More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_3156 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007005  Psyr_3156  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  100 
 
 		 325 aa  652    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.46065  normal  0.121521 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3322  transcriptional regulator, LysR family  84.8 
 
 		 296 aa  494  1e-139  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0151906  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1370  transcriptional regulator, LysR family  56.45 
 
 		 313 aa  317  2e-85  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.173382  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3436  LysR family transcriptional regulator  54.7 
 
 		 294 aa  303  2.0000000000000002e-81  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2994  LysR family transcriptional regulator  53.58 
 
 		 314 aa  281  1e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.735848  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3123  transcriptional regulator, LysR family  50.34 
 
 		 293 aa  275  7e-73  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1309  LysR family transcriptional regulator  49.31 
 
 		 303 aa  274  1.0000000000000001e-72  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1236  transcriptional regulator, LysR family  42.12 
 
 		 292 aa  211  2e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.387856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1323  transcriptional regulator, LysR family  40.82 
 
 		 292 aa  199  6e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.672802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5710  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0762258 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5149  LysR family transcriptional regulator  37.76 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0134  transcriptional regulator, LysR family  36.58 
 
 		 296 aa  167  2e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4529  LysR family transcriptional regulator  37.41 
 
 		 294 aa  166  4e-40  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.393903  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3170  LysR family transcriptional regulator  37.29 
 
 		 294 aa  166  5e-40  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4979  LysR family transcriptional regulator  37.07 
 
 		 294 aa  165  9e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.398741  normal  0.422466 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3122  LysR family transcriptional regulator  36.73 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0070  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 296 aa  163  5.0000000000000005e-39  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3615  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 294 aa  162  8.000000000000001e-39  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3293  transcriptional regulator, LysR family  36.27 
 
 		 294 aa  161  1e-38  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4604  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3526  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 294 aa  159  8e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1047  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 298 aa  158  1e-37  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1767  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  157  2e-37  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.422305 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6686  LysR family transcriptional regulator  35.25 
 
 		 294 aa  157  3e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.111777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1791  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 290 aa  156  5.0000000000000005e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.027343 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4307  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0280475  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0509  transcriptional regulator, LysR family  38.87 
 
 		 293 aa  150  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.187244  hitchhiker  0.00160332 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0284  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 294 aa  149  8e-35  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1912  transcriptional regulator, LysR family  34.6 
 
 		 301 aa  147  3e-34  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0000315182  normal  0.0709139 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0820  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 307 aa  146  6e-34  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2101  LysR family transcriptional regulator  34.01 
 
 		 292 aa  144  2e-33  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.205668  normal  0.510937 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3632  LysR family transcriptional regulator  33.56 
 
 		 292 aa  143  3e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.486007  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2280  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 293 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.197799 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1877  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000269934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1244  transcriptional regulator, LysR family  35.59 
 
 		 286 aa  140  3e-32  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1825  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 302 aa  139  6e-32  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.705034  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5945  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 307 aa  137  3.0000000000000003e-31  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.626175  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1555  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 318 aa  137  3.0000000000000003e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000214293  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2364  LysR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 293 aa  136  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1993  transcriptional regulator, LysR family  35.16 
 
 		 319 aa  135  9.999999999999999e-31  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0953  transcriptional regulator, LysR family  35.37 
 
 		 294 aa  132  6e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0411  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 308 aa  132  1.0000000000000001e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1631  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 310 aa  131  2.0000000000000002e-29  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0634  transcriptional regulator, LysR family  34.14 
 
 		 310 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1477  LysR family transcriptional regulator  29.01 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2199  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 298 aa  129  5.0000000000000004e-29  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2158  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 301 aa  129  6e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1817  transcriptional regulator, LysR family  33.2 
 
 		 303 aa  129  6e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2531  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.351481  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2159  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 308 aa  129  6e-29  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.597139  hitchhiker  0.0000167573 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2640  RuBisCO operon transcriptional regulator  33.1 
 
 		 305 aa  129  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2423  LysR family transcriptional regulator  31.68 
 
 		 320 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.757155  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1713  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 304 aa  128  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3855  transcriptional regulator, LysR family  32.28 
 
