More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3581 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_3581  pseudouridine synthase, Rsu  100 
 
 
409 aa  820  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1815  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  98.05 
 
 
408 aa  794  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1492  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  79.28 
 
 
405 aa  650  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0450106  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4002  RNA-binding S4 domain-containing protein  73.99 
 
 
355 aa  570  1e-161  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  6.993e-07 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1416  RNA-binding S4 domain-containing protein  72.98 
 
 
355 aa  561  1e-159  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.504489  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3785  RNA-binding S4 domain-containing protein  71.97 
 
 
354 aa  551  1e-156  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  4.22758e-06 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1841  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  66.17 
 
 
385 aa  508  1e-143  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_15730  Pseudouridine synthase  65.5 
 
 
382 aa  501  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23110  hypothetical protein  64.09 
 
 
386 aa  492  1e-138  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000760883 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1951  hypothetical protein  64.34 
 
 
386 aa  491  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0106658  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1162  RNA-binding S4 domain-containing protein  58.33 
 
 
328 aa  342  6e-93  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3394  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.78 
 
 
300 aa  322  6e-87  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  4.68714e-08  normal  0.359184 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0851  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.77 
 
 
286 aa  313  5e-84  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  hitchhiker  6.82568e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0743  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.53 
 
 
325 aa  312  7e-84  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.405122  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1722  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.43 
 
 
398 aa  311  9e-84  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.950771  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2824  pseudouridine synthase, Rsu  62.04 
 
 
289 aa  306  5e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.564406  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2717  pseudouridine synthase  55.6 
 
 
291 aa  300  2e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.374808  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2796  RNA-binding S4 domain-containing protein  55.6 
 
 
291 aa  300  2e-80  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.479983  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2696  pseudouridine synthase  55.6 
 
 
291 aa  301  2e-80  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.764496  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1669  RNA-binding S4 domain protein  55.6 
 
 
291 aa  301  2e-80  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00289659  hitchhiker  0.000456402 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2398  pseudouridine synthase  55.6 
 
 
291 aa  300  3e-80  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0731299  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1929  23S rRNA pseudouridylate synthase B  62.75 
 
 
289 aa  299  7e-80  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3519  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.42 
 
 
355 aa  298  1e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2124  pseudouridine synthase, Rsu  52.4 
 
 
295 aa  298  1e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.380507  normal  0.682206 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1159  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B (rRNA pseudouridylate synthase B)  46.02 
 
 
354 aa  295  1e-78  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.374483  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1533  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.6 
 
 
291 aa  294  2e-78  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.000439021  normal  0.0168974 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2907  pseudouridine synthase  59.67 
 
 
287 aa  294  2e-78  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.191084  normal  0.0790045 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1467  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.6 
 
 
291 aa  294  2e-78  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.807732  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0800  pseudouridine synthase family 1 protein  50 
 
 
321 aa  294  2e-78  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1691  pseudouridine synthase  58.85 
 
 
288 aa  294  2e-78  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.58425  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1648  pseudouridine synthase  59.43 
 
 
290 aa  293  3e-78  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000180778  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1525  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  55.22 
 
 
291 aa  293  3e-78  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00489615 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1957  RNA-binding S4 domain-containing protein  50.47 
 
 
345 aa  292  6e-78  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2169  23S rRNA pseudouridylate synthase B  61.13 
 
 
301 aa  291  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.310222  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2246  pseudouridine synthase  58.02 
 
 
293 aa  290  3e-77  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0041999 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2436  pseudouridine synthase, Rsu  54.44 
 
 
290 aa  289  6e-77  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2010  23S rRNA pseudouridylate synthase B  60 
 
 
294 aa  289  7e-77  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1063  pseudouridine synthase  59.49 
 
 
293 aa  289  7e-77  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2311  23S rRNA pseudouridylate synthase B  59.59 
 
 
294 aa  288  1e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.909741  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2039  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.89 
 
 
344 aa  287  3e-76  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1437  pseudouridine synthase, Rsu  57.96 
 
 
290 aa  286  4e-76  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.204063  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1928  23S rRNA pseudouridylate synthase B  58.13 
 
 
318 aa  286  6e-76  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.521525  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1041  pseudouridine synthase, Rsu  59.26 
 
 
268 aa  285  7e-76  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0593866  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003093  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.9 
 
 
312 aa  285  8e-76  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00130129  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02753  16S rRNA uridine-516 pseudouridylate synthase  52.56 
 
 
312 aa  284  2e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2309  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.49 
 
 
344 aa  284  2e-75  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2010  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  58.17 
 
 
268 aa  283  3e-75  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154184  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1851  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.31 
 
 
291 aa  283  4e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.269412 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1427  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.31 
 
 
291 aa  283  4e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.535105  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1909  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.31 
 
 
291 aa  283  4e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  5.21291e-13 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1846  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.31 
 
