More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2444 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2444  response regulator receiver  100 
 
 
123 aa  246  9e-65  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.986911  decreased coverage  0.00021442 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2711  response regulator  91.53 
 
 
119 aa  219  1e-56  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0615637  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2645  response regulator receiver domain-containing protein  65.29 
 
 
121 aa  154  5e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2001  response regulator receiver protein  68.14 
 
 
116 aa  150  5e-36  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.002906 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2141  response regulator receiver protein  66.37 
 
 
116 aa  149  2e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.217748  hitchhiker  0.000119554 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3762  response regulator receiver protein  66.37 
 
 
116 aa  147  6e-35  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.198596 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2105  response regulator receiver protein  64.6 
 
 
116 aa  145  2e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  45.45 
 
 
814 aa  104  3e-22  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.486726  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_2045  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.63 
 
 
812 aa  102  1e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000148537 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0802  PAS sensor protein  44.63 
 
 
1065 aa  101  3e-21  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3083  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.09 
 
 
845 aa  98.2  3e-20  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2137  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  46.15 
 
 
943 aa  97.8  4e-20  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3298  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.33 
 
 
922 aa  97.4  5e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.25103 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1889  ATPase domain-containing protein  44.09 
 
 
280 aa  97.4  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.508337  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3336  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.98 
 
 
1065 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.115718  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3632  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.28 
 
 
686 aa  96.3  1e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0096  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.4 
 
 
741 aa  96.3  1e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.770159  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2717  sensory box histidine kinase/response regulator  42.98 
 
 
676 aa  93.6  7e-19  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.230475  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2450  PAS  42.98 
 
 
676 aa  93.6  7e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00154072 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2226  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.84 
 
 
796 aa  93.6  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.000698755  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0123  PAS sensor protein  41.8 
 
 
692 aa  93.6  8e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2001  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  38.84 
 
 
796 aa  93.2  1e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  7.77001e-34 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4112  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.98 
 
 
573 aa  93.2  1e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3087  ATP-binding region, ATPase-like  41.46 
 
 
847 aa  92  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.373882  normal  0.0754896 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5761  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.18 
 
 
708 aa  92  2e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1778  PAS  41.8 
 
 
956 aa  92  2e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.584017  normal  0.493951 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3696  sensory box histidine kinase/response regulator  41.8 
 
 
827 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.652711  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2652  histidine kinase  44.54 
 
 
556 aa  91.7  3e-18  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.78325 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0517  histidine kinase  40.94 
 
 
726 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.978002  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0171  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.2 
 
 
740 aa  91.3  4e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4524  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.8 
 
 
589 aa  90.9  5e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1490  sensory box histidine kinase/response regulator  46.61 
 
 
695 aa  90.9  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.135352  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0235  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.67 
 
 
941 aa  90.9  6e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5047  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44 
 
 
589 aa  90.1  9e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.153925  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4776  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.94 
 
 
1086 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.108623  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3272  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.8 
 
 
962 aa  89.7  1e-17  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0752  ATPase domain-containing protein  40.16 
 
 
537 aa  90.1  1e-17  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2976  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.07 
 
 
889 aa  89.7  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.29382  normal  0.115477 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0114  Signal transduction histidine kinase  40.98 
 
 
939 aa  89.7  1e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.153209 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1300  PAS  44.92 
 
 
695 aa  89.7  1e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.233563 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0168  response regulator receiver protein  43.33 
 
 
135 aa  89  2e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4432  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.65 
 
 
858 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2810  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.94 
 
 
998 aa  89  2e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0146  multi-sensor hybrid histidine kinase  40.32 
 
 
1381 aa  89  2e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.436687 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2780  histidine kinase  42.02 
 
 
558 aa  88.6  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0508  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
1215 aa  87.8  4e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.722414  normal  0.07841 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4108  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
1095 aa  87.8  5e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5170  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.09 
 
 
588 aa  87.8  5e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0474386 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3015  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  45.38 
 
 
762 aa  87.8  5e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5111  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.07 
 
 
589 aa  87.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3257  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.07 
 
