289824  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0292  glucose/galactose transporter  29.18 
 
 
389 aa  177  5e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3368  L-fucose transporter  30.56 
 
 
413 aa  176  8e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0536  L-fucose permease  27.07 
 
 
418 aa  174  2.9999999999999996e-42  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.186143  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1420  major facilitator transporter  29.6 
 
 
514 aa  174  2.9999999999999996e-42  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1448  L-fucose permease  26.82 
 
 
418 aa  173  5.999999999999999e-42  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3930  glucose/galactose transporter  28.64 
 
 
436 aa  171  2e-41  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.121013  normal  0.215751 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3292  glucose/galactose transporter  30.3 
 
 
428 aa  171  2e-41  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006691  CNF01060  conserved hypothetical protein  29.48 
 
 
468 aa  167  2e-40  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_04150  glucose/galactose transporter protein  28.71 
 
 
429 aa  168  2e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.311164  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2125  glucose/galactose transporter  29.98 
 
 
468 aa  166  1.0000000000000001e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.957571 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3397  glucose/galactose transporter  30.87 
 
 
419 aa  163  6e-39  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1002  glucose/galactose transporter  28.43 
 
 
406 aa  161  2e-38  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00935633  normal  0.690968 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0776  glucose/galactose transporter  29 
 
 
441 aa  154  2e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.747868  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1696  glucose/galactose transporter  27.78 
 
 
444 aa  153  8e-36  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0309117  normal  0.239808 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3687  glucose/galactose transporter  27.01 
 
 
413 aa  150  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.202302  normal  0.04252 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>