More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2958 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_3223  ABC transporter, periplasmic binding protein  72.36 
 
 		 539 aa  830    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.680403  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3088  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein, putative  91.16 
 
 		 542 aa  1030    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.118464  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_18670  extracellular solute-binding protein  74.4 
 
 		 587 aa  852    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2958  extracellular solute-binding protein  100 
 
 		 543 aa  1108    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3755  extracellular solute-binding protein  51.28 
 
 		 557 aa  538  1e-151  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2659  extracellular solute-binding protein  37.82 
 
 		 535 aa  325  1e-87  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.696058  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34340  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  36.88 
 
 		 562 aa  294  2e-78  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144528  normal  0.124622 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0295  extracellular solute-binding protein family 5  38.2 
 
 		 558 aa  286  9e-76  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0939  extracellular solute-binding protein family 5  35.31 
 
 		 532 aa  260  6e-68  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.0467048 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0469  extracellular solute-binding protein family 5  34.78 
 
 		 554 aa  245  9.999999999999999e-64  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.232879  normal  0.208856 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3603  extracellular solute-binding protein family 5  32.18 
 
 		 542 aa  243  7.999999999999999e-63  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_34390  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  34.88 
 
 		 542 aa  241  2e-62  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.256824  normal  0.563037 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3479  extracellular solute-binding protein family 5  32.73 
 
 		 541 aa  233  6e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0507  extracellular solute-binding protein family 5  32.02 
 
 		 537 aa  231  3e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2311  extracellular solute-binding protein family 5  31.19 
 
 		 562 aa  230  6e-59  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.34367  normal  0.0804809 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0428  extracellular solute-binding protein family 5  31.29 
 
 		 537 aa  226  7e-58  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.970035  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0031  extracellular solute-binding protein family 5  30.8 
 
 		 547 aa  203  5e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.255435  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1797  extracellular solute-binding protein family 5  31.9 
 
 		 551 aa  201  3e-50  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.645119  normal  0.0256709 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1057  extracellular solute-binding protein  31.56 
 
 		 557 aa  201  3e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.553694 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7175  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  30.74 
 
 		 543 aa  199  1.0000000000000001e-49  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4820  extracellular solute-binding protein  30.51 
 
 		 556 aa  194  4e-48  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.161411 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4174  extracellular solute-binding protein family 5  30.42 
 
 		 545 aa  193  6e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0033  extracellular solute-binding protein family 5  32.52 
 
 		 547 aa  193  7e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3157  extracellular solute-binding protein  31.89 
 
 		 541 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.821676 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5184  ABC-type transporter, substrate binding protein  32.38 
 
 		 550 aa  190  5.999999999999999e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.532866  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_05550  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  32.27 
 
 		 550 aa  189  1e-46  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.163393  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2115  extracellular solute-binding protein  31.01 
 
 		 511 aa  189  1e-46  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.435863  normal  0.188347 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3479  extracellular solute-binding protein  33.04 
 
 		 546 aa  187  4e-46  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.116614  normal  0.0951056 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4456  extracellular solute-binding protein family 5  30.4 
 
 		 545 aa  186  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2767  extracellular solute-binding protein  31.14 
 
 		 555 aa  185  2.0000000000000003e-45  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.26917  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4854  putative ABC transporter (substrate binding protein)  30.1 
 
 		 554 aa  184  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441686 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2382  peptide ABC transporter  29.45 
 
 		 560 aa  177  4e-43  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1599  extracellular solute-binding protein family 5  29.21 
 
 		 535 aa  176  7e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.525219 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4832  putative ABC transporter (substrate binding protein)  34.28 
 
 		 551 aa  176  9e-43  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.264059  normal  0.92248 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6171  4-phytase  30.77 
 
 		 546 aa  170  5e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.194184 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1266  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 546 aa  170  7e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.335203  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6565  extracellular solute-binding protein  30.77 
 
 		 546 aa  170  7e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0953437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2749  extracellular solute-binding protein family 5  30.13 
 
 		 550 aa  168  2.9999999999999998e-40  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.954537  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_12220  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  27.79 
 
 		 550 aa  167  4e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4320  extracellular solute-binding protein family 5  28.95 
 
 		 554 aa  166  1.0000000000000001e-39  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1779  extracellular solute-binding protein family 5  28.01 
 
 		 547 aa  165  2.0000000000000002e-39  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000779401 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0241  extracellular solute-binding protein family 5  30.33 
 
 		 551 aa  164  4.0000000000000004e-39  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.161576  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2530  putative ABC transporter  26.2 
 
 		 553 aa  155  1e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.745103 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3498  extracellular solute-binding protein family 5  28.24 
 
 		 560 aa  154  5e-36  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.716688 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2033  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  28.54 
 
 		 530 aa  148  3e-34  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2173  extracellular solute-binding protein family 5  25.18 
 
 		 544 aa  135  1.9999999999999998e-30  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2571  extracellular solute-binding protein family 5  27.48 
 
 		 529 aa  131  3e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.13754  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24440  extracellular solute-binding protein  27.67 
 
 		 601 aa  130  7.000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2418  binding-protein-dependent transport systems inner membrane component  53.66 
 
