More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2301 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2301  short chain dehydrogenase  100 
 
 
246 aa  508  1e-143  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.00458311  hitchhiker  0.00750193 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0171  short chain dehydrogenase  61.79 
 
 
246 aa  310  2e-83  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.808724 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0896  short chain dehydrogenase  60.98 
 
 
246 aa  293  1e-78  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3786  short chain dehydrogenase  58.54 
 
 
246 aa  285  7e-76  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.468877 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2273  short chain dehydrogenase  57.32 
 
 
246 aa  265  5e-70  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.869936  normal  0.452458 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2567  short chain dehydrogenase  54.07 
 
 
245 aa  256  3e-67  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6249  short chain dehydrogenase  53.85 
 
 
245 aa  253  2e-66  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1550  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  52.05 
 
 
248 aa  248  6e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0498  short chain dehydrogenase  51.63 
 
 
243 aa  224  1e-57  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.795397 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4209  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  41.22 
 
 
247 aa  194  2e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.351821  normal  0.500614 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1010  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  45.42 
 
 
254 aa  193  2e-48  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.904003  normal  0.571542 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0327  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.74 
 
 
249 aa  183  2e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.726547  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4050  short chain dehydrogenase  39.84 
 
 
243 aa  182  4e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.119249  normal  0.0322229 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1219  short chain dehydrogenase  37.8 
 
 
243 aa  181  8e-45  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1648  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.6 
 
 
245 aa  176  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1950  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.74 
 
 
246 aa  172  4e-42  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1708  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  39.22 
 
 
250 aa  172  4e-42  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.361807  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2832  short chain dehydrogenase  39.34 
 
 
244 aa  171  7e-42  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.0580098  normal  0.214495 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0143  short chain dehydrogenase  37.7 
 
 
243 aa  170  2e-41  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.896795 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1597  short chain dehydrogenase  41.39 
 
 
245 aa  163  3e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.139184  normal  0.109463 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0062  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  42.34 
 
 
254 aa  163  3e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5663  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  38.62 
 
 
251 aa  161  1e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.150929 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5791  short chain dehydrogenase  38.87 
 
 
249 aa  160  2e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1026  short chain dehydrogenase  36.99 
 
 
270 aa  155  6e-37  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.969015  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0976  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.01 
 
 
244 aa  150  2e-35  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4798  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  40.16 
 
 
255 aa  150  2e-35  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.376241  normal  0.808586 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_3976  short chain dehydrogenase  43.62 
 
 
245 aa  147  2e-34  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  decreased coverage  0.00930617  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7180  short chain dehydrogenase  40.32 
 
 
248 aa  146  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.367118  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2164  short chain dehydrogenase  37.4 
 
 
247 aa  144  1e-33  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22830  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  34.71 
 
 
247 aa  136  3e-31  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.702609 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.29 
 
 
254 aa  125  6e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3435  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  34.44 
 
 
249 aa  122  5e-27  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.220031  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3100  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.88 
 
 
247 aa  120  2e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0680281  normal  0.231101 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_5089  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
256 aa  118  7e-26  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.415289 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_5001  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
256 aa  118  7e-26  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_5382  short chain dehydrogenase  33.33 
 
 
256 aa  118  7e-26  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3135  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  35.39 
 
 
246 aa  117  2e-25  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0813  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.47 
 
 
249 aa  117  2e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5628  short chain dehydrogenase  32.28 
 
 
260 aa  115  6e-25  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.391011  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2482  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
260 aa  112  4e-24  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.257102  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2519  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
260 aa  112  4e-24  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.362714  normal  0.975867 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2527  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.14 
 
 
260 aa  112  4e-24  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.712859 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03335  putative oxidoreductase  29.08 
 
 
240 aa  112  6e-24  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.472323  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_01390  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  32.52 
 
 
251 aa  110  2e-23  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.253341 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_1741  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 
252 aa  106  3e-22  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1759  hypothetical protein  31.02 
 
 
240 aa  105  5e-22  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2475  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.39 
 
 
252 aa  105  6e-22  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.907428  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1177  short chain dehydrogenase  30.71 
 
 
260 aa  105  8e-22  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.56412  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3873  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.52 
 
 
257 aa  105  8e-22  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00422733 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12109  short-chain type dehydrogenase  37.86 
 
