More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2617 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  100 
 
 
385 aa  771  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2214  secretion protein HlyD  71.8 
 
 
382 aa  540  1e-152  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000155205  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  66.41 
 
 
383 aa  526  1e-148  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  59.68 
 
 
397 aa  461  1e-128  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1791  macrolide efflux protein MacA  63.46 
 
 
420 aa  455  1e-127  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2186  macrolide efflux protein MacA  59.95 
 
 
428 aa  449  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0836  macrolide efflux protein MacA  59.95 
 
 
435 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0927  macrolide efflux protein MacA  60.1 
 
 
399 aa  450  1e-125  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3415  secretion protein HlyD  58.42 
 
 
397 aa  439  1e-122  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.89814  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5333  RND family efflux transporter MFP subunit  58.42 
 
 
397 aa  439  1e-122  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.037024 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4953  RND family efflux transporter MFP subunit  58.42 
 
 
397 aa  439  1e-122  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.162755  normal  0.0662922 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2603  secretion protein HlyD  54.59 
 
 
389 aa  369  1e-101  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.22725  normal  0.133946 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2220  RND family efflux transporter MFP subunit  47.04 
 
 
399 aa  318  7e-86  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1868  secretion protein HlyD  48.31 
 
 
405 aa  311  1e-83  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  45.6 
 
 
371 aa  308  7e-83  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  45.6 
 
 
371 aa  309  7e-83  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  45.6 
 
 
371 aa  309  7e-83  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  45.6 
 
 
371 aa  309  7e-83  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  45.6 
 
 
371 aa  308  7e-83  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  45.6 
 
 
371 aa  309  7e-83  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  45.6 
 
 
371 aa  308  1e-82  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  3.39116e-09  normal  0.0134871 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.34 
 
 
371 aa  306  4e-82  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  45.34 
 
 
371 aa  306  5e-82  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0393  efflux transporter, RND family, MFP subunit  47.65 
 
 
397 aa  306  5e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0820  HlyD family secretion protein  46.23 
 
 
405 aa  305  1e-81  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3456  RND family efflux transporter MFP subunit  46.43 
 
 
409 aa  303  3e-81  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  2.85815e-06  normal  0.0164702 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  43.33 
 
 
393 aa  300  3e-80  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6201  putative accessory protein to ABC-type macrolide transport protein MacB  45.1 
 
 
430 aa  300  4e-80  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.655632  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  44.71 
 
 
372 aa  299  5e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  44.71 
 
 
372 aa  299  6e-80  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0800  RND family efflux transporter MFP subunit  46.23 
 
 
416 aa  298  7e-80  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  6.42362e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  44.71 
 
 
372 aa  298  1e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2754  RND efflux transporter  45.25 
 
 
401 aa  297  2e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  2.26253e-08  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3536  RND family efflux transporter MFP subunit  46.23 
 
 
416 aa  297  2e-79  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  7.21535e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1423  RND family efflux transporter MFP subunit  45.25 
 
 
401 aa  297  2e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.281322  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0832  RND family efflux transporter MFP subunit  46.23 
 
 
416 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  4.87508e-07  normal  0.99457 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  45.57 
 
 
410 aa  296  4e-79  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  1.9827e-08  hitchhiker  2.36896e-09 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  44.44 
 
 
372 aa  296  4e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1312  RND efflux transporter  45.25 
 
 
401 aa  295  6e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.30358e-12  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  43.92 
 
 
372 aa  294  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.89 
 
 
399 aa  295  1e-78  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2236  secretion protein HlyD  45.97 
 
 
404 aa  293  5e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.86 
 
 
398 aa  287  2e-76  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  46.82 
 
 
410 aa  287  3e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3197  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.63 
 
 
387 aa  285  8e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.822347  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3171  RND family efflux transporter MFP subunit  44.03 
 
 
416 aa  283  3e-75  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  2.24755e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2452  RND family efflux transporter MFP subunit  45.56 
 
