281 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3887 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_3887  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  100 
 
 
291 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.367781 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4148  iron-sulfur cluster-binding protein  84.54 
 
 
291 aa  491  9.999999999999999e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4509  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  71.22 
 
 
404 aa  354  1e-96  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000389854 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2121  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  62.43 
 
 
335 aa  207  1e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.412453  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2400  NADH:ubiquinone oxidoreductase, subunit RnfB  65.77 
 
 
206 aa  196  5.000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.942423 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1403  electron transport complex protein RnfB  72.22 
 
 
191 aa  193  3e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.466807  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2966  electron transport complex protein RnfB  70.54 
 
 
188 aa  193  4e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0244352  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1544  electron transport complex protein RnfB  73.23 
 
 
198 aa  192  8e-48  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00831464 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02730  electron transport complex protein RnfB  68.38 
 
 
193 aa  191  1e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.000653403  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2198  electron transport complex protein RnfB  63.45 
 
 
189 aa  189  4e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.401389  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1864  electron transport complex protein RnfB  65.12 
 
 
205 aa  186  3e-46  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.164914  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0937  electron transport complex protein RnfB  71.65 
 
 
192 aa  186  5e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.556541  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18930  electron transport complex protein RnfB  71.43 
 
 
188 aa  185  6e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000143693  normal  0.123767 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2705  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  46 
 
 
259 aa  184  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2354  electron transport complex protein RnfB  63.7 
 
 
189 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.720002  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1639  electron transport complex protein RnfB  72.36 
 
 
188 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2067  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  67.44 
 
 
189 aa  183  3e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0305749  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0737  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  63.91 
 
 
184 aa  182  6e-45  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.258045  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1831  electron transport complex protein RnfB  64.34 
 
 
189 aa  181  9.000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.101638  normal  0.0584321 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2173  electron transport complex protein RnfB  64.34 
 
 
193 aa  181  1e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0287954  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0537  electron transport complex protein RnfB  63.04 
 
 
195 aa  181  2e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.05126  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2557  electron transport complex protein RnfB  62.32 
 
 
189 aa  180  2e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.229137  normal  0.143119 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2064  electron transport complex protein RnfB  47.78 
 
 
204 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000222941  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2111  electron transport complex protein RnfB  47.78 
 
 
204 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0389991  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2274  electron transport complex protein RnfB  47.78 
 
 
204 aa  179  4e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.0000000478609  normal  0.512145 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1849  electron transport complex protein RnfB  61.24 
 
 
199 aa  179  5.999999999999999e-44  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000101519  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2043  electron transport complex protein RnfB  65.12 
 
 
189 aa  179  7e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0243874  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2260  electron transport complex protein RnfB  61.24 
 
 
199 aa  178  9e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000168907  n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4546  electron transport complex protein RnfB  61.24 
 
 
199 aa  178  9e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2509  electron transport complex protein RnfB  61.24 
 
 
193 aa  177  1e-43  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2065  electron transport complex protein RnfB  61.24 
 
 
193 aa  177  1e-43  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000637231  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1910  electron transport complex protein RnfB  61.24 
 
 
193 aa  177  2e-43  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000153045  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2169  electron transport complex protein RnfB  61.24 
 
 
193 aa  177  2e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000157134  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2240  electron transport complex protein RnfB  62.31 
 
 
190 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000443884 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2007  electron transport complex protein RnfB  61.59 
 
 
207 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2016  electron transport complex protein RnfB  67.94 
 
 
188 aa  176  4e-43  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1895  electron transport complex protein RnfB  61.59 
 
 
207 aa  176  4e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1871  electron transport complex protein RnfB  62.02 
 
 
194 aa  176  4e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00186515  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02965  electron transport complex protein RnfB  59.15 
 
 
197 aa  176  4e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2940  hypothetical protein  47.72 
 
 
204 aa  176  5e-43  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2253  electron transport complex protein RnfB  61.59 
 
 
188 aa  175  7e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0146582  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002948  electron transport complex protein RnfB  60.42 
 
 
198 aa  174  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00169587  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2894  electron transport complex protein RnfB  67.94 
 
 
178 aa  173  2.9999999999999996e-42  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2794  hypothetical protein  47.21 
 
 
204 aa  173  2.9999999999999996e-42  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1786  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  68.18 
 
 
192 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0307  electron transport complex protein  50 
 
 
213 aa  172  5e-42  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1884  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  50 
 
 
213 aa  172  5e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19260  electron transport complex protein RnfB  70.4 
 
