More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2486 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3581  GGDEF domain-containing protein  69.97 
 
 
695 aa  956    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1867  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  52.54 
 
 
710 aa  661    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.559225  normal  0.957058 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3579  ggdef domain/eal domain protein  53.43 
 
 
691 aa  709    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.189396  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0510  hypothetical protein  59.57 
 
 
701 aa  800    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.0522945 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0401  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  58.94 
 
 
687 aa  790    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.465852 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2757  GGDEF domain/EAL domain protein  84.5 
 
 
703 aa  1179    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.203015  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2427  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  66.47 
 
 
683 aa  898    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.587287 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3579  hypothetical protein  60.53 
 
 
685 aa  832    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0227937  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7110  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  57.52 
 
 
694 aa  755    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.0633557 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6743  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.85 
 
 
693 aa  791    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2486  GGDEF  100 
 
 
703 aa  1429    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.140313 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3580  ggdef domain/eal domain protein  53.28 
 
 
699 aa  706    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2190  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  69.83 
 
 
695 aa  955    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42220  membrane sensor domain-containing protein  60.53 
 
 
685 aa  830    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6267  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  60.45 
 
 
693 aa  799    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.57074  normal  0.863761 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2333  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  69.88 
 
 
695 aa  945    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1144  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  54.39 
 
 
686 aa  714    Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.871944  normal 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4460  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  58.21 
 
 
709 aa  788    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0200253  normal  0.0648745 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2525  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  71.05 
 
 
693 aa  994    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3702  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  53.8 
 
 
692 aa  712    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.561666  normal  0.977889 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2798  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  69.5 
 
 
695 aa  954    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49140  GGDEF domain protein  56.74 
 
 
689 aa  777    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3686  ggdef domain/eal domain-containing protein  53.14 
 
 
699 aa  703    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0580402 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3652  ggdef domain/eal domain protein  53.43 
 
 
699 aa  707    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.117514 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3749  ggdef domain/eal domain-containing protein  53.28 
 
 
699 aa  705    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.338574 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0386  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  59.56 
 
 
685 aa  789    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06202  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  47.75 
 
 
696 aa  572  1.0000000000000001e-162  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.33406  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00964  Putative signal protein with GGDEF and EAL domains  47.75 
 
 
696 aa  572  1.0000000000000001e-162  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0651645  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3694  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  44.82 
 
 
678 aa  571  1e-161  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.323415  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1490  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  47.11 
 
 
724 aa  550  1e-155  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.261971  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5894  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.4 
 
 
689 aa  548  1e-154  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.528175  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4735  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.5 
 
 
689 aa  546  1e-154  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0595206  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1434  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.96 
 
 
716 aa  535  1e-151  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.486546  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2102  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.84 
 
 
689 aa  534  1e-150  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.762889  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2146  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.23 
 
 
709 aa  518  1.0000000000000001e-145  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1182  GGDEF domain/EAL domain-containing protein  44.05 
 
 
688 aa  506  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0664  EAL/GGDEF domain-containing protein  44.35 
 
 
688 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0241577  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2392  EAL/GGDEF domain-containing protein  44.2 
 
 
688 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.278752  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0802  EAL/GGDEF domain-containing protein  44.35 
 
 
688 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1766  EAL/GGDEF domain-containing protein  44.35 
 
 
688 aa  507  9.999999999999999e-143  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.356944  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1106  diguanylate cyclase/cyclic diguanylate phosphodiesterase  44.2 
 
 
688 aa  508  9.999999999999999e-143  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.804569  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21190  hypothetical protein  39.92 
 
 
785 aa  479  1e-134  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.42827 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1808  hypothetical protein  40.2 
 
 
726 aa  476  1e-133  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.882104  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1252  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.21 
 
 
760 aa  451  1e-125  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.849617  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1562  diguanylate phosphodiesterase  64.65 
 
 
326 aa  437  1e-121  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3194  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.11 
 
 
726 aa  431  1e-119  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.178802  normal  0.0329837 
 
 
-
 
NC_012855  Rpic12D_4985  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with MHYT sensor  39.09 
 
