More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3236 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_3236  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 
296 aa  595  1e-169  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3454  transcriptional regulator, LysR family  92.23 
 
 
296 aa  551  1e-156  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2430  LysR family transcriptional regulator  78.84 
 
 
301 aa  452  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3121  LysR family transcriptional regulator  77.13 
 
 
301 aa  444  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.739955  normal  0.0893475 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2595  LysR family transcriptional regulator  77.47 
 
 
301 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2736  LysR family transcriptional regulator  76.45 
 
 
301 aa  444  1e-123  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3296  putative transcriptional regulator  74.57 
 
 
306 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51620  LysR family transcriptional regulator protein  73.31 
 
 
301 aa  431  1e-120  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_38680  LysR family transcriptional regulator  75.26 
 
 
306 aa  421  1e-117  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0589  LysR family transcriptional regulator  69.44 
 
 
297 aa  401  1e-111  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1141  LysR family transcriptional regulator  70.21 
 
 
297 aa  404  1e-111  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.387698 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2077  LysR family transcriptional regulator  67.36 
 
 
296 aa  397  1e-109  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.235572  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1671  LysR family transcriptional regulator  64.93 
 
 
296 aa  370  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3056  LysR family transcriptional regulator  53.61 
 
 
293 aa  333  2e-90  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.20426 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1621  LysR family transcriptional regulator  43.2 
 
 
297 aa  246  4.9999999999999997e-64  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01942  probable transcriptional regulator  40.35 
 
 
287 aa  213  3.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.22412  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 
322 aa  172  5.999999999999999e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 
312 aa  171  2e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5397  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  37.5 
 
 
297 aa  170  3e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 
297 aa  170  3e-41  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 
317 aa  169  5e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
317 aa  169  6e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
317 aa  169  6e-41  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 
317 aa  169  6e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
317 aa  169  6e-41  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  35.54 
 
 
317 aa  169  6e-41  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  35.54 
 
 
317 aa  169  6e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
297 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
297 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5879  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 
299 aa  168  1e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.927972  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 
297 aa  166  4e-40  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 
313 aa  166  5e-40  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  35.56 
 
 
306 aa  166  5e-40  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
307 aa  165  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  34.26 
 
 
297 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3073  LysR family transcriptional regulator  36.15 
 
 
304 aa  164  2.0000000000000002e-39  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
316 aa  162  8.000000000000001e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
313 aa  162  9e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 
307 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 
307 aa  159  5e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 
305 aa  158  8e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  33.67 
 
 
305 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  36.55 
 
 
310 aa  158  1e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 
322 aa  157  1e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
307 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0970  LysR family transcriptional regulator  33.1 
 
 
303 aa  157  2e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0205462  normal 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 
307 aa  157  2e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1911  transcriptional regulator, LysR family  37.33 
 
 
310 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1817  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 
310 aa  155  5.0000000000000005e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.113228  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3393  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 
298 aa  155  8e-37  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.162722 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2504  transcriptional regulator, LysR family  33.68 
 
 
298 aa  155  9e-37  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1466  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 
314 aa  155  9e-37  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4814  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 
299 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_18480  transcriptional regulator  35.69 
 
 
309 aa  155  9e-37  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3737  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 
299 aa  155  9e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  36.11 
 
 
307 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0835  LysR family transcriptional regulator  31.14 
 
 
364 aa  149  4e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.643048  normal  0.134814 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 
301 aa  148  1.0000000000000001e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3664  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 
308 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  33.1 
 
 
298 aa  148  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.94 
 
 
302 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 
297 aa  145  6e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 
298 aa  145  7.0000000000000006e-34  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  34.74 
 
 
301 aa  145  9e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  34.81 
 
 
302 aa  145  9e-34  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 
304 aa  145  1e-33  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 
302 aa  144  1e-33  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  33.21 
 
 
300 aa  144  1e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
295 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
295 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  32.47 
 
 
295 aa  144  2e-33  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 
297 aa  143  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 
305 aa  143  3e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 
305 aa  142  5e-33  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  31.54 
 
 
299 aa  142  5e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
295 aa  142  6e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2671  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.09 
 
 
313 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00916902  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 
295 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  32.19 
 
 
298 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 
328 aa  140  1.9999999999999998e-32  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  30.21 
 
 
300 aa  137  2e-31  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
300 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  33.79 
 
 
300 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 
304 aa  137  3.0000000000000003e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0712  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 
299 aa  136  3.0000000000000003e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1166  transcriptional regulator, LysR family  28.91 
 
 
299 aa  136  4e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.02159  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 
300 aa  136  4e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3165  transcriptional regulator, LysR family  28.57 
 
 
299 aa  136  4e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.0000392866  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 
305 aa  136  4e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 
300 aa  136  5e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5504  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 
300 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.14 
 
 
313 aa  135  7.000000000000001e-31  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
298 aa  135  9e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 
298 aa  135  9e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  31.96 
 
 
300 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  31.16 
 
 
298 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  32.53 
 
 
300 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3863  LysR family transcriptional regulator  30.9 
 
 
307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 
305 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>