 
187 aa  172  6.999999999999999e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.772376  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0850  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  45.04 
 
 
216 aa  170  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.223684  normal  0.0952897 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0994  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  45.04 
 
 
216 aa  170  2e-41  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0262542  normal  0.103074 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1174  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  61.87 
 
 
209 aa  166  4e-40  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3233  electron transport complex protein RnfB  64.89 
 
 
183 aa  166  5e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2928  ferredoxin  63.08 
 
 
137 aa  163  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.314785  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1047  ferredoxin  53.41 
 
 
248 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2627  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  63.91 
 
 
186 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1006  ferredoxin  48.92 
 
 
268 aa  163  3e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.235991  normal  0.110987 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1015  ferredoxin  62.6 
 
 
279 aa  162  4.0000000000000004e-39  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0219422  normal  0.72194 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1714  ferredoxin  61.83 
 
 
342 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.283033  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2326  ferredoxin  61.83 
 
 
342 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0951  ferredoxin  61.83 
 
 
320 aa  162  4.0000000000000004e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.143394  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2349  ferredoxin  61.83 
 
 
306 aa  162  5.0000000000000005e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.108055 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1791  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  64.62 
 
 
194 aa  162  7e-39  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445554  hitchhiker  0.00820964 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2365  ferredoxin  61.07 
 
 
339 aa  162  7e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0937  ferredoxin  50 
 
 
276 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.0647122 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2245  ferredoxin  61.07 
 
 
341 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.666336 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5668  ferredoxin  61.07 
 
 
334 aa  162  9e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2024  electron transport complex protein RnfB  58.52 
 
 
192 aa  161  1e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1680  ferredoxin  62.69 
 
 
139 aa  161  1e-38  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0872  ferredoxin  48.94 
 
 
276 aa  160  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal  0.349751 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3619  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  53.33 
 
 
238 aa  160  2e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0111565  normal  0.0672308 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1754  ferredoxin  62.88 
 
 
139 aa  160  3e-38  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2155  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  56.2 
 
 
196 aa  160  3e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2096  ferredoxin  61.42 
 
 
291 aa  159  4e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.12693 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2324  electron transport complex protein RnfB  57.04 
 
 
192 aa  159  4e-38  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01788  ferredoxin  60.45 
 
 
142 aa  159  7e-38  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0102822  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1060  electron transport complex protein RnfB  57.14 
 
 
196 aa  158  8e-38  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1236  ferredoxin  59.54 
 
 
279 aa  158  1e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.41049 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1162  electron transport complex protein RnfB  60.31 
 
 
180 aa  157  2e-37  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0815  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  66.92 
 
 
186 aa  157  2e-37  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.783937 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1917  electron transport complex protein RnfB  59.54 
 
 
191 aa  156  3e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0464  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  44.86 
 
 
228 aa  156  3e-37  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0463817  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1176  ferredoxin  59.54 
 
 
290 aa  157  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1930  ferredoxin  59.54 
 
 
316 aa  156  4e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1337  ferredoxin  59.54 
 
 
316 aa  156  4e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3310  ferredoxin  53.5 
 
 
279 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0306  ferredoxin  59.54 
 
 
290 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0842  ferredoxin  59.54 
 
 
290 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.736914  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1184  ferredoxin  59.54 
 
 
290 aa  155  9e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.403048  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1023  ferredoxin  59.54 
 
 
290 aa  155  9e-37  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0971  ferredoxin  59.54 
 
 
282 aa  155  1e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.552455  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1887  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  49.14 
 
 
212 aa  153  4e-36  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01598  electron transport complex protein RnfB  54.81 
 
 
192 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000941545  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2013  electron transport complex, RnfABCDGE type, B subunit  54.81 
 
 
192 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000144398  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01588  hypothetical protein  54.81 
 
 
192 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00124747  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2001  electron transport complex protein RnfB  54.81 
 
 
192 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000498524  normal  0.338717 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1704  electron transport complex protein RnfB  54.81 
 
 
192 aa  152  5.9999999999999996e-36  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0578538  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2340  electron transport complex protein RnfB  54.81 
 
 
192 aa  152  7e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.297329  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1836  electron transport complex protein RnfB  54.81 
 
 
192 aa  152  7e-36  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.912519  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1571  electron transport complex protein RnfB  54.81 
 
 
192 aa  152  7e-36  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.144341  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1820  electron transport complex protein RnfB  54.41 
 
 
192 aa  152  8e-36  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00173992 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>