More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2373 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_2640  L-arabinose ABC transporter, permease protein  98.18 
 
 
329 aa  643  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0418311  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2373  L-arabinose transporter permease protein  100 
 
 
329 aa  652  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00546665  normal  0.130195 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4139  L-arabinose transporter permease protein  84.47 
 
 
322 aa  538  1e-152  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.494868  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2247  L-arabinose transporter permease protein  64.31 
 
 
327 aa  387  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  3.58536e-06 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2331  L-arabinose transporter permease protein  62.26 
 
 
328 aa  385  1e-106  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.266483  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1883  L-arabinose transporter permease protein  60.06 
 
 
349 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2263  L-arabinose transporter permease protein  59.76 
 
 
349 aa  384  1e-105  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2031  L-arabinose transporter permease protein  62.11 
 
 
328 aa  381  1e-105  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.192716  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1997  L-arabinose transporter permease protein  60.06 
 
 
349 aa  384  1e-105  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.254059  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1910  L-arabinose transporter permease protein  61.8 
 
 
328 aa  380  1e-104  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1023  L-arabinose transporter permease protein  61.76 
 
 
328 aa  378  1e-104  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2130  L-arabinose transporter permease protein  61.76 
 
 
328 aa  378  1e-104  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000455443  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1287  L-arabinose transporter permease protein  61.76 
 
 
328 aa  378  1e-104  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00785622  hitchhiker  6.02764e-07 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2635  L-arabinose transporter permease protein  61.76 
 
 
328 aa  379  1e-104  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.348948  hitchhiker  4.85021e-12 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01867  fused L-arabinose transporter subunits of ABC superfamily: membrane components  61.76 
 
 
329 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1744  Monosaccharide-transporting ATPase  61.76 
 
 
328 aa  377  1e-103  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.629454  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1995  L-arabinose transporter permease protein  61.76 
 
 
328 aa  377  1e-103  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00340389  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01856  hypothetical protein  61.76 
 
 
329 aa  377  1e-103  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1736  L-arabinose transporter permease protein  61.76 
 
 
328 aa  377  1e-103  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.612736  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2474  L-arabinose transporter permease protein  61.37 
 
 
326 aa  373  1e-102  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.552924  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2147  L-arabinose transporter permease protein  62.11 
 
 
328 aa  367  1e-100  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2995  L-arabinose transporter permease protein  54.1 
 
 
335 aa  341  1e-92  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.397713  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2585  L-arabinose transporter permease protein  53.8 
 
 
335 aa  338  7e-92  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3775  L-arabinose transporter permease protein  57 
 
 
315 aa  336  3e-91  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.629082 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2756  L-arabinose transporter permease protein  55.42 
 
 
335 aa  334  1e-90  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.394625  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2613  L-arabinose transporter permease protein  56.9 
 
 
338 aa  328  7e-89  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.727228  normal  0.716925 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3446  L-arabinose transporter permease protein  53.03 
 
 
334 aa  326  3e-88  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3482  L-arabinose transporter permease protein  56.72 
 
 
334 aa  325  7e-88  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.456756  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3484  L-arabinose transporter permease protein  56.72 
 
 
334 aa  325  7e-88  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1264  L-arabinose transporter permease protein  56.72 
 
 
334 aa  325  7e-88  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0404  L-arabinose transporter permease protein  56.72 
 
 
334 aa  325  7e-88  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.15645  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2484  L-arabinose transporter permease protein  56.72 
 
 
334 aa  325  7e-88  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.532923  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3301  L-arabinose transporter permease protein  56.72 
 
 
334 aa  325  7e-88  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0548  L-arabinose transporter permease protein  58.62 
 
 
338 aa  322  8e-87  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0287231  normal  0.64831 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1181  L-arabinose transporter permease protein  56.07 
 
 
334 aa  322  8e-87  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0524  L-arabinose transporter permease protein  58.28 
 
 
338 aa  320  2e-86  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.299001  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2762  L-arabinose transporter permease protein  58.28 
 
 
338 aa  320  3e-86  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.84256  normal  0.399817 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3705  L-arabinose transporter permease protein  58.28 
 
 
338 aa  319  4e-86  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256894  normal  0.416608 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0591  L-arabinose transporter permease protein  58.28 
 
 
338 aa  318  6e-86  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.257552  normal  0.0412649 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0140  L-arabinose transporter permease protein  58.28 
 
 
338 aa  318  6e-86  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.907828  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0623  L-arabinose transporter permease protein  58.28 
 
 
338 aa  318  6e-86  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  hitchhiker  0.000899793  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0548  L-arabinose transporter permease protein  56 
 
 
338 aa  313  3e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0318738  normal  0.477108 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3409  L-arabinose transporter permease protein  56 
 
 
338 aa  313  3e-84  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0925142  normal  0.0828764 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3763  L-arabinose transporter permease protein  56.1 
 
 
316 aa  305  5e-82  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.139254  normal  0.990186 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3475  L-arabinose transporter permease protein  56.79 
 
 
316 aa  297  2e-79  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3602  L-arabinose transporter permease protein  55.4 
 
 
317 aa  290  3e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5220  L-arabinose transporter permease protein  51.9 
 
 
341 aa  284  1e-75  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5639  L-arabinose transporter permease protein  51.9 
 
