61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Psyr_2199 on replicon NC_007005
Organism: Pseudomonas syringae pv. syringae B728a



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007005  Psyr_2199  urease accessory protein UreF  100 
 
 
243 aa  488  1e-137  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0590668  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2412  urease accessory protein UreF  85.6 
 
 
243 aa  399  1e-110  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6191  urease accessory protein UreF  42.21 
 
 
227 aa  157  2e-37  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  decreased coverage  0.00827459  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1195  urease accessory protein UreF  45.19 
 
 
226 aa  157  2e-37  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.110316 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1355  Urease accessory protein UreF  44.77 
 
 
226 aa  155  6e-37  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1960  putative urease accessory protein UreF  39.26 
 
 
223 aa  144  1e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.702591  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1134  Urease accessory protein UreF  42.68 
 
 
226 aa  144  2e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.348852  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4444  urease accessory protein UreF  38.93 
 
 
225 aa  140  2e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.8214 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_1553  Urease accessory protein UreF  30.35 
 
 
266 aa  100  2e-20  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_4416  Urease accessory protein UreF  30.96 
 
 
232 aa  92.4  6e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0061  Urease accessory protein UreF  33.2 
 
 
239 aa  86.3  4e-16  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0751  urease accessory protein UreF  29.02 
 
 
232 aa  83.2  3e-15  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0685  urease accessory protein UreF  28.51 
 
 
228 aa  77.8  1e-13  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_03460  urease accessory protein UreF  28.99 
 
 
238 aa  72.8  4e-12  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1476  Urease accessory protein UreF  29.11 
 
 
228 aa  73.2  4e-12  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0566307  normal  0.716543 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1681  urease accessory protein UreF  30.46 
 
 
231 aa  73.2  4e-12  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.591777  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4833  urease accessory protein UreF  27.97 
 
 
228 aa  66.2  4e-10  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5118  Urease accessory protein UreF  29.11 
 
 
240 aa  65.5  8e-10  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1303  urease accessory protein UreF  28.03 
 
 
240 aa  64.3  2e-09  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3660  urease accessory protein UreF  25.31 
 
 
232 aa  63.9  2e-09  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.098957  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1465  Urease accessory protein UreF  28.03 
 
 
240 aa  63.2  3e-09  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0991  urease accessory protein UreF  29.75 
 
 
210 aa  63.2  4e-09  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1947  urease accessory protein UreF  30.29 
 
 
210 aa  62.4  6e-09  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0218708  normal 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0722  Urease accessory protein UreF  23.43 
 
 
240 aa  62.4  6e-09  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4050  hypothetical protein  35.29 
 
 
218 aa  62.4  7e-09  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0245  urease accessory protein UreF  31.33 
 
 
225 aa  62  9e-09  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0303  urease accessory protein UreF  29.88 
 
 
210 aa  59.7  4e-08  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0974  hypothetical protein  34.36 
 
 
218 aa  59.7  4e-08  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.319857  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2716  urease accessory protein UreF  27.59 
 
 
229 aa  58.5  9e-08  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1702  Urease accessory protein UreF  39.25 
 
 
225 aa  56.6  3e-07  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000278425 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2064  Urease accessory protein UreF  33.85 
 
 
233 aa  55.5  8e-07  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  1.68254e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0337  urease accessory protein UreF, putative  25.88 
 
 
228 aa  53.9  2e-06  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2267  Urease accessory protein UreF  24.05 
 
 
227 aa  53.9  2e-06  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  hitchhiker  0.000649784  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3303  Urease accessory protein UreF  29.07 
 
 
223 aa  53.9  2e-06  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.31623 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2316  urease accessory protein UreF  24.79 
 
 
229 aa  54.3  2e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.495239  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2359  urease accessory protein UreF  24.79 
 
 
229 aa  54.3  2e-06  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011374  UUR10_0475  urease accessory protein UreF  24.08 
 
 
235 aa  53.5  3e-06  Ureaplasma urealyticum serovar 10 str. ATCC 33699  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1135  urease accessory protein UreF  25 
 
 
228 aa  52.8  5e-06  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3558  urease accessory protein  25 
 
 
228 aa  52.8  5e-06  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.45506  normal  0.0231315 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1081  urease accessory protein UreF  25 
 
 
228 aa  52.8  5e-06  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0394  Urease accessory protein UreF  30.04 
 
 
227 aa  52.4  7e-06  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008532  STER_0327  urease accessory protein  25.32 
 
 
237 aa  50.1  3e-05  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1814  urease accessory protein UreF  20.09 
 
 
240 aa  49.7  4e-05  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1360  urease accessory protein UreF, putative  25.93 
 
 
243 aa  49.7  4e-05  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.87156  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1873  urease accessory protein UreF  23.53 
 
 
229 aa  48.5  8e-05  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.674114  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7006  urease accessory protein UreF  33.33 
 
 
240 aa  47.8  0.0001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.891807 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3047  Urease accessory protein UreF  34.41 
 
 
223 aa  47.4  0.0002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.159294  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2769  Urease accessory protein UreF  24.24 
 
 
225 aa  47.8  0.0002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4635  urease accessory protein UreF  27.2 
 
 
229 aa  47.4  0.0002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  hitchhiker  0.00483851  normal  0.066113 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1191  urease accessory protein UreF  26.54 
 
 
230 aa  47  0.0003  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.424033  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3407  urease accessory protein UreF  26.94 
 
 
225 aa  46.6  0.0004  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.195199  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3469  urease accessory protein  28 
 
 
230 aa  46.2  0.0004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2009  Urease accessory protein UreF  37.84 
 
 
231 aa  46.6  0.0004  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0381  urease accessory protein UreF  25.1 
 
 
214 aa  46.2  0.0005  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.11359  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0186  urease accessory protein UreF  28.07 
 
 
228 aa  44.7  0.001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1868  urease accessory protein UreF  27.9 
 
 
237 aa  43.5  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.113809  normal  0.0733507 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3497  urease accessory protein UreF  35.11 
 
 
288 aa  42.7  0.005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.977341  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4004  urease accessory protein UreF  28.57 
 
 
226 aa  42.4  0.007  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.471956 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0286  putative urease accessory protein UreF  23.55 
 
 
232 aa  42  0.008  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3260  urease accessory protein UreF  39.44 
 
 
228 aa  42.4  0.008  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006687  CNE04770  conserved hypothetical protein  21.74 
 
 
318 aa  42  0.009  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>