More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3484 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3484  DNA-binding transcriptional regulator CynR  100 
 
 		 292 aa  586  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.875325  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3234  DNA-binding transcriptional regulator CynR  54.93 
 
 		 295 aa  293  2e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.842433  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3368  DNA-binding transcriptional regulator CynR  52.05 
 
 		 292 aa  290  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.578087  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2145  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.14 
 
 		 304 aa  281  8.000000000000001e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.276237  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37940  DNA-binding transcriptional regulator CynR  53.47 
 
 		 295 aa  274  1.0000000000000001e-72  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00000278966  normal  0.0117616 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1535  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.47 
 
 		 300 aa  273  3e-72  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.195582  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0369  DNA-binding transcriptional regulator CynR  50 
 
 		 299 aa  271  6e-72  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00292  DNA-binding transcriptional dual regulator  49.66 
 
 		 299 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3268  transcriptional regulator, LysR family  49.66 
 
 		 299 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00296  hypothetical protein  49.66 
 
 		 299 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3287  DNA-binding transcriptional regulator CynR  50.17 
 
 		 299 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0403  DNA-binding transcriptional regulator CynR  50.7 
 
 		 299 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0362  DNA-binding transcriptional regulator CynR  50.7 
 
 		 299 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.709016  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0411  DNA-binding transcriptional regulator CynR  50.7 
 
 		 299 aa  268  1e-70  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2464  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.47 
 
 		 311 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1243  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.47 
 
 		 311 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0107  DNA-binding transcriptional regulator CynR  51.05 
 
 		 315 aa  266  4e-70  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3323  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.47 
 
 		 311 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5705  DNA-binding transcriptional regulator CynR  47.06 
 
 		 295 aa  266  4e-70  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.202456 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0383  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.47 
 
 		 311 aa  266  4e-70  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.47 
 
 		 311 aa  265  5e-70  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.356635  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5949  DNA-binding transcriptional regulator CynR  47.06 
 
 		 295 aa  265  5e-70  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.233312  normal  0.638196 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3425  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.47 
 
 		 311 aa  265  5e-70  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4861  DNA-binding transcriptional regulator CynR  50.87 
 
 		 301 aa  263  3e-69  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.0956909 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3730  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.82 
 
 		 296 aa  255  6e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.107166  normal  0.247106 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3462  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.47 
 
 		 311 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2742  DNA-binding transcriptional regulator CynR  48.06 
 
 		 325 aa  252  5.000000000000001e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0588637  normal  0.665335 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1200  DNA-binding transcriptional regulator CynR  48.84 
 
 		 311 aa  252  6e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5606  DNA-binding transcriptional regulator CynR  49.1 
 
 		 328 aa  251  1e-65  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.22241  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3094  DNA-binding transcriptional regulator CynR  44.37 
 
 		 295 aa  248  8e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.899085  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4130  DNA-binding transcriptional regulator CynR  47.04 
 
 		 298 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.717557 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4781  DNA-binding transcriptional regulator CynR  47.04 
 
 		 298 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.749024  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3386  DNA-binding transcriptional regulator CynR  47.04 
 
 		 298 aa  245  6.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0611  DNA-binding transcriptional regulator CynR  48.08 
 
 		 296 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.519974  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2817  DNA-binding transcriptional regulator CynR  46.34 
 
 		 298 aa  243  3e-63  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0161  DNA-binding transcriptional regulator CynR  47.39 
 
 		 296 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0644  DNA-binding transcriptional regulator CynR  47.39 
 
 		 296 aa  237  1e-61  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0157  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 308 aa  177  2e-43  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0139  LysR family transcriptional regulator  38.91 
 
 		 308 aa  172  7.999999999999999e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5650  transcriptional regulator, LysR family  36.55 
 
 		 303 aa  167  1e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  decreased coverage  0.00706693  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2244  LysR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 305 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2271  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.865675  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2439  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 300 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.763594  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0198  LysR family transcriptional regulator  37.81 
 
 		 308 aa  165  8e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2455  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 300 aa  165  9e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1896  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 296 aa  164  1.0000000000000001e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.349748 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2231  LysR family transcriptional regulator  33.57 
 
