More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3953 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_3953  Signal peptidase I  100 
 
 
284 aa  575  1.0000000000000001e-163  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4219  signal peptidase I  97.89 
 
 
284 aa  566  1e-160  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0233251  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0993  signal peptidase I  85.56 
 
 
284 aa  496  1e-139  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.691508  normal  0.0576381 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1072  signal peptidase I  84.45 
 
 
284 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4375  signal peptidase I  84.1 
 
 
284 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.272416 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1432  signal peptidase I  83.75 
 
 
284 aa  489  1e-137  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.393267  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4289  signal peptidase I  84.1 
 
 
284 aa  490  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4751  signal peptidase I  81.27 
 
 
284 aa  488  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0616225  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54350  signal peptidase I  81.63 
 
 
284 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_13750  signal peptidase I  77.11 
 
 
283 aa  437  9.999999999999999e-123  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1473  signal peptidase I  77.11 
 
 
284 aa  436  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.199887  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2247  signal peptidase I  55.63 
 
 
263 aa  296  3e-79  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1630  signal peptidase I  53.12 
 
 
267 aa  276  3e-73  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0207153  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2460  peptidase S26A, signal peptidase I  52.96 
 
 
270 aa  261  1e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1245  signal peptidase I  46.9 
 
 
274 aa  252  4.0000000000000004e-66  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.181866  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1390  signal peptidase I  48.89 
 
 
266 aa  250  2e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1465  signal peptidase I  57.08 
 
 
262 aa  248  1e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0733  peptidase S26A, signal peptidase I  47.21 
 
 
255 aa  247  1e-64  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000686529  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0879  Signal peptidase I  46.71 
 
 
305 aa  243  1.9999999999999999e-63  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.510509  normal  0.115217 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2027  signal peptidase I  47.81 
 
 
262 aa  239  4e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0626675  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002496  signal peptidase I  46.26 
 
 
299 aa  237  1e-61  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0519159  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03537  signal peptidase  46.62 
 
 
299 aa  237  2e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1090  signal peptidase I  50.55 
 
 
267 aa  235  5.0000000000000005e-61  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.21498  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2245  signal peptidase I  45.7 
 
 
288 aa  234  1.0000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00692178 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2254  signal peptidase I  44.34 
 
 
299 aa  233  2.0000000000000002e-60  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.479389  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3027  signal peptidase I  44.29 
 
 
305 aa  233  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000684552  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2849  signal peptidase I  44.29 
 
 
305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0206128  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2931  signal peptidase I  44.29 
 
 
305 aa  234  2.0000000000000002e-60  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0311128  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2088  signal peptidase I  44.92 
 
 
269 aa  232  4.0000000000000004e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0991  signal peptidase I  43.1 
 
 
297 aa  232  5e-60  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  decreased coverage  0.0050867  normal  0.048804 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0926  signal peptidase I  43.43 
 
 
297 aa  232  6e-60  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.592083  normal  0.151017 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2930  signal peptidase I  43.94 
 
 
304 aa  231  7.000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.242953  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1244  signal peptidase I  42.09 
 
 
305 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000321734  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1147  Signal peptidase I  44.64 
 
 
305 aa  230  2e-59  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000185511  normal  0.576512 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1277  signal peptidase I  42.09 
 
 
305 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0693352  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3113  signal peptidase I  42.09 
 
 
305 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.00010376  normal  0.0138648 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1200  signal peptidase I  42.09 
 
 
305 aa  230  2e-59  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00231216  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2040  signal peptidase I  42.86 
 
 
298 aa  228  1e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0825162  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2314  signal peptidase I  53.62 
 
 
262 aa  228  1e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.376874  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0405  signal peptidase I  48.43 
 
 
268 aa  228  1e-58  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.301469  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1061  signal peptidase I  42.95 
 
 
305 aa  226  2e-58  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.582864  normal  0.298061 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1053  signal peptidase I  44.3 
 
 
305 aa  226  3e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0413438  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1347  signal peptidase I  43.6 
 
 
305 aa  226  4e-58  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1158  signal peptidase I  42.56 
 
 
305 aa  226  4e-58  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0066351  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0861  signal peptidase I  44.21 
 
 
248 aa  224  9e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0146841 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1005  signal peptidase I  44.21 
 
 
248 aa  224  9e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.0514766 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1242  signal peptidase I  43.25 
 
 
305 aa  224  2e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.0000000742839  unclonable  0.0000000149917 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3670  signal peptidase I  40.3 
 
 
325 aa  223  4e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1741  peptidase S26A, signal peptidase I  43.67 
 
