More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_4179 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_4179  ribosome-binding factor A  100 
 
 		 138 aa  280  4.0000000000000003e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.308306  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4489  ribosome-binding factor A  95.65 
 
 		 138 aa  271  3e-72  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0856583  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0780  ribosome-binding factor A  86.96 
 
 		 133 aa  241  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000489115  normal  0.0558247 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4711  ribosome-binding factor A  75 
 
 		 132 aa  204  2e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.165962  hitchhiker  0.00698134 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4576  ribosome-binding factor A  75 
 
 		 132 aa  204  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.63413  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4711  ribosome-binding factor A  74.42 
 
 		 132 aa  204  3e-52  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.31631 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0722  ribosome-binding factor A  76.61 
 
 		 132 aa  203  5e-52  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.041956 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5461  ribosome-binding factor A  77.87 
 
 		 128 aa  200  7e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.74875  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_62740  ribosome-binding factor A  78.51 
 
 		 129 aa  199  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.232446  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3607  ribosome-binding factor A  72.22 
 
 		 129 aa  190  7e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.858095  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_42810  ribosome-binding factor A  71.54 
 
 		 129 aa  182  9e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1004  ribosome-binding factor A  59.35 
 
 		 129 aa  151  2.9999999999999998e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.439697  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3073  ribosome-binding factor A  58.26 
 
 		 131 aa  145  2.0000000000000003e-34  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.729556  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1028  ribosome-binding factor A  55.83 
 
 		 129 aa  141  3e-33  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0189385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1863  ribosome-binding factor A  53.91 
 
 		 126 aa  140  5e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0726  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 147 aa  137  6e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.237747  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3345  ribosome-binding factor A  48.78 
 
 		 132 aa  135  2e-31  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.970615  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3464  ribosome-binding factor A  46.34 
 
 		 133 aa  132  9.999999999999999e-31  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2707  ribosome-binding factor A  50 
 
 		 128 aa  132  9.999999999999999e-31  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.150572 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1947  ribosome-binding factor A  48.15 
 
 		 130 aa  132  9.999999999999999e-31  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0382472 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3347  ribosome-binding factor A  51.64 
 
 		 143 aa  132  1.9999999999999998e-30  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.319643  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0809  ribosome-binding factor A  44.72 
 
 		 132 aa  131  3e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0696  ribosome-binding factor A  53.28 
 
 		 124 aa  128  2.0000000000000002e-29  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.146266  normal  0.222032 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0586  ribosome-binding factor A  43.9 
 
 		 132 aa  127  4.0000000000000003e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.309895  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1693  ribosome-binding factor A  48.41 
 
 		 141 aa  127  7.000000000000001e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0101873  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3729  ribosome-binding factor A  41.18 
 
 		 136 aa  124  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.0092978  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3595  ribosome-binding factor A  41.18 
 
 		 136 aa  124  5e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000837981  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3994  ribosome-binding factor A  41.18 
 
 		 136 aa  124  5e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.405974  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1027  ribosome-binding factor A  43.7 
 
 		 146 aa  121  3e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000106496 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0991  ribosome-binding factor A  44.7 
 
 		 143 aa  120  7e-27  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1008  ribosome-binding factor A  42.75 
 
 		 142 aa  120  8e-27  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.211982  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1092  ribosome-binding factor A  42.96 
 
 		 146 aa  120  8e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0591977 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2204  ribosome-binding factor A  43.85 
 
 		 142 aa  119  9.999999999999999e-27  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1205  ribosome-binding factor A  43.08 
 
 		 147 aa  118  1.9999999999999998e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3474  ribosome-binding factor A  42.52 
 
 		 133 aa  117  3.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0818  ribosome-binding factor A  44.63 
 
 		 133 aa  117  3.9999999999999996e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0100863 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1031  ribosome-binding factor A  43.08 
 
 		 146 aa  117  4.9999999999999996e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.571877  hitchhiker  0.000026303 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3604  ribosome-binding factor A  42.52 
 
 		 133 aa  117  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0265365 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2819  ribosome-binding factor A  46.83 
 
 		 123 aa  117  7e-26  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0962  ribosome-binding factor A  46.22 
 
 		 137 aa  116  7.999999999999999e-26  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.394859  normal  0.0786715 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3474  ribosome-binding factor A  41.73 
 
 		 133 aa  116  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3543  ribosome-binding factor A  41.73 
 
 		 133 aa  115  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2688  ribosome-binding factor A  46.83 
 
 		 123 aa  116  9.999999999999999e-26  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0158  ribosome-binding factor A  46.28 
 
 		 140 aa  116  9.999999999999999e-26  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3580  ribosome-binding factor A  41.73 
 
 		 133 aa  115  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3642  ribosome-binding factor A  41.73 
 
 		 133 aa  116  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0490  ribosome-binding factor A  41.79 
 
 		 136 aa  116  9.999999999999999e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.509602  normal  0.0536804 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03034  ribosome-binding factor A  40.94 
 
 		 133 aa  114  3e-25  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.710808  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0538  ribosome-binding factor A  40.94 
 
 		 133 aa  114  3e-25  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0531  ribosome-binding factor A  40.94 
 