 
589 aa  87.4  6e-17  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0149  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.16 
 
 
957 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.324886  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0098  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.13 
 
 
1050 aa  87  7e-17  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2333  histidine kinase  43.33 
 
 
538 aa  87  8e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6183  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.84 
 
 
916 aa  86.7  9e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.24256 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1449  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.98 
 
 
977 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.416631 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1329  PAS sensor protein  38.98 
 
 
1164 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.488954 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6445  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.5 
 
 
830 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0224728  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4625  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.32 
 
 
1092 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0540  multi-sensor hybrid histidine kinase  40 
 
 
1089 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1530  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.98 
 
 
1164 aa  86.3  1e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4259  PAS sensor protein  40.32 
 
 
1086 aa  86.7  1e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.127746 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3429  histidine kinase  44.17 
 
 
538 aa  86.7  1e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0163  sensory box histidine kinase/response regulator  43.22 
 
 
611 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0137  sensory box histidine kinase/response regulator  43.22 
 
 
611 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2635  sensory box histidine kinase/response regulator  43.22 
 
 
611 aa  85.5  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1730  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.65 
 
 
1103 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.747769  normal  0.0625523 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0930  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.74 
 
 
736 aa  85.9  2e-16  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.165473  normal  0.215499 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1830  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.27 
 
 
1165 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1307  sensory box histidine kinase/response regulator  43.22 
 
 
611 aa  85.5  2e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3791  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  40.83 
 
 
492 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.107728 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1041  sensory box histidine kinase/response regulator  43.22 
 
 
611 aa  85.5  2e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1455  PAS sensor protein  40.65 
 
 
1092 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.534076  normal  0.193101 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2778  Signal transduction histidine kinase  43.22 
 
 
611 aa  85.5  2e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6212  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.52 
 
 
999 aa  85.5  2e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1658  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.63 
 
 
1036 aa  85.1  3e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.705021 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1031  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  42.86 
 
 
689 aa  84.7  4e-16  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2506  histidine kinase  41.8 
 
 
538 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.971833  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3532  PAS  39.34 
 
 
691 aa  84.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.804686  normal  0.0772354 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0878  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  39.5 
 
 
754 aa  84  7e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.307069  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3584  sensory box histidine kinase/response regulator  39.67 
 
 
646 aa  83.6  8e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3355  PAS  38.84 
 
 
646 aa  83.6  9e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.996652  normal  0.102892 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4630  multi-sensor hybrid histidine kinase  41.32 
 
 
845 aa  82.8  1e-15  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.153941 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5380  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.7 
 
 
890 aa  83.2  1e-15  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.622794 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2967  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.94 
 
 
949 aa  82.4  2e-15  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.291071  normal  0.350737 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0471  multi-sensor hybrid histidine kinase  43.4 
 
 
1225 aa  82.4  2e-15  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.221036  normal  0.153067 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2740  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.22 
 
 
943 aa  82.4  2e-15  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4534  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 
789 aa  82.4  2e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  decreased coverage  0.00178045  normal 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1277  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  43.7 
 
 
807 aa  82.4  2e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.912371  normal  0.18237 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1835  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.32 
 
 
782 aa  82.8  2e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.448152 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2619  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  41.46 
 
 
789 aa  82.4  2e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0163342  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1306  PAS sensor Signal tranduction histidine kinase  41.94 
 
 
949 aa  82.8  2e-15  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.124542  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3491  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  44.07 
 
 
966 aa  82.4  2e-15  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.691252 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1870  sensory box histidine kinase/response regulator  36.89 
 
 
691 aa  82  2e-15  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3535  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  39.02 
 
 
695 aa  82  2e-15  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.02065  normal 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5251  histidine kinase  41.03 
 
 
571 aa  81.6  3e-15  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.782087 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6778  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.37 
 
 
905 aa  81.6  3e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.433337  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2444  histidine kinase  40.65 
 
 
559 aa  81.3  4e-15  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.682084  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3617  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.61 
 
 
845 aa  81.3  4e-15  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0655  multi-sensor hybrid histidine kinase  42.74 
 
 
864 aa  81.3  4e-15  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>