 		 316 aa  128  1.0000000000000001e-28  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7088  LysR family transcriptional regulator  31.12 
 
 		 314 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1148  transcriptional regulator, LysR family  31.69 
 
 		 303 aa  127  3e-28  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000219344  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2398  putative Rubisco transcriptional regulator  30.51 
 
 		 329 aa  126  4.0000000000000003e-28  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1454  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 294 aa  126  4.0000000000000003e-28  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0215589  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1726  LysR family transcriptional regulator  27.49 
 
 		 294 aa  126  6e-28  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.000000302117  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0996  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 298 aa  126  7e-28  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05450  transcriptional regulator, LysR family  27.08 
 
 		 296 aa  125  8.000000000000001e-28  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0434511  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0883  transcriptional regulator, LysR family  30.58 
 
 		 291 aa  125  1e-27  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000429967 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2226  LysR family transcriptional regulator  31.01 
 
 		 319 aa  125  1e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0449  LysR family transcriptional regulator  31.93 
 
 		 307 aa  125  1e-27  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.00010985  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1679  transcriptional regulator, LysR family  29.8 
 
 		 304 aa  125  1e-27  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0065  LysR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 296 aa  124  2e-27  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2022  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 309 aa  124  2e-27  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0620122  normal  0.0797415 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0236  LysR family transcriptional regulator  34.26 
 
 		 293 aa  124  2e-27  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.0946906  normal  0.151625 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2494  transcriptional regulator, LysR family  33.86 
 
 		 322 aa  123  3e-27  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0334  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 301 aa  123  3e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000502074  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0114  LysR family transcriptional regulator  32.86 
 
 		 294 aa  124  3e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_01661  putative Rubisco transcriptional regulator  31.08 
 
 		 314 aa  123  4e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0295  putative Rubisco transcriptional regulator  29.83 
 
 		 331 aa  123  4e-27  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2915  transcriptional regulator, LysR family  33.09 
 
 		 305 aa  123  5e-27  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_0149  putative Rubisco transcriptional regulator  31.35 
 
 		 319 aa  123  5e-27  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4118  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 324 aa  122  6e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  decreased coverage  0.00686854  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1717  transcriptional regulator  31.93 
 
 		 314 aa  122  7e-27  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2158  LysR family transcriptional regulator  31.23 
 
 		 298 aa  122  7e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000128289  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0701  transcriptional regulator, LysR family  31.11 
 
 		 307 aa  122  9.999999999999999e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5280  LysR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2011  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 297 aa  121  9.999999999999999e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.174937  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_01641  putative Rubisco transcriptional regulator  30.95 
 
 		 314 aa  121  9.999999999999999e-27  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  0.569388  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2253  transcriptional regulator, LysR family  30.53 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.105468  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2401  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 315 aa  121  9.999999999999999e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.38508  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6402  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 306 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.356896  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3660  LysR family transcriptional regulator  32.66 
 
 		 295 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.141797 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3313  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.600178  normal  0.236469 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0288  transcriptional regulator, LysR family  31.03 
 
 		 293 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0687  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  121  1.9999999999999998e-26  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.591422  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_01751  putative Rubisco transcriptional regulator  30.56 
 
 		 317 aa  120  1.9999999999999998e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.348697  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5338  transcriptional regulator, LysR family  30.61 
 
 		 297 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5025  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5406  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 297 aa  120  3e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1310  ndhF3 operon transcriptional regulator  30.28 
 
 		 323 aa  120  3e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0307  transcriptional regulator, LysR family  30.95 
 
 		 293 aa  120  3e-26  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0158849  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6474  LysR family transcriptional regulator  33.06 
 
 		 327 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.254118 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4855  LysR family transcriptional regulator  30.2 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009976  P9211_01621  putative Rubisco transcriptional regulator  30.95 
 
 		 322 aa  119  4.9999999999999996e-26  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0880  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 295 aa  120  4.9999999999999996e-26  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000302502 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4466  LysR family transcriptional regulator  33.6 
 
 		 316 aa  119  4.9999999999999996e-26  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>