More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2606 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2209  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  70.99 
 
 
472 aa  638  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1024  RND efflux system outer membrane lipoprotein  68.58 
 
 
484 aa  652  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.484622  normal  0.130102 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4305  outer membrane efflux protein  72.13 
 
 
486 aa  674  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1278  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  71.13 
 
 
486 aa  661  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00202436  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2606  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  100 
 
 
478 aa  951  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0037798  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1384  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  67.66 
 
 
484 aa  644  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.285433 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4009  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  71.91 
 
 
486 aa  684  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0874069  normal  0.0174443 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4339  RND efflux system outer membrane lipoprotein  67.66 
 
 
484 aa  644  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0952934  normal  0.254961 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4429  RND efflux system outer membrane lipoprotein  67.66 
 
 
484 aa  644  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.305214  normal  0.0579633 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0527  outer membrane protein OprM precursor  66.95 
 
 
485 aa  605  1e-172  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.71666  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_05550  major intrinsic multiple antibiotic resistance efflux outer membrane protein OprM precursor  66.95 
 
 
485 aa  606  1e-172  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.203755  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3717  RND efflux system outer membrane lipoprotein  65.65 
 
 
477 aa  586  1e-166  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3925  multidrug efflux system protein  63.26 
 
 
499 aa  561  1e-158  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  7.07781e-07  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4088  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  61.09 
 
 
489 aa  531  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.947344  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51570  multidrug efflux pump RND-family outer membrane protein  56.69 
 
 
505 aa  501  1e-140  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0329698  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2869  RND efflux system outer membrane lipoprotein  54.6 
 
 
480 aa  491  1e-137  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.451085  normal  0.401715 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0532  RND efflux system outer membrane lipoprotein  55.15 
 
 
475 aa  483  1e-135  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.17075 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0516  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  54.63 
 
 
500 aa  474  1e-132  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0482869  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01890  outer membrane drug efflux lipoprotein  55.79 
 
 
491 aa  471  1e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.0642226  normal  0.753424 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0545  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  53.93 
 
 
470 aa  468  1e-131  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.540838  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2963  putative outer membrane drug efflux lipoprotein  57.11 
 
 
487 aa  467  1e-130  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0506  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  53.61 
 
 
492 aa  461  1e-128  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1416  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  55.63 
 
 
469 aa  458  1e-128  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0549  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  53.2 
 
 
501 aa  451  1e-126  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.569542  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0121  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  51.19 
 
 
469 aa  448  1e-125  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1195  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.38 
 
 
482 aa  449  1e-125  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000171892  normal  0.38657 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_5965  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.32 
 
 
475 aa  445  1e-124  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.037067 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5601  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  50.32 
 
 
475 aa  445  1e-124  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2052  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  52.54 
 
 
499 aa  445  1e-124  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.42 
 
 
472 aa  446  1e-124  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.378923 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0289  outer membrane protein OmpK  51.65 
 
 
474 aa  442  1e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0811  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  53.07 
 
 
517 aa  444  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000173561 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6465  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.11 
 
 
475 aa  439  1e-122  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0283455 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6990  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  52.03 
 
 
479 aa  440  1e-122  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0598431  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1154  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.97 
 
 
501 aa  439  1e-122  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.039626  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1737  RND efflux system outer membrane lipoprotein NodT  49.03 
 
 
497 aa  436  1e-121  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00746142  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5237  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.46 
 
 
516 aa  437  1e-121  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.776503  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2544  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.9 
 
 
467 aa  432  1e-120  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.109213  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0775  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.64 
 
 
476 aa  433  1e-120  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3490  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.31 
 
 
503 aa  430  1e-119  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.350691 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0567  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.53 
 
 
483 aa  431  1e-119  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3433  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  51.65 
 
 
477 aa  428  1e-118  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2885  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.86 
 
 
495 aa  427  1e-118  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.183945  normal  0.24109 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3497  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.66 
 
 
470 aa  428  1e-118  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0009  drug efflux lipoprotein  51.29 
 
 
514 aa  425  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.347699  normal  0.0645676 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0329  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.21 
 
 
474 aa  426  1e-118  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0480  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50 
 
 
505 aa  421  1e-116  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0104002 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1203  outer membrane efflux protein OprB  52.27 
 
 
512 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.21076  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0381  outer membrane efflux protein OprB  52.27 
 
