More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3165 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3165  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 302 aa  617  1e-176  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.314195 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3334  transcriptional regulator, LysR family  93.05 
 
 		 302 aa  568  1e-161  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02400  transcriptional regulator  75.25 
 
 		 300 aa  471  1e-132  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5523  transcriptional regulator, LysR family  67.46 
 
 		 322 aa  414  9.999999999999999e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.553864 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3512  LysR family transcriptional regulator  70.51 
 
 		 304 aa  412  1e-114  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.069263  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6374  LysR family transcriptional regulator  66.44 
 
 		 313 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.436439 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0545  transcriptional regulator, LysR family  66.44 
 
 		 305 aa  389  1e-107  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5626  LysR family transcriptional regulator  65.33 
 
 		 316 aa  389  1e-107  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0807108 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0532  transcriptional regulator, LysR family  66.1 
 
 		 305 aa  387  1e-106  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6260  LysR family transcriptional regulator  65.41 
 
 		 307 aa  385  1e-106  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4982  LysR family transcriptional regulator  65.75 
 
 		 307 aa  385  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.960154 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6662  LysR family transcriptional regulator  65.07 
 
 		 307 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6427  LysR family transcriptional regulator  65.07 
 
 		 307 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2421  LysR family transcriptional regulator  60.8 
 
 		 312 aa  374  1e-103  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.324279 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3479  LysR family transcriptional regulator  60.94 
 
 		 306 aa  364  1e-100  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.35259  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6009  LysR family transcriptional regulator  65.42 
 
 		 322 aa  365  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.853275 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0298  LysR family transcriptional regulator  57.82 
 
 		 313 aa  342  4e-93  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.202952 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3181  LysR family transcriptional regulator  54.79 
 
 		 299 aa  334  9e-91  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3164  LysR family transcriptional regulator  49.16 
 
 		 297 aa  304  1.0000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2054  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 297 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.142115  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3686  LysR family transcriptional regulator  48.48 
 
 		 297 aa  303  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1573  LysR family transcriptional regulator  49.47 
 
 		 297 aa  300  2e-80  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.117572  normal  0.71184 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3576  LysR family transcriptional regulator  49.5 
 
 		 305 aa  293  3e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.300569  normal  0.06186 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1268  putative HTH-type transcriptional regulator YbhD  45.67 
 
 		 297 aa  292  5e-78  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4648  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 305 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3720  LysR family transcriptional regulator  46.42 
 
 		 305 aa  281  1e-74  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.101076  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5656  LysR family transcriptional regulator  46.08 
 
 		 305 aa  280  2e-74  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.601684 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4552  LysR family transcriptional regulator  48.29 
 
 		 307 aa  279  4e-74  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3806  LysR family transcriptional regulator  48.8 
 
 		 307 aa  278  7e-74  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.335856 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1352  LysR family transcriptional regulator  46.55 
 
 		 305 aa  275  6e-73  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.156504 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1913  LysR family transcriptional regulator  43.26 
 
 		 298 aa  257  2e-67  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0283777  normal  0.375382 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2874  transcriptional regulator, LysR family  40.71 
 
 		 317 aa  253  2.0000000000000002e-66  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000130864  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0871  transcriptional regulator, LysR family  40.36 
 
 		 317 aa  253  3e-66  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2590  transcriptional regulator, LysR family  40.36 
 
 		 317 aa  253  3e-66  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2894  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 317 aa  253  3e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0369741  normal  0.204254 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0822  LysR family transcriptional regulator  40.36 
 
 		 317 aa  253  3e-66  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.835428  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0791  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 317 aa  252  6e-66  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0795  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 317 aa  251  1e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4412  LysR family transcriptional regulator  44.83 
 
 		 300 aa  246  4e-64  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.481295  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2547  LysR family transcriptional regulator  44.48 
 
 		 310 aa  232  6e-60  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372947 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2001  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 298 aa  219  3.9999999999999997e-56  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.536649 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5168  LysR family transcriptional regulator  40.94 
 