 		 300 aa  164  2.0000000000000002e-39  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000245311  n/a   
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5108  LysR family transcriptional regulator  34.48 
 
 		 301 aa  163  3e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.336118  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2533  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 300 aa  161  1e-38  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00448001  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2188  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.540994  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2396  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2937  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 300 aa  160  3e-38  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0387356  hitchhiker  0.00000808392 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2469  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 		 300 aa  159  5e-38  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.36421  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2482  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.086853  normal  0.0180215 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1355  LysR family transcriptional regulator  31.6 
 
 		 296 aa  147  3e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0383  transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 297 aa  145  5e-34  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.715241  normal  0.903063 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2120  LysR family transcriptional regulator  35.32 
 
 		 292 aa  145  8.000000000000001e-34  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.112359  normal  0.184045 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3755  LysR substrate-binding  31.71 
 
 		 294 aa  144  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2862  hypothetical protein  33.58 
 
 		 292 aa  141  9.999999999999999e-33  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3454  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  139  6e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1224  LysR family transcriptional regulator  29.07 
 
 		 289 aa  138  1e-31  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2454  lysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02139  transcriptional regulator  28.52 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4331  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0186917 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003682  transcriptional regulator LysR family  29.37 
 
 		 289 aa  136  4e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2584  LysR family transcriptional regulator  32.63 
 
 		 293 aa  136  4e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.156706  normal  0.234942 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2392  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.888596  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3366  LysR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 293 aa  134  9.999999999999999e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.326699 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1279  LysR family transcriptional regulator  30.31 
 
 		 310 aa  134  9.999999999999999e-31  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.574858 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8459  LysR family transcriptional regulator  30.04 
 
 		 310 aa  135  9.999999999999999e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.983783  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1120  transcriptional regulator, LysR family  29.64 
 
 		 350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2850  LysR family substrate binding transcriptional regulator  28.33 
 
 		 290 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.46504  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1282  LysR family transcriptional regulator  29.79 
 
 		 293 aa  134  1.9999999999999998e-30  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.20294  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  31.29 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1708  LysR family transcriptional regulator  28.87 
 
 		 311 aa  133  3e-30  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00211796 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5225  transcriptional regulator, LysR family  31.49 
 
 		 316 aa  133  3e-30  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1536  LysR, substrate-binding  36.82 
 
 		 294 aa  132  9e-30  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.93912 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3924  transcriptional regulator, LysR family  29.97 
 
 		 316 aa  131  1.0000000000000001e-29  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0274  hypothetical protein  31.77 
 
 		 294 aa  131  1.0000000000000001e-29  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_3464  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 316 aa  130  2.0000000000000002e-29  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2848  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 310 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.93078  normal  0.0328698 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1650  LysR family transcriptional regulator  31.51 
 
 		 301 aa  129  7.000000000000001e-29  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1711  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 311 aa  129  7.000000000000001e-29  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.316204  normal  0.702777 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1478  LysR family transcriptional regulator  35.43 
 
 		 309 aa  129  8.000000000000001e-29  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.0854082  hitchhiker  0.000187974 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0456  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0269  hypothetical protein  31.21 
 
 		 294 aa  128  1.0000000000000001e-28  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0084  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.446413  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1976  transcriptional regulator, LysR family  35.32 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.66022  normal  0.44727 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4775  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.85 
 
 		 305 aa  127  2.0000000000000002e-28  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.760624  hitchhiker  0.00336049 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0187  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.48 
 
 		 302 aa  127  2.0000000000000002e-28  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2003  LysR family transcriptional regulator  29.47 
 
 		 291 aa  126  3e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0101  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 311 aa  126  3e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2792  LysR family transcriptional regulator  31.21 
 
 		 307 aa  126  3e-28  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.303963 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0193  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.48 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0896  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 291 aa  126  4.0000000000000003e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948666 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3788  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.48 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0091  transcriptional regulator, LysR family  32.54 
 
 		 311 aa  126  5e-28  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  33.9 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0127  DNA-binding transcriptional regulator OxyR  32.48 
 
 		 305 aa  126  5e-28  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.985261  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0658  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 328 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>