 
249 aa  104  2e-21  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0969854  normal  0.809118 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4024  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.74 
 
 
247 aa  103  3e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0286474  normal  0.0317437 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3342  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.98 
 
 
245 aa  103  3e-21  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.468783  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1759  hypothetical protein  31.02 
 
 
240 aa  103  3e-21  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2453  short chain dehydrogenase  31.33 
 
 
261 aa  102  8e-21  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13470  short chain dehydrogenase  28.74 
 
 
251 aa  99.4  5e-20  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0271  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.79 
 
 
250 aa  98.6  9e-20  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2177  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.8 
 
 
256 aa  97.8  1e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.108863  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2462  putative short chain dehydrogenase  31.85 
 
 
255 aa  97.8  1e-19  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4120  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.98 
 
 
254 aa  97.1  2e-19  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2785  short chain dehydrogenase  31.56 
 
 
254 aa  97.4  2e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.73728  normal  0.939169 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13825  short chain dehydrogenase  29.2 
 
 
254 aa  97.1  2e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1903  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.83 
 
 
242 aa  96.7  3e-19  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0151  short chain dehydrogenase  30.99 
 
 
261 aa  96.3  4e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0660  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.74 
 
 
284 aa  95.5  7e-19  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2463  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.05 
 
 
241 aa  95.1  9e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.914636  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1330  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.55 
 
 
247 aa  94.7  1e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.425796  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2791  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.21 
 
 
249 aa  94.4  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.786749  normal  0.588294 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3431  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.72 
 
 
238 aa  94  2e-18  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000136725 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3487  short chain dehydrogenase  31.43 
 
 
270 aa  93.6  3e-18  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3326  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.21 
 
 
249 aa  93.2  4e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4129  short chain dehydrogenase  31.43 
 
 
270 aa  92.8  4e-18  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3312  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.35 
 
 
260 aa  89.7  3e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3863  short chain dehydrogenase  29.88 
 
 
260 aa  89.4  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.331172  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4895  short chain dehydrogenase  29.15 
 
 
258 aa  89.7  4e-17  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000739396  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3027  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.07 
 
 
272 aa  88.6  9e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00333155 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1440  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.33 
 
 
277 aa  88.2  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.313918 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1974  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.27 
 
 
258 aa  87.8  1e-16  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_6048  short chain dehydrogenase  32.26 
 
 
266 aa  88.2  1e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.549002  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01434  Short chain dehydrogenase family protein  28.05 
 
 
239 aa  87.4  2e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2534  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.48 
 
 
247 aa  86.7  3e-16  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0251  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.14 
 
 
253 aa  86.7  3e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.29884  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0157  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.35 
 
 
249 aa  86.3  4e-16  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1362  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.33 
 
 
282 aa  86.3  4e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.390824  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4782  short chain dehydrogenase  31.12 
 
 
264 aa  85.9  6e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_5291  short chain dehydrogenase  27.8 
 
 
260 aa  85.5  7e-16  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1619  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.9 
 
 
277 aa  85.1  9e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.44916 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0449  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.13 
 
 
257 aa  85.1  9e-16  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  0.237578  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3806  short chain dehydrogenase  30.04 
 
 
260 aa  84.3  2e-15  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.187681 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0309  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.06 
 
 
249 aa  83.6  2e-15  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.000668025  hitchhiker  1.85563e-06 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4248  short chain dehydrogenase  30.04 
 
 
259 aa  82  8e-15  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.215124 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0185  short chain dehydrogenase  28.35 
 
 
267 aa  81.3  1e-14  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2296  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.61 
 
 
238 aa  81.3  1e-14  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0366896 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0099  short chain dehydrogenase  31.82 
 
 
265 aa  80.5  2e-14  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0468  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.82 
 
 
257 aa  80.5  2e-14  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0427  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.49 
 
 
256 aa  80.1  3e-14  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1889  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.57 
 
 
256 aa  80.1  3e-14  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1398  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.78 
 
 
249 aa  79.7  4e-14  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.646056  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1059  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.39 
 
 
300 aa  79.7  4e-14  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.261261  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1537  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.8 
 
 
255 aa  79.3  5e-14  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3014  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.32 
 
 
257 aa  79.3  5e-14  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.698047  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>