More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2385 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1902  bacteriophytochrome histidine kinase  49.41 
 
 		 745 aa  755    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.333534  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2652  bacteriophytochrome, putative  85.57 
 
 		 993 aa  1726    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.163581  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2385  phytochrome:GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal:HWE histidine kinase  100 
 
 		 1003 aa  2053    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.460117  normal  0.215255 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3504  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  50.72 
 
 		 745 aa  762    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.280312  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2162  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  50.26 
 
 		 745 aa  758    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.894867  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4415  multi-sensor signal transduction histidine kinase  35.14 
 
 		 749 aa  412  1e-113  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.541129  normal  0.358425 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_1003  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.81 
 
 		 751 aa  403  9.999999999999999e-111  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.972748  hitchhiker  0.000165551 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4451  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.27 
 
 		 775 aa  400  9.999999999999999e-111  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0539  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.36 
 
 		 751 aa  397  1e-109  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.802089  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2206  GAF sensor signal transduction histidine kinase  35.71 
 
 		 762 aa  392  1e-107  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.15596  normal  0.128973 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2403  ATP-binding region, ATPase-like  33.25 
 
 		 776 aa  393  1e-107  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0308443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3425  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.99 
 
 		 775 aa  386  1e-105  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0531418  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4270  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.22 
 
 		 751 aa  380  1e-104  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.235212 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1796  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.62 
 
 		 756 aa  382  1e-104  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.232536 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2352  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.05 
 
 		 760 aa  377  1e-103  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3339  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.49 
 
 		 748 aa  377  1e-103  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2356  phytochrome family protein, putative  34.91 
 
 		 755 aa  376  1e-102  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.634458 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1956  GAF sensor signal transduction histidine kinase  34.35 
 
 		 748 aa  376  1e-102  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.727974  normal  0.121547 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3780  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.53 
 
 		 779 aa  372  1e-101  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689927  normal  0.970382 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5067  multi-sensor hybrid histidine kinase  32.78 
 
 		 1002 aa  370  1e-100  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4450  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.38 
 
 		 758 aa  363  7.0000000000000005e-99  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3424  GAF sensor signal transduction histidine kinase  32.43 
 
 		 758 aa  362  2e-98  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.25862  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0035  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.6 
 
 		 769 aa  360  9e-98  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2402  ATP-binding region, ATPase-like  33.08 
 
 		 762 aa  357  5.999999999999999e-97  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0299776 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1284  multi-sensor signal transduction histidine kinase  33.93 
 
 		 791 aa  355  2e-96  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0336702 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_4151  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.07 
 
 		 760 aa  354  5e-96  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.193587 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_4111  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.07 
 
 		 760 aa  354  5e-96  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4021  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.12 
 
 		 1013 aa  353  1e-95  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.864375 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3852  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  32.51 
 
 		 765 aa  352  2e-95  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0099  multi-sensor signal transduction histidine kinase  32.12 
 
 		 746 aa  351  3e-95  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1511  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.95 
 
 		 1002 aa  348  2e-94  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1484  multi-sensor hybrid histidine kinase  29.95 
 
 		 1002 aa  347  5e-94  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0383  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.84 
 
 		 746 aa  342  2e-92  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.269133 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2818  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.21 
 
 		 769 aa  340  9.999999999999999e-92  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0945314 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0423  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.76 
 
 		 799 aa  332  3e-89  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.721204  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4127  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.21 
 
 		 743 aa  323  9.999999999999999e-87  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.313016  normal  0.0728263 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2377  ATP-binding region, ATPase-like  31.7 
 
 		 759 aa  320  1e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.974028  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2020  multi-sensor signal transduction histidine kinase  36.12 
 
 		 771 aa  315  1.9999999999999998e-84  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0975  putative bacteriophytochrome  32.78 
 
 		 728 aa  313  1e-83  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_10700  putative bacteriophytochrome  31.74 
 
 		 728 aa  305  2.0000000000000002e-81  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2793  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.33 
 
 		 763 aa  303  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.172208  normal  0.714834 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3080  bacteriophytochrome  37.01 
 
 		 783 aa  298  4e-79  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03481  Multi-sensor Signal Transduction Histidine Kinase  28.29 
 
 		 908 aa  298  5e-79  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0652805  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4034  multi-sensor signal transduction histidine kinase  34.77 
 
 		 775 aa  296  1e-78  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3185  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.47 
 
 		 762 aa  296  2e-78  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.97115  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00897  GAF:ATP-binding region, ATPase-like:Histidine kinase A, N-terminal  27.01 
 
 		 884 aa  294  5e-78  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.717501  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3673  putative PAS/PAC sensor protein  37.24 
 
 		 738 aa  293  9e-78  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.483009  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3788  phytochrome  34.03 
 
 		 772 aa  293  9e-78  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.0317187 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4724  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.03 
 
 		 774 aa  293  1e-77  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.960478  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0125  GAF sensor signal transduction histidine kinase  31.05 
 
 		 759 aa  293  1e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.812946  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3820  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.75 
 
 		 755 aa  291  4e-77  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.869603  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.35 
 
