197 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3273 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_3273  AP endonuclease  100 
 
 
301 aa  620  1e-177  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0853475  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3499  iolE protein  95.35 
 
 
301 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50050  2-keto-myo-inositol dehydratase  74.83 
 
 
303 aa  464  9.999999999999999e-131  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.602375  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1324  putative myo-inositol catabolism LolE protein  65.62 
 
 
308 aa  408  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2649  hypothetical protein  64.73 
 
 
306 aa  401  1e-111  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0432409  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0911  hypothetical protein  64.38 
 
 
306 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1829  hypothetical protein  64.04 
 
 
306 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0766527  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1442  AP endonuclease  64.38 
 
 
306 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.609184  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0438  hypothetical protein  64.38 
 
 
306 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1653  AP endonuclease  64.38 
 
 
306 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.959785  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1675  AP endonuclease  64.04 
 
 
306 aa  398  9.999999999999999e-111  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.173299  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0724  AP endonuclease  64.38 
 
 
306 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.367793  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2811  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  63.89 
 
 
305 aa  396  1e-109  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.279544  normal  0.182339 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1602  xylose isomerase domain-containing protein  61.72 
 
 
306 aa  387  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.334485  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3316  xylose isomerase domain-containing protein  57.76 
 
 
309 aa  336  2.9999999999999997e-91  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2932  xylose isomerase domain-containing protein  56.62 
 
 
308 aa  333  3e-90  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.688703 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0067  xylose isomerase domain-containing protein  57 
 
 
318 aa  330  2e-89  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0290166  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1894  xylose isomerase domain-containing protein  57.14 
 
 
309 aa  328  7e-89  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.21993 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0939  xylose isomerase-like TIM barrel  56.48 
 
 
309 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  hitchhiker  0.00907131  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1421  xylose isomerase domain-containing protein  56.48 
 
 
309 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1399  xylose isomerase domain-containing protein  56.81 
 
 
309 aa  327  1.0000000000000001e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4565  xylose isomerase-like TIM barrel  56.48 
 
 
309 aa  327  2.0000000000000001e-88  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0833957  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1238  putative myo-inositol catabolism protein  55.45 
 
 
309 aa  326  3e-88  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1340  xylose isomerase domain-containing protein  56.15 
 
 
309 aa  322  3e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1301  xylose isomerase domain-containing protein  55.81 
 
 
309 aa  322  7e-87  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1596  xylose isomerase domain-containing protein  49.49 
 
 
310 aa  315  7e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1342  Myo-inosose-2 dehydratase  52.56 
 
 
296 aa  314  9.999999999999999e-85  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.606088  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3333  Myo-inosose-2 dehydratase  52.05 
 
 
296 aa  313  1.9999999999999998e-84  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2995  Myo-inosose-2 dehydratase  52.22 
 
 
296 aa  312  3.9999999999999997e-84  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3040  xylose isomerase domain-containing protein  53.22 
 
 
368 aa  311  5.999999999999999e-84  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1869  AP endonuclease  53.22 
 
 
350 aa  311  6.999999999999999e-84  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.0234676 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2968  AP endonuclease  53.22 
 
 
306 aa  310  1e-83  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0043  xylose isomerase domain-containing protein  48.63 
 
 
308 aa  286  2.9999999999999996e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2414  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  46.39 
 
 
924 aa  267  1e-70  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4213  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  45.64 
 
 
340 aa  260  2e-68  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2835  xylose isomerase domain-containing protein  47.1 
 
 
310 aa  256  3e-67  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.840707  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2325  xylose isomerase domain-containing protein  47.26 
 
 
303 aa  253  3e-66  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1674  xylose isomerase domain-containing protein  43.99 
 
 
298 aa  245  4.9999999999999997e-64  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2531  putative IolE protein  39.58 
 
 
298 aa  236  3e-61  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  2.32551e-17 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0086  myo-inositol catabolism protein IolE  40.21 
 
 
297 aa  233  2.0000000000000002e-60  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1577  myo-inositol catabolism protein  39.52 
 
 
298 aa  234  2.0000000000000002e-60  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.357804  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0303  myo-inositol catabolism protein  39.24 
 
 
298 aa  232  6e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0671  hypothetical protein  42.52 
 
 
300 aa  231  2e-59  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0715  hypothetical protein  42.18 
 
 
300 aa  228  9e-59  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2255  myo-inositol catabolism protein  38.54 
 
 
298 aa  228  1e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4013  Myo-inosose-2 dehydratase  38.49 
 
 
297 aa  228  1e-58  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3839  xylose isomerase domain-containing protein  41.5 
 
 
300 aa  227  1e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2299  myo-inositol catabolism protein  38.54 
 
 
298 aa  227  2e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0078  hypothetical protein  39.66 
 
 
300 aa  225  8e-58  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1133  Myo-inosose-2 dehydratase  39.59 
 
 
305 aa  223  3e-57  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.459716  normal  0.18483 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0980  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.91 
 