 		 298 aa  211  2e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3391  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.279491  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3330  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.718277 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4125  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0971923 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4776  LysR family transcriptional regulator  40.6 
 
 		 298 aa  207  1e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0162  LysR family transcriptional regulator  41.84 
 
 		 302 aa  206  3e-52  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2806  LysR family transcriptional regulator  40.34 
 
 		 296 aa  205  9e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.521552  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1626  transcriptional regulator, LysR family  37.71 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0614386 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2826  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 300 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1761  LysR family transcriptional regulator  38.05 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.982692  normal  0.0243449 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2569  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 300 aa  193  3e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0243965  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1757  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.233098  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1735  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0864805  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1067  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0986  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1416  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.691659 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1910  OsmT protein  38.51 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.580889  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1512  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0180  LysR family transcriptional regulator  38.51 
 
 		 300 aa  190  2e-47  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  decreased coverage  0.0000907778  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1376  LysR family transcriptional regulator  37.04 
 
 		 300 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.809674  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3338  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.714315  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5029  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.534863  normal  0.59636 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5255  LysR family transcriptional regulator  36.01 
 
 		 295 aa  190  2.9999999999999997e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.294771  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1735  LysR family transcriptional regulator  36.7 
 
 		 300 aa  189  7e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.26615  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6028  LysR family transcriptional regulator  36.05 
 
 		 300 aa  187  2e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.171858  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4958  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 295 aa  186  4e-46  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.468232 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4438  LysR family transcriptional regulator  34.97 
 
 		 295 aa  186  6e-46  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000948245 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0528  LysR family transcriptional regulator  35.71 
 
 		 301 aa  185  7e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000454001 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3178  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.125712  normal  0.0310919 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2537  transcription regulator transcription regulator protein  37.54 
 
 		 297 aa  179  4e-44  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.566586 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3441  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 306 aa  177  1e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.985803  hitchhiker  0.000545962 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0586  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  34.9 
 
 		 304 aa  178  1e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4635  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 300 aa  177  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.646338  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1470  LysR family transcriptional regulator  37.71 
 
 		 300 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.193795  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4128  LysR family transcriptional regulator  35.44 
 
 		 315 aa  176  4e-43  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.968442  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1013  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1494  LysR family transcriptional regulator  37.37 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2659  OsmT protein  32.88 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2568  OsmT protein  32.88 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0008695  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2617  OsmT protein  32.88 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2683  OsmT protein  32.88 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.567691  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2789  OsmT protein  32.88 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4012  LysR family transcriptional regulator  35.17 
 
 		 298 aa  171  2e-41  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1930  LysR family transcriptional regulator  34.16 
 
 		 297 aa  164  1.0000000000000001e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0417087 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4509  LysR family transcriptional regulator  31.9 
 
 		 298 aa  162  6e-39  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.391554 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3955  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  31.63 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6323  MarR family transcriptional regulator  32.28 
 
 		 294 aa  161  2e-38  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.482978  normal  0.771209 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2760  LysR family transcriptional regulator  34.36 
 
 		 302 aa  158  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00129755  normal  0.164001 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2406  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.237707  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2812  transcriptional regulator, LysR family  35.84 
 
 		 297 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.260123  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1269  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.151838 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1243  LysR family transcriptional regulator  32.74 
 
 		 298 aa  157  2e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0884  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1366  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 298 aa  156  4e-37  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0713  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 302 aa  156  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1344  LysR family transcriptional regulator  31.18 
 
 		 298 aa  155  7e-37  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.749958  normal  0.0693843 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3346  LysR family transcriptional regulator  34.98 
 
 		 328 aa  154  1e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.773676  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4089  transcriptional regulator, LysR family  32.16 
 
 		 297 aa  154  2e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4244  LysR family transcriptional regulator  32.32 
 
 		 298 aa  152  5e-36  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.291884 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>