More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2678 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2678  extracellular solute-binding protein  100 
 
 
500 aa  1028  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00233729  normal  0.64261 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0753  extracellular solute-binding protein  59.59 
 
 
490 aa  594  1e-168  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.139724  normal  0.17962 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2626  extracellular solute-binding protein family 5  59.19 
 
 
503 aa  586  1e-166  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.253128  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4103  extracellular solute-binding protein family 5  56.89 
 
 
502 aa  587  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5357  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  55.4 
 
 
502 aa  573  1e-162  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0991682  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6651  extracellular solute-binding protein  52.08 
 
 
498 aa  502  1e-141  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.45162  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2850  putative ABC transporter substrate-binding protein  46.28 
 
 
490 aa  451  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.938621  normal  0.738445 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2847  4-phytase  48.1 
 
 
495 aa  449  1e-125  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.640082  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1506  extracellular solute-binding protein  47.37 
 
 
501 aa  442  1e-123  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0306373  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5083  4-phytase  47.91 
 
 
495 aa  441  1e-122  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.116329 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1445  extracellular solute-binding protein family 5  40.38 
 
 
495 aa  378  1e-103  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal  0.777078 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0145  extracellular solute-binding protein family 5  35.92 
 
 
552 aa  302  7e-81  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.602191 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0111  extracellular solute-binding protein family 5  32.35 
 
 
517 aa  273  5e-72  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3852  extracellular solute-binding protein  33.68 
 
 
521 aa  260  4e-68  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0773863  normal  0.697886 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4369  extracellular solute-binding protein family 5  34.55 
 
 
536 aa  256  5e-67  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2811  extracellular solute-binding protein family 5  31.5 
 
 
540 aa  231  3e-59  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.490323  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2781  extracellular solute-binding protein family 5  31.6 
 
 
519 aa  224  3e-57  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.187703  normal  0.0364487 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1352  extracellular solute-binding protein family 5  29.84 
 
 
534 aa  221  3e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0479  4-phytase  29.53 
 
 
535 aa  219  6e-56  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0187568  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_16530  ABC-type dipeptide transport system, periplasmic component  32.15 
 
 
510 aa  218  2e-55  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.564688 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3647  4-phytase  32.2 
 
 
509 aa  216  6e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.770065 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4201  extracellular solute-binding protein family 5  32.28 
 
 
508 aa  215  1e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2761  extracellular solute-binding protein  32.7 
 
 
515 aa  214  2e-54  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.364418  normal 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5641  ABC transporter substrate binding protein (oligopeptide)  32.08 
 
 
508 aa  214  4e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.543478  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2957  4-phytase  31.7 
 
 
520 aa  213  5e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0161  extracellular solute-binding protein family 5  30.25 
 
 
505 aa  213  7e-54  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4491  extracellular solute-binding protein family 5  31.36 
 
 
509 aa  213  9e-54  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1961  ABC peptide transporter, periplasmic ligand binding protein  30.4 
 
 
513 aa  211  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.386989 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3773  extracellular solute-binding protein  31.86 
 
 
510 aa  211  2e-53  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.434805  normal  0.505457 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1669  extracellular solute-binding protein  31.95 
 
 
510 aa  211  3e-53  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0611  extracellular solute-binding protein family 5  31.24 
 
 
527 aa  204  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0271  extracellular solute-binding protein family 5  29.92 
 
 
516 aa  204  3e-51  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.848307  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0939  extracellular solute-binding protein  31.36 
 
 
517 aa  204  3e-51  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1661  extracellular solute-binding protein  31.33 
 
 
511 aa  202  1e-50  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.226847 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3863  extracellular solute-binding protein family 5  30.21 
 
 
523 aa  201  3e-50  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00142419 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0310  extracellular solute-binding protein family 5  29.79 
 
 
512 aa  201  4e-50  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.630415  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3401  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 
512 aa  200  4e-50  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.475057 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3391  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 
512 aa  200  4e-50  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3453  extracellular solute-binding protein  30.74 
 
 
512 aa  200  4e-50  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0954042  normal  0.238639 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1632  extracellular solute-binding protein family 5  31.69 
 
 
517 aa  199  8e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3804  extracellular solute-binding protein  31.25 
 
 
509 aa  197  3e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00625229  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0232  extracellular solute-binding protein  30.96 
 
 
517 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1185  putative oligopeptide ABC transporter binding protein  29.25 
 
 
541 aa  192  2e-47  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  unclonable  6.66118e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4109  extracellular solute-binding protein family 5  28.12 
 
 
513 aa  189  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.344383  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2587  extracellular solute-binding protein family 5  29.41 
 
 
502 aa  188  2e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2686  extracellular solute-binding protein  30.26 
 
 
528 aa  187  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  decreased coverage  3.82125e-05  normal  0.980281 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2408  extracellular solute-binding protein  30.43 
 
 
505 aa  187  6e-46  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.000286915  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4398  extracellular solute-binding protein family 5  27.93 
 
