More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2926 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2926  major facilitator transporter  100 
 
 
401 aa  768    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0235269  normal  0.894143 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3068  major facilitator family transporter  90.13 
 
 
375 aa  611  9.999999999999999e-175  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.547079  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_17740  MFS transporter  61.87 
 
 
412 aa  401  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4445  major facilitator transporter  55.99 
 
 
417 aa  402  1e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.306618 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3303  major facilitator transporter  56.74 
 
 
396 aa  373  1e-102  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.143004 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35870  major facilitator family transporter  58.86 
 
 
408 aa  366  1e-100  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0848172  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3749  major facilitator superfamily MFS_1  56.67 
 
 
394 aa  362  8e-99  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.630877  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3035  major facilitator transporter  56.04 
 
 
390 aa  358  7e-98  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.13751  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3692  general substrate transporter  55.73 
 
 
430 aa  357  1.9999999999999998e-97  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3563  major facilitator superfamily MFS_1  57.45 
 
 
394 aa  356  2.9999999999999997e-97  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1816  major facilitator transporter  59.52 
 
 
405 aa  355  6.999999999999999e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1998  major facilitator transporter  57.02 
 
 
396 aa  347  2e-94  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.580365  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6824  major facilitator transporter  53.41 
 
 
398 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2392  major facilitator family transporter  58.2 
 
 
400 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.110299  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0885  major facilitator family transporter  53.15 
 
 
403 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.106194  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0088  major facilitator family transporter  53.15 
 
 
403 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0341  major facilitator family transporter  53.15 
 
 
403 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0640  major facilitator family transporter  53.15 
 
 
403 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.286289  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2475  major facilitator family transporter  53.15 
 
 
403 aa  325  8.000000000000001e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1044  major facilitator family transporter  53.15 
 
 
403 aa  325  1e-87  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0882  major facilitator family transporter  53.42 
 
 
403 aa  325  1e-87  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.158047  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3138  major facilitator transporter  49.86 
 
 
400 aa  321  1.9999999999999998e-86  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34710  major facilitator transporter  59.8 
 
 
417 aa  318  1e-85  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00447265  normal  0.386622 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2946  major facilitator family transporter  60.36 
 
 
390 aa  315  7e-85  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.207284  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33690  arabinose efflux permease family protein  48.7 
 
 
399 aa  314  1.9999999999999998e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5919  major facilitator transporter  53.14 
 
 
403 aa  303  3.0000000000000004e-81  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1978  major facilitator transporter  53.85 
 
 
407 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2588  major facilitator transporter  53.85 
 
 
407 aa  300  2e-80  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.229839  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2612  major facilitator transporter  54.11 
 
 
407 aa  300  3e-80  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2027  major facilitator transporter  49.07 
 
 
425 aa  296  4e-79  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.145333 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2636  major facilitator transporter  53.83 
 
 
408 aa  284  2.0000000000000002e-75  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3751  major facilitator superfamily MFS_1  43.68 
 
 
410 aa  281  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.690184  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0709  major facilitator transporter  51.31 
 
 
399 aa  278  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0373482  normal  0.416775 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0403  major facilitator superfamily MFS_1  52.19 
 
 
394 aa  274  2.0000000000000002e-72  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  decreased coverage  0.00475007  normal  0.145448 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20320  arabinose efflux permease family protein  42.2 
 
 
397 aa  265  1e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.352301  normal  0.179085 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_23550  arabinose efflux permease family protein  42.39 
 
 
416 aa  254  3e-66  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.655191  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_24090  arabinose efflux permease family protein  45.48 
 
 
447 aa  233  4.0000000000000004e-60  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2719  major facilitator superfamily MFS_1  37.63 
 
 
399 aa  233  6e-60  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0908  major facilitator superfamily MFS_1  32.86 
 
 
383 aa  192  6e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.260847  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0932  major facilitator transporter  32.49 
 
 
426 aa  176  6e-43  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1024  major facilitator superfamily MFS_1  34.88 
 
 
410 aa  147  3e-34  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.204165  normal  0.764355 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1023  major facilitator superfamily MFS_1  32.19 
 
 
432 aa  147  3e-34  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5288  major facilitator transporter  31.22 
 
 
404 aa  146  6e-34  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.564821 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1113  major facilitator superfamily MFS_1  26.97 
 
 
383 aa  141  1.9999999999999998e-32  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  decreased coverage  0.000000378306  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5451  major facilitator transporter  34.5 
 
 
407 aa  139  1e-31  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0131975  normal  0.150445 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03546  predicted transporter  33.33 
 
 
451 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03488  hypothetical protein  33.33 
 
 
451 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_5229  transporter  32.95 
 