 
553 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0060  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.27 
 
 
514 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0428433  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0033  outer membrane efflux protein OprB  52.27 
 
 
512 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2037  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  50.53 
 
 
489 aa  419  1e-116  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.248346  normal  0.0238408 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0612  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.27 
 
 
514 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.904611  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2447  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.27 
 
 
514 aa  420  1e-116  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2367  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  48.5 
 
 
474 aa  420  1e-116  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5938  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.32 
 
 
507 aa  419  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0183223  normal  0.547092 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0317  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.27 
 
 
514 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.34053  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1046  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.27 
 
 
512 aa  419  1e-116  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0861  outer membrane efflux protein OprB  52.05 
 
 
514 aa  416  1e-115  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.89354  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4027  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.64 
 
 
467 aa  417  1e-115  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.296212  normal  0.401422 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1499  outer membrane efflux protein OprB  51.84 
 
 
512 aa  415  1e-115  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.112473  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2695  outer membrane efflux protein  50.98 
 
 
512 aa  417  1e-115  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1582  outer membrane efflux protein OprB  52.05 
 
 
512 aa  416  1e-115  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1020  outer membrane efflux protein  52.05 
 
 
514 aa  416  1e-115  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.224609  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0080  RND efflux system outer membrane lipoprotein  52.05 
 
 
551 aa  416  1e-115  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0856  outer membrane efflux protein OprB  52.05 
 
 
514 aa  416  1e-115  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6609  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.54 
 
 
510 aa  415  1e-114  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.64888  normal  0.8754 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0443  outer membrane efflux protein OprA  48.48 
 
 
485 aa  412  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.340499  hitchhiker  1.56404e-08 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0403  outer membrane protein OprM  48.7 
 
 
485 aa  414  1e-114  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000102824 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.97 
 
 
519 aa  415  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.323921  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2064  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.89 
 
 
499 aa  412  1e-114  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1286  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.97 
 
 
543 aa  414  1e-114  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.556611  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3424  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  49.36 
 
 
514 aa  412  1e-114  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0383  outer membrane protein OprM  48.48 
 
 
485 aa  411  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3747  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  49.36 
 
 
514 aa  411  1e-113  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.846743  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0499  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.68 
 
 
485 aa  411  1e-113  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2654  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.68 
 
 
507 aa  409  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0354944  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0381  outer membrane protein OprM  48.26 
 
 
485 aa  410  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00119096 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2864  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  51.5 
 
 
468 aa  405  1e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0383351  normal  0.128914 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0389  outer membrane protein OprM  48.26 
 
 
485 aa  407  1e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.303382  hitchhiker  2.97498e-05 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2636  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.89 
 
 
507 aa  407  1e-112  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2527  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.25 
 
 
507 aa  406  1e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.10146 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0690  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.32 
 
 
507 aa  407  1e-112  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.491395 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6206  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.11 
 
 
508 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00238233 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2607  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.46 
 
 
507 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1997  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  49.46 
 
 
507 aa  402  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0794932  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5839  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  50.11 
 
 
508 aa  403  1e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0530876  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3442  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT  48.6 
 
 
496 aa  401  1e-110  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.811835  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1081  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.97 
 
 
619 aa  395  1e-109  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.566614  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0316  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  50.44 
 
 
481 aa  395  1e-109  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.464824  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0506  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.19 
 
 
619 aa  398  1e-109  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.824568  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1392  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.19 
 
 
619 aa  398  1e-109  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3836  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  49.89 
 
 
471 aa  398  1e-109  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.232227  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0995  RND efflux system outer membrane lipoprotein  51.19 
 
 
619 aa  397  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2309  outer membrane efflux protein  50.97 
 
 
619 aa  396  1e-109  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.650756  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1337  RND efflux system outer membrane lipoprotein  48.59 
 
 
471 aa  397  1e-109  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1851  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  47.3 
 
 
474 aa  392  1e-108  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.170655 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6682  RND efflux system outer membrane lipoprotein  49.24 
 
 
508 aa  394  1e-108  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0229467  normal  0.0582449 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3256  RND efflux system, outer membrane lipoprotein, NodT family  45.19 
 
 
525 aa  389  1e-107  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.865648 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0321  RND efflux system outer membrane lipoprotein  50.43 
 
 
480 aa  391  1e-107  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.877077 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>