More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3437 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1979  motility sigma factor FliA  100 
 
 		 246 aa  497  1e-140  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.317165  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3437  flagellar biosynthesis sigma factor  100 
 
 		 246 aa  497  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0675365  normal  0.612127 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1563  flagellar biosynthesis sigma factor  94.31 
 
 		 246 aa  473  1e-132  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.074099  normal  0.0505791 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3667  flagellar biosynthesis sigma factor  90.24 
 
 		 246 aa  463  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0670648  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4341  flagellar biosynthesis sigma factor  89.43 
 
 		 246 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.779936  normal  0.695948 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1526  flagellar biosynthesis sigma factor  89.43 
 
 		 246 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.733925  normal  0.50237 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3910  flagellar biosynthesis sigma factor  89.43 
 
 		 246 aa  458  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2805  flagellar biosynthesis sigma factor  87.35 
 
 		 248 aa  431  1e-120  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.838536  normal  0.135389 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_45630  flagellar biosynthesis sigma factor  83.27 
 
 		 247 aa  404  1e-111  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0531213  normal  0.225194 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3872  flagellar biosynthesis sigma factor  84.1 
 
 		 239 aa  398  9.999999999999999e-111  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.107932  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0477  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  59.75 
 
 		 247 aa  286  2.9999999999999996e-76  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  59.92 
 
 		 247 aa  284  1.0000000000000001e-75  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2290  flagellar biosynthesis sigma factor  59.24 
 
 		 243 aa  278  6e-74  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3428  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  56.79 
 
 		 245 aa  277  1e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.524385  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2164  flagellar protein FliS  54.51 
 
 		 250 aa  276  2e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.980839  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0747  sigma 28 (flagella/sporulation)  61.16 
 
 		 241 aa  274  1.0000000000000001e-72  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.592046  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0985  RNA polymerase, sigma 28 subunit  55.38 
 
 		 242 aa  274  1.0000000000000001e-72  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.337517 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02870  flagellar biosynthesis sigma factor  57.44 
 
 		 243 aa  273  3e-72  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000184148  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1746  flagellar biosynthesis sigma factor  57.98 
 
 		 238 aa  273  3e-72  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1746  flagellar biosynthesis sigma factor  57.69 
 
 		 238 aa  272  4.0000000000000004e-72  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3030  flagellar biosynthesis sigma factor  56.28 
 
 		 242 aa  272  4.0000000000000004e-72  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1338  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  61.06 
 
 		 241 aa  270  2e-71  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.426403  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  58.62 
 
 		 239 aa  270  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0133422  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1519  flagellar biosynthesis sigma factor  55.28 
 
 		 239 aa  268  4e-71  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03144  flagellar biosynthesis sigma factor  58.97 
 
 		 244 aa  266  2.9999999999999995e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002832  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  58.12 
 
 		 244 aa  263  1e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000415282  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2155  Sigma28 (flagella)  59.29 
 
 		 234 aa  262  4e-69  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1299  flagellar biosynthesis sigma factor  56.47 
 
 		 237 aa  262  4e-69  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.178662  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1366  flagellar biosynthesis sigma factor  56.47 
 
 		 237 aa  262  4e-69  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.183792  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3210  flagellar biosynthesis sigma factor  55.6 
 
 		 237 aa  261  4.999999999999999e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1359  flagellar biosynthesis sigma factor  56.47 
 
 		 237 aa  261  8e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.273626  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2559  flagellar biosynthesis sigma factor  56.47 
 
 		 237 aa  261  8e-69  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1383  flagellar biosynthesis sigma factor  56.17 
 
 		 239 aa  260  1e-68  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0146638  normal  0.275923 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1343  flagellar biosynthesis sigma factor  55.08 
 
 		 239 aa  258  5.0000000000000005e-68  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.600056  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1654  flagellar biosynthesis sigma factor  57.21 
 
 		 244 aa  258  8e-68  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000445498  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1378  flagellar biosynthesis sigma factor  56.6 
 
 		 239 aa  258  9e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.689794  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1199  flagellar biosynthesis sigma factor  56.03 
 
 		 239 aa  257  1e-67  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000316929  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1635  flagellar biosynthesis sigma factor  55.6 
 
 		 242 aa  257  1e-67  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110692  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1175  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG subfamily  55.51 
 