 
321 aa  222  4.9999999999999996e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0212318  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0412  signal peptidase I  47.74 
 
 
268 aa  222  6e-57  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1036  signal peptidase I  43.6 
 
 
305 aa  222  7e-57  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00141491  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1836  Signal peptidase I  46.07 
 
 
251 aa  221  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1833  Signal peptidase I  46.44 
 
 
251 aa  221  9.999999999999999e-57  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2420  signal peptidase I  42.45 
 
 
299 aa  219  3.9999999999999997e-56  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.133024  normal  0.287096 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2171  signal peptidase I  44.04 
 
 
297 aa  217  2e-55  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.534378 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2462  peptidase S26A, signal peptidase I  43.4 
 
 
304 aa  217  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2767  peptidase S26A, signal peptidase I  43.4 
 
 
304 aa  217  2e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.0000000000572836  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1949  signal peptidase I  45.23 
 
 
256 aa  217  2e-55  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0648  signal peptidase I  43.17 
 
 
322 aa  216  2.9999999999999998e-55  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0465019  normal  0.157314 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0653  peptidase S26A, signal peptidase I  44.37 
 
 
297 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.932075  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1091  signal peptidase I  44.37 
 
 
297 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.5937  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1133  signal peptidase I  44.37 
 
 
297 aa  216  5e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0639  signal peptidase I  45.96 
 
 
301 aa  215  8e-55  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.602306  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2786  signal peptidase I  41.57 
 
 
322 aa  215  8e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0394004  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02462  leader peptidase (signal peptidase I)  40.18 
 
 
324 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2721  signal peptidase I  40.18 
 
 
324 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.010044  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3805  signal peptidase I  40.18 
 
 
324 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0594788  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2854  signal peptidase I  40.18 
 
 
324 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0168812  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2933  signal peptidase I  40.18 
 
 
324 aa  214  9.999999999999999e-55  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.173201  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02999  signal peptidase I  44.44 
 
 
300 aa  214  9.999999999999999e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.406201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1100  signal peptidase I  41.4 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.00559358  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1013  signal peptidase I  44.04 
 
 
297 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1109  signal peptidase I  41.4 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.700104  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2723  signal peptidase I  41.4 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0835548  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1009  signal peptidase I  44.04 
 
 
297 aa  213  1.9999999999999998e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.225972  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4245  signal peptidase I  43.71 
 
 
297 aa  213  3.9999999999999995e-54  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.990616  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3150  signal peptidase I  44.83 
 
 
301 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00000379573  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2526  signal peptidase I (leader peptidase I)  41.2 
 
 
300 aa  212  4.9999999999999996e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0283141  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2826  signal peptidase I  41.09 
 
 
324 aa  211  9e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1398  signal peptidase I  44.69 
 
 
263 aa  211  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1119  signal peptidase I  44.69 
 
 
263 aa  211  1e-53  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0600  signal peptidase I  42.27 
 
 
322 aa  211  2e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000224318 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2849  signal peptidase I  41.09 
 
 
324 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.420216  normal  0.967172 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1687  signal peptidase I  40.56 
 
 
256 aa  210  2e-53  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3055  signal peptidase I  40.18 
 
 
324 aa  211  2e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.394235  normal  0.0107141 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2961  signal peptidase I  41.09 
 
 
324 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0697266  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2745  signal peptidase I  41.09 
 
 
324 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00124919  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2786  signal peptidase I  41.09 
 
 
324 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1067  signal peptidase I  39.82 
 
 
322 aa  210  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.78026  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5263  signal peptidase I  43.45 
 
 
325 aa  209  4e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3072  signal peptidase I  38.6 
 
 
321 aa  209  4e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0190476  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0480  signal peptidase I  40.42 
 
 
256 aa  209  6e-53  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1442  Signal peptidase I  45.08 
 
 
264 aa  208  7e-53  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1203  signal peptidase I  37.99 
 
 
321 aa  208  8e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.292281  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3240  signal peptidase I  41.16 
 
 
342 aa  208  9e-53  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.80129  normal  0.013129 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1194  signal peptidase I  44.13 
 
 
324 aa  208  1e-52  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.992009  decreased coverage  0.00558378 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3637  signal peptidase I  40.84 
 
 
325 aa  206  3e-52  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.034698  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1373  signal peptidase I  44.7 
 
 
264 aa  206  4e-52  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2622  signal peptidase I  42.31 
 
 
322 aa  203  2e-51  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1729  signal peptidase I  44.7 
 
 
297 aa  203  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.509691  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>