 
341 aa  284  1e-75  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.356357  normal  0.0453459 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3208  L-arabinose transporter permease protein  51.9 
 
 
339 aa  284  1e-75  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0500809 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4590  L-arabinose transporter permease protein  51.9 
 
 
337 aa  284  2e-75  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00280966 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1626  L-arabinose transporter permease protein  48.46 
 
 
339 aa  284  2e-75  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3962  L-arabinose transporter permease protein  48.31 
 
 
334 aa  283  2e-75  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4219  L-arabinose transporter permease protein  46.99 
 
 
338 aa  283  3e-75  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.645331 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4919  L-arabinose transporter permease protein  51.56 
 
 
339 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.259607  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5474  L-arabinose transporter permease protein  51.56 
 
 
335 aa  280  2e-74  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0452809 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0047  L-arabinose transporter permease protein  51.56 
 
 
339 aa  273  3e-72  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.149615  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1021  L-arabinose transporter permease protein  48.48 
 
 
333 aa  273  4e-72  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2600  L-arabinose transporter permease protein  51.56 
 
 
336 aa  261  1e-68  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.860073  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3010  L-arabinose transporter permease protein  51.9 
 
 
336 aa  252  5e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0563  monosaccharide-transporting ATPase  44.44 
 
 
311 aa  213  4e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  3.52632e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0579  ribose ABC transporter, permease  44.23 
 
 
311 aa  209  4e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3539  inner-membrane translocator  41.41 
 
 
315 aa  209  6e-53  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00149019  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0797  ribose ABC transporter, permease protein  43.85 
 
 
311 aa  209  6e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  5.30424e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0578  ribose ABC transporter, permease  43.85 
 
 
311 aa  209  7e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0535816  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0736  ribose ABC transporter, permease protein  43.85 
 
 
311 aa  209  7e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4638  ribose ABC transporter, permease protein  43.85 
 
 
311 aa  209  8e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0801722  unclonable  4.6789e-26 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0700  ribose ABC transporter, permease protein  43.85 
 
 
311 aa  209  8e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0973921  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0582  monosaccharide-transporting ATPase  43.46 
 
 
311 aa  207  2e-52  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0725  ribose ABC transporter, permease protein  43.46 
 
 
311 aa  207  2e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  7.35469e-35 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1759  ribose ABC transporter permease  38.72 
 
 
330 aa  206  3e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.32812  hitchhiker  6.2023e-05 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1613  monosaccharide-transporting ATPase  38.72 
 
 
330 aa  206  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1509  ribose ABC transporter, permease protein  38.72 
 
 
330 aa  206  3e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.424015  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1793  monosaccharide-transporting ATPase  37.83 
 
 
306 aa  206  4e-52  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.115366  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0668  ribose ABC transporter permease  43.08 
 
 
311 aa  206  4e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0635  ribose ABC transporter permease  43.08 
 
 
311 aa  206  4e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3329  inner-membrane translocator  40.74 
 
 
314 aa  203  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1881  ribose ABC transporter, permease protein  39.32 
 
 
311 aa  203  4e-51  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0277317  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3449  inner-membrane translocator  35.46 
 
 
314 aa  201  1e-50  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0342  ribose ABC transporter permease protein  35.42 
 
 
324 aa  201  1e-50  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1987  monosaccharide-transporting ATPase  38.49 
 
 
312 aa  201  2e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.589517  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000340  ribose ABC transport system permease protein RbsC  35.98 
 
 
327 aa  201  2e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1370  ribose ABC transporter permease protein  36.5 
 
 
323 aa  201  2e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.512196  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0922  monosaccharide-transporting ATPase  39.16 
 
 
309 aa  200  3e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22690  Monosaccharide-transporting ATPase  40.58 
 
 
322 aa  199  7e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  decreased coverage  0.00548912  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3417  inner-membrane translocator  41.46 
 
 
316 aa  198  1e-49  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.254798  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06144  ribose ABC transporter permease protein  35.67 
 
 
327 aa  197  2e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01060  monosaccharide ABC transporter membrane protein  38.33 
 
 
336 aa  196  4e-49  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2278  inner-membrane translocator  39.29 
 
 
309 aa  196  5e-49  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.568654  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0342  inner-membrane translocator  39.81 
 
 
326 aa  195  8e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.770654  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0614  inner-membrane translocator  34.77 
 
 
331 aa  194  1e-48  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0009  ribose ABC transporter permease protein  35.9 
 
 
322 aa  192  9e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG0115  ribose ABC transporter, permease protein  34.2 
 
 
310 aa  191  1e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4849  inner-membrane translocator  35.8 
 
 
325 aa  191  2e-47  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.361402  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3181  monosaccharide-transporting ATPase  40.81 
 
 
348 aa  188  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0793432 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4526  ribose ABC transporter permease protein  34.5 
 
 
322 aa  188  1e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.000584894  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3976  ribose ABC transporter permease protein  36.74 
 
 
322 aa  187  2e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.144441  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0516  ribose ABC transporter permease protein  36.86 
 
 
324 aa  185  8e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1826  inner-membrane translocator  40.16 
 
 
336 aa  184  2e-45  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0911886  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4236  ribose ABC transporter permease protein  33.87 
 
 
322 aa  184  2e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.000913636  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0290  monosaccharide-transporting ATPase  35.29 
 
 
331 aa  182  6e-45  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>