More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3966 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_4232  TctC protein, putative  96.31 
 
 		 325 aa  647    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3966  hypothetical protein  100 
 
 		 325 aa  665    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.846302  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1353  hypothetical protein  90.77 
 
 		 325 aa  608  1e-173  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0759073  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4303  hypothetical protein  89.26 
 
 		 326 aa  588  1e-167  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.644034  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1418  tricarboxylate transport protein TctC, putative  88.96 
 
 		 326 aa  587  1e-166  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.930091  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4393  hypothetical protein  88.65 
 
 		 326 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.620266 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1058  hypothetical protein  88.34 
 
 		 326 aa  583  1.0000000000000001e-165  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4766  hypothetical protein  83.38 
 
 		 326 aa  547  1e-155  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.137729  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54540  hypothetical protein  83.69 
 
 		 327 aa  535  1e-151  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.000000174239  normal  0.0908275 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49460  tripartite tricarboxylate transporter periplasmic receptor protein  74.75 
 
 		 327 aa  484  1e-136  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0378673  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1457  hypothetical protein  65.03 
 
 		 325 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05850  hypothetical protein  64.49 
 
 		 325 aa  444  1e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49490  Uncharacterized protein family UPF0065  66.23 
 
 		 325 aa  435  1e-121  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00178438  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2581  hypothetical protein  63.21 
 
 		 323 aa  412  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1363  hypothetical protein  63.12 
 
 		 325 aa  411  1e-114  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2930  tricarboxylic transport  59.05 
 
 		 325 aa  401  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.559785  normal  0.181856 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2898  tricarboxylic transport  59.05 
 
 		 325 aa  401  1e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2982  tricarboxylic transport  58.73 
 
 		 325 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.672552 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2965  tricarboxylic transport  58.73 
 
 		 325 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00443141 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3085  tricarboxylic transport  58.73 
 
 		 325 aa  400  9.999999999999999e-111  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3342  hypothetical protein  59.87 
 
 		 326 aa  395  1e-109  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.019229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0154  hypothetical protein  60.13 
 
 		 326 aa  384  1e-105  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1825  hypothetical protein  55.31 
 
 		 346 aa  378  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1636  TctC protein  56.11 
 
 		 321 aa  369  1e-101  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.777278  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0902  tricarboxylic transport  51.23 
 
 		 325 aa  342  5.999999999999999e-93  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.897753  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0726  hypothetical protein  51.16 
 
 		 329 aa  324  1e-87  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4433  hypothetical protein  47.85 
 
 		 325 aa  320  1.9999999999999998e-86  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1452  hypothetical protein  47.3 
 
 		 323 aa  298  8e-80  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.526573 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3334  hypothetical protein  48.99 
 
 		 339 aa  275  7e-73  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.643163  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3933  extra-cytoplasmic solute receptor  47.1 
 
 		 311 aa  275  1.0000000000000001e-72  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.405251  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0734  hypothetical protein  43.19 
 
 		 322 aa  254  1.0000000000000001e-66  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.0775704  decreased coverage  0.00137039 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3804  hypothetical protein  40.8 
 
 		 349 aa  253  3e-66  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0115718  normal  0.430416 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2824  hypothetical protein  41.53 
 
 		 321 aa  245  6e-64  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  0.0750754 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1252  hypothetical protein  38.91 
 
 		 334 aa  227  2e-58  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.336107  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1453  hypothetical protein  39.02 
 
 		 329 aa  225  1e-57  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.321026  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1799  hypothetical protein  37 
 
 		 330 aa  219  7e-56  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.841157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2897  hypothetical protein  36.79 
 
 		 325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3856  hypothetical protein  33.73 
 
 		 331 aa  187  3e-46  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000269594 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3784  hypothetical protein  35.57 
 
 		 327 aa  185  8e-46  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0336  hypothetical protein  33.54 
 
 		 330 aa  162  1e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0861  hypothetical protein  32.42 
 
 		 322 aa  142  9e-33  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0833  hypothetical protein  31.56 
 
 		 315 aa  140  3.9999999999999997e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  hitchhiker  0.000608571  normal  0.346803 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0872  hypothetical protein  31.96 
 
 		 322 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0855  hypothetical protein  31.96 
 
 		 322 aa  139  4.999999999999999e-32  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.769055  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_1420  TRAP-T family transporter periplasmic binding protein  33.44 
 
 		 314 aa  135  7.000000000000001e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3336  hypothetical protein  33.11 
 
 		 314 aa  135  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0828946 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3313  hypothetical protein  30.82 
 
 		 314 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.159753  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3636  hypothetical protein  33.11 
 
 		 314 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3917  hypothetical protein  30.96 
 
 		 316 aa  133  3.9999999999999996e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0248233  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0308  hypothetical protein  30.77 
 
 		 313 aa  133  3.9999999999999996e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.897477 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2792  hypothetical protein  31.13 
 
 		 346 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3490  hypothetical protein  32.78 
 