 
406 aa  134  1.9999999999999998e-30  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.276614 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0041  major facilitator superfamily MFS_1  33.06 
 
 
412 aa  134  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4170  ribonucleoside transporter  33.06 
 
 
451 aa  134  3e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3875  ribonucleoside transporter  33.06 
 
 
451 aa  134  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0037  ribonucleoside transporter  33.06 
 
 
451 aa  134  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4025  ribonucleoside transporter  33.06 
 
 
394 aa  134  3e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.84574 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0451  major facilitator superfamily MFS_1  34.66 
 
 
405 aa  132  1.0000000000000001e-29  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  decreased coverage  0.00452122  normal  0.277265 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0553  major facilitator transporter  32.65 
 
 
390 aa  130  3e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.125845  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0633  major facilitator transporter  31.07 
 
 
388 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.510644 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3326  major facilitator superfamily MFS_1  31.64 
 
 
388 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.139767 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0415  major facilitator transporter  30.79 
 
 
392 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.240789 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3905  major facilitator superfamily MFS_1  31.44 
 
 
392 aa  127  3e-28  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0803065  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0202  major facilitator superfamily MFS_1  34.21 
 
 
390 aa  125  1e-27  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0032  ribonucleoside transporter  31.18 
 
 
396 aa  124  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.646856 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2226  sugar efflux transporter  28.96 
 
 
396 aa  124  4e-27  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0945  major facilitator superfamily MFS_1  33.72 
 
 
409 aa  124  4e-27  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0607  major facilitator transporter  31.01 
 
 
391 aa  123  6e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3560  major facilitator transporter  33.59 
 
 
411 aa  123  7e-27  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27130  sugar efflux transporter  27.69 
 
 
405 aa  122  1.9999999999999998e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.605914  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3182  major facilitator transporter  30.29 
 
 
404 aa  121  3e-26  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2079  major facilitator transporter  29.31 
 
 
416 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0980  sugar efflux transporter  26.36 
 
 
396 aa  121  3e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2009  major facilitator transporter  30.4 
 
 
408 aa  120  3.9999999999999996e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.40621 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0593  major facilitator family transporter  32.41 
 
 
390 aa  120  3.9999999999999996e-26  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2608  major facilitator transporter  30.51 
 
 
391 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1627  sugar efflux transporter  27.91 
 
 
396 aa  120  4.9999999999999996e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0999  major facilitator family transporter  29.17 
 
 
407 aa  119  6e-26  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.196023  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4993  major facilitator transporter  32.54 
 
 
406 aa  120  6e-26  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.400801  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7038  sugar efflux transporter  26.33 
 
 
394 aa  119  6e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.626872 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1813  sugar efflux transporter  27.91 
 
 
396 aa  120  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1648  sugar efflux transporter  27.91 
 
 
396 aa  120  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0261363  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1694  sugar efflux transporter  27.91 
 
 
396 aa  120  6e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0396225  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1635  sugar efflux transporter  27.91 
 
 
396 aa  119  9.999999999999999e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.626484  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1840  major facilitator transporter  32.17 
 
 
403 aa  118  1.9999999999999998e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2073  sugar efflux transporter  28.92 
 
 
399 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2928  major facilitator transporter  32.7 
 
 
400 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0865  sugar efflux transporter  27.16 
 
 
402 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.031194  normal  0.735607 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0892  major facilitator family transporter  32.2 
 
 
390 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3267  sugar efflux transporter  28.7 
 
 
413 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.740896 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1201  major facilitator transporter  32.95 
 
 
383 aa  117  1.9999999999999998e-25  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.915784  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4169  major facilitator transporter  30.29 
 
 
401 aa  118  1.9999999999999998e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.240515  normal  0.577442 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2719  major facilitator transporter  29.76 
 
 
391 aa  117  3e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0727  major facilitator transporter  32.2 
 
 
390 aa  117  3e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01764  MFS transporter  31.09 
 
 
403 aa  117  3e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.315697  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0228  major facilitator family transporter  32.2 
 
 
390 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6308  sugar efflux transporter  26.05 
 
 
394 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.260956  normal  0.44314 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2744  major facilitator transporter  30.03 
 
 
391 aa  117  3e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3714  major facilitator transporter  28.77 
 
 
418 aa  117  3e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.310238 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2440  major facilitator family transporter  32.2 
 
 
390 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2718  major facilitator family transporter  32.2 
 
 
390 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2360  major facilitator family transporter  32.2 
 
 
390 aa  117  3e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2428  sugar efflux transporter  28.4 
 
 
408 aa  117  5e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0595849  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5225  sugar efflux transporter  25.81 
 
 
397 aa  116  6e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.000000397206  normal  0.170795 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>