 		 396 aa  129  1.0000000000000001e-28  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.274162  normal  0.302095 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  24.6 
 
 		 535 aa  129  1.0000000000000001e-28  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2494  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.89 
 
 		 532 aa  129  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0259695  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2543  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  25.89 
 
 		 532 aa  129  2.0000000000000002e-28  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.0657942  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0273  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  30.68 
 
 		 525 aa  128  3e-28  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  25.48 
 
 		 534 aa  127  6e-28  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3133  twin-arginine translocation pathway signal  27.62 
 
 		 529 aa  127  7e-28  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.362143 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0218  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  27.04 
 
 		 559 aa  126  9e-28  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0248  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein, putative  26.85 
 
 		 575 aa  126  1e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0205  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  28.15 
 
 		 575 aa  126  1e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0209  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.64 
 
 		 575 aa  126  1e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.019765  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0241  putative oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  26.91 
 
 		 575 aa  125  1e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0231  oligopeptide ABC transporter oligopeptide-binding protein  26.91 
 
 		 555 aa  126  1e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2372  peptide ABC transporter, peptide-binding protein  24.46 
 
 		 532 aa  125  3e-27  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0245  oligopeptide-binding protein OppA  27.54 
 
 		 575 aa  124  4e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0551474  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7558  putative dipeptide ABC transporter (substrate-binding protein)  26.83 
 
 		 515 aa  124  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.864379 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5080  oligopeptide-binding protein OppA  27.54 
 
 		 575 aa  124  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3845  extracellular solute-binding protein  26.43 
 
 		 564 aa  123  7e-27  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.267838  normal  0.0712114 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A3566  dipeptide/oligopeptide-binding protein  28.09 
 
 		 562 aa  123  9.999999999999999e-27  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.672958  normal  0.0864129 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  27.08 
 
 		 513 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0804  nickel ABC transporter, nickel-binding protein, putative  30.19 
 
 		 526 aa  122  1.9999999999999998e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2569  ABC transporter substrate-binding protein  28.01 
 
 		 558 aa  122  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.217608 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0754  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  30.19 
 
 		 526 aa  122  1.9999999999999998e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6651  extracellular solute-binding protein  25.68 
 
 		 498 aa  121  3e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.45162  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0208  extracellular solute-binding protein  28.21 
 
 		 575 aa  120  6e-26  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1411  extracellular solute-binding protein  25.05 
 
 		 559 aa  118  1.9999999999999998e-25  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0266  extracellular solute-binding protein family 5  27.39 
 
 		 575 aa  117  3.9999999999999997e-25  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1979  oligopeptide ABC transporter, solute-binding protein  27.16 
 
 		 516 aa  117  5e-25  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  26.83 
 
 		 520 aa  117  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1771  extracellular solute-binding protein family 5  29.11 
 
 		 547 aa  117  6e-25  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2761  nickel ABC transporter, periplasmic nickel-binding protein  28.57 
 
 		 524 aa  117  7.999999999999999e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0902479  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0563  extracellular solute-binding protein  26.37 
 
 		 536 aa  116  7.999999999999999e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0406443  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0689  extracellular solute-binding protein family 5  29.11 
 
 		 544 aa  116  1.0000000000000001e-24  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7613  nickel ABC transporter periplasmic nickel-binding protein  27.56 
 
 		 526 aa  115  2.0000000000000002e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0219  extracellular solute-binding protein  26.12 
 
 		 575 aa  115  2.0000000000000002e-24  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3490  extracellular solute-binding protein  26.87 
 
 		 529 aa  115  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1988  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  28.33 
 
 		 505 aa  115  3e-24  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.693495  normal  0.584075 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_36530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  28.21 
 
 		 566 aa  115  3e-24  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.70881  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0020  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  26.43 
 
 		 539 aa  114  4.0000000000000004e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.00232018  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0009  extracellular solute-binding protein family 5  27.54 
 
 		 544 aa  114  6e-24  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.327799  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2032  ABC transporter, periplasmic binding protein  26.97 
 
 		 524 aa  113  9e-24  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.662418  normal  0.30348 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4608  extracellular solute-binding protein  24.24 
 
 		 521 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4390  solute-binding family 5 protein  24.24 
 
 		 521 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4231  oligopeptide ABC transporter, oligopeptide-binding protein  24.24 
 
 		 521 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3824  extracellular solute-binding protein  26.21 
 
 		 524 aa  112  1.0000000000000001e-23  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.41836 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4729  solute-binding family 5 protein  24.24 
 
 		 521 aa  113  1.0000000000000001e-23  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0351  nickel ABC transporter, periplasmic nickel- binding protein  24.08 
 
 		 532 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0210  extracellular solute-binding protein  25.27 
 
 		 512 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0873116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0365  extracellular solute-binding protein family 5  25.75 
 
 		 517 aa  112  2.0000000000000002e-23  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0139  extracellular solute-binding protein  28.24 
 
 		 502 aa  112  2.0000000000000002e-23  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.184027  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0402  peptide ABC transporter, periplasmic peptide-binding protein  27.33 
 
 		 528 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.882442  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0422  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  27.33 
 
 		 528 aa  111  3e-23  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.537378  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>