 		 253 aa  256  2e-67  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.216131  normal  0.392171 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1454  flagellar biosynthesis sigma factor  55.6 
 
 		 237 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.375178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2919  flagellar biosynthesis sigma factor  55.6 
 
 		 237 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.429378  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3051  flagellar biosynthesis sigma factor  55.6 
 
 		 237 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.120605 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2909  flagellar biosynthesis sigma factor  55.6 
 
 		 237 aa  256  2e-67  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3049  flagellar biosynthesis sigma factor  53.78 
 
 		 239 aa  251  1e-65  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.0797202 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0717  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  55.27 
 
 		 239 aa  249  3e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  50.87 
 
 		 236 aa  237  1e-61  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  49.79 
 
 		 244 aa  231  6e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  49.79 
 
 		 244 aa  231  6e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  49.79 
 
 		 244 aa  231  6e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  49.79 
 
 		 244 aa  231  6e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  49.79 
 
 		 244 aa  231  6e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  49.79 
 
 		 244 aa  231  6e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  49.79 
 
 		 243 aa  231  7.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  49.36 
 
 		 243 aa  229  2e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0743  sigma-70 region 4  48.93 
 
 		 248 aa  229  3e-59  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1862  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  50.62 
 
 		 247 aa  228  5e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.347265  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  48.95 
 
 		 244 aa  226  2e-58  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2960  flagellar biosynthesis sigma factor  48.51 
 
 		 244 aa  226  3e-58  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  0.239261 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0134  flagellar biosynthesis sigma factor  48.09 
 
 		 244 aa  226  3e-58  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3800  flagellar biosynthesis sigma factor  48.09 
 
 		 244 aa  224  7e-58  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353237  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  52.61 
 
 		 257 aa  224  8e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  48.51 
 
 		 244 aa  224  1e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06209  RNA polymerase sigma factor FliA  52.5 
 
 		 251 aa  224  1e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.795953  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00957  RNA polymerase sigma factor FliA  52.5 
 
 		 251 aa  224  1e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.651524  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  47.7 
 
 		 243 aa  223  2e-57  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0185  flagellar biosynthesis sigma factor  48.09 
 
 		 243 aa  222  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  48.09 
 
 		 244 aa  223  3e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0253  flagellar biosynthesis sigma factor  48.09 
 
 		 243 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910548  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2836  flagellar biosynthesis sigma factor  48.09 
 
 		 243 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0271  flagellar biosynthesis sigma factor  48.09 
 
 		 243 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0179  flagellar biosynthesis sigma factor  48.09 
 
 		 244 aa  220  9.999999999999999e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.123657 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1249  RNA polymerase sigma-70 factor  45.87 
 
 		 246 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.923056  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  51.9 
 
 		 231 aa  219  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  50.42 
 
 		 240 aa  216  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  44.35 
 
 		 253 aa  216  4e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5619  sigma-70 region 4  49.15 
 
 		 238 aa  214  8e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.496645  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  48.51 
 
 		 232 aa  214  9.999999999999999e-55  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  45.61 
 
 		 238 aa  214  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  50.42 
 
 		 240 aa  214  9.999999999999999e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  48.29 
 
 		 238 aa  213  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0322756 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  43.51 
 
 		 253 aa  211  7e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  43.51 
 
 		 253 aa  211  7e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  50 
 
 		 239 aa  210  2e-53  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 239 aa  210  2e-53  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 239 aa  210  2e-53  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 239 aa  210  2e-53  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 239 aa  209  2e-53  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 239 aa  210  2e-53  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  44.02 
 
 		 237 aa  209  3e-53  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  44.26 
 
 		 238 aa  209  4e-53  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  44.26 
 
 		 238 aa  209  4e-53  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  52 
 
 		 240 aa  208  7e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.02 
 
 		 237 aa  208  7e-53  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  50 
 
 		 239 aa  208  7e-53  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  44.02 
 
 		 237 aa  208  7e-53  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2380  flagellar biosynthesis sigma factor  49.17 
 
 		 240 aa  207  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  49.17 
 
 		 240 aa  207  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1313  sigma 28 (flagella/sporulation)  45.53 
 
 		 242 aa  205  5e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  44.49 
 
 		 237 aa  204  1e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2561  flagellar biosynthesis sigma factor  49.79 
 
 		 240 aa  203  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>