 		 314 aa  133  3.9999999999999996e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.970248  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0950  hypothetical protein  29.87 
 
 		 323 aa  130  2.0000000000000002e-29  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3134  hypothetical protein  31.01 
 
 		 311 aa  130  3e-29  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0701575  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6110  hypothetical protein  31.77 
 
 		 314 aa  129  9.000000000000001e-29  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.749833  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2741  hypothetical protein  29.77 
 
 		 321 aa  128  1.0000000000000001e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0278237  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003384  putative tricarboxylic transport TctC  28.44 
 
 		 323 aa  126  4.0000000000000003e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2224  hypothetical protein  32.95 
 
 		 332 aa  126  6e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.198093  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02414  hypothetical protein  28.62 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8066  hypothetical protein  30.59 
 
 		 325 aa  124  2e-27  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2569  hypothetical protein  30.28 
 
 		 319 aa  124  3e-27  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0034025 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2047  tricarboxylic transporter, periplasmic ligand binding protein, TctC  32.58 
 
 		 332 aa  122  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.334258  normal  0.421066 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1873  hypothetical protein  29.1 
 
 		 326 aa  122  9e-27  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.797689  normal  0.0422931 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4257  hypothetical protein  29.43 
 
 		 314 aa  120  1.9999999999999998e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37830  hypothetical protein  28.48 
 
 		 374 aa  120  3.9999999999999996e-26  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.116398 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0967  tricarboxylate-binding protein  28.18 
 
 		 323 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1829  hypothetical protein  27.18 
 
 		 329 aa  119  4.9999999999999996e-26  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.714313  normal  0.517051 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2192  hypothetical protein  29.15 
 
 		 328 aa  119  7e-26  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3440  hypothetical protein  28.2 
 
 		 324 aa  118  9.999999999999999e-26  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000394825  normal  0.952417 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0839  hypothetical protein  28.72 
 
 		 343 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00353012  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3004  hypothetical protein  28.9 
 
 		 332 aa  119  9.999999999999999e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  0.033569 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0813  hypothetical protein  28.33 
 
 		 322 aa  118  9.999999999999999e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1011  putative lipoprotein  26.95 
 
 		 324 aa  118  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.9236  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1006  tricarboxylate-binding protein  27.99 
 
 		 322 aa  117  1.9999999999999998e-25  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3549  hypothetical protein  35.82 
 
 		 322 aa  116  3.9999999999999997e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3429  hypothetical protein  35.35 
 
 		 322 aa  116  6e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.196979  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2009  hypothetical protein  28.86 
 
 		 319 aa  115  6.9999999999999995e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.524371  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3502  hypothetical protein  28.01 
 
 		 334 aa  115  7.999999999999999e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.819446  normal  0.192099 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0395  hypothetical protein  28.08 
 
 		 319 aa  115  8.999999999999998e-25  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.172909  normal  0.115036 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0066  hypothetical protein  29.19 
 
 		 345 aa  115  1.0000000000000001e-24  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.909485 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A1091  putative lipoprotein  27.74 
 
 		 325 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3010  hypothetical protein  31.23 
 
 		 319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0596  hypothetical protein  30.18 
 
 		 336 aa  115  1.0000000000000001e-24  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00479944 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0241  twin-arginine translocation pathway signal  29.22 
 
 		 332 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.862974  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0871  putative lipoprotein  28.42 
 
 		 348 aa  114  3e-24  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4163  hypothetical protein  29.87 
 
 		 328 aa  114  3e-24  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.000721269  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0925  putative lipoprotein  28.42 
 
 		 325 aa  114  3e-24  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2148  hypothetical protein  28.57 
 
 		 330 aa  113  4.0000000000000004e-24  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.479572 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3428  hypothetical protein  27.1 
 
 		 337 aa  113  5e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.10884 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4344  putative lipoprotein  27.61 
 
 		 325 aa  113  6e-24  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0136809  hitchhiker  0.000000000438941 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2795  hypothetical protein  26.57 
 
 		 341 aa  112  8.000000000000001e-24  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.687935  normal  0.0471733 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00840  hypothetical protein  29.08 
 
 		 335 aa  111  2.0000000000000002e-23  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  0.0173913  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3600  hypothetical protein  30.3 
 
 		 308 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.434769  normal  0.0605544 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4493  hypothetical protein  26.13 
 
 		 341 aa  110  4.0000000000000004e-23  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.39846  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3248  hypothetical protein  26.8 
 
 		 328 aa  110  4.0000000000000004e-23  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.273356  normal  0.639468 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2026  hypothetical protein  26.13 
 
 		 337 aa  109  7.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0845932  normal  0.461256 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3299  hypothetical protein  26.8 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0536538  normal  0.0349575 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3237  hypothetical protein  26.8 
 
 		 328 aa  108  1e-22  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.364087  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1642  hypothetical protein  27.85 
 
 		 319 aa  107  2e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.274465  normal  0.0446405 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0361  hypothetical protein  28.79 
 
 		 323 aa  108  2e-22  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.662417  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>