More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2441 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2441  helix-turn-helix, AraC type  100 
 
 
307 aa  645  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.0002572  decreased coverage  0.000290212 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2708  transcriptional activator MltR  97.01 
 
 
301 aa  617  1e-176  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.215541  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2641  AraC family transcriptional regulator  85.95 
 
 
301 aa  548  1e-155  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4467  AraC family transcriptional regulator  76.08 
 
 
301 aa  490  1e-137  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_34440  transcriptional regulator MtlR  71.67 
 
 
301 aa  458  1e-128  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  6.88741e-11  normal  0.560291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2042  AraC family transcriptional regulator  71.57 
 
 
301 aa  456  1e-127  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2926  transcriptional regulator MtlR  73.43 
 
 
287 aa  443  1e-123  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.795893  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27420  transcriptional regulator MtlR (AraC family)  58.97 
 
 
299 aa  359  3e-98  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.467419  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1089  helix-turn-helix domain-containing protein  46.71 
 
 
298 aa  278  1e-73  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.99301  hitchhiker  0.00294409 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0133  AraC family transcriptional regulator  47.41 
 
 
315 aa  247  2e-64  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.13686 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5590  AraC family transcriptional regulator  42.39 
 
 
310 aa  246  3e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.651891 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0499  AraC family transcriptional regulator  41.13 
 
 
339 aa  238  9e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00811586 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2436  AraC family transcriptional regulator  40.36 
 
 
329 aa  238  1e-61  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0731  AraC family transcriptional regulator  42.16 
 
 
328 aa  237  2e-61  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.617247  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1919  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 
329 aa  235  7e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.480868  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1906  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 
329 aa  234  1e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.166677  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2069  AraC family transcriptional regulator  40 
 
 
329 aa  234  1e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.020463  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3182  AraC family transcriptional regulator  42.86 
 
 
315 aa  233  3e-60  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.000265571 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2161  helix-turn-helix domain-containing protein  39.64 
 
 
294 aa  232  5e-60  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4594  transcriptional regulator, AraC family  40.28 
 
 
294 aa  232  5e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.571926  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0855  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 
329 aa  232  7e-60  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3237  transcriptional regulator, AraC family  40.86 
 
 
325 aa  232  7e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.434177  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0305  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 
329 aa  232  7e-60  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.183082  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1199  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 
329 aa  232  7e-60  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.33488  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1643  AraC family transcriptional regulator  39.64 
 
 
329 aa  232  7e-60  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.78206  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6320  transcriptional regulator, AraC family  40.28 
 
 
294 aa  231  8e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.636258  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3165  helix-turn-helix domain-containing protein  45.15 
 
 
308 aa  231  1e-59  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00840402  normal 
 
 
-
 
NC_010580  Bind_3808  AraC family transcriptional regulator  38.81 
 
 
321 aa  230  2e-59  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.323672  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1116  transcriptional regulator, AraC family  45.96 
 
 
325 aa  230  2e-59  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3546  AraC family transcriptional regulator  39.31 
 
 
319 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.776433  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4821  AraC family transcriptional regulator  39.31 
 
 
319 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.535496  normal  0.116549 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5462  AraC family transcriptional regulator  39.31 
 
 
319 aa  225  8e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.139699 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3782  AraC family transcriptional regulator  39.66 
 
 
319 aa  225  9e-58  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0502919 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0883  AraC family transcriptional regulator  38.97 
 
 
322 aa  223  3e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.172871 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5795  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 
312 aa  222  5e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.112606  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5065  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 
312 aa  222  5e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.289747  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4384  AraC family transcriptional regulator  38.75 
 
 
312 aa  221  8e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.7748  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4202  AraC family transcriptional regulator  39.73 
 
 
319 aa  221  9e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4725  AraC family transcriptional regulator  39.38 
 
 
319 aa  221  1e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.70917  normal  0.0655004 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3070  AraC family transcriptional regulator  38.41 
 
 
311 aa  221  1e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_16600  transcriptional regulator, AraC family  38.6 
 
 
301 aa  219  4e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2607  AraC family transcriptional regulator  38.21 
 
 
303 aa  218  8e-56  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.334421  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1174  AraC family transcriptional regulator  39.45 
 
 
330 aa  218  9e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0789379  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0070  AraC family transcriptional regulator  38.49 
 
 
332 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0349  AraC family transcriptional regulator  38.49 
 
 
332 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1655  AraC family transcriptional regulator  38.49 
 
 
350 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.365127  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1237  AraC family transcriptional regulator  38.49 
 
 
332 aa  218  1e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.89016  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1744  AraC family transcription regulator  38.49 
 
 
350 aa  218  1e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.109239  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0236  AraC family transcriptional regulator  39.1 
 
 
339 aa  217  3e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1078  AraC family transcriptional regulator  39.1 
 
 
318 aa  216  3e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.441231  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_2471  transcriptional regulator, AraC family  39.22 
 