 		 849 aa  289  2e-76  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  33.45 
 
 		 842 aa  289  2e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0150  phytochrome sensor signal transduction histidine kinase  27.67 
 
 		 752 aa  286  1.0000000000000001e-75  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3936  multi-sensor signal transduction histidine kinase  25.74 
 
 		 757 aa  281  6e-74  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_3458  putative PAS/PAC sensor protein  37.24 
 
 		 760 aa  275  2.0000000000000002e-72  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.0932578 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3141  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.29 
 
 		 762 aa  275  2.0000000000000002e-72  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.583701  normal  0.345899 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2910  multi-sensor signal transduction histidine kinase  31.47 
 
 		 783 aa  275  3e-72  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.0200681  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4519  putative GAF sensor protein  35.32 
 
 		 755 aa  271  2.9999999999999997e-71  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1419  putative PAS/PAC sensor protein  36.25 
 
 		 770 aa  268  5e-70  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13140  bacteriophytochrome (light-regulated signal transduction histidine kinase)  34.43 
 
 		 772 aa  265  4e-69  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  33.63 
 
 		 856 aa  265  4e-69  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6428  bacteriophytochrome  32.63 
 
 		 723 aa  264  4.999999999999999e-69  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.688062  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1309  putative PAS/PAC sensor protein  34.43 
 
 		 722 aa  258  3e-67  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.543635 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1726  putative PAS/PAC sensor protein  35.41 
 
 		 731 aa  258  5e-67  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3740  phytochrome  33.46 
 
 		 732 aa  254  4.0000000000000004e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.103591  decreased coverage  0.000116427 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  32.68 
 
 		 855 aa  253  1e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3192  multi-sensor signal transduction histidine kinase  29.6 
 
 		 864 aa  251  7e-65  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0309229 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  31.7 
 
 		 852 aa  251  7e-65  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3686  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.87 
 
 		 709 aa  250  1e-64  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.206553 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3985  putative PAS/PAC sensor protein  34.03 
 
 		 732 aa  248  3e-64  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.525883  normal  0.142655 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3723  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.78 
 
 		 871 aa  247  6.999999999999999e-64  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.086011 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03310  GAF domain protein  34.04 
 
 		 625 aa  246  9.999999999999999e-64  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.0453757  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  30.67 
 
 		 844 aa  244  5e-63  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1986  putative GAF sensor protein  35.98 
 
 		 798 aa  243  1e-62  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.932658  normal  1 
 
 
-
 
NC_007490  RSP_4191  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  30.87 
 
 		 980 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  32 
 
 		 847 aa  239  1e-61  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  31.69 
 
 		 847 aa  239  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  32 
 
 		 847 aa  239  2e-61  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal  1 
 
 
-
 
NC_007489  RSP_4111  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with phytochrome (GAF) sensor  30.49 
 
 		 931 aa  239  3e-61  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2444  multi-sensor signal transduction histidine kinase  30.31 
 
 		 721 aa  238  3e-61  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0911916  normal  0.976086 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2169  putative GAF sensor protein  32.77 
 
 		 812 aa  238  6e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0312851 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1235  phytochrome-like protein  28.1 
 
 		 506 aa  236  1.0000000000000001e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  31.88 
 
 		 844 aa  235  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2978  putative GAF sensor protein  31.96 
 
 		 567 aa  233  1e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.186  normal  0.0306937 
 
 
-
 
NC_009431  Rsph17025_4279  diguanylate phosphodiesterase  32.34 
 
 		 936 aa  233  1e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4562  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.66 
 
 		 874 aa  230  8e-59  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0865092  normal  0.846022 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  31.03 
 
 		 846 aa  226  2e-57  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3089  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.2 
 
 		 740 aa  225  3e-57  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.552133  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2235  multi-sensor Signal transduction histidine kinase  33.15 
 
 		 865 aa  225  4e-57  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3914  Phytochrome central region domain protein  30.37 
 
 		 509 aa  224  8e-57  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  0.218618 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4081  histidine kinase dimerisation/phosphoacceptor  27.58 
 
 		 895 aa  223  9.999999999999999e-57  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.628066  normal  0.498394 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4449  multi-sensor signal transduction histidine kinase  27.45 
 
 		 875 aa  222  1.9999999999999999e-56  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7207  putative PAS/PAC sensor protein  29.32 
 
 		 508 aa  221  6e-56  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  29.57 
 
 		 856 aa  214  7.999999999999999e-54  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006680  CNK03200  bacteriophytochrome histidine kinase, putative  28.16 
 
 		 1871 aa  207  7e-52  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.796961  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1677  GAF sensor signal transduction histidine kinase  29.73 
 
 		 770 aa  203  9.999999999999999e-51  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001307  ANIA_09008  PhytochromePutative uncharacterized protein ; [Source:UniProtKB/TrEMBL;Acc:Q5K039]  26.79 
 
 		 1280 aa  193  1e-47  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1497  putative GAF sensor protein  30.84 
 
 		 689 aa  191  5.999999999999999e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01099  bacteriophytochrome protein  26.81 
 
 		 822 aa  187  8e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.506628  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>