 
291 aa  283  4e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.539759  hitchhiker  3.24002e-05 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1609  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.31 
 
 
291 aa  283  4e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  3.05854e-06 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2201  23S rRNA pseudouridylate synthase B  58.7 
 
 
291 aa  282  7e-75  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  hitchhiker  3.12166e-05 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2662  23S rRNA pseudouridylate synthase B  56.92 
 
 
299 aa  282  7e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.783064  hitchhiker  5.12691e-07 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0646  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.96 
 
 
315 aa  281  1e-74  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.945317  normal  0.276422 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1378  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.26 
 
 
291 aa  281  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1901  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.31 
 
 
290 aa  280  2e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  3.16134e-07 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1864  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.26 
 
 
291 aa  281  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  6.61811e-13 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02283  pseudouridine synthase (makes pseudouridine2605 in 23 S RNA)  51.86 
 
 
298 aa  281  2e-74  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.268189  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1467  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.31 
 
 
290 aa  280  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2359  23S rRNA pseudouridylate synthase B  53.26 
 
 
291 aa  281  2e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.666226  hitchhiker  4.02657e-07 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01255  hypothetical protein  53.26 
 
 
291 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2380  pseudouridine synthase  53.26 
 
 
291 aa  281  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.227728  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01245  23S rRNA pseudouridylate synthase  53.26 
 
 
291 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1493  23S rRNA pseudouridylate synthase B  57.31 
 
 
290 aa  280  5e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0608  pseudouridine synthase, Rsu  53.99 
 
 
310 aa  279  5e-74  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.543804  normal  0.283386 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0984  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  59.49 
 
 
244 aa  276  4e-73  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1089  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  57.75 
 
 
290 aa  273  5e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.164298  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0877  RNA pseudouridine synthase family protein  59.49 
 
 
244 aa  273  6e-72  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0581  pseudouridine synthase  56.75 
 
 
278 aa  271  2e-71  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.826332  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1228  pseudouridine synthase, Rsu  54.44 
 
 
317 aa  269  7e-71  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  unclonable  3.79641e-14  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1689  pseudouridine synthase  50.75 
 
 
379 aa  269  8e-71  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0924391  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2823  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  53.5 
 
 
633 aa  267  2e-70  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2455  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  54.84 
 
 
340 aa  267  3e-70  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.155456  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1753  RNA-binding S4 domain protein  58.02 
 
 
318 aa  266  3e-70  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.362888 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1629  pseudouridine synthase  53.91 
 
 
626 aa  265  1e-69  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00621954 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1379  pseudouridine synthase, Rsu  53.09 
 
 
572 aa  262  8e-69  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1419  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.09 
 
 
572 aa  261  1e-68  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0617825 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4638  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  50.38 
 
 
588 aa  261  1e-68  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.386925  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1473  RNA-binding S4 domain-containing protein  53.09 
 
 
586 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.780813  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1497  pseudouridine synthase, Rsu  53.09 
 
 
586 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1732  pseudouridine synthase  52.63 
 
 
597 aa  260  3e-68  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1016  pseudouridine synthase, Rsu  53.09 
 
 
586 aa  260  3e-68  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.718536  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1759  RNA pseudouridine synthase family protein  52.67 
 
 
554 aa  259  4e-68  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.282053  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1793  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  56.85 
 
 
292 aa  259  8e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1470  RNA-binding S4 domain protein  56.85 
 
 
292 aa  259  8e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.177762  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1510  RNA pseudouridine synthase family protein  52.26 
 
 
554 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0178  RNA pseudouridine synthase family protein  52.26 
 
 
554 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  hitchhiker  0.00491144  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0988  RNA pseudouridine synthase family protein  52.26 
 
 
554 aa  258  1e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1912  RNA pseudouridylate synthase family protein  52.26 
 
 
513 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.402665  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1737  RNA pseudouridine synthase family protein  52.26 
 
 
554 aa  258  1e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0207122  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1758  pseudouridine synthase  52.26 
 
 
554 aa  258  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.324653  normal  0.0138956 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2567  RNA pseudouridylate synthase family protein  52.26 
 
 
502 aa  258  2e-67  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  decreased coverage  0.00446007  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1230  pseudouridine synthase  52.26 
 
 
587 aa  257  3e-67  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0560095  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1855  pseudouridine synthase, Rsu  51.01 
 
 
315 aa  257  3e-67  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2034  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  52.26 
 
 
631 aa  256  7e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.209025 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2691  RNA-binding S4 domain protein  55.02 
 
 
549 aa  256  7e-67  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1096  pseudouridine synthase  51.81 
 
 
417 aa  254  1e-66  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2031  ribosomal large subunit pseudouridine synthase B  51.85 
 
 
615 aa  255  1e-66  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1064  RNA pseudouridylate synthase family protein  52.26 
 
 
380 aa  254  2e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>