 		 133 aa  114  3e-25  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000335299 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3604  ribosome-binding factor A  40.94 
 
 		 133 aa  114  3e-25  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3463  ribosome-binding factor A  40.94 
 
 		 133 aa  114  3e-25  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.287723 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02985  hypothetical protein  40.94 
 
 		 133 aa  114  3e-25  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.757266  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3359  ribosome-binding factor A  40.94 
 
 		 133 aa  114  3e-25  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3651  ribosome-binding factor A  40.94 
 
 		 133 aa  114  3e-25  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4488  ribosome-binding factor A  40.94 
 
 		 133 aa  114  3e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2119  ribosome-binding factor A  47.06 
 
 		 127 aa  114  3.9999999999999997e-25  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.328304  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0070  ribosome-binding factor A  47.41 
 
 		 134 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.196892  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0075  ribosome-binding factor A  46.55 
 
 		 134 aa  112  2.0000000000000002e-24  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.122288  normal  0.845154 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1748  ribosome-binding factor A  45.86 
 
 		 126 aa  111  4.0000000000000004e-24  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0187668  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2451  ribosome-binding factor A  43.44 
 
 		 123 aa  110  4.0000000000000004e-24  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0315755  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2010  ribosome-binding factor A  48.72 
 
 		 122 aa  111  4.0000000000000004e-24  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.142179  normal  0.57147 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0068  ribosome-binding factor A  47.66 
 
 		 125 aa  110  5e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00108757  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1702  ribosome-binding factor A  48.67 
 
 		 123 aa  110  9e-24  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000429225 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1466  ribosome-binding factor A  45.9 
 
 		 139 aa  108  2.0000000000000002e-23  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002610  ribosome-binding factor A  38.64 
 
 		 131 aa  108  2.0000000000000002e-23  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2749  ribosome-binding factor A  46.43 
 
 		 123 aa  108  3e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2427  ribosome-binding factor A  49.56 
 
 		 122 aa  108  3e-23  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.224227  normal  0.907682 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0822  ribosome-binding factor A  41.18 
 
 		 126 aa  108  3e-23  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.329178  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3388  ribosome-binding factor A  43.66 
 
 		 143 aa  107  6e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.990819  hitchhiker  0.00369045 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2135  ribosome-binding factor A  44.83 
 
 		 122 aa  106  8.000000000000001e-23  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0168697  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03395  ribosome-binding factor A  39.68 
 
 		 137 aa  107  8.000000000000001e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3059  ribosome-binding factor A  45 
 
 		 142 aa  106  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.491319  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1920  ribosome-binding factor A  44.7 
 
 		 130 aa  106  9.000000000000001e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0348034  normal  0.0643403 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3238  ribosome-binding factor A  45.52 
 
 		 157 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2833  ribosome-binding factor A  46.15 
 
 		 149 aa  106  1e-22  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.584508  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1129  ribosome-binding factor A  45.52 
 
 		 157 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0360009  unclonable  0.00000000000396906 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3279  ribosome-binding factor A  45.52 
 
 		 157 aa  106  1e-22  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.470781  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1290  ribosome-binding factor A  47.75 
 
 		 123 aa  105  2e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0532539  normal  0.658202 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2991  ribosome-binding factor A  43.22 
 
 		 123 aa  105  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0708502  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0990  ribosome-binding factor A  41.23 
 
 		 123 aa  105  3e-22  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.645083  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1226  ribosome-binding factor A  43.48 
 
 		 122 aa  105  3e-22  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.333897  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3416  ribosome-binding factor A  44.78 
 
 		 157 aa  104  4e-22  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.523215  hitchhiker  0.00061048 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1211  ribosome-binding factor A  48.65 
 
 		 123 aa  104  5e-22  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.0722597  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1118  ribosome-binding factor A  48.65 
 
 		 123 aa  104  5e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.614248  normal  0.630529 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0837  ribosome-binding factor A  40.19 
 
 		 116 aa  103  6e-22  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3675  ribosome-binding factor A  37.8 
 
 		 125 aa  103  8e-22  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1356  ribosome-binding factor A  41.12 
 
 		 116 aa  103  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.348543  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1754  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 132 aa  103  1e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0297721 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1092  ribosome-binding factor A  42.48 
 
 		 122 aa  103  1e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.378347  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3560  ribosome-binding factor A  43.85 
 
 		 140 aa  102  1e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000000743312 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1230  ribosome-binding factor A  43.64 
 
 		 117 aa  102  1e-21  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.644207  normal  1 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1330  ribosome-binding factor A  41.12 
 
 		 130 aa  103  1e-21  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.285304  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1423  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 132 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.02264 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2819  ribosome-binding factor A  43.36 
 
 		 121 aa  102  2e-21  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  hitchhiker  0.00171915  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1383  ribosome-binding factor A  39.84 
 
 		 132 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0175  ribosome-binding factor A  37.98 
 
 		 136 aa  102  3e-21  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.146816  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1021  ribosome-binding factor A  39.06 
 
 		 132 aa  101  3e-21  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1501  ribosome-binding factor A  39.06 
 
 		 132 aa  101  3e-21  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236636  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1477  ribosome-binding factor A  39.06 
 
 		 132 aa  101  3e-21  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>