 
311 aa  213  3e-54  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  5.18709e-05  normal  0.0153728 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0345  transcriptional regulator, AraC family  40.86 
 
 
296 aa  213  3e-54  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6660  AraC family transcriptional regulator  40.28 
 
 
297 aa  212  7e-54  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4811  helix-turn-helix, AraC type  38.89 
 
 
315 aa  208  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2339  AraC family transcriptional regulator  39.49 
 
 
303 aa  206  6e-52  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.295664 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0365  transcriptional regulator, AraC family  38.15 
 
 
299 aa  202  4e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2711  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  36.01 
 
 
319 aa  194  1e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1710  transcriptional regulator, AraC family  34.44 
 
 
326 aa  193  3e-48  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.492868 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0895  AraC family transcriptional regulator  38.29 
 
 
302 aa  193  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_20280  transcriptional regulator, AraC family  38.89 
 
 
309 aa  188  1e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0229385  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3229  transcriptional regulator, AraC family  33.44 
 
 
326 aa  181  1e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.382079  normal  0.686696 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6144  transcriptional regulator, AraC family  34.98 
 
 
301 aa  177  2e-43  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.185797  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0681  AraC family transcriptional regulator  37.61 
 
 
256 aa  165  7e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0251  AraC family transcriptional regulator  35.07 
 
 
309 aa  163  4e-39  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1886  transcriptional regulator, AraC family  32.07 
 
 
289 aa  162  6e-39  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4971  transcriptional regulator, AraC family  34.97 
 
 
290 aa  162  7e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0504817  hitchhiker  3.61988e-11 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1701  AraC family DNA-binding protein  31.32 
 
 
296 aa  159  4e-38  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5736  transcriptional regulator, AraC family  33.46 
 
 
302 aa  157  3e-37  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.458087  normal  0.0804567 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0737  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.77 
 
 
290 aa  151  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.359471  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0508  transcriptional regulator, AraC family  35.25 
 
 
295 aa  149  5e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.3342  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2813  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30.74 
 
 
290 aa  148  1e-34  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1891  transcriptional regulator, AraC family  29.56 
 
 
291 aa  147  2e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3988  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 
291 aa  147  2e-34  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00119398  normal  0.630817 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0565  AraC family transcriptional regulator  32.28 
 
 
289 aa  147  2e-34  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5348  transcriptional regulator, AraC family  31.9 
 
 
291 aa  147  2e-34  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.650952  normal  0.226075 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4043  transcriptional regulator, AraC family  32.21 
 
 
303 aa  144  2e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1480  transcriptional regulator, AraC family  32.56 
 
 
288 aa  142  8e-33  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0895908  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2340  helix-turn-helix domain-containing protein  28.83 
 
 
290 aa  139  7e-32  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.581264  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1402  transcriptional regulator, AraC family  31.35 
 
 
288 aa  137  2e-31  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.283594  normal  0.8016 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1408  helix-turn-helix domain-containing protein  31.14 
 
 
324 aa  137  3e-31  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1435  AraC family transcriptional regulator  30.1 
 
 
324 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1399  helix-turn-helix domain-containing protein  30.8 
 
 
324 aa  136  5e-31  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.953379  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2939  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  30 
 
 
289 aa  135  8e-31  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0806864  normal  0.433201 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1667  transcriptional regulator, AraC family  32.03 
 
 
281 aa  134  2e-30  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0862  transcriptional regulator, AraC family  30.63 
 
 
318 aa  134  2e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  3.30517e-05  normal  0.0669751 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3986  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  29.43 
 
 
289 aa  132  6e-30  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.542106  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2946  transcriptional regulator, AraC family  30.1 
 
 
324 aa  132  9e-30  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4642  AraC family transcriptional regulator  30.8 
 
 
318 aa  130  4e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2146  AraC family transcriptional regulator  29.69 
 
 
325 aa  128  1e-28  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.536281  normal  0.441975 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4301  transcriptional regulator, AraC family  28.4 
 
 
286 aa  127  2e-28  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.220521  normal  0.797318 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6330  AraC family transcriptional regulator  29.79 
 
 
318 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.361086 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3317  AraC family transcriptional regulator  29.35 
 
 
327 aa  127  3e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.672566 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3833  AraC family transcriptional regulator  30.03 
 
 
327 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.699646 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2701  helix-turn-helix- domain containing protein AraC type  28.63 
 
 
292 aa  124  1e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.485012  normal  0.370839 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3588  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 
325 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0511949  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2193  AraC family transcriptional regulator  27.63 
 
 
323 aa  124  2e-27  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00215033 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3940  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 
325 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4427  AraC family transcriptional regulator  29.01 
 
 
325 aa  124  2e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5388  transcriptional regulator, AraC family  30.04 
 
 
298 aa  124  2e-27  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.769805 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4952  helix-turn-helix domain-containing protein  30.56 
 
 
292 aa  122  5e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.017601  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>