 
428 aa  281  1e-74  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.591296 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  44.08 
 
 
371 aa  281  2e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2466  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.31 
 
 
396 aa  281  2e-74  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  42.97 
 
 
406 aa  279  7e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  43.16 
 
 
406 aa  279  7e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  44.38 
 
 
348 aa  276  5e-73  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  43.32 
 
 
370 aa  275  7e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  43.32 
 
 
370 aa  275  7e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  43.05 
 
 
370 aa  275  1e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2317  RND family efflux transporter MFP subunit  43.56 
 
 
393 aa  267  2e-70  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.788366  normal  0.425659 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1295  efflux protein  42.9 
 
 
405 aa  266  4e-70  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  42.82 
 
 
408 aa  264  2e-69  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  42.54 
 
 
408 aa  261  1e-68  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  40.96 
 
 
390 aa  260  3e-68  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2938  RND family efflux transporter MFP subunit  44.2 
 
 
444 aa  259  8e-68  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  41.67 
 
 
384 aa  256  4e-67  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  41.11 
 
 
415 aa  254  2e-66  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3445  RND family efflux transporter MFP subunit  44.09 
 
 
401 aa  254  2e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655677  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  37.33 
 
 
456 aa  251  1e-65  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  37.79 
 
 
455 aa  250  2e-65  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  1.23833e-12  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  38.35 
 
 
464 aa  249  5e-65  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  9.06287e-10 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.67 
 
 
392 aa  248  9e-65  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0096  putative macrolide-specific efflux protein MacA  41.03 
 
 
399 aa  247  2e-64  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3559  RND family efflux transporter MFP subunit  39.18 
 
 
396 aa  245  8e-64  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0492868  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2116  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.69 
 
 
393 aa  244  2e-63  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.419105  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  39.21 
 
 
387 aa  242  7e-63  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  40.83 
 
 
407 aa  238  1e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.25 
 
 
438 aa  233  3e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33770  hypothetical protein  39.79 
 
 
391 aa  233  3e-60  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127582  hitchhiker  0.00383681 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1970  secretion protein HlyD  36.96 
 
 
390 aa  232  7e-60  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0699832  normal  0.38447 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2871  hypothetical protein  39.79 
 
 
391 aa  232  1e-59  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  39.49 
 
 
409 aa  231  2e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2042  secretion protein HlyD  38.52 
 
 
414 aa  231  2e-59  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.617858  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5132  RND family efflux transporter MFP subunit  42.98 
 
 
445 aa  229  7e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2160  efflux transporter, RND family, MFP subunit  37.82 
 
 
390 aa  228  2e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.337788  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6610  RND family efflux transporter MFP subunit  37.8 
 
 
394 aa  223  3e-57  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.260284  normal  0.566522 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  37.98 
 
 
414 aa  218  2e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3235  secretion protein HlyD  36.87 
 
 
391 aa  214  2e-54  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.185962  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3282  RND family efflux transporter MFP subunit  39.67 
 
 
410 aa  211  2e-53  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.68571  normal  0.617182 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1375  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.41 
 
 
401 aa  207  3e-52  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.140784  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  36.11 
 
 
402 aa  206  5e-52  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3721  putative membrane-fusion protein  38.62 
 
 
569 aa  205  1e-51  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45383  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  35.45 
 
 
390 aa  201  2e-50  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  37.67 
 
 
394 aa  201  2e-50  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  34.36 
 
 
397 aa  197  2e-49  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  31.68 
 
 
394 aa  194  2e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  35.92 
 
 
390 aa  190  3e-47  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  35.63 
 
 
390 aa  189  6e-47  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  32.63 
 
 
377 aa  188  2e-46  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  33.77 
 
 
402 aa  150  3e-35  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  32.25 
 
 
412 aa  147  4e-34  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.52 
 
 
416 aa  145  1e-33  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  33.43 
 
 
390 aa  142  8e-33  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  32.55 
 
 
403 aa  140  3e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  1.67095e-11  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>