More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2384 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2384  response regulator receiver  100 
 
 
125 aa  257  5e-68  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00466139  normal  0.125866 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2651  response regulator  82.4 
 
 
125 aa  193  6e-49  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  hitchhiker  0.00566392  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2783  response regulator receiver  41.82 
 
 
123 aa  98.2  3e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.636371 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2608  response regulator receiver protein  42.73 
 
 
114 aa  97.8  5e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.186263  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0621  response regulator receiver protein  42.34 
 
 
120 aa  97.1  7e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2738  response regulator receiver domain-containing protein  40 
 
 
123 aa  95.9  2e-19  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.886685 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3180  response regulator receiver protein  40.91 
 
 
124 aa  95.9  2e-19  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0167969  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0475  response regulator receiver protein  42.15 
 
 
129 aa  95.1  3e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0407  response regulator receiver  42.5 
 
 
130 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.459485 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0440  response regulator receiver protein  42.5 
 
 
130 aa  94.7  4e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.0544928  normal  0.588008 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1774  response regulator receiver  38.46 
 
 
126 aa  93.6  8e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0498529  decreased coverage  0.00379005 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2937  response regulator receiver protein  39.5 
 
 
129 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.972944  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4411  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  37.93 
 
 
131 aa  91.7  3e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.514484 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0022  response regulator receiver and SARP domain protein  39.17 
 
 
142 aa  91.7  3e-18  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  hitchhiker  0.000346597  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2520  response regulator receiver domain-containing protein  38.14 
 
 
125 aa  91.3  4e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.113297  normal  0.478353 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0019  response regulator receiver protein  36.8 
 
 
129 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0611118 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1793  response regulator receiver domain-containing protein  37.84 
 
 
126 aa  88.6  2e-17  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.244756  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2532  response regulator receiver protein  41.74 
 
 
138 aa  88.2  3e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1289  response regulator receiver protein  36.04 
 
 
119 aa  84  7e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.704465  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2032  response regulator receiver protein  39.82 
 
 
125 aa  82  2e-15  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1267  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  37.27 
 
 
134 aa  82  3e-15  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00862788 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1200  response regulator receiver protein  35.14 
 
 
126 aa  81.3  4e-15  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4155  response regulator receiver domain-containing protein  36.75 
 
 
123 aa  81.3  4e-15  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.918011  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2089  response regulator receiver protein  42 
 
 
152 aa  80.5  6e-15  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.775144 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2323  response regulator receiver protein  37.72 
 
 
121 aa  80.9  6e-15  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.03657 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3496  bacteriophytochrome protein  38.39 
 
 
852 aa  79.7  1e-14  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.552776  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0470  response regulator receiver protein  37.84 
 
 
133 aa  79  2e-14  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3435  response regulator receiver protein  34.23 
 
 
121 aa  78.2  4e-14  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.465011  normal  0.396609 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3759  response regulator receiver protein  38.94 
 
 
127 aa  77  7e-14  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.514361  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0708  response regulator receiver protein  34.58 
 
 
123 aa  75.9  2e-13  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.795364  normal  0.880104 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5270  signal transduction histidine kinase  41.18 
 
 
559 aa  72.8  1e-12  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.909185 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3363  response regulator receiver protein  32.73 
 
 
133 aa  73.2  1e-12  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.387857 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5238  response regulator receiver protein  36.84 
 
 
127 aa  72  3e-12  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.516097  normal  0.262734 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4798  response regulator receiver protein  35.51 
 
 
120 aa  71.6  3e-12  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.107601  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0717  response regulator receiver protein  39.09 
 
 
122 aa  70.9  6e-12  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0892969  normal 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7970  response regulator receiver and SARP domain protein  34.82 
 
 
160 aa  70.5  7e-12  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.304155  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5233  putative transcriptional regulator, Crp/Fnr family  35.45 
 
 
384 aa  69.3  1e-11  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.222219 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0109  response regulator receiver  34.58 
 
 
120 aa  70.1  1e-11  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03021  regulatory protein  31.86 
 
 
126 aa  68.9  2e-11  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9083  bacteriophytochrome protein  34.23 
 
 
856 aa  68.9  2e-11  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4279  response regulator receiver protein  31.82 
 
 
120 aa  68.6  3e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.718019  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0358  signal transduction histidine kinase  35.92 
 
 
602 aa  68.6  3e-11  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2574  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.82 
 
 
844 aa  68.6  3e-11  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.969915 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2399  response regulator receiver protein  37.96 
 
 
128 aa  67.8  5e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0186457 
 
 
-
 
NC_009507  Swit_5346  response regulator receiver protein  32.2 
 
 
118 aa  67.8  5e-11  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6265  response regulator receiver protein  35.77 
 
 
136 aa  67.4  6e-11  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2330  putative bacteriophytochrome  33.64 
 
 
842 aa  67  8e-11  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.766617  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4933  response regulator receiver protein  30.97 
 
 
121 aa  67  8e-11  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.124626  normal  0.430513 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1182  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  34.82 
 
 
846 aa  66.6  1e-10  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.75997  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1215  response regulator receiver protein  33.05 
 
 
124 aa  66.6  1e-10  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0588681  normal  0.159144 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0251  hypothetical protein  32.2 
 
 
124 aa  65.5  2e-10  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6261  putative response regulator receiver (CheY-like protein)  34.55 
 
