More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2505 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2505  amino acid ABC transporter permease  100 
 
 
220 aa  433  1e-120  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0032626  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2777  amino acid ABC transporter, permease protein  96.36 
 
 
220 aa  421  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.449808  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3090  amino acid ABC transporter permease  85 
 
 
220 aa  370  1e-102  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5260  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.94 
 
 
219 aa  252  3e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.571687  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0967  amino acid ABC transporter permease  58.41 
 
 
222 aa  250  1e-65  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.027607  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4548  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  57.94 
 
 
219 aa  249  3e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5538  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  56.54 
 
 
219 aa  248  6e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.172396 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0343  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.21 
 
 
216 aa  145  5e-34  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1057  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.44 
 
 
216 aa  144  1e-33  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  hitchhiker  1.68875e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0325  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.42 
 
 
216 aa  144  1e-33  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1923  amino acid ABC transporter permease/periplasmic protein  34.7 
 
 
714 aa  140  2e-32  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.132292  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0469  ectoine/hydroxyectoine ABC transporter, permease protein EhuC  39.39 
 
 
216 aa  133  2e-30  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1466  glutamine ABC transporter, glutamine-binding protein/permease protein  30.66 
 
 
727 aa  131  1e-29  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0123  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.83 
 
 
321 aa  130  2e-29  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1548  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  36.76 
 
 
219 aa  129  3e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2587  amino acid ABC transporter permease  35.48 
 
 
234 aa  129  4e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.727948  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1528  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.98 
 
 
230 aa  129  4e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.85059 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1474  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.98 
 
 
259 aa  129  4e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4694  ABC polar amino acid transporter, inner membrane subunit  41.98 
 
 
230 aa  129  4e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.586539  normal  0.763943 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1453  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.98 
 
 
259 aa  129  4e-29  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0835  amino acid ABC transporter inner membrane protein  36.15 
 
 
219 aa  128  7e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.0932034 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1680  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.36 
 
 
230 aa  128  8e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0758513 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3137  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.02 
 
 
226 aa  128  8e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.490493  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4703  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.17 
 
 
492 aa  128  9e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0927  amino acid ABC transporter, permease protein PEB1  30.73 
 
 
250 aa  127  1e-28  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  hitchhiker  0.0060542  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1052  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.5 
 
 
218 aa  127  1e-28  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.233768  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0894  amino acid ABC transporter, permease protein PEB1  30.73 
 
 
250 aa  127  1e-28  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.305674  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00418  ABC-type amino acid transport system permease component  36.63 
 
 
246 aa  127  1e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5602  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.01 
 
 
241 aa  127  1e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0998  amino acid ABC transporter, permease protein PEB1  30.73 
 
 
250 aa  127  1e-28  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.0474623  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5073  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.23 
 
 
320 aa  127  2e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4897  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.23 
 
 
320 aa  127  2e-28  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.691189  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5023  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  36.23 
 
 
320 aa  127  2e-28  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0963279  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3057  polar amino acid ABC transporter permease  37.25 
 
 
219 aa  126  2e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1552  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  41.98 
 
 
230 aa  127  2e-28  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2943  amino acid ABC transporter permease  37.14 
 
 
219 aa  126  2e-28  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.627929  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1072  amino acid ABC transporter permease  41.98 
 
 
240 aa  126  3e-28  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5242  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.02 
 
 
226 aa  126  3e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0376  amino acid ABC transporter permease  36.71 
 
 
319 aa  125  4e-28  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.45598 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2004  polar amino acid ABC transporter permease  37.25 
 
 
219 aa  125  4e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.695709  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1039  amino acid ABC transporter permease  33.33 
 
 
222 aa  125  4e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.549744  normal  0.0386437 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0776  polar amino acid ABC transporter permease  37.25 
 
 
219 aa  125  4e-28  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2610  polar amino acid ABC transporter permease  37.25 
 
 
219 aa  125  4e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.703731  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2135  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  37.25 
 
 
219 aa  125  4e-28  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3004  polar amino acid ABC transporter permease  37.25 
 
 
219 aa  125  4e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3092  His/Glu/Gln/Arg/opine ABC transporter permease  37.25 
 
 
219 aa  125  4e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0442  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  36.23 
 
 
320 aa  125  5e-28  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3084  glutamine/glutamate ABC transporter, permease protein  36.67 
 
 
219 aa  125  5e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.14393  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3584  amino acid ABC transporter permease  37.89 
 
 
223 aa  125  5e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.495139  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5480  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.57 
 
 
219 aa  125  6e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0684  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  32.67 
 