 
513 aa  186  8e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0482953  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0171  4-phytase  26.65 
 
 
535 aa  185  1e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0168  4-phytase  26.65 
 
 
535 aa  185  1e-45  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4037  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.65 
 
 
535 aa  185  1e-45  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03395  dipeptide transporter  26.65 
 
 
535 aa  185  1e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4912  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.65 
 
 
535 aa  186  1e-45  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03346  hypothetical protein  26.65 
 
 
535 aa  185  1e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3744  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.65 
 
 
535 aa  185  1e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3427  extracellular solute-binding protein  27.47 
 
 
526 aa  185  2e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2424  twin-arginine translocation pathway signal  27.78 
 
 
565 aa  184  2e-45  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0912792  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3863  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26.65 
 
 
535 aa  185  2e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4392  extracellular solute-binding protein  29.08 
 
 
521 aa  184  3e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.779012 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7328  ABC transporter substrate binding protein (dipeptide)  27.88 
 
 
517 aa  184  4e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.399444  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3508  extracellular solute-binding protein family 5  30.74 
 
 
508 aa  184  4e-45  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.0424359 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5142  4-phytase  29.96 
 
 
531 aa  181  3e-44  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.303319  normal  0.0209906 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0044  extracellular solute-binding protein family 5  26.94 
 
 
535 aa  181  3e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3907  extracellular solute-binding protein family 5  26.14 
 
 
535 aa  180  4e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1867  dipeptide/oligopeptide/nickel ABC periplasmic ligand-binding protein  26.61 
 
 
520 aa  179  1e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.30378  normal  0.527518 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4098  extracellular solute-binding protein family 5  26.76 
 
 
535 aa  179  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.711695  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4455  extracellular solute-binding protein  29.75 
 
 
509 aa  179  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.661138  hitchhiker  0.000234808 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3971  extracellular solute-binding protein family 5  27.03 
 
 
518 aa  179  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1361  extracellular solute-binding protein family 5  27.87 
 
 
516 aa  179  1e-43  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  unclonable  1.66548e-10  normal  0.279813 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0049  extracellular solute-binding protein family 5  26.94 
 
 
535 aa  178  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.46848  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0184  extracellular solute-binding protein  26.19 
 
 
535 aa  178  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.507506 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0858  4-phytase  30.48 
 
 
524 aa  178  2e-43  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.557115  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2405  extracellular solute-binding protein family 5  27.23 
 
 
532 aa  178  2e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  1.84044e-11  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2974  extracellular solute-binding protein family 5  28.21 
 
 
514 aa  176  7e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0759  extracellular solute-binding protein  28.02 
 
 
547 aa  176  7e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.0395598 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1526  extracellular solute-binding protein  28.39 
 
 
544 aa  176  7e-43  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3842  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  26 
 
 
526 aa  176  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3950  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26 
 
 
526 aa  176  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3906  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  26 
 
 
526 aa  176  8e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.938997 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0146  extracellular solute-binding protein family 5  26.83 
 
 
513 aa  175  2e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.377896  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4010  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  25.81 
 
 
526 aa  175  2e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1288  extracellular solute-binding protein  31.34 
 
 
492 aa  175  2e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.213997  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3103  extracellular solute-binding protein  26.73 
 
 
519 aa  174  3e-42  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.376049  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0921  extracellular solute-binding protein  29.54 
 
 
536 aa  174  3e-42  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.776476  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3828  dipeptide ABC transporter periplasmic dipeptide-binding protein  25.81 
 
 
526 aa  174  3e-42  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.808847  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3619  extracellular solute-binding protein  29.27 
 
 
495 aa  173  7e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.43082  normal 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3248  ABC peptide transporter, periplasmic binding protein  29.13 
 
 
503 aa  171  2e-41  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.336639  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0112  extracellular solute-binding protein  27.07 
 
 
506 aa  171  2e-41  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.876976  normal 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3982  extracellular solute-binding protein  29.13 
 
 
503 aa  172  2e-41  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4426  extracellular solute-binding protein  27.24 
 
 
520 aa  172  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2454  extracellular solute-binding protein  29.06 
 
 
528 aa  172  2e-41  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.269908  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2065  extracellular solute-binding protein family 5  28.18 
 
 
543 aa  171  2e-41  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0882  dipeptide ABC transporter, periplasmic dipeptide-binding protein  29.32 
 
 
544 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0816  extracellular solute-binding protein family 5  29.93 
 
 
496 aa  171  3e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1671  extracellular solute-binding protein  28.25 
 
 
538 aa  171  3e-41  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.901467 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1551  extracellular solute-binding protein  27.51 
 
 
512 aa  171  3e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0887  extracellular solute-binding protein  29.93 
 
 
496 aa  171  3e-41  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.545524  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4354  extracellular solute-binding protein family 5  28.79 
 
 
497 aa  170  5e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.148655  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2505  extracellular solute-binding protein family 5  26.76 
 
 
531 aa  170  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0067  extracellular solute-binding protein  28.04 
 
 
542 aa  170  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>