 
699 aa  427  1e-118  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.73967  normal  0.0333981 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4106  GGDEF domain/EAL domain protein  36.36 
 
 
756 aa  425  1e-117  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.624649  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3843  GGDEF  36.46 
 
 
763 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4273  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.1 
 
 
754 aa  413  1e-114  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2048  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.76 
 
 
827 aa  409  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.589876  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1144  GGDEF domain-containing protein  36.81 
 
 
754 aa  402  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.252885 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1346  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.73 
 
 
947 aa  405  1e-111  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4642  PAS:GGDEF  47.09 
 
 
828 aa  400  9.999999999999999e-111  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2997  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.79 
 
 
876 aa  402  9.999999999999999e-111  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0536  sensory box/GGDEF domain/EAL domain protein  46.59 
 
 
829 aa  397  1e-109  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1178  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.23 
 
 
754 aa  398  1e-109  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.578414 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  47.2 
 
 
925 aa  395  1e-108  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  46.64 
 
 
585 aa  390  1e-107  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5150  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  46.58 
 
 
1248 aa  390  1e-107  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0782  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.93 
 
 
736 aa  390  1e-107  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_2242  diguanylate cyclase  40.86 
 
 
961 aa  388  1e-106  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.031286  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0185  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.44 
 
 
713 aa  388  1e-106  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00871841 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2514  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  45.19 
 
 
869 aa  388  1e-106  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3085  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.24 
 
 
905 aa  387  1e-106  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2511  sensory box/GGDEF family protein  44.1 
 
 
873 aa  382  1e-105  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.064044  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1602  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  43.72 
 
 
805 aa  385  1e-105  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00432386  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4029  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  45.98 
 
 
1244 aa  384  1e-105  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1161  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.42 
 
 
754 aa  385  1e-105  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.268415  normal  0.0126902 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.3 
 
 
1486 aa  384  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3743  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.72 
 
 
722 aa  384  1e-105  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.265049 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  36.42 
 
 
713 aa  383  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.430006  normal  0.473788 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0802  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.18 
 
 
1070 aa  385  1e-105  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3344  signal transduction protein  43.9 
 
 
1055 aa  382  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.76 
 
 
1508 aa  382  1e-104  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4948  sensory box protein  41.97 
 
 
921 aa  380  1e-104  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0803  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  37.52 
 
 
694 aa  381  1e-104  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.268345 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4052  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.76 
 
 
1508 aa  382  1e-104  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1579  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.07 
 
 
1093 aa  380  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.260436  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3588  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.37 
 
 
827 aa  380  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.0360121 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3734  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.08 
 
 
582 aa  381  1e-104  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.598305  normal  0.143234 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2682  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.6 
 
 
790 aa  380  1e-104  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.41 
 
 
1212 aa  379  1e-104  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.4231 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  44.76 
 
 
1508 aa  382  1e-104  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3950  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.52 
 
 
1508 aa  380  1e-104  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0957  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.88 
 
 
633 aa  381  1e-104  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2510  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.77 
 
 
826 aa  380  1e-104  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.825062 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0094  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with extracellular sensor  42.86 
 
 
721 aa  381  1e-104  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000375041 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0113  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.92 
 
 
721 aa  380  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.881722  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1708  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.74 
 
 
869 aa  380  1e-104  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2972  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  42.98 
 
 
761 aa  380  1e-104  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.542463  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  44.35 
 
 
1502 aa  382  1e-104  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0717  hypothetical protein  45.77 
 
 
1245 aa  382  1e-104  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0537  sensory box/GGDEF family protein  45 
 
 
682 aa  378  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2016  sensory box/GGDEF family protein  45.73 
 
 
799 aa  377  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.334987  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2044  sensory box/GGDEF family protein  44.52 
 
 
762 aa  378  1e-103  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3275  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45 
 
 
1094 aa  379  1e-103  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.393091 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  44.5 
 
 
1515 aa  377  1e-103  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2209  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  45.35 
 
 
844 aa  376  1e-103  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5944  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  44.3 
 
 
745 aa  377  1e-103  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.120992 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>