 
121 aa  66.2  2e-10  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.235266  normal  0.732793 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3509  signal transduction histidine kinase  34.43 
 
 
125 aa  64.7  4e-10  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316868  normal  0.542318 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2069  response regulator receiver domain-containing protein  35.58 
 
 
123 aa  64.3  6e-10  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.240465  normal  0.487014 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4110  response regulator receiver protein  31.67 
 
 
127 aa  63.9  7e-10  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00730632  normal  0.59438 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6401  response regulator receiver protein  32.43 
 
 
126 aa  63.5  9e-10  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0556  response regulator receiver  34.95 
 
 
140 aa  62.8  1e-09  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.032469  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2394  putative GAF sensor protein  31.86 
 
 
847 aa  63.2  1e-09  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.25898  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1629  response regulator receiver domain-containing protein  31.82 
 
 
129 aa  62.8  1e-09  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.324074  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3364  response regulator  30.97 
 
 
847 aa  63.5  1e-09  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.427552 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2586  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  30.97 
 
 
847 aa  63.2  1e-09  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.251983 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3299  response regulator receiver protein  30.63 
 
 
123 aa  63.5  1e-09  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00414312 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1396  response regulator receiver domain-containing protein  32.43 
 
 
117 aa  61.2  4e-09  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.230809  n/a   
 
 
-
 
NC_009669  Oant_4458  putative GAF sensor protein  33.93 
 
 
844 aa  61.6  4e-09  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0773  response regulator receiver  34.23 
 
 
149 aa  60.8  5e-09  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.863112  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1726  response regulator receiver protein  30.84 
 
 
115 aa  60.5  7e-09  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6449  response regulator receiver protein  30.56 
 
 
121 aa  60.5  7e-09  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6064  response regulator receiver domain-containing protein  30.63 
 
 
126 aa  60.1  9e-09  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1241  signal transduction histidine kinase  32.61 
 
 
631 aa  60.1  1e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.0246477 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0646  response regulator receiver domain-containing protein  31.19 
 
 
139 aa  59.7  1e-08  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.452757  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1334  response regulator receiver protein  30.63 
 
 
126 aa  58.5  3e-08  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.395948 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1920  response regulator receiver protein  33.64 
 
 
126 aa  58.2  3e-08  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.170402 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0079  signal transduction histidine kinase  31.82 
 
 
639 aa  58.5  3e-08  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.464916 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0073  response regulator receiver protein  32.52 
 
 
144 aa  58.2  4e-08  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3289  putative PAS/PAC sensor protein  32.43 
 
 
855 aa  57.8  4e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.363327  normal  0.145052 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3034  putative PAS/PAC sensor protein  32.73 
 
 
856 aa  57.4  7e-08  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0858916  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3337  hypothetical protein  29.73 
 
 
130 aa  56.6  1e-07  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.244169  normal  0.34569 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7958  response regulator receiver protein  31.67 
 
 
124 aa  56.2  1e-07  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4846  response regulator receiver protein  29.82 
 
 
126 aa  56.2  1e-07  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.211413  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5321  putative sensory transduction regulatory protein  37.5 
 
 
84 aa  56.2  1e-07  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563131  normal  0.70291 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2402  response regulator receiver and unknown domain protein  30 
 
 
126 aa  55.1  3e-07  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  7.34485e-06  normal  0.97225 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2363  response regulator receiver protein  33.33 
 
 
122 aa  54.7  4e-07  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.549917  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6244  response regulator receiver modulated GAF sensor protein  30.19 
 
 
849 aa  54.7  4e-07  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3106  response regulator receiver protein  30.83 
 
 
152 aa  54.7  4e-07  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4234  response regulator receiver protein  29.63 
 
 
121 aa  55.1  4e-07  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0312747 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5707  response regulator receiver protein  26.36 
 
 
127 aa  53.9  7e-07  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1154  response regulator receiver protein  33.04 
 
 
161 aa  53.5  8e-07  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4542  PAS sensor protein  29.84 
 
 
1096 aa  53.5  1e-06  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.220973  normal  0.0899725 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2241  response regulator receiver protein  30.84 
 
 
126 aa  53.1  1e-06  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.926249 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4357  response regulator receiver/ANTAR domain-containing protein  34.09 
 
 
198 aa  53.5  1e-06  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.480943  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1262  response regulator receiver protein  27.43 
 
 
195 aa  53.1  1e-06  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5770  response regulator receiver protein  30.43 
 
 
147 aa  53.1  1e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.181358  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1965  response regulator receiver  30.84 
 
 
126 aa  52.8  1e-06  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.132523  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2183  response regulator receiver protein  31.53 
 
 
134 aa  53.1  1e-06  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2922  response regulator receiver/SARP domain-containing protein  27.43 
 
 
195 aa  53.1  1e-06  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2623  response regulator receiver protein  28.32 
 
 
150 aa  52.8  2e-06  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0677  putative two component-response regulator receiver (CheY-like protein)  29.13 
 
 
104 aa  52.8  2e-06  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.339833 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5541  response regulator  29.25 
 
 
134 aa  52.8  2e-06  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0738  response regulator receiver domain-containing protein  34.23 
 
 
156 aa  52.4  2e-06  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4905  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  31.3 
 
 
822 aa  52  3e-06  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.28937 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>