 
221 aa  125  6e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0799785  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0639  amino acid ABC transporter, permease protein  32.39 
 
 
226 aa  124  8e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.304387  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3132  amino acid ABC transporter permease  37.97 
 
 
222 aa  124  9e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.9281  normal  0.0247415 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00794  hypothetical protein  33.65 
 
 
219 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0866  glutamine ABC transporter permease protein  33.65 
 
 
219 aa  124  1e-27  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.78122e-08  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2833  glutamine ABC transporter permease protein  33.65 
 
 
219 aa  124  1e-27  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.2982  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0834  glutamine ABC transporter permease protein  33.65 
 
 
219 aa  124  1e-27  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  5.46906e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0879  glutamine ABC transporter permease protein  33.65 
 
 
219 aa  124  1e-27  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  5.63749e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0959  glutamine ABC transporter permease protein  33.65 
 
 
219 aa  124  1e-27  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.000482918  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00777  glutamine ABC transporter permease protein  33.65 
 
 
219 aa  124  1e-27  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0724  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.01 
 
 
241 aa  124  1e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2832  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.65 
 
 
219 aa  124  1e-27  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.137324  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1296  amino acid ABC transporter permease  41.09 
 
 
218 aa  123  2e-27  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1823  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  40.12 
 
 
219 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.118724  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1738  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  40.12 
 
 
219 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.094824  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2538  glutamine ABC transporter permease protein  33.18 
 
 
219 aa  123  2e-27  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  9.98158e-09  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1807  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  40.12 
 
 
219 aa  124  2e-27  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0396  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  40.12 
 
 
230 aa  123  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.310385  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0865  glutamine ABC transporter permease protein  33.18 
 
 
219 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.813603  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0956  glutamine ABC transporter permease protein  33.18 
 
 
219 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0688555  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0924  glutamine ABC transporter permease protein  33.18 
 
 
219 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0141353  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0977  glutamine ABC transporter permease protein  33.18 
 
 
219 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.034777  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0766  His/Glu/Gln/Arg/opine amino acid ABC transporter permease  40.12 
 
 
219 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0399907  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1976  amino acid ABC transporter, permease protein  40.12 
 
 
230 aa  123  2e-27  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1255  amino acid ABC transporter, permease protein  40.12 
 
 
219 aa  124  2e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0893  glutamine ABC transporter permease protein  33.18 
 
 
219 aa  123  2e-27  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.110521  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1045  polar amino acid ABC transporter inner membrane subunit  34.62 
 
 
216 aa  123  2e-27  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0406  ABC transporter permease  36.32 
 
 
230 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_04080  putative permease of ABC transporter  38.51 
 
 
230 aa  122  3e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2114  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  38.51 
 
 
230 aa  122  3e-27  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0815  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.04 
 
 
246 aa  122  4e-27  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.040259  normal  0.0721562 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3856  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33.49 
 
 
221 aa  122  4e-27  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.571407  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.18 
 
 
493 aa  122  5e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.296252  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4164  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  32.39 
 
 
226 aa  122  5e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2513  amino acid ABC transporter, permease protein  39.51 
 
 
274 aa  122  5e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.152618  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0716  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  35.1 
 
 
216 aa  122  6e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.267737  normal  0.0337978 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2219  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  33 
 
 
596 aa  122  6e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.118848  normal  0.796256 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1297  glutamine ABC transporter permease protein  32.7 
 
 
219 aa  121  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0712519  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2650  amino acid ABC transporter, permease protein, putative  41.77 
 
 
262 aa  121  7e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2509  polar amino acid ABC transporter inner membrane protein  35.58 
 
 
219 aa  121  7e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.352919 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1461  ABC-type amino acid transport system, periplasmic and permease components  30.05 
 
 
736 aa  121  9e-27  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0946  amino acid ABC transporter, permease protein  31.58 
 
 
234 aa  121  9e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6679  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  30.1 
 
 
215 aa  120  1e-26  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_2054  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  31.44 
 
 
233 aa  120  1e-26  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0856  amino acid ABC transporter permease  31.58 
 
 
235 aa  120  1e-26  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.926936  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0905  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.04 
 
 
218 aa  120  1e-26  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0813  amino acid ABC transporter permease  31.58 
 
 
235 aa  120  1e-26  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.803947  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3809  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  34.74 
 
 
226 aa  121  1e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.217289  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1728  polar amino acid ABC transporter, inner membrane subunit  37.3 
 
 
219 aa  121  1e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0761  amino acid ABC transporter, permease  31.1 
 
 
226 aa  120  2e-26  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>