18 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2552 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2552  cyclase/dehydrase  100 
 
 
155 aa  317  5e-86  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00196411  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_5760  cyclase/dehydrase  41.35 
 
 
161 aa  75.5  3e-13  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_5126  cyclase/dehydrase  33.75 
 
 
169 aa  74.3  6e-13  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3614  cyclase/dehydrase  30.22 
 
 
156 aa  72.8  2e-12  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1697  cyclase/dehydrase  23.45 
 
 
145 aa  59.3  2e-08  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.128204  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1806  cyclase/dehydrase  22.76 
 
 
145 aa  54.3  5e-07  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  hitchhiker  6.23077e-05  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0411  hypothetical protein  22.64 
 
 
144 aa  45.8  0.0002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0435  hypothetical protein  22.64 
 
 
144 aa  45.1  0.0004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1696  hypothetical protein  23.33 
 
 
164 aa  44.3  0.0006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3221  cyclase/dehydrase  25.23 
 
 
144 aa  43.5  0.001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0964  cyclase/dehydrase  21.14 
 
 
145 aa  43.5  0.001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0842  cyclase/dehydrase  26.97 
 
 
218 aa  43.5  0.001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.623924  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3828  aromatic rich family protein  25.21 
 
 
146 aa  42.4  0.002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.372511  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1240  cyclase/dehydrase  23.68 
 
 
145 aa  41.6  0.004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.929537  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1269  cyclase/dehydrase  26.05 
 
 
143 aa  41.2  0.005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.858144  normal  0.121597 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0757  cyclase/dehydrase  22.73 
 
 
144 aa  40.8  0.006  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.323423 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3301  cyclase/dehydrase  23.42 
 
 
144 aa  40.8  0.007  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.642238  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1603  cyclase/dehydrase  24.37 
 
 
145 aa  40.8  0.007  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.555415 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>