 
305 aa  218  7e-56  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3560  xylose isomerase domain-containing protein  38.64 
 
 
300 aa  218  1e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.27811 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0486  putative myo-inositol catabolism protein  36.77 
 
 
297 aa  215  8e-55  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.425956  normal  0.198393 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4706  inosose dehydratase  39.59 
 
 
301 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.000727756  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4656  xylose isomerase domain-containing protein  36.9 
 
 
298 aa  213  3.9999999999999995e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.335563 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7800  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  35.71 
 
 
301 aa  212  5.999999999999999e-54  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3285  sugar phosphate isomerase/epimerase, IolE  38.62 
 
 
302 aa  211  1e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5694  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  38.23 
 
 
300 aa  211  1e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.986609  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_4017  xylose isomerase domain-containing protein  38.28 
 
 
302 aa  210  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4190  xylose isomerase-like TIM barrel  37.97 
 
 
371 aa  191  1e-47  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.720259  hitchhiker  0.00898811 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1615  hypothetical protein  35.96 
 
 
298 aa  188  1e-46  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1620  hypothetical protein  35.96 
 
 
298 aa  187  2e-46  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2336  hypothetical protein  39.3 
 
 
237 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3138  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  34.53 
 
 
359 aa  158  9e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2981  Myo-inosose-2 dehydratase  34.53 
 
 
359 aa  158  9e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.833328 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1521  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  33.95 
 
 
294 aa  142  6e-33  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5989  xylose isomerase domain-containing protein  34.22 
 
 
312 aa  140  3e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.63499  normal  0.171061 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4855  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  40 
 
 
205 aa  123  4e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0821972  normal  0.0636139 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6852  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  32.53 
 
 
284 aa  118  9.999999999999999e-26  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0571066  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1816  xylose isomerase domain-containing protein  28.17 
 
 
304 aa  117  3e-25  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.670883 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3352  Myo-inosose-2 dehydratase  26.39 
 
 
296 aa  116  5e-25  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0467219  normal  0.0568196 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3346  xylose isomerase-like TIM barrel  30.18 
 
 
297 aa  114  3e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.0217845  normal  0.180586 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1722  xylose isomerase-like TIM barrel  30.86 
 
 
299 aa  110  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.688264  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1696  Myo-inosose-2 dehydratase  28.98 
 
 
308 aa  109  5e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1422  xylose isomerase-like  29.51 
 
 
297 aa  108  1e-22  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0452084  normal  0.457038 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3595  Myo-inosose-2 dehydratase  27.21 
 
 
297 aa  108  1e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1271  xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.18 
 
 
298 aa  105  1e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.713181 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1247  putative myo-inositol catabolism protein  29.35 
 
 
313 aa  100  4e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.537579  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1048  Myo-inosose-2 dehydratase  29.02 
 
 
307 aa  98.2  1e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.513171  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2612  xylose isomerase domain-containing protein  25.37 
 
 
294 aa  97.4  2e-19  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3969  xylose isomerase domain-containing protein  27.72 
 
 
290 aa  96.7  4e-19  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0171269  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50250  hypothetical protein  27.65 
 
 
307 aa  97.1  4e-19  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.508803  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1362  Myo-inosose-2 dehydratase  28.25 
 
 
294 aa  96.7  5e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1886  xylose isomerase domain-containing protein  28.18 
 
 
308 aa  95.9  8e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.206917 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2054  xylose isomerase domain-containing protein  27.21 
 
 
308 aa  95.5  1e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5448  Myo-inosose-2 dehydratase  29.05 
 
 
295 aa  94.7  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.10992  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4487  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  24.81 
 
 
289 aa  93.6  4e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.411638  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1407  xylose isomerase domain-containing protein  27.55 
 
 
308 aa  92.4  8e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.872133 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3079  Myo-inosose-2 dehydratase  26.87 
 
 
287 aa  90.5  3e-17  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.977094  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0947  xylose isomerase-like TIM barrel  27.08 
 
 
308 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1429  xylose isomerase domain-containing protein  27.08 
 
 
308 aa  89.7  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4055  Xylose isomerase domain protein TIM barrel  29.06 
 
 
297 aa  89  8e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4573  xylose isomerase-like TIM barrel  26.74 
 
 
308 aa  89  9e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1348  xylose isomerase domain-containing protein  27.74 
 
 
308 aa  88.6  1e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1309  xylose isomerase domain-containing protein  27.74 
 
 
308 aa  87  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1912  xylose isomerase domain-containing protein  27.42 
 
 
271 aa  87  3e-16  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.193983  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3018  hypothetical protein  26.17 
 
 
307 aa  84  0.000000000000003  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.130345  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1981  Myo-inosose-2 dehydratase  29.96 
 
 
301 aa  83.2  0.000000000000004  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.162742  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8495  Myo-inosose-2 dehydratase  26.77 
 
 
311 aa  82.4  0.000000000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.795487 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0986  xylose isomerase domain-containing protein  26.52 
 
 
273 aa  80.9  0.00000000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>